대토보상권을 투자회사에 현물출자한 경우 감면받거나 과세이연받은 세액 등을 납부하여야 함

사 건 2024구단65648 양도소득세부과처분취소 원 고 AAA 피 고 aa세무서장 변 론 종 결

2024. 12. 18. 판 결 선 고

2025. 2. 12.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 11. 1. 원고에 대하여 한 2020년 귀속 양도소득세 납부지연가산세 xxx원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2020. 6. 1. 성남시 구 동 - 전 142㎡, 같은 동 - 도로 250㎡, 같은 동 ** 대 2,357㎡(이하 합하여 ‘이 사건 토지’라 한다)에 관하여 2020. 5. 22. 자 공공용지의 협의 취득을 원인으로 하는 소유권이전등기를 한국토지주택공사 앞으로 마쳐주었는데(이하 ‘이 사건 양도’라 한다), 이 사건 양도대금 xxx원 중 xxx원은 현금으로 지급받고, 나머지 xxx원은 구 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(2020. 4. 7. 법률 제17225호로 개정되기 전의 것,이하 ‘구 토지보상법’이라 한다) 제63조 제1항 단서에 따라 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상받기로 하였다.
• 나. 원고는 2020. 6. 2. 부동산투자회사법에 따른 부동산투자회사인 주식회사 BBB(이하 ‘이 사건 투자회사’라 한다)와 원고가 이 사건 양도에 따라 취득한 대토보상권(이하 ‘이 사건 대토보상권’이라 한다)을 이 사건 투자회사에 현물출자하기로 하는 계약을 체결한 후, 2020. 6. 15. 이 사건 투자회사에 이 사건 대토보상권을 현물출자하고 이 사건 투자회사의 주식 xxx주를 취득하였다.
• 다. 원고는 2020. 8. 말경 이 사건 양도대금 중 현금보상금액 xxx원에 대한 양도소득세를 신고ㆍ납부하였고, 이 사건 양도대금 중 대토보상금액 xxx원에 대하여 구 조세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제77조의2 제1항에 따라 과세이연을 신청하였다.
• 라. 이후 원고는 2023. 6. 5. 이 사건 양도대금 중 대토보상금액 xxx원을 현금으로 보상받은 후, 2023. 8. 25. 양도소득세 본세 xxx원을 신고ㆍ납부하였다.
• 마. 피고는 원고가 이 사건 대토보상권을 현물출자하고 이 사건 투자회사의 주식을 취득한 것은 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호 및 구 조세특례제한법 시행령(2021. 5. 4. 대통령령 제31661호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제73조 제5항 제4호에 해당한다고 보아 2023. 11. 1. 원고에게 2020년 귀속 양도소득세 납부지연가산세 xxx원의 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지1 기재와 같다.

• 가. 원고 주장의 요지 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호 가 그 문언상 ‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 ’토지보상법‘이라 한다) 제63조 제1항 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리를 부동산투자회사법에 따른 부동산투자회사에 현물출자하는 경우’를 같은 호의 ‘대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니하는 경우’의 예시로 규정하고 있는 점, 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호 는 대통령령에 구체적인 내용을 위임하고 있지 않은 점 등을 고려하면, 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호 및 구 조세특례제한법 시행령 제73조 제5항 제4호 의 ‘ 토지보상법 제63조 제1항 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리를 부동산투자회사법에 따른 부동산투자회사에 현물출자하는 경우’는 대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기가 이루어지는 경우를 전제로 한다고 해석함이 타당하다. 원고는 이 사건 대토보상권을 현물출자하였다가 대토보상이 지연되어 이 사건 대토보상권을 다시 현금으로 보상받기로 하였으므로, 원고가 이 사건 대토보상권을 현물출자하고 이 사건 투자회사의 주식을 취득한 것에 대하여 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호 및 구 조세특례제한법 시행령 제73조 제5항 제4호 가 적용될 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에서 원고가 이 사건 대토보상권을 현물출자하고 이 사건 투자회사의 주식을 취득한 것을 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호 및 구 조세특례제한법 시행령 제73조 제5항 제4호 에 해당한다고 본 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 관련 규정 및 개정 경과 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례에 관하여 종래 구 조세특례제한법(2019. 12. 31. 법률 제16835호로 개정되기 전의 것) 제77조의2 제1항은 거주자가 토지보상법에 따른 공익사업의 시행으로 해당 사업지역에 대한 사업인정고시일로부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2021. 12. 31. 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익으로서 토지등의 양도대금을 토지보상법 제63조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상(이하 이 조에서‘대토보상’이라 한다)받는 부분에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도소득세의 100분의 15에 상당하는 세액을 감면받거나 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다고 규정하면서, 같은 조 제3항에서 제1항에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연받은 거주자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받거나 과세이연받은 세액 및 이자 상당 가산액을 양도소득세로 납부하여야 한다고 규정하고, ‘대토보상받기로 한 보상금을 현금으로 받는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하는 경우’(제1호)와 ‘대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니하는 경우’(제2호)를 구체적으로 규정하고 있었다. 또한 종래 구 조세특례제한법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30390호로 개정되기 전의 것) 제73조 제5항은 ‘법 제77조의2 제1항에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연을 받은 거주자(제3호의 상속의 경우에는 해당 거주자의 상속인을 말한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대토보상과 현금보상의 양도소득세 감면세액의 차액(제1항 제2호에 따라 과세이연을 받은 경우에는 과세이연금액 상당 세액)을 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월(제3호에 따른 증여의 경우에는 3개월, 같은 호에 따른 상속의 경우에는 6개월) 이내에 양도소득세로 신고ㆍ납부하여야 한다’고 규정하면서, ‘해당 대토에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니한 경우’(제1호)와 ‘제4항 제1호 외의 사유로 현금보상으로 전환된 경우’(제2호) 및 ‘해당 대토를 증여하거나 그 상속이 이루어지는 경우’(제3호)를 구체적으로 규정하고 있었다. 그런데 종래 구 조세특례제한법이 2019. 12. 31. 법률 제16835호로 개정되면서, 대토보상받은 부분에 대한 양도소득세 감면율을 100분의 15에서 100분의 40으로 상향 조정하였고(제77조의2 제1항), 구 조세특례제한법 제77조의2 제1항 에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연받은 세액 등을 납부하여야 하는 경우로 ‘ 토지보상법 제63조 제1항 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리를 부동산투자회사법에 따른 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 등’이 종래 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호 앞부분에 추가되었다. 또한 종래 구 조세특례제한법 시행령이 2020. 2. 11. 대통령령 제30390호로 개정되면서, 대토보상받은 부분에 대한 양도소득세 감면율을 100분의 15에서 100분의 40으로 상향 조정하였고(제73조 제1항 제1호), 구 조세특례제한법 제77조의2 제1항 에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연받은 세액 등을 납부하여야 하는 경우로 ‘ 토지보상법 제63조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리를 부동산투자회사법에 따른 부동산투자회사에 현물출자하는 경우’가 제73조 제5항 제4호로 신설되었으며, 종래 같은 항 제1호 뒷부분에 ‘(제4호를 적용받는 경우는 제외한다)’는 문구가 추가되었다. 위 각 개정 시 개정된 부분을 표로 정리하면 별지2 기재와 같다.
• 다. 판단 앞서 본 사실관계에다가 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 대토보상권을 이 사건 투자회사에 현물출자한 이상, 이는 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호 및 구 조세특례제한법 시행령 제73조 제5항 제4호 에 해당한다고 봄이 타당하고, 원고가 이 사건 대토보상권을 이 사건 투자회사에 현물출자한 이후 대토보상이 현금보상으로 전환되었다고 하여 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호 및 구 조세특례제한법 시행령 제73조 제5항 제4호 에 해당하지 않는다고 볼 수 없다. 따라서 이와 같은 전제에 선 이 사건 처분은 적법하고, 이를 다투는 원고의 주장은 이유 없다.

1. 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호 는 ‘ 토지보상법 제63조 제1항 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리를 부동산투자회사법에 따른 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 등 대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니하는 경우’라고 규정하고 있다. 위 ‘등’은 의존명사로서 ① 그 밖에도 같은 종류의 것이 더 있음을 나타내는 말 또는 ② 두 개 이상의 대상을 열거한 다음에 쓰여 대상을 그것만으로 한정함을 나타내는 말인데, 여기에서는 하나의 대상을 쓴 후 ‘등’을 사용하였으므로 전자의 의미로 쓰였다고 봄이 그 문언에 부합한다. 따라서 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호 가 ‘ 토지보상법 제63조 제1항 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리를 부동산투자회사법에 따른 부동산투자회사에 현물출자하는 경우’를 같은 호의 ‘대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니하는 경우’의 예시로 규정하고 있다고 해석하는 것은 그 문언의 의미에 충실한 해석이라고 보기 어렵다.

2. 종래 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호 의 ‘대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니하는 경우’가 2019. 12. 31. ‘ 토지보상법 제63조 제1항 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리를 부동산투자회사법에 따른 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 등 대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니하는 경우’로 개정되었고, 그 무렵 종래 구 조세특례제한법 시행령이 2020. 2. 11. 개정되면서,‘ 토지보상법 제63조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리를 부동산투자회사법에 따른 부동산투자회사에 현물출자하는 경우’가 제73조 제5항 제4호로 신설되었고, 종래 같은 항 제1호 뒷부분에 ‘(제4호를 적용받는 경우는 제외한다)’는 문구가 추가되었다. 이러한 관련 규정의 문언 및 개정 경과 등에 의하면, 토지보상법 제63조 제1항 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리를 부동산투자회사법에따른 부동산투자회사에 현물출자하는 경우도 구 조세특례제한법 제77조의2 제1항 에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연받은 세액 등을 납부하도록 명시적으로 규정하는 것이 입법자의 의사로 보인다.

3. 대토보상권을 부동산투자회사에 현물출자하는 것도 소득세법 제88조 에 따른 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도에 해당하므로 별다른 명시적인 규정이 없는 한 그 경우도 구 조세특례제한법 제77조의2 제1항 에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연받은 세액 등을 납부하도록 보는 것이 법체계상으로 타당하다.

4. 원고는 구 조세특례제한법 시행령 제73조 제5항 제4호 의 ‘ 토지보상법 제63조 제1항 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리를 부동산투자회사법에 따른 부동산투자회사에 현물출자하는 경우’를 대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기가 이루어지는 경우를 전제로 한다고 해석하지 않으면, 구 조세특례제한법 시행령 제73조 제5항 제4호 는 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호 에 반하고 위임입법의 한계를 일탈하여 위법하다는 취지로도 주장한다. 그러나 ① 앞서 살펴본 바와 같이 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호 가 ‘ 토지보상법 제63조 제1항 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리를 부동산투자회사법에 따른 부동산투자회사에 현물출자하는 경우’를 ‘대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니하는 경우’의 예시로 규정하고 있다고 볼 수 없는 점, ② 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 은 ‘제1항에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연받은 거주자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받거나 과세이연받은 세액 및 이자 상당 가산액을 양도소득세로 납부하여야 한다’고, 같은 조 제5항은 ‘제1항부터 제3항까지의 규정을 적용하는 경우 대토보상의 요건 및 방법, 감면받거나 과세이연받은 세액의 납부 사유 및 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다’고 각 규정하고 있고, 그 위임에 따라 구 조세특례제한법 시행령 제73조 제5항 제4호 는 구 조세특례제한법 제77조의2 제1항 에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연받은 세액 등을 납부하여야 하는 경우 중의 하나로 ‘ 토지보상법 제63조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리를 부동산투자회사법에 따른 부동산투자회사에 현물출자하는 경우’를 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 원고의 위 주장처럼 구 조세특례제한법 시행령 제73조 제5항 제4호 를 해석하지 않는다고 하여 구 조세특례제한법 시행령 제73조 제5항 제4호 가 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호 에 반한다거나 위임입법의 한계를 일탈하여 위법하다고 보기는 어려우므로, 원고의 위 주장도 받아들일 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.