사실과 다른 세금계산서에 해당함

사 건 2024구합70678 부가가치세부과처분취소 원 고 AAAA 주식회사 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 9. 26. 판 결 선 고

2025. 11. 14.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 20xx. x. x. 원고에 대하여 한 20xx년 제x기 귀속 부가가치세 xxx,xxx,xxx원의 부과처분, 20xx년 제x기 귀속 부가가치세 xx,xxx,xxx원의 부과처분(각 가산세 포함)을 모두 취소한다.

• 가. 원고는 20xx년 제x기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 BBB(변경 전 상호: 주식회사 BBBBB, 이하 ‘BBB’라 한다)에 공급가액 합계 x,xxx,xxx,xxx원의 매출세금계산서(이하 ‘이 사건 매출세금계산서’라 한다)를 발급하였다.
• 나. 또한 원고는 20xx년 제x기 및 20xx년 제x기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 CCCCCC(이하 ‘CCCCCC’라 한다)로부터 공급가액 x,xxx,xxx,xxx원의, 주식회사 DDD(이하 ‘DDD’이라 한다)으로부터 공급가액 xxx,xxx,xxx원의, EEE에너지 주식회사(이하 ‘EEE에너지’라 한다)로부터 공급가액 xxx,xxx,xxx원의 매입세금계산서(이하 ‘이 사건 매입세금계산서’라 한다)를 각 수취하였다.
• 다. 이후 원고는 20xx. x. x.부터 20xx. x. x.까지 위 각 세금계산서 중 일부에 관한 수정세금계산서 xx매(공급가액 합계: - x,xxx,xxx,xxx원, 이하 ‘이 사건 수정세금계산서’라 한다)를 수수하였다.
• 라. 피고는 20xx. x. x. 원고가 실물거래 없이 이 사건 매출세금계산서와 이 사건 매입세금계산서를 발급, 수취하였다는 전제에서 원고에 20xx년 제x기 귀속 부가가치세 xxx,xxx,xxx원, 20xx년 제x기 귀속 부가가치세 xx,xxx,xxx원(각 가산세 포함, 이하 같다)을 경정·고지하였다.
• 마. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 이에 대하여 조세심판원은 ‘위 처분 중 이 사건 수정세금계산서에 관한 세금계산서불성실 가산세 20xx년 제x기분 xxx,xxx,xxx원, 20xx년 제x기분 xx,xxx,xxx원을 부과하지 않는 것으로 세액을 경정하라’는 결정을 하였다. 이후 피고는 위 결정의 취지대로 해당 세액을 감액경정하였고, 이에 따라 남아 있는 처분은 20xx년 제x기 귀속 부가가치세 xxx,xxx,xxx원, 20xx년 제x기 귀속 부가가치세 xx,xxx,xxx원이다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 4호증, 을 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 이 사건 처분에 앞선 조세범칙조사의 위법 여부

1. 원고의 주장 요지 조세범 처벌법 제10조 위반의 주체는 법인인 원고가 아니라 당시 원고의 대표이사이던 정FF임에도 피고는 원고를 조세범칙조사 대상자로 선정하여 조세범칙조사 통지(이하 ‘이 사건 통지’라 한다)를 하였다. 위와 같이 위법한 조세범칙조사를 통해 취득한 과세자료에 근거하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

2. 판단 조세범 처벌절차법 제7조 제1항 제1호 에 의하면, 세무서장은 조세범칙행위의 혐의가 있는 자를 처벌하기 위하여 증거수집 등이 필요한 경우 조세범칙조사를 실시하여야 한다. 피고는 20xx. x. x. 이 사건 매출세금계산서 및 이 사건 매입세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)에 관하여 정FF 등이 세금계산서의 발급의무를 위반하였다는 등의 혐의에 관하여 증거수집 등이 필요하다고 보아 조세범칙조사를 개시하였다. 조세범 처벌법 제18조 는 이에 관하여 양벌 규정을 두고 있으므로 원고를 조세범칙조사 대상자로 선정하였다는 내용의 이 사건 통지가 위법하다고 보기 어렵고, 이 사건 통지로 정FF 등이 조세범칙조사 과정에서 방어권을 행사할 기회를 보장받지 못하였다고 볼 만한 사정도 찾아볼 수 없다. 그러므로 피고가 원고를 조세범칙조사 대상자로 선정하여 이 사건 통지를 하였다는 사정만으로는 이 사건 처분이 위법하다고 볼 만한 절차적인 하자가 있다고 볼 수 없다.

• 나. 이 사건 세금계산서가 용역의 수수 없이 허위로 작성되었는지 여부

1. 관련 법리 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에 있으나, 납세의무자가 신고한 특정 재화나 용역의 거래에 관한 세금계산서가 재화 등의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 특정 거래가 실제로 용역의 제공 등이 없는 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는 재화나 용역이 실제로 수수되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결, 대법원 2010. 10. 28. 선고 2010두11108 판결 등 참조).

2. 이 사건 매출세금계산서 및 이 사건 매입세금계산서 중 EEE에너지에 대한 부분에 관한 판단

• 가) 인정사실 다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 앞서 든 증거들과 갑 제6,7호증, 을 제10 내지 15호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 이를 인정할 수 있다.

(1) 유한회사 GG태양광발전소(이하 ‘GG태양광발전소’라 한다)는 20xx. x. x.경 BBB와 태양광 발전시스템 공사도급 계약을 체결하였다. BBB는 20xx. x. x. 원고에 위 태양광 발전시스템 공사를 하도급하였고(계약금액 xx억 x,xxx만 원), 원고는 20xx. x. x. EEE에너지에 위 공사를 재하도급하였다(계약금액 xx억 x,000만원).

(2) GGGGGG 주식회사(이하 ‘GGGGGG’라 한다) 또한 20xx. x. x.경 BBB와 태양광 발전시스템 공사도급계약을 체결하였다. BBB는 20xx. x. x. 원고에 위 태양광 발전시스템 공사를 하도급하였고(계약금액 xx억 x,xxx만 원), 원고는 20xx. x. x. 주식회사 HHHH(이하 ‘HHHH’라 한다)에 위 공사를 재하도급하였다(계약금액 xx억 x,xxx만 원).

(3) 이와 관련하여 GG태양광발전소가 건설한 발전소(이하 ‘GG 발전소’라 한다) 및 GGGGGG가 건설한 발전소(이하 ‘태양광 발전소’라 하고, GG 발전소와 통칭할 때 ‘이 사건 발전소’라 한다)에 관하여 20xx. x. x. 사용 전 검사 신청이 있었고, 이 사건 발전소는 20xx. x. x. 준공되었다.

(4) BBB는 이 사건 발전소가 준공된 20xx. x. x. 이 사건 발전소에 대한 건설공사비 명목으로 GG태양광발전소와 GGGGGG에 각 공급가액 x,xxx,xxx,xxx원의 매출세금계산서를 발급하였는데, 일진전기 역시 같은 날 이 사건 발전소에 대한 건설공사비 명목으로 GG태양광발전소와 GGGGGG에 각 공급가액 x,xxx,xxx,xxx원 매출세금계산서를 발급하였다. 한편 JJ전기는 20xx. x. x. HHHH로부터 공급가액 x,xxx,xxx,xxx원의, KKKK솔루션즈로부터 공급가액 xxx,xxx,xxx원의 매입세금 계산서를 수취하였다.

(5) 이 사건 처분에 앞선 범칙조사 과정에서 GG태양광발전소의 대표자 신L은 ‘GG 발전소의 실제 시공사는 EEE에너지이고 EEE에너지가 20xx. x. x. 공사를 완료하였으나, 이후 대규모 붕괴사고가 발생하여 재시공은 JJ전기와 도급계약을 체결해 진행하였고, 실제 시공사는 HHHH로 알고 있다’는 취지로 진술하였다.

• 나) 판단 앞서 든 증거들과 갑 제25호증, 을 제16 내지 19호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 매출세금계산서 및 이 사건 매입세금계산서 중 EEE에너지에 대한 부분은 재화나 용역의 거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 상당한 정도로 증명되었다고 보는 것이 타당하다. 그런데 원고가 제출한 증거들만으로는 위 각 세금계산서 내용에 부합하는 재화 또는 용역의 공급이 실제로 이루어졌다는 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

(1) 이 사건 발전소가 준공된 20xx. x. x. GG태양광발전소와 GGGGGG는 이 사건 발전소 공사비 명목으로 BBB와 JJ전기 모두로부터 매입세급계산서를 수취하였는데, 이 사건 발전소와 유사한 발전소에 통상적으로 소요되는 공사비에 비추어 보면, BBB와 JJ전기가 발급한 세금계산서 중 하나는 허위라고 보는 것이 경험칙에 부합한다.

(2) GG 발전소에 관한 20xx. x. x.자 감리원 배치확인서에는 공사업자가‘HHHH’로, 20xx. x. x.자 전기사업용 전기설비 공사계획 신고 확인증에도 공사업체가 ‘HHHH’로, 20xx. x. x.자 GG 발전소 전기설비 정밀진단 보고서에는 입회자가 ‘HHHH 이사 손II’으로 기재되어 있는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 발전소의 주요 부분을 시공한 회사는 HHHH인 것으로 보인다.

(3) GGGGGG가 BBB에 도급한 태양광 발전소 공사가 원고, HHHH에 순차로 하도급되었다면, 원고와 HHHH 사이에 위 발전소 공사에 관한 세금계산서가 수수되는 것이 통상적이다. 그런데 이 사건 발전소의 실제 공사 업체인 HHHH와 원고 사이에 이 사건 발전소 공사에 관하여 세금계산서가 수수된 바 없고, 앞서 본 바와 같이 JJ전기와 HHHH 사이에 공급가액 x,xxx,xx,000원의 세금계산서가 수수되었음이 확인될 뿐이다.

(4) GG태양광발전소와 GGGGGG, 원고 및 BBB는 20xx. x. x. 완공 단계에 이른 이 사건 발전소가 붕괴되었고, 이에 따라 재공사가 필요함을 전제로 ‘재공사를 시행하는 JJ전기에 대하여 일체의 이의제기를 하지 않는다’는 내용이 포함된 합의서를 작성하였고, 원고는 20xx. x. x. EEE에너지에 GG발전소와 관련하여 ‘매몰된 공사에 관한 공사대금 xxx,xxx,xxx원을 지급’하기로 하는 내용이 포함된 합의서를 작성하였다. 그러나 이 사건 발전소가 완공 단계에 이르렀다가 붕괴된 사실은 없다.

(5) 원고는 원고가 이 사건 발전소의 공사에 관하여 용역을 제공하였다고 볼만한 공사내역서 등과 같은 객관적인 자료를 제출하지 못하였다. 원고는 이 사건 매출 세금계산서 및 이 사건 매입세금계산서 중 EEE에너지에 대한 부분 중 일부에 관하여 착오에 의한 이중발급, 계약의 해제를 사유로 한 수정세금계산서를 수수하기는 하였으나, 이는 이 사건 처분에 앞선 세무조사의 개시 이후 수수된 것에 불과하다. 앞서 본 바와 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 매출세금계산서 및 이 사건 매입세금계산서 중 EEE에너지에 대한 부분은 용역의 제공이나 그 예정 없이 수수된 것임이 인정된다.

(6) 뒤에서 보는 바와 같이 GG태양광발전소가 BBB에 지급한 공사대금은 원고가 지급한 돈을 재원으로 한 것으로 보이고, 위 돈의 대부분은 다시 원고에게 귀속되었다.

3. 이 사건 매입세금계산서 중 나머지 부분에 관한 판단 앞서 든 증거들과 갑 제11 내지 13호증, 을 제20호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 부분 매입세금계산서는 재화나 용역의 거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 상당한 정도로 증명되었다고 보는 것이 타당하다. 그런데 원고가 제출한 증거들만으로는 이 부분 매입세금계산서 내용에 부합하는 재화 또는 용역의 공급이 실제로 이루어졌다는 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

• 가) 이 부분 매입세금계산서에 관하여 원고와 DDD, CCCCCC 사이에 작성된 용역업무 계약서, GG태양광발전소와 DDD, CCCCCC 사이에 작성된 용역업무 계약서가 존재하기는 한다. 이에 관하여 원고는 GG태양광발전소가 DDD과 CCCCCC에 데이터를 공급하고, DDD과 CCCCCC는 하드웨어 또는 소프트웨어 관련 데이터를 가공한 다음 그 결과물을 원고에 공급하기로 한 것이라고 주장한다.
• 나) 그러나 GG태양광발전소가 DDD, CCCCCC에게 제공하기로 한 데이터는 모듈실시간발전량, 모듈누적발전량 등의 데이터인데 이는 태양광발전소를 운영하면서 별다른 노력 없이 얻을 수 있는 일반적인 데이터인 점에 비추어 볼 때, GG태양광발전소가 xx년 동안 위와 같은 데이터를 공급하고 그 대가로 CCCCCC로부터는 xx억 x,000만 원의, 한미랩으로부터는 x억 x,000만 원의 대금을 세금계산서 발급 후 xx일 이내 전액 지급받기로 한 것은 이례적이다. 또한 20xx년 x월경부터 GG 발전소의 발전이 시작되었으므로 그 무렵부터 GG태양광발전소가 위와 같은 데이터를 제공할 수 있었던 것으로 보이는데, 이를 실제 제공하였다고 볼 만한 자료가 없다.
• 다) GG태양광발전소와 DDD, CCCCCC 사이에 작성된 용역업무 계약서의 공급가액 합계액은 xx억 원인데, 이는 BBB가 20xx. x. x. GG 발전소에 대한 건설공사비 명목으로 GG태양광발전소에 발급한 매출계산서의 공급가액 xx억 원과 동일한 금액이다. 이에 의하면, GG태양광발전소는 BBB에 지급할 공사대금을 모두 한미랩, CCCCCC 내지 원고로부터 지급받는 것이 된다. 이처럼 GG태양광발전소가 BBB에 지급한 공사대금의 출처가 원고일 뿐만 아니라, 아래에서 보는 것과 같이 GG 태양광발전소가 BBB에 지급한 공사대금의 대부분은 다시 원고에게 돌아가게 되었다.
• 라) 구체적으로 GG태양광발전소는 GG 발전소 공사를 위해 BBB에 지급하기로 한 공사대금 xx억 x,000만 원 중 x억 x,000만 원을 20xx. x. x. 지급하였는데, 이는 GG 태양광발전소가 20xx. x. x. CCCCCC로부터 지급받은 x억 x,000만 원을 재원으로 한 것으로 보인다. 또한 GG태양광발전소는 20xx. x. x. 나머지 x억 x,000만 원을 지급하였는데, 이는 20xx. x. x. DDD으로부터 지급받은 x억 x,x00만 원과 CCCCCC로부터 지급받은 x억 x,x00만 원, 20xx. x. x. DDD으로부터 지급받은 x억 x,000만 원을 재원으로 한 것으로 보인다. 그런데 CCCCCC와 DDD이 GG태양광발전소에 지급한 돈은 대부분 원고로부터 지급받은 것으로, CCCCCC는 20xx. x. x. 원고로부터 x억 x,000만 원을 지급받았고, DDD은 원고로부터 20xx. x. x. x억 x,x00만 원을, 20xx. x. x. x억 원을 각 지급받았다. 나아가 GG태양광발전소가 BBB에 지급한 xx억 x,000만 원 중 x억 x,000만 원은 20xx. x. x. 원고에게 이체되었고, 나머지 돈 중 20xx. x. x. x억 x,xxx만 원, 20xx. x. x. x,xxx만 원이 각 원고에게 이체되었다.
• 마) 이처럼 이 부분 매입세금계산서는 실제로는 용역의 제공이나 그 예정 없이 발급된 세금계산서이므로 선발행세금계산서로 적법하게 수수된 것이라고 볼 수도 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.