거래상대방에게 지급한 금원을 이 사건 각 부동산을 취득한 실지거래가액으로 인정할 수 있으므로 환산취득가액을 적용할 수 없음

사 건 2024구합62229 양도소득세등부과처분취소 원 고 조AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 9. 12. 판 결 선 고

2025. 10. 24.

1. 피고가 2022. 10. 11. 원고에게 한 2021년 귀속 양도소득세 000,000,000원 및 가산세 00,000,000원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는

○○도 ○○ 군

○○ 면

○○ 리에 위치한 아래 표 기재 각 토지(이하 ‘6-1 토지’, ‘6-2 토지’, ‘7번지 토지’라 한다)를 취득하여 보유하던 중 2020. 12. 21. 위 각 토지를 일괄하여 박BB, 김CC, 조DD, 박EE, 김FF에게 양도하였다(이하 ‘이 사건 양도’라 한다). < 표 >

• 나. 원고는 2021. 3.경 이 사건 양도에 대한 양도소득세를 신고하면서, 이 사건 각 토지의 취득가액을 합계 0,000,000,000원으로 하는 매매계약서를 제출하였는데, 위 매매계약서의 ① 토지 소재지 란에 이 사건 각 토지 3필지 모두, ② 매매대금 란에 XX억 X,000만원(계약금 X억 X,000만 원, 중도금 X억 원, 잔금 X억 X,000만 원), ③ 매도인 란에 ‘GGG’, 매수인 란에 원고와 ‘남HH’의 이름이, 중개업자 란에 ‘○○ 공인중개사사무소, ○○ ○○시 ○○구 ○○동’으로, ④ 계약서 상단에 수기로 ○○은행 계좌번호, 그 옆에 “(X천만 원)”, “계약금 중 일부 2005. 7. 11. 무통장 입금”이라고 기재되어 있었다(이하 ‘제1매매계약서’라 한다).
• 다. 피고는 제1매매계약서의 내용에 이 사건 각 토지에 대한 등기부등본상 기재와 다른 부분이 있다고 판단하였고, 2022. 8. 30. 원고에게 과세예고통지를 하였다.
• 라. 원고는 피고에게 두 번째로 매매계약서 2부를 제출하였다.

1. 매매계약서(을 제6호증)은 제1매매계약서와 유사한 용지에 일자란에 2005. 7. 9.로 기재되어 있고, ① 토지 소재지 란에는 이 사건 각 토지 3필지 모두를 기재하였으나 6-1 부분에 X 표시가 되어있고, 지목 란에 ‘관리지역, 전’, 면적 ‘0,000+0,000+0,000㎡(0,000)’ ② 매매대금 란에 XX억 X,000만원(계약금 X억 X,000만 원은 계약시에 지불하고 영수함, 중도금 X억 원은 2005. 7. 26. 지불하며, 잔금 X억 X,000만 원은 2005. 8. 31.에 지불한다)으로 기재되어 있으며, ③ 매도인 란에 ‘GGG’, 매수인 란에 원고와‘남HH’의 이름이, 중개업자 란에 ‘○○ 공인중개사사무소, ○○ ○○시 ○○구 ○○동’으로 기재되어 있고, ④ 계약서 상단에 수기로 ○○은행 계좌번호, 그 옆에 “(X천만원)”, “계약금 중 일부 2005. 7. 11. 무통장 입금”, ⑤ 계약서 제3조에 ‘위 토지의 명도 시기를 2005. 8. 31.로 한다’, ⑥ 특약사항 란에 ‘6-1번지(오JJ), 6-2번지(김KK)에 대한 인감증명서 첨부한 위임장을 7번지 소유주 GGG이 대리한 계약임’, ‘계약후 매도인은 매수인이 인허가를 낼 수 있도록 협조한다’라고 기재되어 있었다(이하 ‘제2매매계약서’라 한다).

2. 함께 제출한 매매계약서(을 제7호증)에는 ① 토지 소재지 란에는 6-1번지 토지, 면적 란에 ‘0,000㎡’만 기재되어 있고, ② 매매대금 란에 X억 X,000만원(계약금 X,000만 원, 중도금 X억 X,000만 원 2005. 7. 13. 지불, 잔금 X억 원 2005. 7. 27. 지불)으로 기재되어 있으며, ③ 매도인 란에 ‘오JJ’, 매수인 란에 원고와 ‘남HH’의 이름이, 중개업자 란에 ‘쌍방합의’라고만 기재되어 있고, ④ 계약서 상단에는 별다른 기재가 없이 특약사항 란에 ‘본 계약은 쌍방 합의된 계약이며 매도인은 잔금전에 본 물건에 설정된 근저당권을 해지시켜 준다’고 기재되어 있었다(이하 ‘제3매매계약서’라 한다).

• 마. 피고는 이 사건 각 토지의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에 해당한다고 보아 6-1토지에 대하여는 000,000,000원, 6-2토지에 대하여는 000,000,000원, 7번지 토지에 대하여는 000,000,000원으로 각 환산취득가액을 적용하여 2022. 10. 11. 원고에게 2021년 귀속 양도소득세 000,000,000원(가산세 00,000,000원 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 이에 불복하여 2023. 1. 11. 이의신청을 거쳐 2023. 5. 7. 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2024. 2. 19. 원고의 청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 7호증의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지 2.이 사건 처분의 적법 여부
• 가. 원고의 주장 원고는 이 사건 각 토지 전부에 대하여 6-1토지, 6-2토지의 소유자들로부터 매매계약 체결권한을 위임받은 7번지 토지 소유자 GGG과 사이에 매매대금을 XX억 X,000만 원으로 정하여 매매계약을 체결하면서 2005. 7. 8.부터 2005. 8. 31.까지 6-1 토지에 대한 매매대금 X억 X,000만 원 및 6-2토지, 7번지 토지에 대한 계약금 및 중도금 등으로 X억 X00만 원을 지급하고 6-1 토지에 대한 소유권을 취득하였다. 그러나 GGG이 말한 개발계획이 제대로 진행되지 않아 원고는 6-2토지, 7번지 토지에 대한 나머지 매매대금 지급을 유보하였고, 이후 이 사건 각 토지에 대한 일괄 매매계약의 매매대금을 XX억 X,000만 원으로 차감하면서 GGG이 제3자에게 위 토지를 다시 매각하여 주기로 약정함에 따라 6-2 토지, 7번지 토지에 대한 잔대금을 지급한 후 2015년 경 위 각 토지에 대한 소유권이전등기를 마쳤다. 따라서 원고가 오JJ으로부터 6-1 토지를 X억 X,000만 원에 매수하였음에도 피고가 6-1 토지에 대하여 이를 인정하지 않고 환산취득가액을 적용한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.
• 나. 인정되는 사실 앞서 본 증거들 및 갑 제4 내지 9, 11, 12호증, 을 제8 내지 13호증의 각 기재, 증인 GGG의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실들이 인정된다.

1. 원고가 피고에게 제출한 매매계약서 3장의 내용은 앞서 본 바와 같고, 그 형상은 아래와 같다(갑 제2호증은 그 형상과 기재 내용이 을 제7호증과 동일한 계약서의 컬러 스캔본으로 보인다). < 제1매매계약서 > < 제2매매계약서 > < 제3매매계약서 >

2. GGG은 원고, 남HH에게 2005. 7. 9. 자 영수증을 교부하였는데, 해당 영수증에는 “○○도 ○○군 ○○리 6-1, 6-2, 7번지 매매계약의 계약금”, X억 원정으로 기재되어 있고, 원고가 제출한 제1, 2 매매계약서 상단에는 ○○은행 계좌번호와 (X천만원)이라는 수기 기재와 함께 계약금 일부 2005. 7. 11. 무통장입금이라고 기재되어 있다. 한편, 원고는 2005. 7. 8. 본인 명의 계좌에서 X억 원을 인출하였고(거래점코드 ○○○), 2005. 7. 11. X천만 원, 2005. 7. 12. X천만 원을 제1, 2 매매계약서 상단에 수기로 기재된 계좌(해당 계좌번호는 원고 제출 갑 제11호증에서 확인 가능하다)에 입금하였다.

3. 원고가 제출한 원고 명의의 계좌에는 아래와 같은 인출내역이 확인되고, 그 중 순번1, 2, 5, 7 내지 9는 이 사건 각 토지의 매매대금으로 GGG에게 지급한 돈이라고 주장하였다. < 계좌인출내역 > 한편, 원고는 2005. 8. 31. GGG 명의의 --**** 계좌에 14:02:01, 14:02:36, 14:02:56 각 X억 원을 타행환 입금하고, 이체영수증을 수령하였다. GGG은 2005. 9. 1. 작성된 X억 원에 대한 영수증을 원고, 남HH를 수신인으로 하여 발행하였는데, “○○군 ○○면 ○○리 6-1, 6-2, 7번지의 잔금(X억 X,000만 원) 중 X억원”이라고 기재되어 있다.

4. 원고, 남HH는 불상의 일시에 아래 기재와 같은 내용의 포기각서를 작성하였다. < 포기각서 >

5. GGG은 2007. 9. 20. 원고에게 000,000,000원에 대한 영수증을 작성하여 교부하였는데, 해당 영수증에는 “○○면 ○○리 전 7, 6-2번지 잔금완불”이라고 기재되어 있었다. 한편, 원고는 2007. 9. 19. 원고 명의 ○○○증권 계좌(끝자리 )에서 000,000,000원을 출금하였다.

6. GGG은 2015. 3. 26. “상기 본인은 2015. 12. 31.까지 ○○면 ○○리 7번지, 6-1번지, 6-2번지를 2015. 12. 31.까지 매매를 하지 않을시 위 토지를 본인 GGG이 일금 XX억에 매입함”이라는 내용의 각서를 작성하였다.

7. 원고는 2015. 3. 31. ○○리 6-2 토지에 대하여 계약일을 2015. 2. 27., 취득일자를 2015. 3. 26., 취득가액 000,000,000원으로 기재한 취득세 신고서를 ○○군에 제출하고, 2015. 8. 7. ○○리 7 토지에 대하여 계약일 2015. 7. 15., 취득일 2015. 8. 5., 취득가액 000,000,000원(계약금 00,000,000원, 중도금 000,000,000원, 잔금 000,000,000원)으로 기재한 취득세 신고서를 ○○군에 제출하였다.

8. GGG은 이 법정에서 아래와 같은 내용의 증언을 하였다. <증언내용>

• 다. 구체적 판단 앞서 본 증거들, 인정사실들에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고가 이 사건 각 부동산을 취득한 실지거래가액이 000,000,000원인 사실을 인정할 수 있다. 따라서 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우임을 전제로 환산취득가액을 적용하여 원고의 양도소득세를 산출한 이 사건 처분은 위법하다.

① 원고가 이 사건 각 토지의 소유자이거나 소유자를 대리하여 업무를 처리한 GGG에게 지급한 돈은 합계 000,000,000원으로 봄이 상당하다. < 표 > 한편, 원고는 그 외에도 2005. 7. 15. X억 X,X00만 원 및 2005. 8. 25. X억 X,000만 원을 GGG에게 추가로 지급하였다고 주장한다. 원고가 매매대금으로 위 각 돈을 GGG에게 지급하였다면 GGG으로부터 영수증 등을 받거나, 2005. 9. 1. 작성된 영수증에 금액을 추가하였을 것으로 보이나, 인출내역 및 원고의 진술 외에는 이를 뒷받침하는 증거가 없어, 원고의 위 추가 지급 주장은 받아들이지 아니한다.

② GGG은 이 법정에서 2015년까지 원고에게 소유권이전등기를 마치지 않은 이유에 관하여 ‘잔금이 완료되지 않았기 때문’이라는 취지로 진술하였다. 그러나 ① 원고가 2007년경 작성하였을 것으로 보이는 포기각서(갑 제8호증)에 ‘계약금 및 중도금을 지급하고

○○ 리 6-1번지를 등기이전하고 잔금 000,000,000원 지급 후

○○ 리 6-2, 7번지를 등기이전하려고 하였으나 2007. 4. 20.까지 계약을 이행하지 못하여 부동산법 개정으로 현실가 양도신고하여야 하는 관계로 매도인에게 피해를 끼쳤고, XX억 X,000만 원을 받으면 이 사건 각 토지에 대한 모든 권한을 포기하겠음’이라는 취지로 기재되어 있고, 원고는 2007. 9. 20. GGG게 000,000,000원을 지급한 점, ② 원고가

○○ 리 6-2, 7 토지에 대하여 소유권이전등기를 마칠 무렵인 2015년경 GGG으로부터 ‘이 사건 각 토지를 2015. 12. 31.까지 매매하지 않을 경우 자신이 XX억 원에 매입하겠다’는 내용의 각서를 작성받은 것으로 보이는 점 등을 종합하면, 원고가 2007년경 잔금까지 지급을 완료하였으나, 2006년경의 부동산 실거래가 신고제도의 도입으로 취득세 및 양도소득세 부담이 발생할 것을 우려하여 GGG에게 이 사건 각 토지의 매도를 위탁한 후 등기절차를 하지 않은 것으로 보인다. 다만, 원고가 위 포기각서에 기재한 기지급 매매대금의 금액에 관하여서는 GGG 역시 위 각서에 관하여는 아는 것이 없다고 이 법정에서 증언한 점, 위 기지급 금액은 GGG이 작성하여 그 서명이 포함된 영수증과는 달리 원고 본인이 작성한 각서에 기재된 금액에 불과하여 이를 그대로 신빙하기 어려운 점, 원고가 제출한 전체 이체 및 인출내역을 합하여 보더라도 2007. 4. 20.까지의 이체 및 인출내역이 위 금액에 미치지 못하는 점 등에 비추어 볼 때 위 기지급 매매대금 액수를 그대로 믿기 어렵다.

③ 이 사건 각 토지에 대한 최초 매매계약 체결 당시인 2005년에는 소득세법상 양도소득세는 원칙적으로 기준시가를 양도가액으로 보아 산정하도록 되어 있었으므로, 일반 거래 과정에서 부동산의 취득 당시 허위로 매수금액을 과다하게 기재한 내용의 계약서를 작성하는 일은 드물었던 것으로 보인다. 그러나 매매대금 지급이 지체되고 이 사건 각 토지 인근의 개발계획 역시 지연되면서 이후에 매매대금이 감액되는 등의 사유로 원고가 위 매매계약서에 기재된 금액 전체를 이 사건 각 토지의 취득가액으로 지출하였다고 보기는 어렵다. 특히 과거에는 실제 매매계약서가 아닌 계약서를 별도로 작성하여 소유권이전등기신청 및 취득세 납부과정에서 관공서에 제출하는 사례가 드물지 않았던 점에 비추어 더더욱 그러하다.

• 라. 취소의 범위

1. 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것이다. 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 한다. 그러나 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1992. 7. 24. 선고 92누4840 판결, 법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조).

2. 살피건대, 이 사건 부동산의 취득가액은 000,000,000원이라고 할 것인데, 이를 취득가액으로 할 경우 원고에게 적법하게 부과될 정당한 양도소득세액을 산출할 만한 자료가 모두 제출되었다고 볼 수 없으므로 원고에게 부과될 정당한 양도소득세액을 계산할 수 없어 이 사건 처분 전부를 취소할 수밖에 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.