이 사건 양도는 1세대3주택 이상에 해당하는 주택을 양도한 경우에 해당함

사 건 2024구단58374 양도소득세경정거부처분취소 원 고 AAA 피 고 aa세무서장 변 론 종 결

2024. 8. 14. 판 결 선 고

2024. 10. 16.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 0000. 0. 0. 원고에 대하여 한 0000년 귀속 양도소득세 00,000,000원(가산세 포함)의 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 0000. 00. 00. ‘서울 00구 000로 000 00000 000동 000호’(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)를 취득하여 0000. 0. 00. 이 사건 주택을 0,000,000,000원에 양도(이하 ‘이 사건 양도’라 한다)하였고, 0000. 00. 00. 1세대 1주택 특례가 적용된다고 보고 900,000,000원 초과분 양도차익에 대하여 장기보유특별공제와 일반세율을 적용하여 0000년 귀속 양도소득세 00,000,000원을 예정신고ㆍ납부하였다.
• 나. 원고는 이 사건 양도 당시 이 사건 주택 이외에도 아래 표 기재와 같이 ‘서울 00구 00로 00 00000아파트 000동 0000호’(이하 ‘이 사건 대체주택’이라 한다)와 ‘서울 00구 00로00길 00 00000아파트 000호’(이하 ‘이 사건 임대주택’이라 한다)를 보유하고 있었다.
• 다. 피고는 원고가 조정대상지역 내 1세대 3주택을 보유한 상태에서 이 사건 양도를 하였다고 보아, 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율(20%)을 적용하여 0000. 00. 0. 원고에게 2020년 귀속 양도소득세 00,000,000원(가산세 00,000,000원 포함)을 증액 경정ㆍ고지하였다.
• 라. 원고는 0000. 0. 00. 1세대 1주택 특례가 적용되어 위 증액경정처분이 위법하므로 00,000,000원을 환급해 달라는 취지로 경정청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였으나, 피고는 0000. 00. 00. 국세기본법 제45조의2 제1항 에 의하여 신청대상이 아니라는 이유로 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

별지 기재와 같다.

3. 피고의 본안전항변에 관한 판단

• 가. 피고의 본안전항변 요지 이 사건 경정청구는 국세기본법 제45조의2 제1항 단서에서 정한 경정청구기간을 도과한 상태에서 이루어져 부적법하므로, 피고가 이 사건 경정청구를 거절하였다고 하여 이를 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다.
• 나. 판단

1. 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세자가 그 후 이루어진 과세관청의 결정이나 경정으로 인한 처분에 대하여 소정의 불복기간 내에 다투지 아니하였더라도 5년의 경정청구기간 내에서는 경정청구권을 행사하는 데에는 아무런 영향이 없다(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두12822 판결 참조). 그리고 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송 역시 그 거부처분의 실체적ㆍ절차적 위법사유를 취소 원인으로 하는 것으로서 그 심판의 대상은 과세표준 및 세액의 객관적인 존부이므로, 그 과세표준 및 세액의 인정이 위법하다고 내세우는 개개의 위법사유는 자기의 청구가 정당하다고 주장하는 공격방어방법에 불과한 점, 과세처분에 대한 취소소송과 경정청구는 모두 정당한 과세표준 및 세액의 존부를 정하고자 하는 동일한 목적을 가진 불복수단이므로, 납세자로 하여금 과세관청의 증액경정사유에 대하여는 취소소송으로써, 과다신고사유에 대하여는 경정청구로써 각각 다투게 하는 것은 납세자의 권익보호나 소송경제에 부합하지 않는 점 등에 비추어 보면, 납세자는 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송에서 당초 신고에 대한 과다신고사유뿐만 아니라 과세관청의 증액경정사유도 함께 주장하여 다툴 수 있다. 다만 증액경정처분에 대한 불복기간이 경과한 경우에는 국세기본법 제45조의2 제1항 단서에 따라 ‘경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액’에 관하여는 취소를 구할 수 없고, 당초 신고한 과세표준 및 세액을 한도로 하여서만 취소를 구할 수 있을 따름이다(대법원 2024. 6. 27. 선고 2021두39997 판결 참조).

2. 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 양도에 대하여 0000. 00. 00. 0000년 귀속 양도소득세 00,000,000원을 예정신고ㆍ납부한 이상, 원고는 이 사건 소송에서 증액경정처분에 대한 불복기간의 경과 여부와 상관없이 피고의 증액경정사유도 주장하여 다툴 수 있고 다만 국세기본법 제45조의2 제1항 단서에 따라 ‘경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액’에 관하여는 취소를 구할 수 없고, 당초 신고한 과세표준 및 세액을 한도로 하여서만 취소를 구할 수 있다고 봄이 타당하므로, 이와 다른 전제에 선 피고의 본 안전항변은 이유 없다.

• 가. 원고 주장의 요지 이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

1. 원고는 2년 넘게 거주한 이 사건 주택을 팔고 이사하기 위하여 이 사건 대체주택을 취득하였으므로 투기 목적이 있다고 볼 수 없는 점, 이 사건 임대주택을 제외하고 2주택이었던 기간은 불과 31일 정도에 불과한 점 등에 비추어 이 사건 양도에 대하여 대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 법리가 적용되어야 한다. 또한 2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 소득세법 시행령이 개정되어 신설된 제167조의3 제1항 제13호는 반성적 고려에 의한 것이므로 이 사건 양도에 대하여 소급 적용되어야 한다. 따라서 이 사건 양도를 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도’로 취급하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하는 것은 위법하다.

2. 이 사건 처분은 과세의 형평에 반하고 합목적성이 인정되지도 않으며 비례의 원칙에도 어긋나 원고의 재산권을 침해하는 것으로서 국세기본법 제18조 제1항 에 위배된다.

• 나. 판단

1. 1세대 3주택 중과세율 적용 여부

• 가) 양도소득에 대한 세율은 구 소득세법(2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조에 따라 계산하게 되는데, 건물(주택)의 경우 원칙적으로 구 소득세법 제55조 제1항 에 따른 일반세율을 적용하되(제1항 제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용하고(제7항 제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하게 된다(제7항 제3호). 한편 구 소득세법 시행령(2020. 10. 7. 대통령령 제31083호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제167조의3 제1항은 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 ‘국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다’고 규정하면서 제1호에서 수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을, 제2호에서 장기임대주택을, 제10호에서 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(일반주택)을 들고 있다. 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 은 ”대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택”에 관하여 ‘국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다’고 규정하면서 제1호에서 수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을, 제2호에서 장기임대주택 등(제167조의3 제1항 제2호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택)을, 제8호에서 일시적 2주택 등을 들고 있다. 이러한 관계 법령의 문언 및 체계에 의하면, 양도소득에 대한 세율은 주택 수에 따라 결정하게 되는바, 1세대가 소유하는 주택 수가 1개인지, 2개인지, 3개 이상인지 여부는 원칙적으로 법문상 거주자가 실제 소유하는 모든 주택이 주택의 수를 계산할 때에 포함되고, 다만 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호, 제167조의10 제1항 제1호에 규정된 주택(수도권 및 광역시, 특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택)만을 주택 수 산정에서 제외할 뿐 나머지 각호에 규정된 주택은 그것이 비록 1세대 1주택 특례에 해당하는 장기임대주택, 대체주택 등이라 할지라도 모두 주택 수 산정에는 포함되며, 그것이 양도대상이 되는 경우에만 중과세율이 적용되지 않고, 일시적 2주택의 경우, 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 에서는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 예외로 규정하고 있는 반면, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 에서는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 예외로 규정하고 있지 않다. 이 사건에 관하여 보건대, 이 사건 주택, 이 사건 대체주택 및 이 사건 임대주택은 모두 서울 소재 주택으로 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호 에 정한 주택에 해당하지 않으므로, 일단 주택 수 산정에 있어 모두 포함하여 계산하여야 하고, 양도 대상인 이 사건 주택이 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각호에서 정한 주택에 해당하지 아니하므로(구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호 에서는 일반주택을 중과세율 배제 대상으로 규정하고 있으나, 이 사건 양도 당시 이 사건 임대주택 이외에 대체주택인 이 사건 대체주택을 소유하고 있었으므로, 이 사건 주택은 위 제10호 소정의 일반주택에 해당하지 않는다), 이 사건 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 에서 규정한 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 양도한 경우에 해당하여 중과세율이 적용된다고 봄이 타당하다.
• 나) 한편 소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정된 것) 제167조의3 제1항 제13호는 ‘제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택’을 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에서 제외하는 것으로 규정하고 있다. 그런데 위 개정 규정은 이를 소급적용하는 규정을 마련하지 않았는바, 국가의 조세정책은 탄력적․합리적으로 운용할 필요성이 큰 만큼 조세에 관한 법규와 제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점을 감안하면, 위 개정 규정이 구 소득세법 시행령 제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대 1주택으로 보게 되는 경우를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 해당하지 않도록 변경한 것은, 개정 전 규정이 위법하다는 인식하에 그 위법적 요소를 없애려는 반성적 고려에서 비롯된 것이라기보다는 입법자가 조세감면의 혜택을 받는 범위를 합리적으로 조정하기 위한 입법형성 재량권을 행사함에 따른 것으로 보인다. 따라서 위 개정 규정을 이 사건 양도에 대하여 소급하여 적용하여야 한다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.
• 다) 원고는, 일반주택과 장기임대주택을 소유한 거주자가 다른 주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기 목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전 주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전 주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수는 없다는 취지의 대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결에 비추어 보면, 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다. 살피건대, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 은 일괄적으로 중과세 대상을 규정하는 경우의 불합리를 방지하기 위하여 1세대 3주택 이상에서 제외되는 주택에 대하여 상세히 규정하고 있는 점, 이러한 예외에 해당하지 않는 한 모두 중과세 대상에 포함하려는 것을 당초 입법 의도로 보아야 하는 점, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건을 막론하고 조세법규의 해석은 엄격히 하여야 하며, 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는 점 등을 종합하여 보면, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 의 ‘국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 양도하는 주택’을 투기 목적으로 소유하는 경우에 한정하여 해석하기는 어렵다. 나아가 앞서 든 증거들과 갑 제12호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고가 이 사건 대체주택을 취득하기 전에 얼마든지 보유하고 있던 다른 주택을 양도함으로써 3주택 이상을 보유하지 않을 수 있었던 것으로 보이고, 다른 주택을 처분하는 데에 특별한 제약이 있었던 것으로 보이지 않으며, 이 사건 주택의 매수인의 요구에 따라 잔금지급기일을 조정하는 등으로 인하여 이 사건 대체주택의 취득과 이 사건 주택의 양도의 순서가 바뀌는 등의 특별한 사정을 인정할 객관적인 자료도 없는 점, ② 원고가 이 사건 대체주택 취득 전인 0000. 0. 00. 이 사건 주택에서 전출하고 서울 00구 0000로 00, 000동 0000호(00동, 0000)에 전입하여 거주하고 있는 상태였고, 원고가 불가피하게 이 사건 대체주택을 매수했어야 할 사정도 발견되지 않는 점 등을 고려하면, 위 대법원 판결의 사안은 이 사건과는 다르다 할 것이므로, 위 대법원 판결례를 이 사건에 그대로 원용하는 것은 적절하지 않다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

2. 장기보유특별공제 적용 여부 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 구 소득세법 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 에서 고가주택에 해당하는 자산의 양도에 적용할 양도차익은 ‘구 소득세법 제95조 제1항 에 따른 양도차익’과 ‘양도가액에서 9억 원을 공제한 금액을 양도가액으로 나눈 비율’을 곱하여 계산하도록 정하고 있고, 고가주택에 해당하는 자산의 양도에 적용할 장기보유특별공제액은 ‘구 소득세법 제95조 제2항 에 따른 장기보유특별공제액’과 ‘양도가액에서 9억 원을 공제한 금액을 양도가액으로 나눈 비율’을 곱하여 계산하도록 정하고 있는데, 구 소득세법 제95조 제2항 본문은 ‘법 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제7항 각호에 따른 자산은 제외된다)으로서 보유기간이 3년 이상인 자산의 양도차익에 대하여 해당 조항에서 정한 공제율을 곱하여 계산한 금액’을 ‘장기보유 특별공제액’이라고 규정하고 있다. 위 법령의 문언에 의하면, 구 소득세법 시행령 제155조 에 의하여 1세대 1주택으로 의제된다 하더라도, 비과세대상에서 제외된 이상 양도소득금액을 산정함에 있어서는 구 소득세법 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 에서 정한 바에 따라 계산하여야 한다. 이 사건에서 피고가 이 사건 주택의 양도차익 중 9억 원 초과분을 양도차익으로 본 것은 위 법령에서 정한 바에 따른 것이므로, 장기보유특별공제 적용 여부도 위 법령에서 정한 바에 따라야 할 것인바, 이 사건 주택이 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호 부분에서 정한 구 소득세법 제104조 제7항 각호에 해당하는 자산에 해당하는 이상, 장기보유특별공제 대상에서 제외된다고 보아야 한다. 따라서 원고의 이 부분 주장 또한 받아들일 수 없다. 3) 국세기본법 제18조 제1항 위배 여부 이 사건 처분은 투기 목적의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하려는 취지를 달성하기 위한 구 소득세법 제95조 제2항, 제104조 제7항 제3호, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 등에 근거한 것으로서 그 법령 자체에 어떠한 위헌성도 확인되지 아니하고, 2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 소득세법 시행령이 개정되어 신설된 제167조의3 제1항 제13호 또한 반성적 고려가 아닌 조세감면의 혜택을 받는 범위를 조정하기 위한 것으로서, 이 사건 양도가 당시 구 소득세법령에서 규정한 1세대 3주택의 양도에 해당하여 그에 따라 장기보유특별공제가 배제되고 중과세율이 적용되어 산정된 양도소득세가 과세의 형평에 반한다거나 원고의 재산권을 침해하는 것이라고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 받아들일 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.