2009. 3. 16.~2012.12.31. 기간 중 취득한 쟁점주택을 조정대상지역으로 지정된 후 양도한 경우 소득세법 부칙 제14조에 따라 장기보유특별공제가 되어야 한다는 주장의 당부

서 울 행 정 법 원 판 결 사 건 2024구단72950 양도소득세 경정처분 취소청구 원 고 AAA 서울 ㅇㅇ구 ㅇㅇ로 , 동 1*호(ㅇㅇ동, ㅇㅇ1,2차ㅇㅇ아파트) 소송대리인 법무법인 창천 담당변호사 XXX 피 고 BB세무서장 소송수행자 CCC 변 론 종 결 2025. 4. 30. 판 결 선 고 2025. 6. 11.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2024. 5. 30. 원고에게 한 2021년 귀속 양도소득세 70,602,272원의 감액경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 서울 ㅇㅇ구 ㅇㅇㅇ4가 *- ㅇㅇ아파트 C동 ***호(이하 ‘이 사건 주택’ 이라 한다)을 2012. 7. 29. 취득하였다가 2021. 5. 28. 양도하면서, 2021. 8. 2. 그 양도차익에 대하여 중과세율 적용하고 장기보유특별공제를 배제하여 2021년 귀속 양도소득세 399,573,480원을 신고·납부하였다.
• 나. 이 사건 주택 양도 당시 원고 세대의 주택 소유현황은 다음과 같다.
• 다. 원고는 2024. 3. 21. 이 사건 주택의 양도에 대하여 구 소득세법 부칙(2008. 12. 26. 법률 제9270호, 이하 ‘이 사건 부칙’이라 한다) 제14조 제1항에 따라 기본세율 적용대상이라는 취지로 경정청구를 제기하여, 인용결정에 따라 103,327,440원을 환급받았다. 원고는 2024. 4. 6. 장기보유특별공제 적용대상이라는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 피고는 그 장기보유특별공제 대상이 아니라는 이유로 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 불복하여 원고는 2024. 6. 20. 심판청구를 하였고, 2024. 8. 29. 조세심판원으로부터 기각 결정을 받았다. [인정근거] 갑 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지 이 사건 부칙은 2012. 1. 1. 법률 제11146호로 개정되면서 장기보유특별공제에 관한 제14조 제2항이 삭제되었다. 2009. 3. 16.부터 2012. 12. 31.까지 취득한 자산의 양도에 따른 소득에 대하여는 다주택이더라도 일반세율이 적용됨과 동시에 장기보유특별공제도 적용된다.
• 나. 관계 법령 별지. 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 이 사건 주택은 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’에 해당한다[구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되고 2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제7항 제3호]. 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호 부분은, 구 소득세법 제104조 제7항 각호에 해당하는 자산을 장기보유특별공제 대상에서 제외하고 있다. 이 사건 주택의 양도에 대해 장기보유특별공제가 적용되지 않는다.

2. 다음과 같은 소득세법 개정 경위 등을 고려하면, 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호 부분의 개정에 따라 이 사건 부칙 제14조 제2항도 삭제된 것일 뿐이어서, 이를 일정 기간 내 취득 자산에 대해 장기보유특별공제 특례를 정한 것이라고 할 수 없다. ❶양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도자산이 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 양도 시기를 기준으로 판단하여야 하고, 개정법 부칙에서 종전의 규정을 소급적으로 적용한다는 명백한 규정을 두지 아니한 이상 관련 경과규정인 부칙의 해석에 있어 그 범위를 함부로 확장해석 할 것은 아니다(대법원 2008. 6. 12. 선고 2007두15124 판결 참조). ❷ 소득세법은 2012. 1. 1. 법률 제11146호로 개정되면서, 장기보유특별공제에 관한 제95조 제2항 본문 괄호 규정을 ‘제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다’에서 ‘제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다’로 개정하여, 다주택자 장기 보유 주택에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하였다. 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호 규정의 개정에 따라 이 사건 부칙 제14조 제2항도 삭제되었다. ❸ 소득세법은 2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되면서, 제95조 제2항 본문 괄호규정을 ‘제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다’에서 ‘제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다’로 개정하여, 다시 다주택자 장기 보유 주택에 대하여 장기보유특별공제를 적용하지 않게 하였다. 그 개정 소득세법의 시행과 관련된 부칙 제1조, 제2조 제2항은 ‘양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행일인 2018. 1. 1. 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용하고, 제95조 제2항 각 표 외의 부분 본문의 개정규정은 2018. 4. 1.부터 시행한다’고 시행시기를 별도로 규정하였다. ❹이 사건 부칙 제14조 제2항이 삭제된 것은 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호 규정의 개정에 따른 것이다. 이 사건 부칙 제14조 제2항을 삭제한 것이 이 사건 부칙 제14조 제1항에서 정한 일정 기간 내 취득한 자산에 대한 장기보유특별공제 특례를 정한 것이라고 할 수 없다. ❺ 이 사건 주택을 양도함에 있어 중과세율에 관한 규정이 적용되지 않는다고 하여 이 사건 주택이 장기보유특별공제가 적용되는 ‘1세대 1주택으로 보는 주택’에 해당하게 되는 것은 아니다(대법원 2012. 4. 26. 선고 2011두32874 판결의 취지 참조). 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호의 ‘제104조 제7항 각 호에 따른 자산’을 ‘제104조 제7항이 적용되어 그에 따른 중과세율을 적용받는 자산’으로 해석할 수 없다.

3. 다주택자 장기 보유 주택에 대하여 장기보유특별공제를 배제한 이 사건 처분은 적법하다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 판사 공현진