기간을 도과하여 청구된 경정청구에 관한 결과통지는 항고소송의 대상이 되는 처분이라고 볼 수 없고, 전심절차가 기간의 도과로 인하여 부적법한 경우에는 행정소송 역시 전치의 요건을 충족하지 못한 것이 되어 부적법함

사 건 2024구합1597 부가가치세경정거부처분취소 원 고 AAA 피 고 **세무서장 변 론 종 결

2025. 7. 10. 판 결 선 고

2025. 9. 11.

1. 이 사건 소를 각하한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 7. 6. 원고에 대하여 한 부가가치세 환급경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2016. 11. 2. 서울 구 로가길 -, 층 호에서 ‘N***’라는 상호로 보석도소매업(수출입) 및 귀금속제조업 등의 사업자등록을 하고, 2016년 제2기부터 2018년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 영세율을 적용, 매출세액을 원으로 하여 부가가치세를 신고하여, 부가가치세 매입세액 합계 원 및 환급가산금 원 합계 원을 환급받았다.
• 나. 피고는 2018. 11. 7.부터 2018. 12. 26.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하고, 원고가 실제 수출이 없었음에도 영세율을 적용하여 부당하게 부가가치세를 환급받았다고 보아 원고를 조세범처벌법위반죄 등으로 고발하였다.
• 다. 피고는 2019. 2. 8. 및 2020. 2. 11. 원고에게, 영세율이 적용되지 아니하였다면 부과되었어야 할 부가가치세 합계 원 및 원고가 반환하여야 할 부가가치세 환급세액 원의 합계에 상당한 *원의 부가가치세를 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 위 처분의 구체적인 내역과 송달일은 다음과 같다. <표 생략>
• 라. 원고에 대한 2020. 6. 24.자 ‘부가가치세 과세표준증명’에는 원고가 납부할 세액의 합계 원이 기재되어 있었는데, 원고는 이를 원고가 환급받을 세액으로 오인하여 2020. 9. 8. 피고에게 원의 부가가치세를 환급하여 달라는 청구(이하 ‘이 사건 환급청구’라 한다)를 하였다.
• 마. 이에 대하여 피고는 2020. 9. 10. 원고에게 ‘부가가치세 과세표준증명에 기재된 금액은 환급받을 세액이 아닌 납부할 세액으로 확인되고, 원고의 미수령 환급금은 존재하지 않는 것으로 확인된다’라는 통지(이하 ‘이 사건 통지’라 한다)를 하였다.
• 바. 원고는 2020. 9. 24. 조세심판원에 이 사건 통지의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2020. 12. 28. ‘이 사건 통지는 심판청구의 대상이 되는 거부처분에 해당하지 않는다’는 이유로 위 심판청구를 각하하였다(조심 2020서8***).
• 사. 원고는 2020. 10. 12. 이 법원에 이 사건 통지의 취소를 구하는 소를 제기하였으나, 이 법원은 2021. 8. 27. ‘위 환급청구는 국세기본법에 따른 경정청구에 해당한다고 볼 수 없고 그에 따른 통지는 경정청구에 대한 거부처분이 아니라 단순한 관념의 통지에 불과하므로 항고소송의 대상이 되는 처분으로 볼 수 없다’는 이유로 각하하였다(서울행정법원 2020구합8****). 위 판결은 2021. 9. 15. 확정되었다.
• 아. 원고가 2023. 6. 13. 피고에게 2017년 7월분, 8월분, 2018년 1월분, 3월분, 5월분, 6월분 부가가치세에 대한 경정청구(청구세액 합계 *원)를 하였으나(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다), 피고는 2023. 7. 6. 이 사건 경정청구는 원고가 이 사건 부과처분을 통지 받은 날로부터 90일이 경과한 이후에 청구되어 국세기본법 제45조의2 제1항 단서에서 정한 경정청구기간을 준수하지 못하여 부적법하다는 이유로 위 경정청구를 각하하고(이하 ‘이 사건 결과통지’라 한다) 이를 원고에게 통지하였다. 이 사건 결과 통지서는 2023. 7. 11. 원고에게 등기우편으로 송달되었다.
• 자. 이에 원고가 2023. 11. 13. 조세심판원에 이 사건 결과통지의 취소를 구하는 심판청구(이하 ‘이 사건 심판청구’라 한다)를 제기하였으나, 조세심판원은 2024. 2. 15. ‘이 사건 경정청구는 청구 기간을 도과하여 적법한 경정청구라고 볼 수 없어 이 사건 결과 통지는 심판청구의 대상이 되는 처분으로 볼 수 없고, 이 사건 심판청구는 원고가 이 사건 결과통지서를 송달받은 2023. 7. 11.로부터 90일이 도과한 2023. 11. 13. 제기되어 부적법한 심판청구에 해당한다’는 이유로 위 심판청구를 각하하였다(조심 2023서1****). [인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제1 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 본안전 항변의 요지 이 사건 경정청구는 경정청구기간을 도과하여 청구되었으므로 이 사건 결과통지는 항고소송의 대상이 되는 처분이라고 볼 수 없고, 전심절차인 이 사건 심판청구 역시 청구기간을 도과하여 제기되었으므로 이 사건 소는 적법한 전심절차를 거치지 않아 부적법하다.
• 나. 판단 살피건대, 앞서 본 인정사실, 앞서 든 증거들의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정들을 아래 법리에 비추어 보면, 이 사건 경정청구는 경정청구기간을 도과하여 청구된 것이어서 이 사건 결과통지는 항고소송의 대상이 되는 처분이라고 볼 수 없고, 전심절차인 이 사건 심판청구 역시 청구기간을 도과하여 제기되어 이 사건 소는 전심절차를 적법하게 거치지 않고 제기된 것이어서 부적법하다. 따라서 이를 지적하는 피고의 본안전 항변은 이유 있다.

1. 이 사건 결과통지가 항고소송의 대상이 되는 부가가치세 경정거부처분에 해당하는지 본다. 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날로부터) 3개월(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다(국세기본법 제45조의2 제1항 단서). 한편, 경정청구권이 인정되지 않는 경우에는 과세관청이 납세자 등의 경정청구에 대하여 이를 거부하는 회신을 하였다고 하더라도, 이를 가리켜 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다(대법원 1999. 7. 23. 선고 98두9608 판결). 앞서 본 인정사실에 앞서 본 법리를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고가 이 사건 경정청구로 경정을 구한 부가가치세는 2017년 7월분, 8월분, 2018년 1월분, 3월분, 5월분, 6월분으로 이는 2017년 2기 및 2018년 1기분 부가가치세에 해당하는 점, ② 피고가 2019. 2. 8. 2017년 2기 및 2018년 1기 부가가치세 경정처분을 하고 납세고지서를 원고에게 송달하여, 원고가 2019. 2. 19. 이를 등기우편으로 송달받은 점, ③ 원고가 위 납세고지서를 송달받고도 4년 3개월이 지난 2023. 6. 13.에야 비로소 이 사건 경정청구를 한 점 등에 비추어, 이 사건 경정청구는 원고가 2017년 2기분 및 2018년 1기분 부가가치세가 증액 경정된 처분이 있었음을 안 날로부터 3개월이 경과한 이후에 제기된 것이 명백하여 원고에게는 이 부분에 대한 부가가치세 경정청구권이 인정되지 않는다. 그렇다면, 피고가 원고에게 이 사건 경정청구를 각하하는 이 사건 통지를 하였더라도 이를 두고 항고소송의 대상이 되는 부가가치세 경정거부처분이라고 볼 수 없다.

2. 이 사건 심판청구가 청구기간을 준수하여 적법하게 제기된 것인지 본다. 국세, 지방세 및 관세에 대한 조세소송은 필요적으로 전심절차를 거쳐야 한다(국세기본법 제56조). 전심절차의 하나인 조세심판원에 대한 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)로부터 90일 이내에 제기하여야 하고(국세기본법 제68조 제1항), 심판청구 등의 전심절차가 기간의 도과로 인하여 부적법한 경우에는 행정소송 역시 전치의 요건을 충족하지 못한 것이 되어 부적법하다. 앞서 본 인정사실에 따르면, 원고가 2023. 7. 11. 이 사건 결과통지서를 등기우편으로 송달받은 사실, 이 사건 심판청구가 2023. 11. 13. 제기된 사실이 인정되므로, 이 사건 심판청구는 원고가 이 사건 결과통지를 받은 후 90일이 지난 이후에 제기된 것 이어서 부적법하다. 이에 대하여 원고는 이 사건 결과통지서를 수령한 사실이 없고, 2023. 11. 중순경에야 이 사건 결과통지가 있었던 사실을 알게 되었으므로 심판청구 기간이 도과하지 않았다고 주장하나 이를 인정할만한 아무런 증거가 없고, 을 제7호증에 따르면 원고 본인이 2023. 7. 11. 이 사건 결과통지서를 수령한 사실이 확인되므로 위와 같은 원고의 주장은 믿기 어렵다. 따라서 이 사건 심판청구는 청구기간이 도과하여 제기된 것이어서 부적법하고, 그 결과 이 사건 소 역시 필요적 전심절차를 거치지 않은 것이 되어 부적법하다.

3. 설령 이 사건 소가 적법하다고 가정하더라도, 이 사건 경정청구로 경정을 구하는 부가가치세 부분이 가공거래에 의한 것이 아니라는 원고의 주장은 다음과 같은 이유로 받아들일 수 없다. 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에 있으나, 납세의무자가 신고한 특정 재화나 용역의 거래에 관한 세금계산서가 재화 등의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 특정 거래가 실제로 용역의 제공 등이 없는 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는 재화나 용역이 실제로 수수되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결, 대법원 2010. 10. 28. 선고 2010두11108 판결 등 참조). 그런데 원고가 제출한 갑 제1, 3 내지 5호증(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함한다)의 각 기재만으로는, 원고가 경정을 구하는 2017년 7월분, 8월분, 2018년 1월분, 3월분, 5월분, 6월분 거래가 가공거래가 아니라 진정한 거래라는 점을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 오히려 이 법원에 현저한 사실에 따르면, ‘원고가 사실은 가짜 금지금인 황동제품을 수출하였을 뿐, 금지금은 수출한 사실이 없음에도 부가가치세를 환급받을 목적으로 2017. 1. 24. 피고에게 금지금을 수출하였다는 허위 내용의 영세율 매출명세서, 수출실적명세서를 제출하여 부가가치세신고를 하고 근거자료로 수출신고필증, 수출우편물등록․발송확인서, 상업송장 등을 제출하여 2016년 제2기부터 2018년 제1기까지의 부가가치세 합계 원을 환급받았다’는 조세범처벌법위반 등의 범죄사실로 서울중앙지방법원에서 2019. 12. 3. 유죄판결을 받은 사실(징역 년 및 벌금 억 원 등, 서울중앙지방법원 2019고단4), 원고가 양형부당을 이유로 항소하였으나 위 법원이 2020. 5. 29. 이를 기각하였고(서울중앙지방법원 2019노4), 원고가 상고하였으나 대법원이 2020. 8. 6. 이를 기각하여 같은 날 판결이 확정된 사실(대법원 2020도7***), 원고가 2021. 11. 23. 서울중앙지방법원에 재심의 소를 제기하였으나 2022. 4. 15. 위 재심청구가 기각된 사실(서울중앙지방법원 2021재고단2), 위 판결에서 원고가 이 사건에 제출한 갑 제5호증 등을 위조하였다는 범죄사실로 사문서위조죄 및 위조사문서행사죄가 인정된 사실 등에 비추어 보면, 원고가 부가가치세 경정을 구하는 부분의 거래는 가공거래로 인한 것으로 봄이 상당하여, 원고의 주장은 어느 모로 보나 이유 없다.

이 사건 소는 부적법하므로 이를 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.