양도소득세 계산시 자본적지출액에 대한 입증책임

사 건 2024구합57521 양도소득세등부과처분취소 원 고 AAA 피 고 OO세무서장 변 론 종 결

2025. 9. 26. 판 결 선 고

2025. 11. 14.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 20xx. x. xx. 원고에 대하여 한 양도소득세 x,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 20xx. x. xx. 취득한 서울 OO구 xx번지 소재 토지 및 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 20xx. x. xx. xx억 원에 양도(이하 ‘이 사건 양도’라 한다)하고, 20xx. x. xx. 기본세율을 적용하여 이에 관한 양도소득세 xxx,xxx,xxx 원을 신고·납부하였다.
• 나. 피고는 20xx. x. xx. x층 건물인 이 사건 부동산 중 x층을 제외한 모든 층이 주택으로 사용되고 있다는 이유로 다주택자 중과세율을 적용하고, 원고가 신고한 필요경비 중 약 x,xxx,xxx,xxx 원을 부인하며, 일부 공사비 약 xx,xxx,xxx 원을 추인하는 등으로 하여 원고에게 이 사건 부동산에 관한 양도소득세 x,xxx,xxx,xxx 원(가산세 포함, 이하 같다)을 경정·고지하였다. 이후 이의신청 절차를 통해 일부 금액이 추가로 필요경비 등에 포함되어 위 양도소득세 중 xxx,xxx,xxx 원이 감액경정되었다. 이에 따라 이 사건 부동산의 양도에 관하여 남아 있는 양도소득세 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)은 x,xxx,xxx,xxx 원(= x,xxx,xxx,xxx 원 – xxx,xxx,xxx 원, 원 미만 버림)이다.

• 가. 자본적 지출액 관련 주장에 관한 판단

1. 관련 규정 및 법리 가) 소득세법 제97조 제1항 제2호 에 의하면, 거주자의 양도차익을 계산할 때 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것은 양도가액에서 공제된다. 소득세법 시행령 제163조 제3항 은 ‘"자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 소득세법 제160조의2 제2항 에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다’고 규정하고, 제1호는 같은 시행령 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액, 즉 ‘사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 수선비’를, 제3호는 ‘양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(재해ㆍ노후화 등 부득이한 사유로 인하여 건물을 재건축한 경우 그 철거비용을 포함한다)’을 규정하고 있다.

• 나) 과세요건의 존부 및 과세표준에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 증명할 책임을 부담하므로 양도차익을 계산하기 위한 취득가액 등 필요경비에 관하여도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담한다. 그렇지만 필요경비에 관한 사항은 일반적으로 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있어 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수 있다고 할 것이다(대법원 2013. 10. 31. 선고 2010두4599 판결 등 참조).

2. 구체적인 판단 원고는 갑 제xx 내지 xx호증의 기재 각 금액의 합계액 xxx,xxx,xxx 원(이하 ‘이 사건 금액’이라 한다)은 이 사건 부동산에 대한 자본적 지출로 추가로 인정되어야 한다고 주장한다. 그러나 앞서 든 증거들과 을 제x, x호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 원고가 이 사건에서 주장하는 필요경비에 관한 사항을 증명하여야 한다고 보는 것이 타당한데, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 금액을 이 사건 부동산에 대한 자본적 지출로 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

• 가) 원고는 이 사건 소를 제기하기 전 조세심판원에 이 사건 처분에 관한 심판청구를 하면서 원고가 정리한 것으로 보이는 금융거래내역 등을 제출하며 xxx,xxx,xxx 원이 이 사건 부동산에 대한 자본적 지출로 필요경비로 인정되어야 한다고 주장하였다. 원고는 이 사건에서도 갑 제xx호증(자본적지출 필요경비를 불공제한 공사비 내역)을 증거로 제출하며 20xx. x. xx. 자 준비서면을 통해 위 xxx,xxx,xxx 원이 필요경비로 인정되어야 한다고 주장하였다. 그런데 원고는 20xx. x. xx. 자 준비서면을 통해 이 사건 부동산에 대한 자본적 지출액이 이 사건 금액인 xxx,xxx,xxx 원이라며 그 주장을 변경하였는데, 이 사건 금액에 관한 세부 내역의 상당 부분(지출 시기, 상대방, 용도 등)은 갑 제xx호증의 기재 내용에 부합하지 않는다.
• 나) 원고가 이 사건 금액이 이 사건 부동산에 대한 자본적 지출이라고 주장하며 제출한 주된 증거는 간이영수증, 거래명세표 등이다[갑 제xx 내지 xx호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 이하 ‘간이영수증 등’이라 한다]. 그런데 위 증거들을 포함하여 원고가 제출한 증거들만으로는 해당 간이영수증 등에 기재된 재화나 용역이 원고가 주장하는 이 사건 부동산에 대한 용도변경 등을 위해 제공된 것인지를 알 수 없고, 간이영수증 등의 기재 내용에 부합하는 계약서, 세금계산서, 금융거래내역 등도 대부분 찾아볼 수 없다. 또한 원고는 이 사건 부동산의 용도변경 등을 위해 공사를 하였다고 주장하는 사람들의 확인서(갑 제xx호증)를 제출하였으나, 그 확인서의 기재 내용만으로는 위 확인서 작성자들이 수행하였다는 공사의 내용, 대상, 시기 등을 알 수 없다. 나아가 이 법원의 BBB, CCC에 대한 사실조회결과에 의하더라도, BBB, CCC이 이 사건 부동산에 관하여 수행하였다는 용역의 구체적인 내용을 알 수 없다.
• 다) 피고는 이 사건 처분 과정에서 원고가 소득세법 제160조의2 제2항 에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인된 이 사건 부동산에 관한 공사비 등은 필요경비로 인정한 것으로 보이는데(을 제x, x호증) 위와 같이 인정된 필요경비에 추가하여 이 사건 부동산에 관한 자본적 지출로 인정되어야 할 금액이 존재한다고 볼 만한 객관적인 자료가 없다.
• 나. 이 사건 부동산 x, x층을 하나의 주택으로 보아야 한다는 주장 등에 관한 판단

1. 원고는 원고와 사실혼 관계에 있는 DDD와 이 사건 부동산 x층에 거주하였고, DDD의 자녀인 EEE가 이 사건 부동산의 x층에 거주하였으므로, 소득세법 제88조 제6호 본문에 따라 이 사건 부동산 x층과 x층은 하나의 주택으로 보아야 한다는 등으로 주장한다.

2. 그러나 소득세법 제88조 제6호 본문은 ‘"1세대"란 거주자 및 그 배우자(법률상 이혼을 하였으나 생계를 같이 하는 등 사실상 이혼한 것으로 보기 어려운 관계에 있는 사람을 포함한다)가 그들과 같은 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 자[거주자 및 그 배우자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 형제자매를 말하며, 취학, 질병의 요양, 근무상 또는 사업상의 형편으로 본래의 주소 또는 거소에서 일시 퇴거한 사람을 포함한다]와 함께 구성하는 가족단위를 말한다’고 규정하고 있다. 위 규정의 ‘배우자’란 ‘법률상의 배우자’를 의미한다고 보는 것이 타당한데, 원고는 DDD와 법률상 배우자의 관계에 있지 않을 뿐만 아니라, 이 사건 부동산 x층과 x층의 거주공간은 서로 구분되어 있으므로 이와 다른 전제에 있는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.