이 사건 주택의 양도는 1세대 3주택 이상 보유자의 양도로서 장기보유특별공제가 적용되지 않음

사 건 2024구단76563 양도소득세경정거부처분취소 원 고 최AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 9. 26. 판 결 선 고

2025. 11. 7.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 10. 26. 원고에 대하여 한 2020년 귀속 양도소득세 O 원(가산세 포함) 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 이 사건 주택의 양도와 양도소득세 신고·납부

1. 원고는 2010. 3. 31. 서울

○○ 구

○○ 동

○○ 아파트 제

○○ 동 제

○○ 호(이하 “이 사건 주택”이라 한다)를 취득하였고, 2020. 6. 13. 이를 유BB 등 2명에게 1,650,000,000원에 매도하는 내용의 매매계약을 체결한 후 2020. 10. 30. 잔금수령과 등기이전을 마쳐 이를 양도하였다(이하 이를 “이 사건 양도”라고 한다).

2. 원고는 2020. 12. 17. 이 사건 주택에 대하여 1세대 1주택 특례가 적용된다고 보아 9억 원을 초과하는 부분의 양도차익에 대하여 장기보유특별공제(10년 이상 보유에 따른 80%)와 일반 양도소득세율을 적용하여 양도소득세를 신고·납부하였다.

3. 이 사건 주택의 양도 당시 원고 및 배우자 소유의 주택은 다음과 같다. (이하 표 생략) ※ 이하 순번 3번, 4번 주택을 함께 “이 사건 임대주택”이라 한다. 나.원고의 양도소득세 수정신고 및 경정청구

1. 원고는 2021. 2. 8. 이 사건 양도 당시 9억 원을 초과하는 부분의 양도차익에 대하여 장기보유 특별공제를 적용하지 않고 구 소득세법(2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제7항에 따른 중과세율(기본세율에 20%를 가산)을 적용하는 방식으로 1세대 3주택에 따른 양도소득세를 산정하여 양도소득세액(가산세 포함)을 수정신고한 다음 그 차액을 납부하였다.

2. 원고는 2023. 8. 30. 피고에 대하여 ‘이 사건 양도에 대하여도 장기보유 특별공제가 적용되어야 하고 일반 양도소득세율이 적용되어야 한다’고 주장하면서 양도소득세액 O 원(가산세 포함)의 경정을 청구하였다.

3. 피고는 2023. 10. 26. 원고에 대하여 ‘이 사건 양도에 대하여는 장기보유 특별공제는 적용될 수 없고, 중과세율 적용은 정당하다’고 판단하면서 원고의 경정청구를 거부하였다. 그 후 피고는 2024. 4. 8. 이 사건 양도에 대하여는 일반 양도소득세율이 적용되어야 한다고 보고 양도소득세액을 O 원(가산세 포함) 감액하는 것으로 직권경정결정을 한 후 원고에게 같은 금액을 환급하였다(피고의 2023. 10. 26.자 경정거부처분 중 위의 직권경정 후 남아 있는 O 원 부분을 “이 사건 거부처분”이라고 한다). 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제 1 내지 12, 19호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전 체의 취지

2. 이 사건 거부처분의 위법 여부

• 가. 원고 주장의 요지

1. 원고의 주장 요지

1. 원고는 장기임대주택에 해당하는 이 사건 임대주택 외에는 이 사건 주택만을 소유하고 있었는바, 주거를 이전하기 위하여 이 사건 주택의 매도계약을 체결한 다음 이 사건 대체주택의 매수계약을 체결하였던 점, 원고에게는 투기목적이 없었고 조합설립인가가 임박한 상태에서 급히 이 사건 대체주택의 취득을 마쳐야 하는 부득이한 사정이 있었던 점, 이 사건 대체주택을 취득한 후 이 사건 주택을 양도하기까지 소요된 기간이 37일에 불과하여 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정할 사정이 있으므로 대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 법리에 의할 때 이 사건 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도라고 볼 수는 없고, 그 양도에 는 장기보유특별공제가 적용되어야 한다. 이 사건 양도에 대하여 장기보유특별공제를 적용하지 않은 이 사건 거부처분은 위법하다. 2)구 소득세법 제95조 제2항 은 1세대 3주택에 해당하는 주택에 대하여는 장기보유특별공제의 적용을 제외하도록 규정하고 있는바, 이는 입법목적을 달성하기 위한 부적절한 수단에 해당하고 침해의 최소성이나 법익 균형성도 갖추지 못하여 납세자의 재산권을 과하게 침해하므로 위헌에 해당한다.

• 나. 판단

1. 이 사건 주택이 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 에 규정된 “1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”의 문언에 해당하는지 여부

• 가) 양도소득에 대한 세율은 구 소득세법 제104조 에 따라 계산하게 되는데, 주택의 경우 원칙적으로 구 소득세법 제55조 제1항 에 따른 일반 양도소득세율을 적용하지만(제1항 제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하게 된다(제7항 제3호). 한편 구 소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제167조의3 제1항은 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 ‘국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하고 있다.
• 나) 원고와 배우자는 이 사건 양도 당시 이 사건 주택, 이 사건 대체주택, 이 사건 임대주택의 4주택을 소유하고 있었다(위 4개의 주택은 모두 수도권 소재 주택으로 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호 에 해당하지 않으므로 주택의 수에 산입된다). 다음으로 양도대상인 이 사건 주택이 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 의 각호에 해당하는지를 살피면, 이 사건 주택은 제2호의 장기임대주택의 요건을 갖추지 못하고 있고, 원고들은 이 사건 임대주택을 제외하고도 2개의 주택을 소유한 경우이므로 제10호의 일반주택에도 해당하지 않으며, 그 밖의 각호에도 해당하지 않는다.
• 다) 이 사건 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 에서 규정한 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 양도한 경우에 포섭된다. 그 결과 원칙적으로 이 사건 양도에 대하여는 구 소득세법 제95조 제2항 에 의할 때 장기보유특별공제가 적용되지 않는다.

2. 이 사건 양도에 대하여 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 해당하지 않는다고 볼 특별한 사정이 인정되는지 여부

• 가) 종전주택과 장기임대주택을 소유한 거주자가 대체주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수는 없다고 봄이 상당하다고 할 것인바(대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 등 참조), 이 사건 양도에 대하여도 이러한 ‘특별한 사정’을 인정할 수 있는지 살핀다.
• 나) 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 은 일괄적으로 1세대 3주택 이상에 대하여 중과세하는 경우의 불합리를 방지하기 위하여 제외되는 주택에 대하여 상세히 규정하고 있고, 이러한 예외에 해당하지 않는 한 모두 중과세 대상에 포함하려는 것(그 결과 장기보유특별공제 대상에서 제외되게 됨)을 당초 입법 의도로 보아야 할 것이고, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건을 막론하고 조세법규의 해석은 엄격히 하여야 하고 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는다. 그렇다면 장기임대주택을 소유한 사람이 실거주 목적으로 기존주택을 처분하고 대체주택을 취득하는 과정에서 매도인과 매수인, 임대인과 임차인의 순차 협의 결과 부득이하게 기존주택에 대한 양도를 마치기 전에 대체주택을 취득함에 따라 장기임대주택 이외에 2주택을 소유하게 되었고, 2주택을 소유한 기간이 사회통념상 거주이전을 위한 주택 매매과정에서 불가피하게 발생할 수 있는 단기간에 불과할 경우에 한하여, 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에서 제외해야 할 특별한 사정이 있다고 인정함이 타당하다.
• 다) 위의 증거들, 갑 제 14 내지 18, 20호증, 을 제 2 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 비추어 알 수 있거나 인정되는 다음의 사정 및 사실들을 종합하면, 이 사건 양도에 대하여는 3주택 이상에 주택의 양도에서 제외해야 할 특별한 사정이 있다고 평가하기는 어렵다.

① 원고는 2020. 6. 13. 이 사건 주택의 매도계약을 먼저 체결하면서 계약금 O 원을 수령하였고, 중도금 O 원은 2020. 7. 13에, 잔금 O 원(임대차보증금 O 원을 공제하면 O 원임)은 2020. 10. 30.에 받기로 약정하였다. 위 매도계약을 체결하고 48일 정도 경과한 후인 2020. 8. 1.에 이르러 원고는 이 사건 대체주택의 매수계약을 체결하면서 계약금 O 원을 지급하였고, 중도금 O 원은 2020. 9. 10.에, 잔금 O 원(임대차보증금 O 원을 공제하면 O 원임)은 2020. 9. 23.에 지급하기로 약정하였다. 원고는 이 사건 주택의 매도를 통해 수령한 계약금과 중도금을 이용하여 이 사건 대체주택의 매수를 위한 계약금과 중도금을 지급한 것으로 보이고, 원고가 이 사건 대체주택의 잔금지급기한을 통상적인 경우에 비하여 짧은 2020. 9. 23.으로 정한 것은 이 사건 대체주택이 투기과열지구에 위치하고 있고 재건축정비사업조합의 설립인가가 예정되어 있는 상태에서 조합설립인가 시점 전에 조합원 자격을 취득하여 2020. 10. 13. 예정된 조합총회에서 의결권 등 권리를 행사하려고 했었기 때문인 것으로 보인다. 원고가 이 사건 주택의 매도계약을 먼저 체결하였고 뒤늦게 이 사건 대체주택의 매수계약을 체결하였음에도 양도순서가 뒤집히게 된 데에는 어느 정도 부득이한 사정이 있었던 것으로 볼 여지가 있다.

② 원고와 가족들은 2010. 5. 17. 이 사건 주택에 전입하여 2016. 12. 26.까지 거주하였고, 그 후 이 사건 주택을 제3자에게 임대한 후 2016. 12. 26. 서울

○○ 구

○○ 동의 다른 주택으로 전출하였으며, 2018. 9. 28. 서울

○○ 동 소재의 주택(이하 “현 주소지”)에 전입한 다음 현재까지 그곳에 거주하고 있다. 원고가 2020. 9. 23. 이 사건 대체주택을 취득하였을 당시 대체주택에는 임차인이 거주하고 있었고(임대차계약기간 만기는 2022. 6. 1.까지였음), 원고는 임대차계약기간만료 무렵 위 임대차계약기간을 2024. 6. 1.까지로 2년 연장하였으며(주택임대차보호법 제6조의3 에 의한 계약갱신임), 위 임차인은 2023. 11. 10. 임대차계약을 해지하고 이사하였다.

③ 2010두27806 판결에서 인정한 법리는 명시적 예외규정이 없음에도 불구하고 중과세 적용이 배제되는 예외적이고 특별한 경우를 해석상 도출한 것이므로, 이를 인정하기 위한 요건인 “주거를 이전하여 실거주할 목적”은 명확하고 객관적으로 확인되어야 한다고 봄이 상당하다. “주거를 이전할 목적”과 “투자 목적” 또는 “투기 목적”은 명확히 구분되기 어려운 측면이 있고, 실제 주택의 매수에 있어서는 두 목적이 함께 혼재되어 있는 사례도 상당히 많다. ‘주택을 미리 매수해 놓고, 여건이 되면(또는 재건축이 완성되어 신축아파트가 되면) 장래에 또는 조만간 입주할 의사’로 주택을 매수한 경우, 이를 투기 목적에 해당한다고 단정하거나 실거주 목적과 무관하다고 평가할 수는 없겠지만, 이러한 경우에까지 법령에 규정되지 않은 예외사유로 포섭하여 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에서 제외하는 것은 해석상 인정되는 예외의 범위를 지나치게 확대하는 결과가 되어 조세법률주의 원칙에 부합하지 않는다. 그렇다면 이러한 ‘특별한 사정’을 인정하기 위하여는 대체주택의 취득 즉시 대체주택에 입주함으로써 주거를 이전할 목적으로 대체주택을 매수하였음이 명확하고 객관적으로 확인되어야 한다. 물론 대체주택의 매수 당시 임대차계약이 존속 중이거나 그 밖에 즉시 입주할 수 없는 불가피한 사정이 존재한다면, 그러한 불가피한 사정을 해소하기 위한 합리적인 시간이 경과한 이후 즉시 대체주택에 입주하여 실거주할 것이 요구된다고 보아야 한다.

④ 원고가 이 사건 대체주택을 취득하였을 당시 이 사건 대체주택에는 임차인이 거주하고 있었고 그 임대차계약기간의 만기는 2022. 6. 2.였는바, 원고가 이 사건 대체주택을 취득한 이후 2022. 6. 2.까지 위 대체주택으로 거주지를 이전하지 못한 것은 부득이한 사정이 있다고 판단된다. 위 임대차계약의 만료시점에서 임차인이 주택임대차보호법 제6조의3 제1항 에 의해 계약갱신요구권을 행사하였으나, 같은 항 단서 제8호에 의하면 ‘임대인이 목적 주택에 실제 거주하려는 경우’ 계약갱신을 거절할 수 있으므로, 원고가 부득이한 사정으로 2022. 6. 2. 이후에도 이 사건 대체주택에 입주하지 못한 것으로 평가하기는 어렵다. 비록 원고의 현 거주지에서의 임대차계약기간이 2022. 9. 28.까지로 되어 있기는 하였지만, 이 사건 대체주택의 취득 이후 2022. 6. 2.까지는 상당한 시간여유(약 1년 8개월)가 있었던 점, 그 밖에 일반적인 거래관행 등을 종합하면, 이러한 사정 역시 원고가 이 사건 대체주택에 입주하지 못한 불가피한 사정이라고 보기 어렵다. 원고의 현 주소지와 이 사건 대체주택은 직선거리 500m인 동일생활권으로서, 원고가 근무상·생업상 또는 취학상 현 주소지에 계속 거주해야 할 사정도 있어 보이지 않는다.

⑤ 위의 사정을 종합하면 원고는 이 사건 대체주택으로 즉시 주거를 이전할 의도가 있었다고 보기 어렵고, 장래에 또는 조만간 이 사건 대체주택(또는 재건축된 이후의 신축 아파트)에 입주할 가능성과 투자성을 염두에 두고 실거주에 앞서 이를 미리 취득하는 과정에서 일시적으로 2주택(이 사건 임대주택을 제외할 경우)을 소유하게 되었다고 평가함이 상당하다.

3. 구 소득세법 제95조 제2항 의 괄호부분의 위헌 여부에 대한 판단 다음과 같은 이유에서 구 소득세법 제95조 제2항 의 “제104조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다” 부분이 과잉금지의 원칙 등에 위배되어 원고들의 재산권을 침해한다고 볼 수 없으므로, 원고들의 주장은 받아들이지 아니한다(구체적인 판단내용은 이 법원 2024아13625호 결정의 내용과 같다).

① 해당 조항은 투기 목적이 있는 주택 소유를 억제하여 국민 다수의 주거생활 안정과 주택 가격안정을 이룩하려는 공익을 위한 것이므로 입법목적의 정당성이 인정된다.

② 해당 조항은 시행일이 2018. 4. 1.로 3개월 이상의 유예기간이 부과되었을 뿐만 아니라, 1세대 2주택 이상의 다주택자의 주택양도에 관하여 예외 없이 일률적으로 장기보유특별공제를 배제하는 규정이 아니고 오히려 대통령령으로 여러 예외를 규정할 수 있는 여지를 두고 있다. 해당 법률조항이 앞서 본 입법목적을 달성하는 데 부절적한 수단을 채택하였다고 하기 어렵고, 침해 최소성 원칙을 벗어났다고 보기도 어렵다. 또한 해당 법률조항으로 인해 1세대 2주택 이상에 해당하는 납세의무자가 입게 되는 불이익이 이 사건 법률조항이 추구하는 공익에 비해 균형을 상실할 정도로 크다고 할 수도 없으므로 이 사건 법률조항은 법익의 균형성도 충족한다.

③ 헌법재판소는 이미 ’소득세법상 1세대 3주택 이상에 해당하는 자에게 양도소득금액을 정함에 있어 장기보유 특별공제를 배제하고 있는 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되고, 2007. 12. 31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것) 제95조 제2항 본문 중 “제104조 제1항 제2호의3의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산을 제외한다” 부분이 과잉금지원칙에 위배되어 1세대 3주택 이상에 해당하는 자의 재산권을 침해한다고 볼 수 없다‘고 결정하였는바(헌법재판소 2010. 10. 28. 선고 2009헌바67 결정 참조), 위 헌법재판소 결정과 달리 판단할 만한 사정이 확인되지 않는다.

4. 소결 이 사건 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호, 구 소득세법 시행령 제167조 의 3이 규정한 ’1세대 3주택 이상에 해당하는 주택‘의 양도에 해당하고, 여기에 해당하지 않는다고 보아야 할 특별한 사정을 인정할 수 없으며, 구 소득세법 제95조 제1항 에 따르면 이 사건 양도에 대하여 장기보유 특별공제는 적용되지 않는다. 피고의 이 사건 거부처분은 정당하다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.