대법원 판례 양도소득세

이 사건 부동산 취득가액(실지거래가액 vs 환산취득가액)

사건번호 서울행정법원-2024-구단-59841 선고일 2025.05.16

사실관계 및 거래 경위 등을 종합하면 이 사건 부동산의 실지거래가액이 58억원임을 인정할 수 있으므로, 이 사건 부동산 취득가액은 실지거래가액을 기준으로 계산하여야 함

사 건 2024구단59841 양도소득세부과처분취소 원 고 AAA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 3. 28. 판 결 선 고

2025. 5. 16.

주 문

1. 피고가 2021. 12. 27. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세(가산세 포함) 163,481,750원 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

1. 처분의 경위
  • 가. 이 사건 각 부동산의 취득 및 양도

1. 원고는 서울 ○○구 ○○동 - 대 661㎡, 같은 동 -** 대 141.5㎡ 및 그 지상 철근콘크리트 건물(이를 차례대로 “제1토지”, “제2토지”, “이 사건 건물”이라 하고 이를 모두 합하여 “이 사건 각 부동산”이라 한다)에 관하여 2003. 11. 5.자 매매를 원인으로 하여 2003. 12. 31. 소유권이전등기를 마쳤다.

2. 원고는 2017. 8. 4. 이 사건 각 부동산을 △△건설㈜에 13,758,880,000원에 매도하였고, 이 사건 각 부동산에 관하여 2017. 8. 4.자 매매를 원인으로 하여 2018. 2. 22. △△건설㈜에 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

  • 나. 양도소득세 신고납부 및 피고의 부과처분

1. 원고는 2018. 4. 25. 피고에게 이 사건 각 부동산의 양도가액을 13,758,880,000원으로, 취득가액을 5,800,000,000원으로 하여 양도소득세를 신고·납부하였다.

2. 피고는 원고가 신고한 취득가액 5,800,000,000원이 실지거래가액에 해당하지 않는다고 판단하고, 소득세법 시행령 제163조 제12항, 제176조의2 제2항에 따라 산정한 환산가액 4,704,166,057원을 이 사건 각 부동산의 취득가액으로 본 다음, 2021. 12. 27. 원고에 대하여 양도소득세 241,250,830원, 가산세 105,269,790원 합계 346,520,620원 부과처분을 하였다.

3. 원고는 위 부과처분에 대하여 피고에게 이의신청을 하였다. 피고는 이 사건 각 부동산을 취득한 실지거래가액이 5,800,000,000원이라는 원고의 주장을 받아들이지는 않았지만, 이 사건 건물의 취득가액으로는 1,000,000,000원을 실지거래가액으로 인정하고 제1토지, 제2토지의 취득가액은 환산가액인 4,548,650,726원으로 보아 이 사건 각 부동산의 취득가액을 5,548,650,726원으로 판단한 다음 2022. 6. 23. 위 부과처분 중 양도소득세 112,699,400원, 가산세 50,782,350원 합계 163,481,750원을 초과한 부분을 취소하는 결정을 하였다(이하 위 2021. 12. 27.자 부과처분 중 이의신청을 통해 취소되지 않고 남아 있는 부분을 “이 사건 부과처분”이라고 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 5, 7호증, 을 제1, 2호증의 각 기재

2. 이 사건 부과처분의 위법 여부

  • 가. 원고의 주장

1. 이 사건 각 부동산을 취득한 실지거래가액은 5,800,000,000원으로 인정되어야 한다. 취득가액이 이와 다르다는 전제에서 이루어진 이 사건 부과처분은 위법하다.

2. 피고가 원고에 대한 2003년 부가가치세 매입세액 100,000,000원 환급을 결정하는 과정에서 이 사건 각 부동산의 실지거래가액이 5,800,000,000원임을 인정한 바 있으므로, 피고가 일부 증빙이 부족하다는 이유로 위 5,800,000,000원을 실지거래가액으로 인정하지 않고 뒤늦게 이 사건 부과처분을 한 것은 신의성실의 원칙, 금반언의 원칙에 반한다.

  • 나. 이 사건 각 부동산의 실지거래가액에 대한 판단 위의 증거들, 갑 제2 내지 4, 8, 9호증, 을 제3 내지 7호증의 각 기재를 종합하여 인정되거나 알 수 있는 다음의 사실 및 사정들을 종합하면, 원고가 2003. 12. 31. 이 사건 각 부동산을 취득한 실지거래가액이 5,800,000,000원인 사실을 인정할 수 있다. 그렇다면 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다(원고의 청구를 받아들이는 이상, 원고의 나머지 주장에 대하여는 더 이상 판단하지 아니한다).

① 이 사건 각 부동산에 관하여 매도인 강□□, 매수인 원고 사이에 작성된 부동산매매계약서(갑 제2호증)에 의하면 매매대금은 59억 원으로 기재되어 있다. 위 매매계약서의 기재내용과 형식, 첨부서류 내역, 날인된 인영의 형태와 신분증 사본, 인감증명서 등을 면밀히 살펴보면, 해당 매매계약서는 형식적인 성립요건을 갖춘 것으로 볼 수 있고, 위 매매계약의 내용을 제반 사정 및 상황과 대비하여 면밀히 살펴 달리 모순되거나 의심스러운 정황이 확인되지 않는 이상, 위 매매계약서는 이 사건 각 부동산의 매매를 위하여 2003. 10.경 작성되었던 진정한 매매계약서로 보는 것이 상당하다.

② 원고는 위 매매계약에 따른 대금을 실제로 지급하였음을 확인할 수 있는 금융거래내역을 제시하지는 못하고 있다. 다만 원고는 위 매매대금의 지급과 관련된 영수증을 소지하고 있는바, 영수증에 날인된 매도인의 인영, 필적 그 밖에 영수증의 형상과 보존상태 등을 함께 종합하여 살펴보면, 아래 각 영수증은 매도인 강□□가 해당 시점에 작성하여 원고에게 교부한 것으로 볼 수 있고(피고는 2003. 12. 30.자 1,600,000,000원의 영수증에는 매도인 강□□의 다른 인장이 날인되어 있다는 점을 지적하나, 그러한 사정만으로 위 영수증의 진정성립 여부에 대한 판단에는 영향을 주지 않는다), 각 영수증은 원고가 해당 일자에 해당 금액을 실제로 지급하였음을 확인하는 유력한 자료가 될 수 있다. 위 영수증 및 부동산등기부등본 내용에 의하면, 원고가 이 사건 각 부동산의 매매대금으로 다음과 같은 금액을 지급한 것으로 확인할 수 있다. 연번 일자 금액 영수증 비고 1 2003.10.9. 600,000,000 2003.10.9.자 600,000,000원 계약금 2 2003.11.5. 370,000,000 2003.11.5.자 45,000,000원 2003.11.5.자 325,000,000원 중도금 중 일부 3 2003.11.17. 1,480,000,000 2003.11.17.자 180,000,000원 2003.11.17.자 1,300,000,000원 중도금 중 일부 4 2003.12.30. 2,010,000,000 2003.12.30.자 410,000,000원 2003.12.30.자 1,600,000,000원 잔금 중 일부 5 2004.1.7. 1,440,000,000 대출채무 인수 잔금 중 일부

③ 원고는 원고 명의의 계좌에서 2003. 11. 4. 380,000,000원이 출금된 내역, 2003. 11. 17. 1,480,000,000원이 출금된 내역을 소명자료로 피고에게 제출하였는바, 이는 위의 연번 2, 3번의 영수증에 기재된 매매대금 지급내역을 뒷받침하는 금융자료에 해당한다. 위의 연번 2, 3번 영수증의 신뢰성이 상당 부분 확인된 이상, 이와 동일한 형태로 작성되어 있는 나머지 영수증의 기재 역시 상당한 신뢰성을 인정하여야 한다. 아울러 위의 2003. 12. 30.자 410,000,000원 영수증에는 이때까지 원고의 중도금 지급 합계액(2,260,000,000원에 해당함)을 기재한 메모가 있고, 원고는 매매계약서에 기재된 잔금지급기일(2023. 12. 17.)보다 늦게 잔금을 지급하였는데 그에 따른 이자로 8,070,575원을 지급하였다는 영수증 역시 첨부되어 있는데, 이러한 상세한 내역 역시 위 영수증이 당시 실제 매매대금 지급에 따라 진정으로 작성‧교부된 것임을 뒷받침하는 정황이다.

④ 이 사건 각 부동산에 관한 매매계약서에는 매매대금이 5,900,000,000원으로 기재되어 있으나, 매도인은 원고로부터 수령한 5,900,000,000원 중 100,000,000원을 부가가치세로 납부하였고 원고는 해당 100,000,000원에 대하여 부가가치세 매입세액으로 환급받은 것으로 확인되므로, 매매계약서에 기재된 5,900,000,000원은 부가가치세 100,000,000원을 포함한 금액이라고 할 수 있고, 결국 위 금액은 제1토지, 제2토지 매매대금인 4,800,000,000원, 이 사건 건물 매매대금인 1,000,000,000원, 건물 공급에 따른 부가가치세 100,000,000원으로 구성된 것으로 볼 수 있다. 위 건물 매매대금 1,000,000,000원은 관련 부가가치세 납부 및 환급내역을 통하여 실지거래가액임이 이미 확인되었다고 할 것이고(피고 역시 최초 부과처분에 대한 이의신청 절차에서 이 부분을 인정한 바 있다), 2003년 당시 제1토지, 제2토지 기준시가(2,447,625,000 = 802.5㎡ × 3,050,000원)가 이 사건 건물 기준시가(508,570,530원)의 약 4.812배였다는 점을 고려해 보면, 제1토지, 제2토지 매매가액 4,800,000,000원(이는 이 사건 건물 매매가액인 1,000,000,000원의 4.8배임)은 충분히 거래상 합리성이 인정되는 금액으로 평가할 수 있다.

⑤ 이 사건 각 부동산의 매도인인 강□□는 2021. 9. 6.경 피고 측과의 면담과정에서 ‘부동산 매매계약서와 영수증 사본의 진위를 전혀 알지 못한다’는 입장을 보이기는 하였으나, 강□□는 뇌출혈로 거동이 불편하였고 말이나 글을 통한 의사소통이 거의 불가능한 상태였던 점, 그 배우자 역시 이 사건 각 부동산의 거래관계를 제대로 알지 못하는 점을 고려하면, 이 사건 각 부동산의 매매계약서와 영수증의 진정성 여부를 판단함에 있어 강□□의 위 진술에 대하여 상당한 의미를 부여하기는 어렵다. 또한 위와 같은 강□□의 건강상태 및 진술내용 등에 비추어 보면, 오히려 원고가 이 사건 각 부동산에 대한 양도소득세 신고‧납부 과정에서 강□□와 통모하여 이 사건 매매계약서와 영수증을 사후적으로 허위로 작출하였을 가능성은 사실상 배제된다고 보아야 한다.

⑥ 원고가 이 사건 각 부동산을 취득할 당시인 2003년에는 소득세법상 양도소득세는 원칙적으로 기준시가를 양도가액으로 보아 산정하도록 되어 있었으므로, 일반 거래 과정에서 부동산의 취득 당시 허위로 매수금액을 과다하게 기재한 내용의 계약서를 작성하는 일은 드물었으며, 달리 원고에게 그러한 허위의 계약서가 필요하였다거나 이러한 행위를 할 경제적 유인이 있었음을 인정할 특별한 사정도 확인되지 않는다. 아울러 피고는 이 사건 건물의 취득가액으로는 1,000,000,000원을 실지거래가액으로 인정하고 제1토지, 제2토지의 취득가액은 환산가액인 4,548,650,726원으로 인정하여 그 합계액은 5,548,650,726원에 해당하는데 이는 위 매매계약서에 기재된 매매금액(5,800,000,000원)과의 차이가 4.35% 정도에 불과하므로, 원고가 매매금액을 4.35% 정도 부풀리기 위해 매매계약서와 영수증 등 제반 서류를 사전에 치밀하게 허위로 작성해 놓았다고 보기에는 자연스럽지 않다.

⑦ 이 사건 각 부동산의 매수는 원고가 해외에 체류하고 있는 동안 원고의 부친인 故원BB가 집사 故이CC 소개로 부동산중개인 없이 매도인 강□□와 직접 매매계약을 체결한 다음, 매매대금의 지급이나 그 영수증 수령, 잔금 정산과 소유권이전등기 등 업무도 직접 처리한 것으로 보인다. 이런 사정을 종합하면, 원고가 20여년 전에 있었던 매매거래와 관련하여 그 대금 지급과 관련된 자금원을 금융거래자료를 통해 명확하게 밝히지 못하는 점에 대해 상당 부분 납득할 수 있는 측면이 있다.

⑧ 이 사건 각 부동산에 대한 소유권이전등기에 의하면 등기원인이 “2003. 11. 5.자 매매”라고 되어 있어서 원고가 제시한 부동산 매매계약서(매매계약일이 명시되어 있지는 않으나 계약금 지급일자가 2003. 10. 9.로 기재되어 있으므로 그 일자는 2003. 10. 9.로 볼 수 있음)와는 일치하지 않고, 매도인인 강□□가 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 납부해야 하는 제2토지에 관하여 그 양도가액을 450,000,000원(㎡당 3,180,212원)으로 하여 양도소득세를 신고하였는데 이는 위 매매계약서에 기재된 제1토지, 제2토지의 매수가액(㎡당 5,981,308원)과는 큰 격차가 있다. 그렇지만 과거에는 실제 매매계약서가 아닌 계약서를 별도로 작성하여 소유권이전등기신청 및 취득세 납부과정에서 관공서에 제출하는 사례가 드물지 않았던 점, 강□□의 제2토지에 대한 양도소득세 신고‧납부 내역이 정당하다고 단정할 근거가 없고 해당 토지의 공시지가에 비추어 보면 오히려 과소한 금액으로 평가할 여지가 큰 점을 함께 고려하면, 위의 사정 역시 원고가 제시한 매매계약서 및 영수증의 진정성을 인정함에 있어서 별다른 지장이 되지 않는다.

3. 결론

이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.

판결 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)