1. 이 사건 처분의 경과
1. 서울 00구 00동 000-00 대 0.㎡, 같은 동 000-0 대 000.0㎡, 같은 동 000-0 대 000.0㎡, 위 각 토지 지상 철근콘크리트조 슬라브지붕 0층, 지하0층 건물(이 중 건물을 “이 사건 건물”이라 하고, 위 부동산을 모두 통틀어 “이 사건 각 부동산”이라고 한다)와 관련하여 원고는 지분 50/100, BBB은 지분 20/100, CCC은 지분 15/100, DDD은 지분 15/100에 대하여 0000. 0. 00.자 매매를 원인으로 하여 0000.0. 00. 소유권이전등기를 마쳤다.
2. 원고 및 그 공유자들은 아래 표 기재와 같이 이 사건 각 부동산의 공유지분을 양도하였다.
- 나. 원고의 양도소득세 신고·납부 및 피고의 부과처분
1. 제1매매 과정에서 원고, BBB, CCC, DDD은 0000. 0. 00. 이 사건 건물 1층 임차인인 ㈜EEEE에게 시설물 및 영업권 등 손해배상금과 명도비용 명목으로 300,000,000원을 지급하기로 약정하였고, 위 약정에 따라 ㈜EEEE에게 2010. 00. 0.경 50,000,000원을, 2010. 00. 0.경 250,000,000원을 지급하였다(이하 해당 비용을 “이 사건 쟁점비용”이라고 한다).
2. 제1매매와 관련하여 BBB, CCC, DDD은 이 사건 쟁점비용 중 각자의 공유지분에 해당하는 금액을 필요경비로 보아 양도가액에서 이를 공제한 다음 양도소득세를 신고·납부하였다.
3. 제2매매와 관련하여 원고는 이 사건 쟁점비용 중 공유지분에 해당하는 150,000,000원(= 300,000,000원 × 50/100)을 필요경비로 보아 양도가액(00,000,000,000 = 00,000,000,000 × 50/100)에서 이를 공제한 다음 양도소득세를 신고·납부하였다. 피고는 위 150,000,000원이 양도가액에서 공제할 수 있는 필요경비에 해당하지 않는 것으로 보고 0000. 0. 00. 원고에 대하여 2018년 귀속 양도소득세 00,000,000원, 가산세 00,000,000원 합계 00,000,000원의 부과처분을 하였다(이하 이를 “이 사건 부과처분”이라고 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증, 을 제1, 2호증의 각 기재
2. 이 사건 부과처분의 위법 여부
- 가. 원고의 주장 이 사건 쟁점비용은 원고가 이 사건 각 부동산의 소유지분을 양도하기 위하여 지출한 명도비용으로서 양도비 등(소득세법 제97조 제1항 제3호)에 해당하고, 그렇지 않다고 하더라도 이 사건 각 부동산의 가치상승을 위하여 지출된 자본적지출액 등(소득세법 제97조 제1항 제2호)에 해당하므로, 이를 필요경비로 인정하지 않고 이루어진 피고의 이 사건 부과처분은 위법하다.
- 나. 이 사건 쟁점비용이 양도비 등(소득세법 제97조 제1항 제3호)에 해당하는지 여부 소득세법 제97조 제1항 제3호 의 위임에 따른 소득세법 시행령 제163조 제5항 은 제1호에서 양도비 등으로 “자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서, 증권거래세(가목), 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용(나목), 공증비용,인지대 및 소개비(다목), 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용(라목), 이와 유사한 비용으로 기획재정부령으로 정하는 비용(마목)”을 규정하고 있다. 위 문언에 의할 때 양도비로 인정되기 위하여는 “양도차익을 발생시킨 해당 양도를 위하여” 직접 지출한 비용으로 인정할 수 있어야 하는바, 이 사건 쟁점비용이 양도비 등에 해당하여 원고 소유 지분의 양도가액에서 공제되기 위하여는 제2매매를 위하여 직접 지출한 비용으로 평가될 수 있어야 한다. 살피건대 이 사건 쟁점비용은 제1매매의 매수자[50/100 지분을 매수한 FFFF㈜와 GGGGG㈜]에 대한 매매계약상 의무를 이행하기 위하여 지출된 것이고, 제2매매의 이행과는 아무런 관련성을 인정할 수 없다. 설령 원고가 제1매매 당시 이 사건 각 부동산의 공유자로서 지분비율만큼 해당비용을 분담하였다고 하더라도, 이 사건 쟁점비용이 제2매매의 이행과 관련성이 없어 양도비 등에 해당하지 않는다는 위의 판단에 영향을 주지 않는다. 이 사건 쟁점비용이 제2매매를 위하여 직접 지출한 비용에 해당하지 않는 이상, 소득세법 시행령 제163조 제5항 제1호 라목에 규정된 ‘매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출한 명도비용’이라고 볼 수 없고, 그 밖에 소득세법 시행령에 규정된 다른 항목에도 해당하지 않는다. 원고는 소득세법 시행령 제163조 제5항 제1호 마목의‘가목부터 라목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용’을 지목하기도 하나, 이 사건 쟁점비용은 제1호 본문의‘자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용’의 요건을 충족하지 못할 뿐 아니라 당시 소득세법 시행규칙에는 해당 시행령에 따른 비용이 규정되어 있지 않았으므로1), 이러한 주장을 받아들이기 어렵다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
- 다. 이 사건 쟁점비용이 자본적지출액 등(소득세법 제97조 제1항 제2호)에 해당하는지 여부 소득세법 제97조 제1항 제2호 의 위임에 따른 소득세법 시행령 제163조 제3항 각 호는 자본적지출액 등으로“감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 수선비(제1호), 자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우 자산의 소유권을 확보하기 위하여 지출한 소송비용 등(제2호),보상금 증액을 위한 소송비용 등(제2의2호), 자산의 용도변경․개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(제3호),개발이익환수에 관한 법률에 따른 개발부담금(제3의2호), 재건축초과이익 환수에 관한 법률에 따른 재건축부담금(제3의3호), 사업구역 내 토지소유자가 부담한 수익자 부담금 등, 토지이용 편의를 위하여 지출한 장애철거비용, 토지이용 편의를 위하여 신설한 도로시설비, 토지이용 편의를 위하여 신설하여 무상공여한 도로부지의 취득가액, 사방사업 소요비(제4호, 소득세법 시행규칙 제79조 제1항)”를 규정하고 있다. 살피건대, 이 사건 쟁점비용은 제1매매 당시 매수자와의 약정에 따라 이 사건 건물 1층 임대차계약을 종료시키기 위하여 지출한 손해배상금과 명도비용에 해당하고, 이는 임차인에게 지급하는 방식으로 소비된 금원에 해당할 뿐 이 사건 각 부동산의 개량 또는 이용편의를 위하여 지출되었다거나 그 지출내역이 이 사건 각 부동산에 체화되어 부동산의 가치를 증진시키는 결과로 남아 있는 것이 아니므로, 소득세법 시행령 제163조 제3항 제3호 에 규정된‘양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용’이라고 볼 수 없고, 그 밖에 소득세법 시행령 및 시행규칙에 규정된 다른 항목에도 해당하지 않는다. 원고는 소득세법 시행규칙 제79조 제1항 제2호 의‘토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용’및 제6호의 ‘제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용’을 지목하기도 하나, 이 사건 쟁점비용은 위 제2호의 문언에 부합하지 않고, 위 제1호 내지 제5호의 항목은 모두 토지를 물리적으로 개량하거나 이용편의를 증진시킨 공사 또는 사업의 비용에 해당하므로 이 사건 쟁점비용이 그와 유사하다고 평가하기도 어렵다. 원고는 1층에 대한 임대차관계를 종료시킴으로써 이 사건 건물의 가치가 증진되었다고 주장하나, 위의 임대차관계가 종료됨으로써 제1매매의 매수자가 임대차 계약관계로 인한 제약을 받지 않고 1층 공간을 자유롭게 사용·수익할 수 있게 되었을 뿐이고, 이러한 임대차관계가 종료됨으로써 곧바로 이 사건 건물 등 부동산의 가치가 증진되었다고 평가하기는 어렵다. 결국 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.