이 사건 재경정처분에 국세징수권 소멸시효가 적용될 수 없음

사 건 2024구단58251 양도소득세 재경정 처분 취소의 소 원 고 AAA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2024. 9. 4. 판 결 선 고

2024. 9. 25.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 00. 00. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 양도소득세 00,000,000원의 재경정처분을 취소한다.

• 가. 원고는 0000. 00. 00. aaaa 주식회사(이하 ‘aaaa’이라고 한다)가 발행한 비상장주식 보통부 0,000주를 공매로 000,000,000원에 취득한 후, 2017. 4. 00. 위 주식전부를 0,000,000,000원(1주당 0,000,000원)에 aaaa에 양도하는 주식양수도계약(이하 ‘이 사건 계약’이라고 한다)을 체결하였다. 원고는 2017. 8. 00. 위 주식 양도와 관련하여 2017년 귀속 양도소득세 000,000,000원을 신고ㆍ납부하였다.
• 나. 1) 그 후 aaaa은, 특수관계인인 원고(aaaa의 00.00% 지분권자)와 사이에 1주당 0,000,0원, 총 매입가액 0,000,000,000원으로 이 사건 계약이 체결되었으나 위 주식의 시가는 1주당 0,000.000원으로서 aaaa이 이보다 높은 가액에 자기주식을 취득하였을 뿐 아니라 시가와 거래가액의 차이가 거래가액의 5% 이상이므로 법인세법 시행령 제88조 에 따른 부당행위계산부인 대상이라는 전제 하에, 2018. 3. 00. 시가와 거래가액의 차액인 000,000,000원에 대하여 사외유출(배당)으로 소득처분하고 원고의 배당소득에 대한 소득세 00,000,000원을 원천징수한 것으로 법인세 신고서를 제출하는 한편, 2018. 3. 00. 관할세무서인 bb세무서에 배당소득 지급명세서를 제출하였다.

2. 원고도 이에 보조를 맞추어 2018. 1. 00. aaaa과의 주식거래는 특수관계법인에 주식을 시가보다 고가로 양도한 것으로 법인세법 제52조 의 부당행위계산부인규정에 따라 시가 초과분 000,000,000원(이하 ‘이 사건 배당액’이라고 한다)에 대하여 배당소득으로 과세될 것이므로, 당초 신고하였던 양도소득금액에서 이 사건 배당액을 제외하여 양도소득세를 재산정해 달라는 내용으로 감액경정을 피고에게 청구하였다.

3. 피고는 원고의 위 감액경정청구를 인용하여 2018. 2. 00. 2017년 귀속 양도소득세 00,000,000원을 감액하는 경정처분을 하고(이하 ‘이 사건 감액경정처분’이라고 한다), 00,000,000원(양도소득세 00,000,000원 및 환급가산금 00,000원)을 원고에게 환급해주었다.

• 다. 1) 그 후 원고가 2018년 귀속 종합소득세를 신고하지 않자, 피고는 2020. 00. 00. 이 사건 배당액과 근로소득을 합산한 금액을 기준으로 원고에게 2018년 귀속 종합소득세 00,000,000원을 결정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 종합소득세 부과처분’이라고 한다).

2. 원고는 이 사건 종합소득세 부과처분에 불복하여 그 취소를 구하는 소를 제기한 결과, 이 사건 계약의 거래가액은 건전한 사회통념 및 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결하지 않은 정상적인 것으로서 부당행위계산부인 사유에 해당하지 않는다는 이유로 이 사건 종합소득세 부과처분을 취소한다는 원고 승소 판결이 선고되었고(서울행정법원 2022. 00. 00. 선고 0000구합00000 판결, 이하 ‘이 사건 관련판결’이라고 한다), 이는 2022. 00. 0. 그대로 확정되었다.

3. 피고는 이 사건 관련판결에 따라 2023. 0. 00. 이 사건 종합소득세 부과처분에 따라 납부된 세액을 환급함과 동시에 이 사건 감액경정처분에 의하여 환급되었던 2017년 귀속 양도소득세 00,000,000원을 다시 원고에게 부과고지하였다(이하 ‘이 사건 재경정처분’이라고 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 6호증, 을 제1 내지 5호증(가지번호 있는 경우 이를 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지 원고는 당초 이 사건 계약 관련 양도소득세의 신고ㆍ납부를 2017. 8. 00. 올바르게 마쳤는바, 이로써 국세기본법 제22조 제2항 본문에 따라 해당 양도소득세는 위 신고일자에 곧바로 확정된 것으로 보아야 한다. 이와 같이 이 사건 계약과 관련하여 양도소득세가 위 시점에 이미 확정되었다고 보는 이상, 피고로서는 더는 부과권을 행사할 여지가 없고, 국세징수권의 소멸시효만이 진행하게 되는데, 그 기산일은 국세기본법 제27조 제3항 제1호 에 따라 법정 신고납부기한이자 소득세법 제106조 에 따른 양도소득세 예정신고납부 기한(2017. 8. 31.)의 다음날인 2017. 9. 1.로서, 이때로부터 국세기본법 제27조 제1항 제2호 에서 정한 5년의 시효기간이 지난 2023. 00. 00. 이 사건 재경정처분이 이루어졌으므로 이는 위법하다고 보아야 한다.
• 나. 판단 무릇 과세관청은 과세처분에 오류ㆍ탈루가 있는 경우 제척기간의 범위 내에서 횟수에 제한 없이 종전 처분을 시정하기 위한 처분을 할 수 있는바, 이는 공정과세의 이념이나 과세권의 본질상 당연한 것으로서 과세관청의 경정처분은 기존 세액의 납부 여부나 세액 등의 탈루, 오류의 발생원인 등과는 무관한 것으로서 이를 가리켜 이중과세나 형평과세 내지 신의성실의 원칙에 위배되는 것이라고 할 수 없다(대법원 1992. 7.28. 선고 91누10732 판결 참조). 감액경정처분은 당초의 신고 또는 부과처분과 별개의 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초의 신고 또는 부과처분의 변경이고 그에 의하여 세액의 일부취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이므로, 그 경정결정으로도 아직 취소되지 않고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우 항고소송의 대상은 당초 신고나 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이며, 감액경정결정이 항고소송의 대상이 아니다(대법원 1996. 11. 15. 선고 95누8904 판결 등 참조). 살피건대, 앞서 본 사실관계에 의하면, 이 사건 계약과 관련하여 원고가 2017. 8. 00. 양도소득세를 신고ㆍ납부하였더라도, 피고가 2018. 00. 00. 한 이 사건 감액경정처분에 따라 감액경정 및 환급이 이루어짐으로써 그 부분에 대해서는 조세채무가 확정되는 효력이 상실되었고, 그 후 피고는 이 사건 관련판결의 취지에 따라 국세부과권의 행사로서 부과제척기간 내에 이 사건 재경정처분을 함으로써 종전에 감액 및 환급이 이루어졌던 부분(조세채무가 확정되는 효력이 상실된)에 관하여 재차 증액경정이 이루어졌으며, 그 부분만큼 원고의 납세의무가 새롭게 확정되는 효과가 나타난 것으로 보아야 한다. 이 사건 감액경정처분에 따라 감액경정 및 환급이 이미 이루어진 부분에 대해서까지 조세채무가 확정되는 효력이 그대로 잔존함을 전제로(관련하여 원고는, 이 사건 감액경정처분이 실질적으로 증액경정처분에 속하는 이 사건 재경정처분에 흡수ㆍ소멸됨으로써 더는 존재하지 않게 되었으므로, 이 사건 재경정처분 이후에는 이 사건 감액경정처분이 이루어진 사실을 일체 고려함이 없이 원고가 2017. 8. 00. 한 당초의 양도소득세 신고가 그대로 존속하는 것으로 보아야 한다는 취지로 주장하나, 이 사건 감액경정처분으로 인해 원고가 2017. 8. 00. 한 당초의 신고가 즉시 변경되는 효력이 나타난 것으로 보아야 하는 것이지, 이 사건 감액경정처분이 별개의 독립된 과세처분으로서 이 사건 재경정처분이 있을 때까지 줄곧 남아 있다가 이 사건 재경정처분에 흡수된다고 볼 것이 아니다) 이 사건 재경정처분은 단지 징수처분의 성격을 가질 뿐이고 국세징수권의 소멸시효가 이미 도과되었다는 원고 주장은 독자적이고 일방적인 것으로서 받아들일 수 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.