대법원 판례 양도소득세

지주회사에 현물출자 후 그 대가로 취득한 주식의 증여가 과세이연 중단사유로서 처분인지 여부

사건번호 서울행정법원-2024-구단-56545 선고일 2025.05.16

증여는 구 조특법 제38조의2 제1항에서 규정하는 양도소득세 과세이연 중단 사유인 처분에 해당함

[ 세 목 ] [ 판결유형 ] 국승 [ 사건번호 ] 서울행정법원-2024-구합-56545(2025.05.16) [직전소송사건번호 ] [ 제 목 ] 지주회사에 현물출자 후 그 대가로 취득한 주식의 증여가 과세이연 중단사유로서 처분인지 여부 [ 요 지 ] 증여는 구 조특법 제38조의2 제1항에서 규정하는 양도소득세 과세이연 중단 사유인 처분에 해당함 [ 판결내용 ] 판결 내용은 붙임과 같습니다. [

관련법령

] 조세특례제한법 제38조의2 【주식의 현물출자 또는 교환·이전에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】 사 건 2024구합56545 양도소득세경정거부처분취소 원 고 조ㅇㅇ 피 고 ㅇㅇ세무서장 변 론 종 결

2025. 04. 11. 판 결 선 고

2025. 05. 16.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2023. 2. 20. 원고에 대하여 한 2022년 귀속 양도소득세 537,725,824원의 경정거부처분을 취소한다.

1. 처분의 경위
  • 가. 지주회사 전환과 원고의 현물출자

1. ㅇㅇ기전㈜는 2014. 12. 1. 유압기기 사업부문을 ㅇㅇㅇ파워㈜로 적격인적분할 하였고, 자동차부품 사업부문을 ㅇㅇㅇ오토㈜로 적격물적분할하였으며, ㅇㅇ기전㈜는 사명이 ㅇㅇㅇ㈜로 변경되어 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 “공정거래법”)상 지주회사가 되었다.

2. ㅇㅇㅇ㈜는 공정거래법상 지주회사 자회사 소유요건을 갖추기 위해 ㅇㅇㅇ파워 ㈜의 주식을 공개매수하였고, 원고는 이에 참여하여 ㅇㅇㅇ파워㈜의 주식 2,896,955주 (주당 9,200원)를 ㅇㅇㅇ㈜에 현물출자하고 그 대가로 ㅇㅇㅇ㈜의 주식 4,687,299주 (주당 5,686원)를 취득하였다.

3. 원고는 현물출자과정에서 발생한 ㅇㅇㅇ파워㈜ 주식 양도차익에 대하여 구 조세 특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 “쟁점법률”이라 고 한다) 제38조의2 제2항에 따라 과세이연을 받았다.

  • 나. 원고의 증여 및 양도소득세 신고‧납부

1. 원고는 현물출자에 따라 취득한 ㅇㅇㅇ㈜의 주식 중 470,000주를 2022. 1. 27. 재단법인 ㅇㅇㅇㅇㅇ장학재단에 증여하였다(이하 이를 “이 사건 증여”라고 한다).

2. 원고는 2022. 8. 24. 위 주식의 취득과 관련된 현물출자에 따른 양도차익 2,150,903,300원에 대한 양도소득세(537,725,825원)를 신고‧납부하였다.

  • 다. 원고의 경정청구 및 피고의 경정거부처분

1. 원고는 2023. 2. 3.경 이 사건 증여는 쟁점법률 제38조의2 제2항에 규정된 “처분”에 해당하지 않으므로 과세이연 중단사유에 해당하지 않는다는 점을 들어 양도소득세 537,725,825원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

2. 피고는 2023. 2. 20. 위 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 이를 “이 사건 거부처분”이라고 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제6호증의 각 기재

2. 원고의 주장
  • 가. 쟁점법률 제38조의2 제2항에 규정된 “주식을 처분할 때까지”의 “처분”은 유상 처 분인 양도만을 의미하는 것이므로, 원고의 증여는 해당 조항이 규정한 과세이연 중단 사유에 해당하지 아니한다.
  • 나. 설령 쟁점법률 제38조의2 제2항의 “처분”에 “증여”가 포함된다고 해석하더라도, 원고는 현물출자로 취득한 이 사건 회사 주식 4,687,299주 중 470,000주를 증여하였고 그 외 양도한 주식을 합산하더라도 현물출자로 취득한 주식의 1/2에 미치지 못하는바, 쟁점법률 제38조의2 제5항, 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호 로 개정되기 전의 것, 이하 “쟁점시행령”이라고만 한다) 제35조의3 제12항 제1호에 따 른 ‘부득이한 사유’가 인정되므로 과세이연이 계속되는 것으로 해석되어야 한다.
  • 다. 양도소득세를 부과한다고 하더라도 원고의 양도차익에 대하여 적용되는 양도 소득세율은 현물출자 시점에서의 소득세법에 따른 20%가 적용되어야 한다.

3. 이 사건 거부처분의 위법 여부

  • 가. 쟁점법률 제38조의2 제2항의 “처분”에 “증여”가 포함되는지 여부 다음과 같은 이유에서, 쟁점 법률 제38조의2 제1, 2항의 “처분”은 유상처분인 양도 만을 의미하는 것이 아니라 증여도 포함한다고 봄이 상당하고, 이 사건 증여는 쟁점 법률 제38조의2 제1항이 규정한 과세이연 중단사유인 “처분”에 해당한다. 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

1. 쟁점법률 제38조의2 제1, 2항은 “그 주주가 해당 지주회사(또는 전환지주회사, 이하 ‘지주회사’라고만 한다)의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다”고 규정하고 있는바, “처분”은 그 사전적 의미가 ‘재산을 처리하여 치움 1) ’에 해당하여 ‘주식을 처분’한다는 것은 ‘재산권인 주식을 다른 사람에게 이전하는 행위’를 의미한다고 해석함이 상당하고, 그 문언을 충실히 해석하면 이를 유상처분, 즉 대가를 지급받기로 하고 재산권을 이전하는 경우로만 한정되는 것으로 보기는 어렵다.

2. 2010. 12. 27. 조세특례제한법이 개정되면서, 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것, 이하 “개정 전 법률”이라고 한다) 제38조의2 제3 항에 규정된 과세이연의 사후관리 조항이 삭제되었고 그 결과 ‘주식의 증여나 상속이 있는 경우 양소소득세를 이연받은 주주는 이연받은 양도소득세를 납부하여야 한다.’는 규정이 삭제되기는 하였다. 그렇지만 쟁점법률은 지주회사 설립‧전환의 세제지원 규정을 법인세법상 합병‧분할 등 기업구조재편 세제지원와 동일한 구조로 정비하는 방식으로 개정된 것이고, 그 결과 쟁점법률 제38조의2 제3항은 종래의 규정내용과는 다르게 지주 회사의 설립‧전환이 세제지원을 받을 수 있는 적격요건을 상실한 경우 지주회사가 현물 출자 과정에서 취득한 주식의 장부가액과 시가와의 차액을 익금에 산입하도록 규정하 였다(이는 법인세법 제44조의3 제3항, 제46조의3 제3항에 대응하는 조항이다). 이렇게 규정의 체계가 변경된 이상, 개정 전 법률 제38조의2 제3항에서 사후관리 대상으로 되어 있던 ‘양도소득세의 과세를 이연받은 주주가 지주회사의 주식을 증여하거나 상속이 이루어 지는 경우’에 관한 규정이 삭제되었다고 하여, 이를 곧 ‘증여’의 경우에는 쟁점법률 제38조 의2 제1, 2항의 과세이연 중단사유에서 제외하려는 취지로 이해할 수는 없다. 결국 증여가 양도소득세의 과세이연 사유가 되는지 여부는 쟁점법률 제38조의2 제3항의 변경내용이 아니라 쟁점법률 제38조의2 제1, 2항에 규정된 과세이연의 요건에 대한 해석을 통해 판단되어야 한다. 3) 소득세법 제88조 제1호 는 현물출자 역시 자산의 양도에 해당한다고 보아 미실 현이득의 과세계기로 삼고 있으므로, 현물출자 시에 그 미실현이득에 대한 과세가 이 루어짐이 원칙이고, 그 자산의 양도차익(양도금액 – 취득가액 등 필요경비)에 대해 양 도소득세가 부과된다. 그럼에도 불구하고 쟁점법률 제38조의2 제1, 2항은 지주회사의 설립이나 전환 등을 위하여 지주회사 등에 주식을 현물출자하는 경우 주식의 양도차익 에 대하여 한시적, 예외적으로 과세이연 혜택을 부여하고 있는데, 이는 지주회사의 설 립을 촉진하여 기업구조조정의 활성화를 유도하고, 복잡한 계열사간 순환출자구조를 지주회사 중심의 단순 지배구조로 전환하여 지배구조의 투명성을 재고하기 위한 것으 로서, 이는 지주회사에 주식을 출자하더라도 지주회사를 통하여 출자한 주식을 간접적 으로 소유․지배한다는 점에 착안한 것인데, 현물출자로 인해 취득한 지주회사의 주식 을 증여한 경우에는 현물출자된 주식에 대한 간접적 소유·지배가 더 이상 존재하지 않 게 된다. 다시 말해 쟁점법률 제38조의2에 따라 과세를 이연하여 주는 이유는 양도된 자산의 소유자가 실질적으로는 변경된 바가 없다는 데에 착안한 것인데, 그 소유자가 증여로 인해 변경된 경우에는 해당 조항을 통해 달성하고자 하는 지주회사의 설립이나 전환을 통한 기업구조조정 촉진이라는 목적과는 무관한 것이고 현물출자된 주식에 대 한 간접적 소유·지배관계도 존재하지 않게 되므로 더 이상 과세이연 혜택을 부여할 필 요가 없고(대법원 2015두40569 판결 취지 참조), 이는 지주회사의 주식을 유상으로 양 도한 경우와 동일하다. 위의 개정연혁까지 함께 살펴보면 개정 전 법률 제38조의2 제3 항 제2호를 삭제한 것은 규정체계를 정비하기 위한 것으로 봄이 상당하고, 달리 증여 를 과세이연 중단사유에서 제외하고자 하는 입법의도가 있었던 것으로 평가할만한 근 거가 없다[위 개정 당시 작성된 기획재정부의 ‘2010 간추린 개정세법’에는 개정 전 법 률 제38조의2 제3항 제2호의 삭제와 관련하여 “삭제(처분에 포함)”라고 표기하고 있는 바(을 제2호증), 이에 의하더라도 해당 조항을 삭제한 것이 “증여”를 과세이연 중단사 유에서 제외하려는 의도는 아니었던 것으로 볼 수 있다].

4. 원고는 쟁점시행령 제35조의4 제1항 후단이 지주회사 주식의 ‘양도’에 대하여만 양도소득세의 계산방법을 규정하고 있다는 점을 지적하기도 한다. 그렇지만 ① 현물출 자 과정에서 기존 주식의 양도차익이 확정되었다고 하더라도 주주가 지주회사 주식을 제3자에게 양도하는 경우 과세이연된 부분과 현물출자 이후에 발생한 양도차익이 혼재 되어 있어 그 양도차익 산정에 관한 규정이 필요한 점, ② 반면 지주회사 주주가 주식 을 증여한 경우 현물출자 과정에서 확정된 양도차익에 대하여 소득세법에 따른 양도소 득세를 납부하면 되어 양도차익 산정과 관련된 별도의 규정이 필요 없는 점, ③ 개정 전 법률 및 시행령에서도 증여로 인한 과세이연 중단시 양도소득세 계산 방법에 관한 규정을 별도로 명시하고 있지 않았던 점 등을 종합하여 보면, 원고가 지적하는 사정만 으로 쟁점법률 제38조의2 제1항의 “처분”을 유상처분만을 의미한다고 범위를 축소하여 해석할 수는 없다.

5. 원고는, “처분”에 “증여”가 포함된다고 해석하게 되면 지주회사의 주주가 주식을 증여할 경우에는 현물출자 시점에서의 양도차익에 대하여 양도소득세를 납부하게 되는 반면, 현물출자 이후 주식의 가치가 하락하여 지주회사의 주주가 주식을 저가에 양도할 경우에는 양도소득세가 경미하게 되는 결과가 발생하는바(더욱이 양도가액을 1원으로 한 경우는 증여와 실질적으로 동일한 행위라고 볼 수 있다), 이는 지나치게 부당한 결과에 해당한다고 주장하기도 한다. 살피건대, 쟁점법률 제38조의2 제1항에서 과세이연되는 양도차익은 ‘기존 보유주식의 현물출자를 통해 얻은 이익’인 점, 쟁점시행령 제35조의4 제1항 후문은 지주회사의 주주가 그 주식을 양도할 경우 과세이연된 양도차익에 현물 출자 이후의 양도차익(또는 손실)을 합산하여 양도차익을 산정하도록 한 것으로 그 합리성 이 인정되는 점, 원고가 상정한 것과 같이 현물출자 이후 지주회사 주식의 가치가 크게 하락 한 경우 지주회사의 주주는 주식의 이전을 위하여 증여 또는 양도 중 적절한 거래방법을 선택할 수 있는 점, 반대로 지주회사 주식의 가치가 현물출자 시점보다 상승할 경우 증여 시점에서 과세이연이 중단되고 양도차익에 대한 양도소득세를 부담하는 것이 부당하다고 볼 수는 없는 점, 양도와 증여는 세법상 취급이나 납세의무자, 과세방식이 다른 점 등 을 종합하면, 지주회사 주식의 증여를 과세이연의 중단사유로 삼는 것이 이를 양도하 였을 경우 현물출자 과정에서 과세이연된 양도차익과 현물출자 이후의 양도차익(또는 손실)을 합산하여 양도차익을 산정하는 것과 비교할 때 부당하다고 단정할 수 없다.

  • 나. 원고에게 쟁점법률 제38조의2 제5항의 사유가 인정되어 과세이연이 중단되지 않 는지 여부 아래의 사정들을 종합하면, 쟁점법률 제38조의2 제5항의 규정내용만으로는 이 사 건 증여가 과세이연 중단사유에 해당한다는 판단에 어떠한 영향이 있다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

1. 쟁점법률 제38조의2 제1, 2항은 ‘다음 각호의 요건을 갖추어 현물출자한 경우, 현물출자로 인하여 취득한 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다’는 취지로 규정하고 있는바, 제1, 2항 각호의 요건은 지주회사에 현물출자한 주주가 양도소득세 과세이연의 세제지원을 받기 위한 적격요건에 해당하는 것이고, 이러한 적격요건이 갖춰지면 현물 출자한 지주회사의 개별 주주들은 주식을 “처분”할 때까지 양도소득세를 이연받고 “처분 ” 을 한 시점에서 그 양도차익에 대한 양도소득세를 납부할 것을 규정하고 있다고 보아야 한다. 제3항 각호의 규정 역시 지주회사에 대하여 현물출자가 있었던 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년 사이에 해당 사유가 발생한다면 지주회사는 현물출자에 따른 세제지원 적격을 상실하고 현물출자로 취득한 주식의 장부가액과 시가와의 차액을 익금에 산입하도록 하는 규정에 해당한다.

2. 쟁점법률 제38조의2 제5항은 “제1항 각호 및 제3항 제3호, 제4호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속 하는 것으로 본다”라고 규정하고 있는바, 이는 쟁점법률이 지주회사 또는 주주가 세제 지원을 받기 위한 적격요건으로서 특정한 지배주주 등이 주식을 계속 보유하거나 자회 사가 사업을 계속할 것을 요구하는 것과 관련하여, 부득이한 사유가 있는 경우 지배주주 등이 주식을 처분하거나 자회사가 사업을 폐업하더라도 적격요건이 유지되는 것으로 간주 한다는 취지로 해석될 뿐이다. 그렇다면 쟁점법률 제38조의2 제5항, 쟁점시행령 제35조의3 제12항, 법인세법 시행령 제80조의2 제1항 제1호 에 규정된 사정들은 모두 해당 지주회사나 그 주주 일반에 대하여 세제지원이 부여되고 유지될 수 있을지 여부와 관련된 것이고, 지주회사에 현물출자하여 과세이연의 혜택을 받은 개별 주주가 해당 주식을 “처분”함 으로써 과세이연이 중단되고 양도소득세를 납부할 것인지의 문제와는 그 적용단계를 달리하는 규정이라고 보아야 한다.

  • 다. 이연된 양도차익에 대하여 증여시점의 소득세법에 따른 양도소득세율이 적용될 것인지 여부 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면 이 사건 양도소득금액에 대하여도 이 사건 증여 당시의 소득세법에 따른 양도소득세율을 적용하는 것이 타당하므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

1. 쟁점시행령 제35조의4 제1항은, 거주자가 법 제38조의2 제1항에 따라 보유주식을 지주회사에 현물출자하는 경우 그 주식과세이연금액에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하고, 다만 그 지주회사의 주식의 양도에 대한 과세표준을 계산함에 있어 지주회사의 취득가액에서 주식과세이연금액을 차감한 금액을 취득가액으로 본다고 정하고 있다. 이에 따라 주식 양도 시점에 전체 양도차익을 산출하여 양도소득세를 납부할 수 있는바, 위 규정 은 과세이연 중단사유인 양도시점의 양도소득세율이 적용되는 것을 전제로 하고 있다.

2. 구 소득세법(2020. 12. 29. 법률 제17757호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1항 제3호는 양도소득세의 과세대상이 되는 양도소득은 주식의 양도로 인하여 당해연도에 발생한 소득으로 정한다고 규정하고 있다. 그런데 주식과세이연금액은 당해연도에 발생한 소득에 해당하지 아니하고, 다만 쟁점시행령이 위 소득에 대한 과세를 위하여 향후 양도에 따른 양도소득 계산 시 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 차감하도록 정하고 있을 뿐이다. 증여를 과세이연 중단사유로 본다면, 법령에서 달리 정한 것이 없는 이상 양도와 동일하게 처분(증여) 시점의 양도소득세율을 적용하는 것이 과세이연 중단에 따른 양도소득세의 부과라는 측면에서 일관된다.

3. 쟁점법률 제38조의2 제1, 2항은 지주회사의 전환 시 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 그 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다고 규정하여 과세이연 여부를 납세자의 선택에 따르도록 하고 있다. 원고는 이 사건 현물출자 시 과세의 이연을 선택하였다. 위 쟁점법률과 쟁점시행령의 문언상 이연되는 부분은 소득세 법령에 따라 계산된 양도소득세 자체가 아니라, 양도차익에 상당하는 금액인 것으로 보아야 한다.

4. 현물출자 이후 사정의 변경으로 인하여 지주회사 주식의 처분 당시의 세율이 현물출자 당시의 세율보다 낮은 경우도 발생할 수 있으므로 주식과세이연금액에 대하여 지주회사 주식의 처분 당시의 세율을 적용하는 것 자체가 형평에 반한다고 단정할 수 없다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다. 1) 국립국어원 표준국어대사전

판결 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)