세무조사 절차의 하자 여부

사 건 2024구합3456 부가가치세부과처분취소 원 고 김AA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2025. 5. 30. 판 결 선 고

2025. 7. 11.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 12. 7. 원고에게 한 2021년 제2기 부가가치세 72,530,110원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 피고는 2023. 9. 8. 원고에게 ‘원고가 세법에서 정하는 납세협력 의무를 이행하지 아니하였다’는 이유로 조사대상 기간을 2021. 1. 1.부터 2021. 12. 31.까지, 조사 기간을 2023. 10. 4.부터 2023. 10. 23.까지로 하는 세무조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시할 예정임을 통지하였다.
• 나. 피고는 2023. 12. 7. 원고에게 2021년 제2기 부가가치세 72,530,110원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

• 가. 원고 주장의 요지 이 사건 처분은 세무조사 없이 이루어진 것으로 위법하다.
• 나. 판단

1. 앞서 든 증거들과 을 제4, 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 보면, 원고의 세무대리인인 윤CC 세무사가 이 사건 세무조사 개시일인 2023. 10. 4. 세무조사 담당자에게 원고의 사업용 계좌 사용내역, 계정과목별 거래처원장, 부가가치세 신고서, 세무조정계산서 등의 파일을 이메일로 전달한 사실, 원고는 2023. 10. 10. BB세무서에 방문하여 이 사건 세무조사 과정에서 문제된 세금계산서 등에 관한 원고의 입장을 담은 확인서를 작성한 사실이 인정되고, 피고가 이 사건 세무조사 진행 중 조세범칙 조사로 전환하여 2020년 과세연도까지 조사범위를 확대한 후 조사 기간을2023. 11. 23.까지로 연장한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

2. 위 인정사실에 의하면, 피고는 이 사건 세무조사 등을 통해 처분의 근거가 되는 자료를 수집한 후 이에 기초하여 이 사건 처분을 한 것으로 보이므로, 피고가 실질적으로 전혀 조사를 하지 않은 상태에서 이 사건 처분에 이른 것이라고 볼 수 없다. 이에 대하여 원고는 자신이 2023. 10. 4. BB세무서에 방문한 사실이 없다는 점을 피고가 실질적으로 전혀 조사를 하지 않은 채 이 사건 처분을 하였다는 근거로 주장하고 있다. 그러나 설령 원고의 주장과 같이 위 날짜에 원고가 BB세무서에 방문한 사실이 없다고 하더라도, 피고가 이 사건 세무조사 과정에서 수집한 원고 세무대리인의 제출자료 및 원고 작성의 확인서 등을 기초로 이 사건 처분을 한 것이 확인되는 이상 피고 가 실질적으로 전혀 조사를 하지 않은 상태에서 이 사건 처분을 하였다고 볼 수 없다. 이와 다른 전제에 있는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.