대토보상권을 투자회사에 현물출자한 경우 감면받거나 과세이연 받은 세액 등을 납부하여야 함

사 건 2014구단55481 양도소득세등 부과처분취소 원 고 AAA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 7. 4. 판 결 선 고

2025. 8. 22.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. 12. 9. 원고에 대하여 한 2021년 양도소득세 60,208,180원 및 농어촌특별세 9,002,570원(가산세 포함) 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2021. 2. 16. 한국토지주택공사에 OO시 OO구 OO동 xxx 전 913㎡(이하 “이 사건 토지”라고 한다)에 관하여 2021. 2. 8.자 공공용지의 협의취득을 원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳐 주었는데(이하 “이 사건 양도”라고 한다), 그 양도대금 1,293,416,660원을 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 “토지보상법”이라고 한다) 제63조 제1항 단서에 따라 대토로 보상받기로 하였다.
• 나. 원고는 부동산투자회사법에 따른 부동산투자회사인 BBB부동산투자회사(이하 “이 사건 투자회사”라고 한다)에 이 사건 양도에 따라 취득한 대토보상권을 현물투자하기로 하였고, 이 사건 투자회사가 설립된 이후인 2021. 3. 5.경 대토보상권을 출자한 후 이 사건 투자회사의 주식 258,684주(현물출자 가액1,293,420,000원)를 취득하였다.
• 다. 원고는 이 사건 토지의 양도대금에 대하여 구 조세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제77조의2 제1항에 따라 양도소득세액 100,000,000원을 감면한 165,278,820원을 신고·납부하였고, 농어촌특별세는 신고하지 아니하였다.
• 라. 피고는 원고가 이 사건 대토보상권을 2021. 3. 5.경 이 사건 투자회사에 현물출자하였으므로 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호, 구 조세특례제한법 시행령(2021. 5. 4. 대통령령 제31661호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제73조 제5항 제4호에 따른 추징사유가 된다고 보고, 2022. 12. 9. 원고에 대하여 감면액을 39,791,823원만 인정(감면율 15%)한 다음 양도소득세 60,208,180원(피고가 계산한 양도소득세액 225,487,000원과 기존 납부세액과의 차액)을 부과하고, 농어촌특별세 7,958,364원(감면세액 39,791,823원에 대한 20%) 및 가산세 1,044,216원 합계 9,002,580원을 부과하였다(이하 “이 사건 부과처분”이라고 한다).
• 마. 원고는 2024. 6. 28. 대토보상권을 현금보상으로 전환하기로 하고 그 무렵 토지 보상금액 1,293,416,660원을 현금으로 지급받았다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 10, 11호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재

2. 이 사건 부과처분의 위법 여부

• 가. 원고의 주장

1. 이 사건 부동산투자회사에 대하여는 국토교통부장관의 영업인가가 없었으므로 이 사건 투자회사가 설립되었다고 하더라도 이 사건 대토보상권이 현물출자 되었다고 평가할 수 없다. 또한 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호 에 규정된 “토지로 보상받기로 결정된 권리를 부동산투자회사법에 따른 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 등”은 그 후에 기재된 “대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니하는 경우”의 예시에 해당하고, 구 조세특례 제한법 시행령 제73조 제5항의 규정 역시 이러한 취지에 맞게 해석되어야 한다. 원고가 대토보상으로 취득하기로 한 토지에 관하여는 소유권이전등기가 마쳐지지 아니하였는바, 그렇다면 원고에 대하여는 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호 가 적용될 수 없다. 피고가 해당 조항을 근거로 양도소득세를 부과한 것은 위법하다. 2) 원고는 농어촌특별세법 제4조 제2호 에 따른 비과세대상이므로, 농어촌특별세 부과는 위법하다.

• 나. 판단 1) 원고가 2021. 3. 5.경 이 사건 투자회사에 대토보상권을 현물출자한 것으로 평가 되는지 여부 위의 증거들, 갑 제3, 7호증, 을 제5호증의 기재를 종합하여 인정되거나 알 수 있는 다음의 사실 및 사정들을 종합하면, 원고가 2021. 3. 5.경 이 사건 투자회사에 이 사건 토지의 대토보상권을 현물출자하고 신주를 인수한 것은 유효한 것으로 평가할 수 있다.

① 구 부동산투자회사법(2021. 4. 13. 법률 제18048호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 의하면, 부동산투자회사가 부동산의 취득, 개발 및 처분 등의 투자행위를 하려면 국토교통부장관의 인가를 받아야 하고(제9조 제1항), 국토교육부장관은 영업인가 과정에서 설립과정의 적법성, 사업계획의 타당성, 신주발행계획의 적정성 등을 확인하도록 되어 있으며(제9조 제2항), 영업인가 전에는 주식을 일반의 청약에 제공할 수 없고(제14조의8), 현물출자를 받는 방식으로도 신주를 발행할 수 없도록(제19조 제1항) 되어 있다. 다만 제26조의3은 부동산투자회사가 대토보상권을 현물출자받아 해당 토지의 개발사업에 투자할 목적으로 설립되는 경우에는 제14조의8, 제19조 제1항 등을 적용하지 아니한다고 규정하고 있다. 이에 따르면 대토보상권을 현물출자받아 해당 토지의 개발사업에 투자하려는 부동산투자회사의 경우에는 영업인가 전이라고 하더라도 해당대토보상권을 현물출자받을 수 있도록 구 부동산투자회사법이 명시하고 있다고 해석함이 상당하다.

② 위와 같은 취지의 조항이 최초로 신설된 구 부동산투자회사법(2010. 4. 15. 법률 제10269조)에 의하면 그 개정이유에 ‘대토보상을 원활히 하고 개발전문 부동산투자 회사의 설립을 활성화하기 위하여 대토보상지에서 개발사업을 실시하는 개발전문 부동산투자회사에 대하여 대토보상권을 현물출자할 수 있도록 한다’고 되어 있다.

③ 법제처 역시 구 부동산투자회사법 제26조의3 의 해석과 관련하여 ‘대토보상 부동산 투자회사는 영업인가를 받기 전이라고 하더라도 대토보상권을 현물출자받을 수 있다’고 유권해석한 바 있다(법제처 21-0101).

④ 2021. 4. 13. 법률 제18048호로 개정된 부동산투자회사법 제26조의3 은 특례등록 제도를 신설하여 부동산투자회사가 국토교통부 장관의 심사를 거쳐 특례등록을 마친 경우에는 대토보상권의 현물출자를 받을 수 있도록 규정하고, 일정한 요건이 충족되면 부동산투자회사의 주주들이 주식을 처분할 수 있도록 규정하는 등 토지개발사업의 원활한 추진, 투자자의 보호 및 투자금의 회수 등에 관한 절차를 정비하였다. 그러나 위의 법률 개정 전이라고 하여 부동산투자회사의 영업인가 전에 대토보상권의 현물출자가 허용되지 않았다고 해석할 수는 없다.

2. 대토보상권을 현물출자한 이상 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호 의 요건이 충족되는지 여부 아래와 같은 근거를 종합하면, 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호 는 대토보상권을 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 제77조의2 제1항에 따라 감면받은 양도소득세 차액이나 과세이연금액 상당세액을 납부하도록 명시적으로 규정하였다고 해석함이 상당하다(이렇게 해석하는 이상 구 조세특례제한법 제73조 제5항 제4호 는 위법률조항의 취지에 반한다거나 위임입법의 한계를 일탈하였다고 보기 어렵다). 결국 원고의 현물출자 시점에서 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 에 따라 원고가 감면받은 양도소득세를 납부할 의무가 발생한다고 보아야 한다.

① 조세특례제한법과 그 시행령이 아래와 같이 개정되면서 조세특례제한법 제77조의2 제1항 에 따라 감면받거나 과세이연받은 양도소득세를 납부해야 하는 사유로 ‘대토보상권을 부동산투자회사에 현물출자하는 경우’라는 문구가 추가되었다.

② 이러한 법령 규정의 문언 및 개정 경과, 2019. 12. 31. 법률 제16835호로 개정된 조세특례제한법의 의안원문에 제77조의2 제3항 제2호의 개정 이유에 관하여 ‘대토 보상권을 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 등에 대해 감면받거나 과세이연받은 세액 및 이자 상당 가산액을 양도소득세로 납부하도록 대통령령으로 위임할 수 있는 근거를 명확히 함’이라고 설명되어 있는 점까지를 함께 고려하면, 토지보상법 제63조 제1항 단서에 따른 대토보상권을 부동산투자회사에 현물출자하는 경우에도 구 조세특례제 한법 제77조의2 제1항 에 따라 감면받거나 과세이연된 양도소득세액을 납부하도록 명시적으로 규정하는 것이 입법자의 의도인 것으로 봄이 상당하다.

③ “등”의 사전적 의미는 ‘그 밖에도 같은 종류의 것이 더 있음을 나타내는 말’인데, “대토보상권을 부동산투자회사에 현물출자하는 경우(A) 등 대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 않은 경우(B)”라는 문구는 “대토보상권을 부동산투자회사에 현물출자하는 경우(A)”를 과세이연된 양도소득세액을 납부하여야 하는 독자적인 하나의 사유로 규정하면서 그 밖에도 같은 종류의 것이 더 있음을 의미하는 것으로 해석되어야 하고, A가 B의 예시에 불과하다거나 A가 반드시 B의 요건까지 갖추고 있어야 한다고 해석하는 것(즉 현물출자만으로는 요건이 충족되지 않고 소유권이전등기까지 마쳐져야 한다고 해석하는 것)은 그 문언의 의미에 충실한 해석이라고 보기 어렵다. 위의 “등”이라는 문구가 포함된 것은 대토보상권을 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 해당 대토에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 ‘현물출자계약’으로 기재되게 되고 ‘대토보상’으로 기재되지는 않는다는 점을 고려한 것으로 보이나, 법률 개정을 통해 “현물출자하는 경우 등”이라는 문구가 명시된 이상 대토보상권을 부동산투자회사에 현물출자하면 이로써 위 요건은 충족되었다고 보아야 하고 이와는 별도로 대토보상이 아닌 등기원인으로 소유권이전등기까지 마쳐져야 비로소 위 요건이 충족된다고 해석하기는 어렵다.

④ 조세특례제한법 제77조의2 는 공익사업에 따른 수용이나 협의매수를 통해 토지를 양도하고 그 양도대금을 대토보상으로 받는 경우 양도소득세액을 감면받거나 과세 이연 받는 혜택을 부여하고 있는데, 이는 공익사업으로 인하여 토지를 양도하는 것은 토지 소유자의 필요와 의사에 따른 것이라고 보기 어려울 뿐 아니라 그 양도대금을 대토 형태로 지급받을 경우 토지의 양도소득이 실현되었다고 보기 어렵다는 점을 고려한 것 으로 판단된다. 그런데 대토보상권을 현물출자하는 것은 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도로서 이 과정에서 발생하는 소득은 소득세법에 따른 양도소득세 납부대상에 해당 하므로(소득세법 제88조, 제94조 제1항 제2호 가목), 현물출자 시점에서 그 양도소득이 실현된 것으로 보고 조세특례제한법 제77조의2 제1항 에 따라 감면받거나 과세이연받은 양도소득세액을 납부하도록 하는 것이 법체계상으로도 타당하다.

3. 원고에게 농어촌소득세 비과세 요건이 충족되는지 여부 농어촌특별세법 제4조 제2호, 시행령 제4조 제1항은 농어업인이 일정한 법조항에 의하여 감면받은 세금에 대하여는 농어촌특별세를 비과세한다고 규정하고 있는바, 원고가 이 사건 양도소득세의 일부(감면율 15%)를 감면받은 근거조항은 위에서 살핀 것과 같이 구 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호, 구 조세특례제한법 시행령 제73조 제5항 제4호 이고 해당 조항은 위 비과세조항에 해당하지 않음이 명백하다. 그렇다면 원고가 농어업인의 요건을 충족하는지 여부를 더 나아가 판단할 필요 없이 원고는 농어촌특별세법 비과세 대상에 해당하지 않는다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.