장기보유특별공제 적용 여부

사 건 2024구단71490 원 고 이EE 피 고 FF세무서장 변 론 종 결 2025. 4. 11. 판 결 선 고 2025. 6. 20.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2024. 6. 5. 원고에게 한 2021년 귀속 양도소득세 136,686,731원의 감액경정청구 거부처분을 취소한다. 이 유

경위

• 가. 원고는 2010. 6. 30. 서울 AA구 BB동 xxx-x CC아파트 xxx동 xxx호 (이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)의 소유권을 취득하였다. 원고는 2021. 5. 3. 이 사건 주택을 2,550,000,000원에 오DD에게 양도하였다(이하 ‘이 사건 거래’라 한다). 원고 세대는 이 사건 주택 양도 당시 이 사건 주택 외 1개의 주택을 추가로 소유하고 있었고, 이 사건 주택이 소재한 서울 AA구는 조정대상지역으로 지정된 곳이었다.
• 나. 원고는 이 사건 거래 당시 1세대 2주택에 해당한다는 이유로 구 소득세법(2021.3. 16. 법률 제17925호로 개정되기 전의 것) 제104조 제7항 제1호에 따라 같은 법 제55조 제1항에 정한 세율에 100분의 10을 가산한 100분의 55를 적용하고, 같은 법 제95조 제2항 괄호 규정에 따른 장기보유 특별공제를 적용하지 않고 계산하여 2021. 5. 31. 피고에게 2021년 귀속 양도소득세 768,532,805원을 신고, 분납하였다.
• 다. 원고는 2024. 3. 20. 피고에게 이 사건 주택의 취득일이 소득세법 부칙(2008. 12. 26. 법률 제9270호, 2010. 12. 27. 법률 제10408호로 개정된 것, 이하 ‘이 사건 부칙’이 라 한다) 제14조에서 정한 ‘2009. 3. 16.부터 2012. 12. 31.까지’ 이내라는 이유로 이 사건 부칙조항에 따른 특례에 따라 이 사건 부동산에 대하여 일반세율이 적용되어야 함을 이유로 과세표준 및 세액의 감액경정을 청구하였다. 이에 대하여 피고는 2024. 3. 25. 과세표준을 1,516,241,464원, 일반세율 45%를 적용하는 내용으로 151,624,142원을 감액경정하였다.
• 라. 원고는 2024. 4. 8. 이 사건 부칙 제14조가 2012. 1. 1. 법률 제11146호로 개정되면서 장기보유 특별공제 배제를 규정하고 있던 제2항을 삭제하였으므로 이 사건 부칙 제14조 제1항에서 정한 기간 내에 취득한 이 사건 주택의 양도에 관하여는 장기보유특별공제가 적용되어야 함을 이유로 과세표준 및 세액의 감액경정을 청구하였으나, 피고는 위 경정청구에 대하여 2024. 4. 17. 거부처분을 하였다.
• 마. 원고는 이에 불복하여 2024. 6. 20. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2024. 8. 29. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 부칙 제14조 제2항은 ‘제1항의 세율을 적용받는 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 자산의 보유 기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다.’라고 규정하고 있었는데, 이후 2012. 1. 1. 법률 제11146호로 소득세법이 개정되면서 위 제14조 제2항이 삭제되었으므로, 이 사건 부칙조항에서 정한 기간 내에 취득한 이 사건 주택의 양도에 관하여는 원칙으로 돌아가 장기보유특별공제를 적용하여야 한다. 또한 구 소득세법(2020. 8. 18. 법률 제17477 호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제2항 본문 괄호의 ‘제104조 제7항 각 호에 따른 자산’은 ‘제104조 제7항이 적용되어 그에 따른 중과세율을 적용받는 자산’으로 해석함이 타당한데, 앞서 본 바와 같이 이 사건 부칙조항에서 정한 기간 내에 취득한 이 사건 주택의 양도에 관하여 이 사건 부칙조항에 따라 일반세율이 적용되어 구 소득세법 제104조 제7항 에 따른 중과세율이 적용되지 아니하는바, 결국 이 사건 주택의 양도에 관하여는 장기보유특별공제를 적용하여야 한다.
• 나. 관련 법령: 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 구 소득세법 제95조 제1항 은 ‘양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.’라고 규정하고, 같은 조 제2항은 양도차익에서 공제할 ‘장기보유특별공제액’을 규정하면서 그 본문에서 ‘제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 따른 보유기간 별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.’라고 규정한다. 위 규정의 문언과 형식에 의하면, 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호 부분에서 정한 구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 해당하는 자산인 경우에는 장기보유특별공제 대상에서 제외된다고 해석함이 타당하다. 이와 같이 구 소득세법 제95조 제2항 본문의 괄호 규정은 ‘구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 따른 자산’을 장기보유특별공제 대상이 되는 자산에서 제외하고 있는데, 구 소득세법 제104조 제7항 제1호 는 ‘ 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택’을 규정하고 있다. 이 사건에 관하여 보면, 이 사건 주택이 구 소득세법 제104조 제7항 제1호 에서 정한 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택’에 해당함은 앞서 본 바와 같으므로, 구 소득세법 제95조 제2항 본문의 괄호 규정에 따라 이 사건 주택의 양도에 관하여는 장기보유특별공제가 적용되지 않는다.

2. 원고는 2012. 1. 1. 법률 제11146호로 소득세법이 개정되면서 이 사건 부칙 제14조 제2항이 삭제되었으므로 이 사건 부칙조항에서 정한 기간 내에 취득한 이 사건 주택의 양도에 관하여는 원칙으로 돌아가 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장한다. 그러나 ① 양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도자산이 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 양도 시기를 기준으로 판단하여야 하고, 개정법 부칙에서 종전의 규정을 소급적으로 적용한다는 명백한 규정을 두지 아니한 이상 관련 경과규정인 부칙의 해석에 있어 그 범위를 함부로 확장해석할 것은 아닌 점(대법원 2008. 6. 12. 선고 2007두15124 판결 참조), ② 2012. 1. 1. 법률 제11146호로 소득세법이 개정되면서 이 사건 부칙 제14조 제2항이 삭제되었을 뿐이고, 위 제14조 제2항이 삭제된 것은 위 개정 당시 소득세법 제95조 제2항 본문의 괄호 규정을 ‘제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다’에서 ‘제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다’로 개정하여 다주택자가 장기 간 보유한 주택에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하도록 하면서 그 개정 취지에 따르기 위한 것으로 보이므로, 위 제14조 제2항이 삭제된 것을 두고 이 사건 부칙조항에서 정한 기간 내에 취득한 자산에 대한 장기보유특별공제의 특례를 특별히 정한 것이라고 볼 수는 없는 점, ③ 이후 2017. 12. 19. 법률 제15225호로 소득세법이 개정되면서 소득세법 제95조 제2항 본문의 괄호 규정이 ‘제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다’에서 ‘제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따 른 자산은 제외한다’로 개정되면서 다시 다주택자가 장기간 보유한 주택에 대하여 장 기보유특별공제를 적용하지 않도록 하였고, 그 개정 소득세법의 시행과 관련하여 부칙 제1조, 제2조 제2항은 ‘양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행일인 2018. 1. 1. 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용하고, 제95조 제2항 각 표 외의 부분 본문의 개정규정은 2018. 4. 1.부터 시행한다.’라고 규정한 점 등에 비추어 보면, 원고 가 주장하는 사정만으로 이 사건 주택의 양도에 관하여 장기보유특별공제가 적용된다 고 볼 수 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다. 한편, 원고는 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호의 ‘제104조 제7항 각 호에 따른 자산’을 ‘제104조 제7항이 적용되어 그에 따른 중과세율을 적용받는 자산’으로 해석하여야 한다고도 주장한다. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세 감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이 고 합리적 이유 없이 확장 또는 유추해석하는 것은 허용할 수 없는바(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조), 원고의 위 주장은 ‘구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 따른 자산’을 장기보유특별공제 대상이 되는 자산에서 제외하고 있는 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호 규정의 문언에 명백히 반하는 것이다. 또한 이 사건 주택을 양도함에 있어 중과세율에 관한 규정이 적용되지 않는다고 하여 이 사건 주택이 장기보유특별공제가 적용되는 ‘1세대 1주택으로 보는 주택’에 해당하게 되는 것은 아니므로(대법원 2012. 4. 26. 선고 2011두32874 판결의 취지 참조), 이를 받아들일 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.