법인으로 보는 단체로 승인받기 이전에 거주자로 신고한 쟁점토지의 양도소득을 법인령§4①‧②에 따라 법인으로 보는 단체의 최초 사업연도의 손익에 산입할 수 있는지 여부

[ 세 목 ] 양도 [ 판결유형 ] 국승 [ 사건번호 ] 서울행정법원-2024-구합-65904(2025.04.18) [직전소송사건번호 ] [심판청구 사건번호 ] 조심 2023서8246(2024.02.06) [ 제 목 ] 법인으로 보는 단체로 승인받기 이전에 거주자로 신고한 쟁점토지의 양도소득을 법인령§4①‧②에 따라 법인으로 보는 단체의 최초 사업연도의 손익에 산입할 수 있는지 여부 [ 요 지 ] 법인으로 보는 단체로 승인받기 이전에 거주자로 신고한 쟁점토지의 양도소득을 법인령§4①‧②에 따라 법인으로 보는 단체의 최초 사업연도의 손익에 산입할 수 없음 [ 판결내용 ] 판결 내용은 붙임과 같습니다. [

] 국세기본법 제13조, 법인세법 제6조 사 건 2024구합65904 양도소득세부과처분취소 원 고 AAA 피 고 aa세무서장 변 론 종 결

2025. 3. 28. 판 결 선 고

2025. 4. 18.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 3. 10. 원고에 대하여 한 2021년 귀속 양도소득세 ,,***원에 대한 경정 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 아래 표 기재와 같이 ‘양도토지’란 기재 토지를 양도하고, 1거주자의 지위에서 ‘신고·납부세액’란 기재 양도소득세를 신고·납부하였다. 양도일자 양도토지 신고일자

2021. 12. 1. 이 사건 제1 토지

2022. 8. 29.

2022. 4. 6. 이 사건 제2 토지

2022. 6. 30.

2022. 9. 7. 이 사건 제3 토지

2022. 11. 29.

• 나. 원고는 2022. 9. 27. 피고에게 원고를 법인으로 보는 단체로 승인하여 줄 것을 신청하였고, 피고는 2022. 10. 6. 이를 승인하였다(이하 ‘이 사건 승인’이라 한다). 원고는 2023. 1. 12. 피고에게 이 사건 제1, 2, 3 토지에 관한 양도소득을 법인으로 보는 단체의 최초 사업연도 손익에 산입하여 이미 납부한 양도소득세 합계 ,,*,***원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 다. 피고는 2023. 3. 10. 이 사건 제2, 3 토지에 관한 원고의 경정청구는 인용하고, 이 사건 제1 토지에 관한 양도소득은 이를 최초 사업연도에 귀속시킬 경우 최초 사업연도의 기간이 1년을 초과한다는 이유로 이에 관한 경정청구는 거부하였다(이하 위 거부처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다). 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 5호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다.

• 가. 원고의 주장 요지 원고는 2012. 3. 9. 피고로부터 ‘수익사업을 하지 않는 비영리법인 및 국가기관 등’이라는 내용이 기재된 고유번호증(갑 제3호증, 이하 ‘이 사건 고유번호증’이라 한다)을 발급받았고, 이에 원고는 자신을 ‘법인으로 보는 단체’로 인식하고 있었다. 이 사건 고유번호증에 위와 같은 기재가 없었다면 원고는 피고에 ‘법인으로 보는 단체’로 승인하여 줄 것을 미리 신청하였을 것인데, 위와 같은 기재로 인해 원고는 그 기회를 박탈당하였다. 또한 원고의 실체는 창립총회 결의일인 1992. 6. 8.부터 이 사건 승인일인 2022. 10. 6.까지 변경된 사실이 없다. 위와 같은 사정을 종합해 보면, 이 사건 처분은 신의성실의 원칙, 실질과세의 원칙, 신뢰보호의 원칙 등에 반하여 위법하다.
• 나. 원고를 법인으로 보는 단체로 볼 수 있는 시점

1. 관련 규정 및 법리 국세기본법 제13조 는 ‘법인 아닌 사단ㆍ재단, 그 밖의 단체’를 ‘법인 아닌 단체’라고 하면서, 그러한 단체 중 ‘법인으로 보는 단체’에 관하여 규정하고 있다. 국세기본법 제13조 제1항 은 ‘법인 아닌 단체’ 중 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 등은 법인으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 제13조 제2항은 제1항에 따라 법인으로 보는 단체 이외의 ‘법인 아닌 단체’ 중 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리하는 등 일정 요건을 갖추고 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 단체도 법인으로 본다고 규정하고 있다. 위와 같은 국세기본법 규정은 조세법의 특성상 과세되는 조세의 종류 및 과세대상을 특정하기 위하여 법인격 없는 사단ㆍ재단, 기타 단체 중 일정한 요건을 갖춘 단체에 대하여만 세법의 적용에 있어 법인으로 본다는 것으로서, 조세법의 특성 및 법적 안정성에 기초한 규정이다(대법원 2002. 2. 8. 선고 2000두1652 판결 등 참조).

2. 판단

• 가) 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 보면, 원고는 2022. 9. 27. 피고에 법인으로 보는 단체의 승인신청서를 제출하였고, 2022. 10. 6. 피고로부터 이에 대한 승인을 받은 사실이 인정된다. 따라서 원고는 2022. 10. 6. 이전에는 세법상 법인으로 보는 단체에 해당한다고 볼 수 없다.
• 나) 이에 대하여 원고는, 피고가 원고를 위와 같이 취급하는 것은 신의성실의 원칙, 실질과세의 원칙, 신뢰보호의 원칙 등에 반하여 위법하다고 주장하나, 앞서 든 증거들과 갑 제4호증, 을 제2호증의 1, 2의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 또는 사정을 종합하여 보면, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

(1) 피고를 비롯한 세무관서는 고유번호증을 발급함에 있어 소득세법을 적용받는 개인과 법인세법을 적용받는 법인을 구별하여, 10자리의 고유번호(--) 중 가운데 두 자리에 법인의 경우에는 ‘82’를, 개인의 경우에는 ‘80’을 부여해왔다. 그런데 원고가 2012. 3. 9.경부터 2022. 4. 18.경까지 피고로부터 발급받은 고유번호증에는 고유번호 가운데 두 자리가 모두 ‘80’으로 기재되어 있다.

(2) 피고가 2012. 3. 9. 및 2014. 3. 24. 원고에게 발급한 고유번호증에 ‘수익사업을 하지 않는 비영리법인 및 국가기관 등’이라는 내용이 기재되어 있기는 하다. 그러나 원고가 피고에게 위와 같은 고유번호증을 발급받기 위한 신청서를 제출할 당시 ‘법인으로 보는 단체’로 인정받을 의사가 있었다고 볼 만한 객관적인 자료가 없다. 위 고유번호증에도 고유번호 가운데 두 자리가 ‘80’으로 기재되어 있는 이상, 원고가 주장하는 고유번호증의 기재 내용만으로는 피고가 원고에게 ‘법인으로 보는 단체’라고 승인하는 공적인 견해를 밝혔다고 볼 수도 없다. 나아가 원고는 2017. 8. 2. 및 2022. 4. 18.에는 ‘수익사업을 하지 않는 비영리법인 및 국가기관 등’이라는 기재가 없는 고유번호증을 발급받기도 하였다. (3) 국세기본법 제13조 제1항 은 ‘법인 아닌 단체’ 중 일정한 단체는 별도의 신청 및 승인 절차 없이 당연히 법인으로 본다고 규정하면서 같은 법 제13조 제2항은 ‘법인 아닌 단체’ 중 일정 요건을 갖추고 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 단체를 법인으로 본다고 규정하고 있다. 이에 비추어 보면, 국세기본법 제13조 제2항 이 규정하는 일정 요건을 갖추었더라도 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받지 않은 이상, 원고의 실체가 변함없는지에 관계없이 법인으로 볼 수 없다고 보는 것이 법문언상 분명하다. 또한 원고가 이 사건 승인 이전에 법인 아닌 단체에 관한 승인을 받은 바 없는 이상, 이 사건 고유번호증의 기재 내용에 관한 원고의 주장과 같은 신뢰가 합리적이라거나 정당한 것이라고 볼 수 없다.

• 다. 이 사건 제1토지에 관한 양도소득을 최초 사업연도에 귀속시킬 수 있는지

1. 관련 규정 법인세법 제6조 제1항 은 ‘사업연도는 법령 또는 법인의 정관 등에서 정하는 1회계기간으로 하되, 그 기간은 1년을 초과하지 못한다’고 규정하고 있고, 같은 법 제6조 제5항은 사업연도를 정하여 신고하지 않은 경우에는 매년 1. 1.부터 12. 31.까지를 사업연도로 한다고 규정하고 있다. 법인세법 제6조 제6항 은 최초 사업연도의 개시일 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 법인세법 시행령 제4조 제1항 제1호 라목은 ‘ 국세기본법 제13조 제2항 의 규정에 의하여 납세지 관할 세무서장의 승인을 얻은 단체의 경우에는 그 승인일을 최초 사업연도 개시일’로 규정하고 있다. 또한 법인세법 시행령 제4조 제2항 은 ‘제1항의 규정을 적용함에 있어서 최초 사업연도의 개시일 전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초 사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위 내에서 이를 최초 사업연도의 손익에 산입할 수 있다’고 규정하면서, ‘이 경우 최초 사업연도의 개시일은 당해 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 한다’고 규정하고 있다.

2. 판단 앞서 본 바와 같이 원고는 2022. 10. 6. 국세기본법 제13조 제2항 이 규정하는 ‘법인으로 보는 단체’로 승인을 받았고, 갑 제2호증의 기재에 의하면, 원고의 정관 제16조는 회계연도를 매년 12월 말까지로 정하고 있다. 그러므로 원고의 최초 사업연도 개시일은 법인세법 시행령 제4조 제1항 제1호 라목에 따라 원고가 이 사건 승인을 받은 2022. 10. 6.이고, 최초 사업연도 종료일은 원고의 정관에 따라 2022. 12. 31.이다. 원고는 2021. 12. 1. 이 사건 제1 토지를 양도하였으므로 그로 인한 손익은 최초 사업연도 개시일(2022. 10. 6.) 전에 생긴 손익이고, 이를 최초 사업연도 손익에 산입하려면 법인세법 시행령 제4조 제2항 에 따라 최초 사업연도 기간이 1년을 초과하여서는 안 된다. 그런데 이 사건 제1 토지를 양도한 2021. 12. 1.부터 최초 사업연도 종료일인 2022. 12. 31.까지는 1년을 초과하게 되므로, 결국 원고는 이 사건 제1 토지의 양도로 인한 손익을 최초 사업연도 손익에 산입할 수 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.