대토보상권을 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 제77조의2 제3항 제2호에 따라 감면받은 양도소득세 차액이나 과세이연금액 상당세액을 납부하도록 명시적으로 규정하였다고 해석함이 상당함

[ 세 목 ] 양도 [ 판결유형 ] 국승 [ 사건번호 ] 서울행정법원-2024-구단-71278(2024.6.16) [직전소송사건번호 ] [ 제 목 ] 대토보상권을 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 제77조의2 제3항 제2호에 따라 감면받은 양도소득세 차액이나 과세이연금액 상당세액을 납부하도록 명시적으로 규정하였다고 해석함이 상당함 [ 요 지 ] 대토보상권을 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 제77조의2 제3항 제2호에 따라 감면받은 양도소득세 차액이나 과세이연금액 상당세액을 납부하도록 명시적으로 규정하였다고 해석함이 상당함 [ 판결내용 ] 판결 내용은 붙임과 같습니다. [

] 조세특례제한법 제77조의2 【대토보상에 대한 양도소득세 과세특례 】, 조세특례제한법시행령 제73조【 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례】 사 건 2024구단71278 양도소득세부과처분취소 원 고 KKK 피 고 SS세무서장 판 결 선 고

2025. 6. 16.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 202. 1. 1. 원고에 대하여 한 202년 귀속 양도소득세 납부지연가산세 234,085,300원 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 202*. . . 한국토지주택공사에 ○○시 ○○구 ○○동 25-5 대 330㎡, 같은 동 25-7 대 342.6㎡, 같은 동 25-8 답 994㎡(이하 “이 사건 토지”라고 한다)에 관하여 20. . **.자 공공용지의 협의취득을 원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳐 주었는데(이하 “이 사건 양도”라고 한다), 그 양도대금 5,521,466,500원 중 4,511,009,994원은 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 “토지보상법”이라고 한다) 제63조 제1항 단서에 따라 대토로 보상받기로 하였다.
• 나. 원고는 202. . . 부동산투자회사법에 따른 부동산투자회사인 ㈜○○대토개발 제1호위탁관리부동산투자회사(이하 “이 사건 투자회사”라고 한다)에 이 사건 양도에 따라 취득한 대토보상권을 현물투자하기로 하는 계약을 체결하였고, 202. . . 이 사건 투자회사에 대토보상권을 출자한 후 이 사건 투자회사의 주식 1,104,293주를 취득하였다.
• 다. 원고는 202*. . .경 이 사건 토지의 양도대금 중 대토로 보상받은 4,511,009,994원에 대하여 구 조세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제77조의2 제1항에 따라 과세이연을 신청하였다.
• 라. 원고는 202. . . 대토보상권을 현금보상으로 전환하기로 하고 대토보상금액 4,511,009,994원을 현금으로 보상받은 후 202. . . 양도소득세 837,002,264원을 신고하고 이를 분납하였다.
• 마. 피고는 원고가 대토보상권을 현물출자한 202. . .을 기준으로 그 말일부터 2월 내에 양도소득세를 신고·납부하였어야 함에도 그 납부처리를 지연하였다고 보고 202. . . 원고에게 202*년 귀속 양도소득세 납부지연가산세 234,085,300원을 부과하였다(이하 이를 “이 사건 부과처분”이라고 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 8호증의 각 기재

2. 이 사건 부과처분의 위법 여부

• 가. 원고의 주장 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호 에 규정된 “토지로 보상받기로 결정된 권리를 부동산투자회사법에 따른 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 등”은 그 후에 기재된 “대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니하는 경우”의 예시에 해당하고, 구 조세특례제한법 시행령(2021. 5. 4. 대통령령 제31661호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제73조 제5항의 규정 역시 이러한 취지에 맞게 해석되어야 한다. 원고가 대토보상으로 취득하기로 한 토지에 관하여는 소유권이전등기가 마쳐지지 아니하였는바, 그렇다면 원고에 대하여는 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호 가 적용될 수 없다. 결국 이 사안은 원고가 대토보상받기로 한 보상금을 현금으로 받은 경우로서 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제1호 에 해당하고, 원고가 현금보상으로 전환된 202*. . .을 기준으로 그 말일부터 2개월 내에 양도소득세를 적법하게 신고·납부하였으므로, 이 사건 부과처분은 위법하다.
• 나. 판단 아래와 같은 근거를 종합하면, 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호 는 대토보상권을 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 제77조의2 제1항에 따라 감면받은 양도소득세 차액이나 과세이연금액 상당세액을 납부하도록 명시적으로 규정하였다고 해석함이 상당하다(이렇게 해석하는 이상 구 조세특례제한법 제73조 제5항 제4호 는 위 법률조항의 취지에 반한다거나 위임입법의 한계를 일탈하였다고 보기 어렵다). 원고가 202. . . 대토보상권을 이 사건 투자회사에 현물출자한 이상 원고는 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호, 구 조세특례제한법 시행령 제73조 제5항 제4호 에 따라 202. . .까지 과세이연금액 상당세액을 신고·납부할 의무가 있었다고 할 것이다. 그렇다면 피고의 이 사건 부과처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

① 조세특례제한법과 그 시행령이 아래와 같이 개정되면서 조세특례제한법 제77조의2 제1항 에 따라 감면받거나 과세이연받은 양도소득세를 납부해야 하는 사유로 ‘대토보상권을 부동산투자회사에 현물출자하는 경우’라는 문구가 추가되었다.

② 이러한 법령 규정의 문언 및 개정 경과, 2019. 12. 31. 법률 제16835호로 개정된 조세특례제한법의 의안원문에 제77조의2 제3항 제2호의 개정 이유에 관하여 ‘대토보상권을 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 등에 대해 감면받거나 과세이연받은 세액 및 이자 상당 가산액을 양도소득세로 납부하도록 대통령령으로 위임할 수 있는 근거를 명확히 함’이라고 설명되어 있는 점까지를 함께 고려하면, 토지보상법 제63조 제1항 단서에 따른 대토보상권을 부동산투자회사에 현물출자하는 경우에도 구 조세특례제한법 제77조의2 제1항 에 따라 감면받거나 과세이연된 양도소득세액을 납부하도록 명시적으로 규정하는 것이 입법자의 의도인 것으로 봄이 상당하다.

③ “등”의 사전적 의미는 ‘그 밖에도 같은 종류의 것이 더 있음을 나타내는 말’인데, “대토보상권을 부동산투자회사에 현물출자하는 경우(A) 등 대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 않은 경우(B)”라는 문구는 “대토보상권을 부동산투자회사에 현물출자하는 경우(A)”를 과세이연된 양도소득세액을 납부하여야 하는 독자적인 하나의 사유로 규정하면서 그 밖에도 같은 종류의 것이 더 있음을 의미하는 것으로 해석되어야 하고, A가 B의 예시에 불과하다거나 A가 반드시 B의 요건까지 갖추고 있어야 한다고 해석하는 것(즉 현물출자만으로는 요건이 충족되지 않고 소유권이전등기까지 마쳐져야 한다고 해석하는 것)은 그 문언의 의미에 충실한 해석이라고 보기 어렵다. 위의 “등”이라는 문구가 포함된 것은 대토보상권을 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 해당 대토에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 ‘현물출자계약’으로 기재되게 되고 ‘대토보상’으로 기재되지는 않는다는 점을 고려한 것으로 보이나, 법률 개정을 통해 “현물출자하는 경우 등”이라는 문구가 명시된 이상 대토보상권을 부동산투자회사에 현물출자하면 이로써 위 요건은 충족되었다고 보아야 하고 이와는 별도로 대토보상이 아닌 등기원인으로 소유권이전등기까지 마쳐져야 비로소 위 요건이 충족된다고 해석하기는 어렵다.

④ 조세특례제한법 제77조의2 는 공익사업에 따른 수용이나 협의매수를 통해 토지를 양도하고 그 양도대금을 대토보상으로 받는 경우 양도소득세액을 감면받거나 과세이연 받는 혜택을 부여하고 있는데, 이는 공익사업으로 인하여 토지를 양도하는 것은 토지소유자의 필요와 의사에 따른 것이라고 보기 어려울 뿐 아니라 그 양도대금을 대토 형태로 지급받을 경우 토지의 양도소득이 실현되었다고 보기 어렵다는 점을 고려한 것으로 판단된다. 그런데 대토보상권을 현물출자하는 것은 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도로서 이 과정에서 발생하는 소득은 소득세법에 따른 양도소득세 납부대상에 해당하므로(소득세법 제88조, 제94조 제1항 제2호 가목), 현물출자 시점에서 그 양도소득이 실현된 것으로 보고 조세특례제한법 제77조의2 제1항 에 따라 감면받거나 과세이연받은 양도소득세액을 납부하도록 하는 것이 법체계상으로도 타당하다.

원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.