조사결정이 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부

[ 세 목 ] 부가 [ 판결유형 ] 국승 [ 사건번호 ] 서울행정법원-2024-구합-57033(2025.06.27) [직전소송사건번호 ] [ 제 목 ] 조사결정이 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부 [ 요 지 ] 후발적 경정청구는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세 표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데에 그 취지가 있는 것으로 원고에 대하여는 후발적 경정청구 사유가 존재한다고 볼 수 없음 [ 판결내용 ] 판결 내용은 붙임과 같습니다. [

] 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】 국세기본법 시행령 제25조의2 【후발적 사유】 사 건 2024구합57033 부가가치세경정거부처분취소 원 고 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ 주식회사 피 고 ㅇㅇ세무서장 변 론 종 결

2025. 05. 16. 판 결 선 고

2025. 06. 27.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2022. 8. 19. 원고에 대하여 한 별지 1 표 ‘과세기간’란 기재 각 과세기간분 부가가치세에 관하여 같은 표 ‘경정청구액’란 기재 각 금액에 대한 경정거부 처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2011년경부터 ** 버스 내 광고용 모니터 설치사업(이하 ‘이 사건 사업’ 이라 한다)을 영위하던 중 2021년 2월경 이 사건 사업과 관련하여 실물 거래 없이 세금계산서를 발행·수취한 사실을 확인하였다. 이에 원고는 2021. 3. 31. 실물 거래 없이 발행하거나 수취한 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다) 관련 매출 및 매입세액을 차감하고, 세금계산서 관련 가산세를 가산하는 등으로 하여 5년의 부과 제척기간 내에 있는 2016년 제1기 내지 2020년 제2기 부가가치세에 관한 수정신고 (이하 ‘이 사건 수정신고’라 한다) 및 납부를 하였다.
• 나. 피고는 2022. 2. 4.경 원고에게 앞서 본 과세기간 이전인 2013년 제2기 내지 2015년 제2기까지도 유사한 방식으로 발생한 이 사건 사업에 관한 가공거래에 대하여 세금계산서 관련 가산세를 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 선행 가산세 처분’이라 한다).
• 다. 원고는 2022. 5. 3. 피고에게 ① 2013년 제2기 내지 2015년 제2기분(가공의 매출 세액이 가공의 매입세액보다 큰 과세기간) 부가가치세에 관하여 피고가 원고에게 이 사건 선행 가산세 처분을 하였음을 알게 된 2022. 2. 9.경 원고에게 구 국세기본법(2022.

12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제2항 제4호 내지 제5호의 후발적 경정청구 사유가 발생하였고, 위 각 과세기간의 부가가치세에 관한 과세 표준이 초과신고되었다는 이유로, ② 2017년 제1기 내지 2019년 제1기분 부가가치세에 관하여 원고가 당초 신고하였던 것과 달리 일부 실물 거래가 확인된다는 이유로 별지 1 표 ‘경정청구액’란 기재 각 금액의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

• 라. 이에 대하여 피고는 2022. 8. 19. 2013년 제2기 내지 2015년 제2기분 부가가치 세에 관하여는 원고가 주장하는 후발적 경정청구 사유가 존재하지 않는다는 이유로, 2017년 제1기 내지 2019년 제1기분 부가가치세에 관하여는 원고가 실물 거래 없이 세 금계산서를 수취한 것으로 판단된다는 이유로 이를 각 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 【 인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제2, 3호증, 을 제1, 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지2 기재와 같다

• 가. 2013년 제2기 내지 2015년 제2기분 부가가치세에 관하여 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 부분 부가가치세에 관하여 후발적 경정청구 사유가 존재한다고 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에 있는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

1. 후발적 경정청구는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데에 그 취지가 있다. 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호 는 ‘결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세 표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때’를 후발적 경정청구 사유 중 하나로 들고 있다. 과세관청의 ‘결정이나 경정’은 조세법률관계 자체를 변경시키므로, 이는 과세의 기초를 이루는 법률관계가 실체적, 후발적으로 변동된 경우에 해당하고, 과세기간별 과세에 있어 기간의 귀속이 중복됨에 따라 세액의 모순확정이 발생할 수 있음을 고려한 것이다.

2. 그런데 피고의 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세 기간 외인 2013년 제2기 내지 2015년 제2기분 부가가치세에 관한 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 사정이 발생하였다고 볼 만한 자료가 없다. 원고는 이 사건 수정신고 또는 이 사건 선행 가산세 처분으로 인하여 2013년 제2기 내지 2015년 제2기분 부가가치세에 관한 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 사정이 발생하였다고 주장하나, 이 사건 수정신고 및 이 사건 선행 가산세 처분으로 인하여 기간의 귀속이 중복되었다거나, 2013년 제2기 내지 2015년 제2기분 부가가치세 과세의 기초를 이루는 법률관계가 실체적, 후발적 으로 변동되었다고 볼 수 없다.

3. 구 국세기본법 제45조 의 제2항 제5호 및 그 위임에 따른 국세기본법 시행령 제25조의2 에 따르면 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분, 계약 및 과세표준 계산자료 등이 사후에 변경된 경우(제1, 2, 3호)나 이에 준하는 사유(제4호)가 있는 경우에 후발적 경정청구를 인정하고 있는데, 위 제1, 2, 3호에 해당하는 사유가 있다고 볼 만한 자료가 없고, 허위 세금계산서의 발급 또는 수취에 관한 이 사건 선행가산세 처분 등이 위 제1, 2, 3호에 준하는 사유라고 인정할 수 없다.

• 나. 2017년 제1기 내지 2019년 제1기분 부가가치세에 관하여

1. 관련 법리 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에 있으나, 납세의무자가 신고한 특정 재화나 용역의 거래에 관한 세금계산서가 재화 등의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지고, 납세 의무자가 주장하는 특정 거래가 실제로 용역의 제공 등이 없는 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는 재화나 용역이 실제로 수수되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009.

8. 20. 선고 2007두1439 판결, 대법원 2010. 10. 28. 선고 2010두11108 판결 등 참조).

2. 구체적인 판단 앞서 든 증거들과 을 제5 내지 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 세금계산서는 재화나 용역의 거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 상당한 정도로 증명되었다고 보는 것이 타당한데, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 주장하는 별지 3 표 기재 내역과 같은 재화 또는 용역의 공급이 실제로 이루어졌다는 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

• 가) 원고의 팀장으로 근무하였던 하은 2024. 9. 24. ‘실제 재화나 용역을 공급한 사실이 없음에도 2012. 6. 28.경부터 2021. 6. 29.경까지 총 회에 걸쳐 영리를 목적으로 재화나 용역을 공급받거나 공급하지 아니하고 공급가액 합계 ,,,원의 세금계산서를 원고 명의로 발급받거나 발급하였다’는 등의 특정범죄가중처벌등에관한 법률위반(허위세금계산서교부등)의 범죄사실로 유죄판결을 선고받았고[서울북부지방법원 20고합5, 20고합5(병합)], 이에 관한 범죄일람표의 거래상대방에는 롯주식회사, 한** 주식회사, 삼 주식회사가 포함되어 있다. 하은 위 판결에 불복하여 항소 하였으나, 위 항소는 기각되었다(서울고등법원 20노***).
• 나) 원고는 2021. 3. 31. 이 사건 사업과 관련하여 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 발행하거나 수취한 것임을 전제로 이 사건 수정신고를 하였다. 또한 원고는 2022. 12. 1. 서울북부지방검찰청으로부터 조세범처벌법위반 혐의에 관하여 일부 기소유예의 불기소결정을 받았는데, 그 이유는 ‘원고의 사용인인 하**이 2015. 12. 29.경부터 2021.

6. 29.경까지 회에 걸쳐 재화나 용역의 공급 없이 공급가액 합계 ,*억 원 상당의 세금계산서를 수수하였다는 피의사실은 인정되나, 원고가 이에 관한 세금을 납부한 점, 하**을 수사기관에 고소하고 관할 세무서에 가공거래 사실을 자진 신고한 점 등 참작할 사정이 있다’는 것이다.

• 다) 원고는 별지 3 표 기재 거래의 경우만큼은 이 사건 세금계산서에 관한 나머지 거래와 달리 실질 거래라는 것이나, 위 표 기재 내용과 같이 원고가 렌탈업체들로부터 실물을 공급받았다고 볼 만한 객관적인 자료가 없다. 원고가 주식회사 비와 시내버스 IPTV 유지보수 서비스 계약을 체결한 바 있다는 사정만으로는 원고가 주장하는 실물 거래의 존재 사실을 추단할 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.