종합부동산세 합산배제 특례 규정은 특혜조항이므로 엄격해석하여야 하고 임대주택등록이 말소된 상태였음은 앞서 인정한 바와 같으므로, 종합부동산세법 등에 따른 종합부동산세 합산배제 임대주택의 요건을 갖추지 못한 것이 명백함

사 건 2024구합2538 종합부동산세부과처분취소 원 고 1. AAA

2. BBB 피 고 SS세무서장 변 론 종 결 2025. 3. 13. 판 결 선 고 2025. 4. 17.

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 7. 7. 원고 AAA에게 한 2021년 및 2022년 귀속 종합부동산세 ,,원과 원고 BBB에게 한 2021년 및 2022년 귀속 종합부동산세 ,,원에 대한 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고 AAA는 서울 bb구 다세대주택 203호, 302호, 303호, 402호, 403호(이하 위 다세대주택을 ‘이 사건 다세대주택’이라 하고, 이 사건 다세대주택에 원고 AAA가 소유하면서 임대사업에 등록한 위 각 부동산을 통틀어 ‘이 사건 원고 AAA 임대 부동산’이라 한다)를 소유하였고, 원고 BBB은 이 사건 다세대 주택 201호, 202호(이하 이 사건 다세대주택에 원고 BBB이 소유하면서 임대사업에 등록한 위 각 부동산을 통틀어 ‘이 사건 원고 BBB 임대 부동산’이라 하며, 원고들 임대 부동산을 통틀어 일컬을 때에는 ‘이 사건 원고들 임대 각 부동산’이라 한다)를 소유하고 있다.
• 나. 원고들은 2016. 5. **. 이 사건 원고들 임대 각 부동산에 관하여 당시 시행중이던 구 민간임대주택에 관한 특별법(2020. 8. 18. 법률 17482호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 민간임대주택법’이라 한다) 제5조를 근거로 단기임대로 임대사업자 등록을 하여 주택임대사업을 영위하였다.
• 다. 구 민간임대주택법이 2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정되면서(이하 ‘개정 민간임대주택법’이라 한다) 단기 민간임대주택 제도가 폐지되었고, 서초구청장은 구 민간임대주택법에 따른 단기 민가임대주택 등은 임대의무기간이 종료한 한 등록을 말소하도록 정한 개정 민간임대주택법 제6조 제5항 을 근거로, 2020. 10. 26. 이 사건 원고 BBB 임대 부동산에 대하여, 같은 달 27. 이 사건 원고 AAA 임대 부동산에 대하여 각 임대주택 등록을 말소하였다.
• 라. 원고들은 이후 2023. 5. 17. 다시 이 사건 원고들 임대 각 부동산을 대상으로 하여 임대사업자 등록을 하였다.
• 마. 피고는 원고들의 각 임대사업자 등록이 2021년 및 2022년 종합부동산세 각 과세기준일인 2021. 6. 1. 및 2022. 6. 1. 기준 말소된 상태였으므로, 2021년 귀속 및 2022년 귀속 종합부동산세를 산정함에 있어 이 사건 원고들 임대 각 부동산이 구 종합부동산세법 시행령(2021년도 귀속 종합부동산세에 대하여 2022. 2. 15. 대통령령 제32425호로 개정되기 전의 것, 2022년도 귀속 종합부동산세에 대하여 2023. 9. 5. 대통령령 제33696호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 종합부동산세법 시행령’ 3) 이라 한다) 제3조 제1항의 합산배제 기준을 충족하지 못하였다고 보아, 2023. 7. 7. 원고 AAA에게 2021년 귀속 종합부동산세 ,,원(농어촌특별세 ,,원 포함), 2022년 귀속 종합부동산세 ,,원(농어촌특별세 ,,원)을, 2023. 7. 4. 원고 BBB에게 2021년 귀속 종합부동산세 ,,원(농어촌특별세 ,,원 포함), 2022년 귀속 종합부동산세 ,,원(농어촌특별세 ,,***원 포함)을 각 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
• 바. 이 사건 각 처분대상이 된 2021년 및 2022년 각 과세기준일 기준 원고들의 주택 보유현황은 아래와 같다. (표 생략)

3. 위 개정이 원고들에 대한 이 사건 각 종합부동산세 산정에 영향을 미치지 아니하므로 통틀어 ‘구 종합부동산세법 시행령’이라한다)

별지 관련 법령의 기재와 같다.

3. 이 사건 각 처분의 위법 여부

• 가. 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평 원칙에도 부합하고(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 참조), 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 참조).
• 나. 이 사건 각 처분에 적용되는 구 종합부동산세법(2021년도 귀속 종합부동산세에 대하여 2022. 9. 15. 법률 제18977호로 개정되기 전의 것, 2022년도 귀속 종합부동산세에 대하여 2022. 12. 31. 법률 제19200호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 종합부동산세법’ 4) 이라 한다) 제8조 제2항 제1호, 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 은 종합부동산세 합산배제 특례를 규정한 특혜조항이므로 이를 엄격히 해석하여 하고, 이에 의하면 해당 규정이 적용되기 위해서는 민간임대주택법에 따른 임대사업자등록을 하고 과세기준일에 이를 유효하게 유지하여야 한다. 그런데 2021년 및 2022년 과세기준일을 기준으로 이 사건 원고들 임대 각 부동산에 대하여 각 임대주택등록이 말소된 상태였음은 앞서 인정한 바와 같으므로, 이 사건 원고들 임대 각 부동산은 종합부동산세법 등에 따른 종합부동산세 합산배제 임대주택의 요건을 갖추지 못하여 과세 대상이 됨이 명백하다.
• 다. 원고들이 주장하는 이 사건 각 처분의 위법 요지는 결국 ① 개정 민간임대주택법에 개정 법률 적용에 관한 유예기간 부여 등 경과규정 및 개정 법률에 따른 불이익을 최소화하기 위한 통지, 안내 절차 등을 마련하지 않은 것이 위법하고, ② 피고가 위 법률 개정에 따라 과세를 바로 하지 않고 법 개정 후 2년이 지나 2년치의 종합부동산세를 한번에 몰아서 과세를 한 것은 납세자의 재산권을 과도하게 침해하고 실질과세의 원칙 및 조세법률주의를 위반한 과잉과세에 해당하는 등으로 위법하다는 취지이나, 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 비추어 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고들이 주장하는 위와 같은 사정들만으로 이 사건 각 처분이 위법하다고 볼 수 없다.

1. 조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세·재정정책을 탄력적·합리적으로 운용할 필요성이 큰 만큼, 조세에 관한 법규·제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점에서 납세의무자로서는 구법질서에 의거한 신뢰를 바탕으로 적극적으로 새로운 법률관계를 형성하였다든지 하는 특별한 사정이 없는 한, 현재의 세법이 변함없이 유지되리라고 기대하거나 신뢰할 수는 없고(헌법재판소 2002. 2. 28. 선고 99헌바4 결정, 헌법재판소 2019. 8. 29. 선고 2017헌바496 결정 등 참조), 조세감면 또는 우대에 있어서 한 번 혜택을 보았다고 하여 그것이 지속되어야 하는 것은 아니며(헌법재판소 2012. 4. 24. 선고 2010헌가87 전원재판부 결정), 조세감면대상의 범위 등 구체적인 내용의 형성에 관하여는 보다 광범위한 입법재량이 인정되므로 그 내용이 명백히 불합리하거나 불공정하지 않는 한 입법부의 정책적인 판단은 존중되어야 한다(헌법재판소 2011. 6. 30. 선고 2009헌바199 결정 참조).

2. 위 법리에 비추어 보건대, 원고들이 최초 임대사업자 등록 당시 종합부동산세 과세 혜택을 계속 받을 수 있으리라 신뢰하였다고 하더라도 이러한 신뢰는 단순한 기대에 불과하고, 불확실한 것으로서 헌법상 보호하여야 할 가치나 필요성이 크다고 볼수 없다. 구 민간임대주택법 제6조 제5항 은 종래 민간임대주택에 대해서 임차인의 주거안정 지원을 위하여 실질적인 전월세상한제, 계약갱신요구권 및 임대차신고제 등 공적인 규제가 적용되는 대신 등록 임대사업자에게 세제 혜택 등을 부여하여 왔으나, 전월세상한제, 계약갱신요구권 도입을 통해 일반 임대주택과 차별성이 희박해진 단기민간임대주택과 주택시장 과열요인이 될 수 있는 아파트 장기일반민간매입임대주택 유형을 폐지하려는 데에 그 취지가 있는바, 이러한 법률 개정 취지를 고려하면 원고들이 임대사업자로서 기존에 향유하여 온 세제 혜택 등 경제적 이익이 위 개정 법령의 적용을 통해 달성되는 공익보다 더 보호가치가 있다고 단정할 수도 없다.

3. 또한 조세부과가 재산권을 제한하는 측면이 있다 하더라도 조세감면 혜택에서 제외되었다는 이유만으로 재산권 침해가 생기는 것으로 볼 수는 없는 점, 종합부동산세법이나 민간임대주택법 등과 같은 부동산 관련 법령은 부동산 정책의 방향, 경제적 상황의 변천 등에 따라 개편 및 조정 등이 이루어지는 것이 일반적이고, 복잡·다양한 경제현상에 따라 신축적인 개정이 요구되는 조세법에서 조세우대조치란 잠정적인 것으로서 장래에 축소 내지 폐지되는 방향으로 개정될 수 있으리라는 것을 충분히 예측할 수 있는 점 등에 비추어 볼 때, 원고들로서는 관련 법령 등의 검토를 통하여 세제 혜택 해당 여부 등을 스스로 확인할 주의의무가 있다 할 것이고, 피고 또는 입법자가 원고들에게 이러한 법 개정을 알려주거나 장기임대사업으로 전환할 유예기간을 부여할 의무가 있다고 볼 수 없다. 따라서 종합부동산세법 등에서 경과규정이나 법률 개정에 따른 안내 절차 등을 마련하지 않았다거나, 피고가 법률 개정에 따른 과세를 바로 하지 않고 2년이 지난 뒤 2년치를 몰아서 과세하였다고 하여 과세의 절차적 정당성이 결여되었다거나 과잉과세에 해당한다고 볼 수 없다.

그렇다면 원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 별지

■ 구 종합부동산세법(2022. 12. 31. 법률 제19200호로 개정되기 전의 것) 제8조 (과세표준)

① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액［과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 "1세대 1주택자"라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액］에서 6억원을 공제(납세의무자가 법인 또는 법인으로 보는 단체로서 제9조제2항 각 호의 세율이 적용되는 경우는 제외한다)한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 민간임대주택, 공공주택 특별법에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택 ■ 구 종합부동산세법 시행령(2023. 9. 5. 대통령령 제33696호로 개정되기 전의 것) 제3조 (합산배제 임대주택)

① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 공공주택 특별법 제4조 에 따른 공공주택사업자 또는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조제7호 에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록 을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

2. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조제3호 에 따른 민간매입임대주택과 공공주택 특별법 제2조제1호 의3에 따른 공공매입임대주택(이하 이 조에서 “매입임대주택”이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 공공주택 특별법 제49조제4항 에 따라 임대료등을 증액하는 경우에는 다목 전단을 적용하지 않으며, 민간임대주택에 관한 특별법 제2조제3호 에 따른 민간매입임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

• 가. 해당 주택의 임대개시일 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원[수도권정비계획법제2조제1호에 따른 수도권(이하 “수도권”이라 한다) 밖의 지역인 경우에는 3억원] 이하일 것
• 나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것
• 다. 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 민간임대주택에 관한 특별법 제44조제4항 및 공공주택 특별법 시행령 제44조제3항 에 따라 정한 기준을 준용한다. ■ 구 민간임대주택에 관한 특별법 (2020. 8. 18. 법률 제17482호로 일부개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 “준주택”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

3. “민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

6. “단기민간임대주택”이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

7. “임대사업자”란 공공주택 특별법 제4조제1항 에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택 사업자”라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다. 제5조(임대사업자의 등록)

① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 및 단기민간임대주택 ■ 개정 민간임대주택에 관한 특별법(2020. 8. 18. 법률 제17482호로 일부개정된 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택(아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다)을 말한다.

제5조(임대사업자의 등록)

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 제6조(임대사업자 등록의 말소)

⑤ 종전의 민간임대주택에 관한 특별법 제2조제5호 에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다. <신설> 부칙 <법률 제17482호, 2020. 8. 18.> 제5조(폐지되는 민간임대주택 종류에 관한 특례)

① 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 단기민간임대주택을 등록한 임대사업자 및 그 민간임대주택은 임대사업자 및 그 민간임대주택의 등록이 말소되기 전까지 이 법에 따른 임대사업자 및 장기일반민간임대주택으로 보아 이 법을 적용한다. 다만, 임대의무기간은 종전의 규정에 따른다.

② 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 등록한 단기민간임대주택은 이 법 시행 이후 장기일반민간임대주택 또는 공공지원민간임대주택으로 변경 등록할 수 없다. 제7조(자동 등록 말소 관련 경과조치) 제6조제5항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 당시 종전의 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택 또는 제2조제5호에 따른 장기일반임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과된 경우에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본다.