대토보상권을 현물출자한 경우 양도소득세 감면세액의 차액을 납부하여야 함

사 건 2024구단72974 양도소득세부과처분취소 원 고 한AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 9. 19. 판 결 선 고

2025. 10. 24.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 20xx. x. x. 원고에게 한 20xx년 귀속 양도소득세 xx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 20xx. x. x. xx시 xx동 xxx-x 토지 x,xxx㎡ 중 원고의 지분 1/2을 한국토지주택공사에게 공공용지의 협의 취득을 원인으로 양도하면서, 이 사건 토지의 수용가액인 xxx,xxx,xxx원 상당액을 xxxx 기업형임대주택 공급촉진지구 조성사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)에 조성되는 공동주택용지(이하 ‘대토’라 한다)로 지급하기로 하는 내용의 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다.
• 나. 원고는 20xx. x. x. 이 사건 토지의 양도가액에 대하여 구 조세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제77조의2, 같은 시행령 제73조에 따라 대토보상감면 40%를 적용하여 20xx년 귀속 양도소득세 xx,xxx,xxx원 및 농어촌특별세 x,xxx,xxx원을 신고·납부하였다.
• 다. 국세청장은 이월과세 및 과세특례 등에 대하여 사후관리 실태점검을 실시하여, 원고가 한국주택토지공사에 대한 토지 양도에 따른 대토보상권에 대하여 주식회사 BBBB대토개발제1호위탁부동산투자회사(이하 ’이 사건 법인‘이라 한다)와 20xx. x. x.현물출자 계약을 체결하고 20xx. x. x. 이 사건 법인이 대토보상권의 현물출자에 대하여 유상증자(xx,xxx주)함으로써 원고가 대토보상권을 현물출자하여 주식을 취득하였으므로 감면받은 세액 등의 양도소득세 납부에 관한 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호 에 해당하는 것으로 보아 관련 과세자료를 처분청에 통보하였다.
• 라. 피고는 20xx. x. x. 원고에게 위 감사자료에 따라 20xx년 귀속 양도소득세 xx,xxx,xxx원(농어촌특별세 x,xxx,xxx원 및 가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ’이사건 처분‘이라 한다).
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 행정심판을 제기하였는데, 조세심판원은 20xx. x. x.원고의 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지

1. 원고가 이 사건 대토보상권을 이 사건 법인에 현물출자계약을 체결하였으나 대토보상이 지연되어 현물출자계약을 해지하고 대토보상권을 돌려받았다. 또한 원고는 20xx년경 이 사건 토지를 양도하였는바, 원고가 이 사건 대토보상권을 현물출자하고 이 사건 투자회사의 주식을 취득한 것에 대하여 2020년 개정된 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호 및 구 조세특례제한법 시행령(2021. 5. 4. 대통령령 제31661호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제73조 제5항 제4호가 적용될 수 없다.

2. 원고는 이 사건 토지를 양도하기 전인 20xx. x. x., 20xx. x. x.경 PP세무서 당시 담당자와 전화로 여러 차례 양도소득세 신고에 대하여 상담하였고, 20xx. x. x.경 국세청 운영 국세상담센터에 상담하기도 하였다. 또한 원고는 20xx년 또는 20xx년경에도 PP세무서 소속 주무관과 양도소득세 신고에 대하여 상담하였는데, 당시에 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례를 적용한 사례가 매우 적다는 취지의 답변만을 들었다. 원고는 피고 및 국세청 운영 국세상담센터와의 상담 결과에 기하여 대토보상에 대한 감면특례를 적용한 양도소득세를 신고한 것인바, 국세기본법 제48조 제1항 제2호 의 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우에 해당하므로, 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

• 나. 관계 법령: 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 이 사건 처분 전체에 관한 판단

• 가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2007. 10. 26. 선고2007두9884 판결 등 참조). 구 조세특례제한법 제77조의2 (대토보상에 대한 양도소득세 과세특례) 규정은 세액감면 요건을 정한 규정으로, 위 조항 중 제3항은 세액을 감면받은 거주자 중 “ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제63조 제1항 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리를 부동산투자회사법에 따른 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 등 대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니하는 경우” 감면받은 세액 및 이자 상당 가산액을 양도소득세로 납부하여야 한다고 규정하고 있으며, 구 조세특례제한법 시행령 제73조 제5항 제4호 는 “대토보상권을 부동산투자회사법에 따른 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 대토보상과 현금보상의 양도소득세 감면세액의 차액을 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세로 신고 ㆍ 납부해야 한다.” 라고 정하고 있다.
• 나) 앞서 든 증거들, 갑 제6, 7호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되거나 알 수 있는 아래와 같은 사실 내지 사정들과 위 법령의 취지를 종합하여 보면, 원고는 이 사건 법인과 대토보상권 현물출자 계약을 체결하고 법인에 현물출자하여 주식을 취득하였다고 할 것이므로, 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 등 대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니하는 경우에 해당하여 감면받은 양도소득세를 납부하여야 한다고 봄이 타당하다. 또한 이 사건 계약 체결일은 20xx. x. x.이고, 현물출자 시기는 20xx. x. x.인 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 구 지방세특례제한법 및 동 시행령이 소급입법에 해당한다는 원고의 주장 역시 이유 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

① 원고는 20xx. x. x. 이 사건 법인과 ’xxxx 대토보상권 현물출자계약‘을 체결하였는데, 이를 보면 이 사건 대토보상권을 현물출자하기로 합의하면서 원고는 현물출자일에 지체없이 재산의 이전을 위한 제반 서류를 이 사건 법인에게 교부하여야 하고(제6조), 이 사건 법인은 현물출자일 다음날부터 2주간 내에 정관, 공증받은 이사회 회의록 및 주주총회의사록, 대토보상권 대상자 및 금액확인서 등의 서류를 갖추어 자본금 변경등기를 완료하여야 하고(제7조), 원고는 현물출자일 다음날부터 이 사건 법인의 주주로서 주주권을 행사할 수 있도록 하고 있다(제8조). 또한 원고는 현물출자계약을 체결한 당일에 LH공사에게 대토보상권 채권양도와 관련한 확정일자부 현물출자통지(채권양도통지)를 하도록 규정하여(제5조 제1항) LH공사와 관련해서도 대토보상권이 종국적으로 제3자에게 이전되는 것으로 하였다. 나아가 원고가 임의로 현물출자계약을 해제, 취소, 철회할 수 없도록 하기까지 규정하였다(제10조 제2항).

② 이에 따라 이 사건 법인은 20xx. x. x. 자본금을 당초 x억 원에서 xxx,xxx,xxx,xxx원으로 변경하였고, 발행주식 또한 xx,xxx주에서 xx,xxx,xxx주로 변경하였고, 원고에게 xx,xxx주를 발행하였으며 그 내용이 주식등변동상황명세서에 명시적으로 등재되도록 하였다.

③ 원고는 대토보상권이 현물출자에 관하여 상법이 아닌 부동산투자회사법에 따르는 것으로, 20xx. x. 이전까지는 관련 법령이 개정되지 않아 국토교통부의 인허가를 득하기 전에는 현물출자가 불가능하다고 주장하나, 구 부동산투자회사법(2020. 12. 22. 법률 제17740호로 개정되기 전의 것) 제26조의31은 이 사건 법인과 같이 대토보상권에 따라 보상받기로 한 토지를 개발하는 목적으로 설립된 경우에는 부동산투자회사법 제19조 (현물출자) 제1항을 적용하지 않는다고 규정하여 국토교통부의 영업인가를 받기 전에 제10조에 따른 최저자본금 이상을 갖추기 전이라도 현물출자를 받는 방식으로 신주를 발행할 수 있도록 허용하고 있다.

④ 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 은 세액을 감면받은 거주자 중 “ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제63조 제1항 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리를 부동산투자회사법에 따른 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 등 대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니하는 경우”에 감면받은 세액 및 이자 상당 가산액을 양도소득세로 납부하여야 한다고 규정하고 있는바, 원고가 부동산투자회사에 결국 현물출자한 이상 감면받은 세액 및 이자 상당 가산액을 양도소득세로 납부하여야 함은 분명하고, 현물출자가 완료된 이후에 이 사건 토지와 관련된 사업의 내용이 변경된다는 등 납세자의 자의적인 상황에 따라 과세 여부 및 시기가 변경되게 된다면 조세행정의 공정성이 훼손될 우려가 있다.

2. 가산세 부분에 관한 판단

• 가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다. 그러나 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법률의 부지나 오해에 불과하여 그 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다(대법원 2021. 1. 28. 선고 2020두44725 판결 참조).
• 나) 앞서 인정한 사실 및 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래와 같은 사정, 즉 구 조세특례제한법 및 동 시행령의 문언상 이 사건 대토보상권을 부동산투자회사에 출자하는 경우 양도소득세 감면세액의 차액을 현물출자일로부터 2개월 내에 신고·납부하여야 하고, 위 시행령 부칙<제30390호, 2020. 2. 11.> 제29조에 따라 구 조세특례제한법 시행령의 시행일 이후의 현물출자분에 대하여 적용된다고 명백히 규정되어 있었던 점, 원고가 이 사건 법인에 대토보상권을 현물출자한 일자는 위 시행령 시행일로부터 10개월 후인 20xx. x. x.인 점, 원고가 주장하는 양도소득세 납부와 관련한 상담 일시는 이 사건 계약일 전후인 20xx. xx.경 및 20xx. x.경으로 상담과정에서 대토보상권의 현물출자를 포함하여 상담이 이루어졌다고 보기 어렵고, 제출된 증거만으로는 20xx년~20xx년 사이에 피고 소속 주무관에게 상담하였다는 내용을 확인할 수도 없을뿐더러, 원고의 20xx. x. x.자 준비서면에도 해당 주무관이 ’리츠는 계약만 해도 안된다‘고 답하였다고 기재된 점 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 대토보상권을 현물출자하더라도 양도소득세 감면세액의 차액을 납부할 의무가 없다고 오인한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.