종합부동산세 처분이 적법한지 여부

사 건 2024구합3883 종합부동산세부과처분취소 원 고 * 피 고

○○ 세무서장 변 론 종 결

2025. 4. 30. 판 결 선 고

2025. 5. 14.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 11. 원고에게 한 2023년 종합부동산세 원 및 농어촌특별세 원의 부과처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고는 서울 △△구 (이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)와 서울 □□구 주택을 소유하였고, 2017. 3. 2. □□구청장에게 이 사건 주택에 관하여 구 민간임대주택에 관한 특별법(2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 민간임대주택법’이라 한다)에 따른 단기민간임대주택 임대사업자로 등록하였다.
• 나. 민간임대주택에 관한 특별법이 2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정되면서 단기민간임대주택 제도가 폐지됨에 따라, 원고의 단기임대사업자 등록은 구 민간임대주택에 관한 특별법(2021. 9. 14. 법률 제18452호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 민간임대주택법’이라 한다) 제6조 제5항에 따라 2021. 3. 9. 말소되었다.
• 다. 피고는 2023년 귀속 종합부동산세 과세기준일인 2023. 6. 1. 당시 이 사건 주택이 합산배제 임대주택에 해당하지 않는다고 보아 2023. 11. 원고에게 2023년 귀속 종합부동산세 원 및 농어촌특별세 원을 결정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

• 가. 원고의 주장 요지

□□구청은 이 사건 주택에 대한 임대의무기간 4년이 경과하였다고 하여 원고에 대한 임대사업자 등록을 말소하였는데, 원고가 위 주택을 4년 이상 임대하였다는 점에 대한 증명이 없다. 원고는 2016. 12. 9. 김에게 이 사건 주택을 임대차계약기간 2년으로 임대하여 위 기간이 2018. 12. 8. 만료되었고, 원고가 2020. 11. 9. 김과 이 사건 주택에 대한 두 번째 임대차계약을 체결하였으므로 위 임대차계약기간 만료일인 2022. 11. 8.1)이 임대의무기간 종료일이다. 그럼에도 □□구청은 그 전인 2021. 3. 9. 원고의 임대사업자 등록을 말소하였다. 따라서 이 사건 처분은 이러한 잘못된 임대사업자등록 말소를 기초로, 이 사건 주택이 종합부동산세법상 합산배제대상인 민간임대주택에 해당하지 않는다는 전제하에 이루어진 것으로 위법하다. 나. 관계 법령 별지 기재와 같다. 다. 판단 1) 관련 법리 가) 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 는 ‘민간임대주택법에 따른 민간임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택은 주택에 대한 종합부동산세 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다’고 규정하고 있고, 위 위임에 따른 구 종합부동산세법 시행령(2023. 9. 5. 대통령령 제33696호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘ 종합부동산세법 시행령’이라 한다) 제3조 제1항은 “ 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 에서 ‘대통령령으로 정하는 주택’이란 공공주택 특별법 제4조 에 따른 공공주택사업자 또는 민간임대주택법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택을 말한다.”고 규정하고 있다. 즉, 주택에 대한 종합부동산세 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 합산배제 임대주택은 주택임대업 사업자등록을 한 임대사업자가 임대하거나 소유한 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 각 호의 주택을 의미한다. 그리고 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제1호 는 ‘ 민간임대주택법 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택과 공공주택 특별법 제2조 제1호 의2에 따른 공공건설 임대주택으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택. 다만, 구 민간임대주택법 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 사업자등록을 한 주택으로 한정한다’고 규정하고 있다. 나) 한편 개정 민간임대주택법 제6조 제5항 은 ‘종전의 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제6호 에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다’고 규정하였으며, 같은 조 제6항은 ‘제1항 각 호 및 제5항에 따라 등록이 말소된 경우에는 그 임대사업자를 이미 체결된 임대차계약의 기간이 끝날 때까지 임차인에 대한 관계에서 이 법에 따른 임대사업자로 본다’고 규정하였다. 2) 구체적 판단 앞서 채택한 각 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 고려하면, 2023년 귀속 종합부동산세 과세기준일 당시 이 사건 주택이 합산배제대상에 해당하였다고 할 수 없다. 이와 다른 전제에서 이 사건 처분이 위법하다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다. 가) 개정 전 민간임대주택법은 제43조 제1항에서 ‘임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점부터 제2조 제4호부터 제6호까지의 규정에 따른 기간’을 ‘임대의무기간’으로 규정하고 있으므로, 원고의 주장과 같이 이 사건 주택에 대한 임대차계약기간 만료일을 임대의무기간 종료일로 볼 수는 없다. 나) 원고는 2017. 3. 2. 이 사건 주택에 관하여 단기민간임대주택 임대사업자로 등록하였고, 개정 전 민간임대주택법 제2조 제6호 에 의하면 ‘단기민간임대주택’이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말하므로, 원고에 대하여 4년의 임대의무기간이 적용되어 그 임대의무기간 종료일은 2021. 3. 1.이 된다. 다) 개정 민간임대주택법 제6조 제5항 이 ‘종전의 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제6호 에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다’고 규정하고 있으므로, 이 사건 주택에 관한 단기민간임대주택 임대사업자 등록은 그 임대의무기간 종료일인 2021. 3. 1. 말소되었고, □□구청장의 임대사업자등록 말소 처리는 위 기간이 지나 이루어진 것이 분명하다. 라) 설령 원고의 주장처럼 2022. 11. 8.을 임대의무기간 종료일로 본다 하더라도, 2023년 귀속 종합부동산세 과세기준일인 2023. 6. 1. 당시 이 사건 주택에 대한 임대차계약은 이미 종료하였으므로, 이 사건 주택이 합산배제 임대주택에 해당하지 않는다는 결론에는 변함이 없다. 마) 따라서 2023년 귀속 종합부동산세 과세기준일 당시 이 사건 주택이 종합부동산세법상 합산배제대상인 민간임대주택에 해당한다고 할 수 없다. 라. 소결론 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.