종합소득세부과처분취소

사 건 2024구합58609 법인세등부과처분취소 원 고

○○○○ 피 고

○○○세무서장 변 론 종 결

2025. 6. 20. 판 결 선 고

2025. 8. 22.

1. 원고의 청구를 각 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. 7. 1. 원고에 대하여 한 2020 사업연도 법인세 168,392,129원(가산세 포함, 이하 같다), 2020년 제1기 부가가치세 8,412,390원의 부과처분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 2020. 3. 2. 기업의 경영컨설팅 및 자문서비스의 제공업을 영위할 목적으로 설립되었다. 나 원고는 2020. 4. 3. 미국 법인 AAA(이하 ‘미국펀드법인’이라 한다)가 보유하고 있던 CCC 주식회사(이하 회사명에서 ‘주식회사’는 생략한다) 외 2개 법인의 주식(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다) 총 26,596주를 합계 300,000,600원에 취득하였다. 이후 원고는 그중 CCC의 발행 주식 8,700주를 2,610,000,000원에 매각하여 2,359,996,880원의 양도차익이 발생하였다.
• 다. 원고는 이 사건 주식의 취득 및 매각과 관련하여 BBB코리아, DDDD글로벌에셋, EEE코리아(이하 위 세 회사를 통칭할 때 ‘이 사건 각 회사’라 한다)로부터 투자자문 또는 경영관리 자문용역(이하 ‘이 사건 자문용역’이라 한다)을 제공받고, 수수료 합계 990,000,000원(= BBB코리아 105,000,000원 + DDDD글로벌에셋 425,000,000원 + EEE코리아 460,000,000원)을 지급한 것으로 하여 이 사건 각 회사로부터 2020년 제1기부터 2020년 제2기까지 합계 990,000,000원의 매입세금계산서(이하 ‘이 사건 매입세금계산서’라 한다)를 발급받고, 이에 대한 부가가치세 매입세액을 공제받는 것으로 2020년 제1기 및 제2기 부가가치세를 신고하였다.
• 라. 또한 원고는 해외법률자문사로부터 법률자문용역을 제공받고 지출하였다는 해외법률 자문료 1,206,236,944원(이하 ‘이 사건 해외법률 자문료’라 한다)과 이 사건 자문용역을 받고 지출하였다는 위 990,000,000원에 관하여 법인세 신고시 손금산입하는 것으로 하여 2020 사업연도 법인세를 신고·납부하였다.
• 마. 피고는 2022. 7. 1. 다음과 같은 이유로 원고에게 2020년 제1기 부가가치세 13,085,940원, 2020년 제2기 부가가치세 60,825,130원, 2020 사업연도 법인세 588,943,030원을 경정·고지하였다.
• 바. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2023. 12. 12. ‘원고가 DDDD글로벌에셋으로부터 수취한 매입세금계산서의 매입세액을 공제 및 손금산입하고, 이 사건 해외법률 자문료를 손금산입하여 과세표준 및 세액을 경정하라’는 내용의 결정을 하였다.
• 사. 이후 피고는 위 조세심판원의 결정 취지에 따라 앞서 부과한 각 부가가치세 및 법인세를 감액경정하였고, 이에 따라 원고에게 남아있는 과세처분은 2020년 제1기 부가가치세 8,412,390원, 2020 사업연도 법인세 168,392,129원이다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 관련 법리 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조).
• 나. 인정사실 다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 앞서 든 증거들과 갑 제19, 20호증, 을 제4, 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

1. FFF은 자신의 부친인 김득수를 1인의 사원으로 하여 미국펀드법인이 보유하고 있던 이 사건 주식을 취득하기 위하여 원고를 설립하였다. 원고의 업무집행자인 김태연은 FFF이 2020. 1. 8.부터 2021. 2. 28.까지 대표이사로 재직하였던 DDDD글로벌에셋의 직원이었다.

2. FFF은 2019. 1. 31.부터 2021. 2. 28.까지 BBB코리아의 대표이사 지위에 있었고, BBB코리아가 2020년 원고로부터 105,000,000원을 지급받은 것을 제외하면 2019년부터 2022년까지 BBB코리아에 발생한 부가가치세 과세대상 매출은 없다.

3. FFF은 2014. 11. 10.부터 2020. 11. 11.까지 EEE코리아의 대표이사 지위에 있었고, EEE코리아가 2020년 원고로부터 460,000,000원을 지급받은 것을 제외하면 2015년부터 2022년까지 EEE코리아에 발생한 부가가치세 과세대상 매출은 없다.

• 다. 판단 앞서 인정한 사실과 앞서 든 증거들과 갑 제8 내지 14, 21 내지 42호증의 각 기재 또는 영상에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 매입세금계산서 중 BBB코리아와 EEE코리아에 관한 부분이 용역의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되었다고 보는 것이 타당하다. 그런데 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 위 각 회사로부터 이 사건 자문용역을 공급받았다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

1. BBB코리아와 EEE코리아가 2020 사업연도에 근로자를 고용한 사실이 없고, 사업장도 공유오피스를 임차하여 사용하였던 점에 비추어 보면, 위 각 회사가 이 사건 자문용역을 제공할 만한 인적, 물적 시설을 갖추고 있었다고 볼 수 없다. DDDD글로벌에셋의 경우 2020 사업연도에 소속된 직원이 5명이었고, 위 직원들이 원고의 설립 단계부터 이 사건 주식의 취득, 양도 등에 이르기까지 회계·세무 등 원고의 경영에 필요한 업무를 제공하였던 것과 비교된다.

2. 이 사건 매입세금계산서는 모두 동일한 컴퓨터에서 이 사건 각 회사의 대표이사이던 FFF의 이메일을 통해 발행되었다. 또한 피고는 조세심판원의 결정 취지에 따라 원고가 DDDD글로벌에셋으로부터 수취한 매입세금계산서의 매입세액을 공제하고, 이에 관한 비용을 손금산입하였다. 따라서 BBB코리아와 EEE코리아가 원고에게 이 사건 매입세금계산서에 부합하는 용역을 제공하였다고 볼 수 있으려면, 위 각 회사가 원고에 DDDD글로벌에셋이 제공하였다는 용역과 구분되는 용역을 제공하였다는 점이 인정되어야 한다. 그런데 2020 사업연도에 FFF 이외에 아무런 인적, 물적 시설을 갖추고 있지 않던 BBB코리아, EEE코리아가 원고의 이 사건 주식 취득 및 매각 등과 관련하여 앞서 본 바와 같이 DDDD글로벌에셋이 원고에게 제공한 용역과 구분되는 별도의 용역을 제공하였다고 볼 만한 자료가 없다.

3. 원고는 BBB코리아가 원고에게 용역을 실제 제공하였다는 증거로 용역보고서(갑 제21호증, 을 제7, 15호증)와 FFF 등이 수발신한 이메일 내역(갑 제27 내지 38호증) 등을 들고 있다. 그러나 위 용역보고서는 M&A 시장에 관한 일반적인 것으로 인터넷에서 쉽게 검색되는 내용으로 보이고, 원고의 이 사건 주식의 취득이나 매각 등과 특별한 관련이 있다고 볼 수 없다. 또한 위 이메일 등을 통해 FFF이 이 사건 주식 취득 등에 관한 업무를 수행한 사실이 인정되기는 하나, 이 사건 각 회사의 대표이사이던 FFF이 이 사건 주식을 취득하기 위해 원고를 설립하였다는 사정에 비추어 보면, FFF의 위와 같이 수행한 업무를 FFF, DDDD글로벌에셋 등과 구분되는 BBB코리아가 수행한 업무로 볼 수 없다.

4. 또한 원고는 EEE코리아가 원고에게 용역을 실제 제공하였다는 증거로 용역보고서(갑 제22호증), FFF의 메신저 내역(갑 제39, 40호증) 등을 들고 있다. 그러나 위 용역보고서 역시 이 사건 주식의 취득이나 매각 등과 특별한 관련이 있다고 보기 어렵고, FFF의 앞서 본 바와 같은 지위 등에 비추어 보면, FFF이 이 사건 주식의 취득이나 매각 등과 관련하여 나눈 메신저 대화가 FFF, DDDD글로벌에셋 등과 구분되는 EEE코리아가 수행한 업무로 볼 수 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 각 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.