조합원입주권의 양도소득세 계산은 소득세법 제100조 제4항 및 소득세법 시행령 제166조 제1항 제1호에 따라 관리처분계획인가후양도차익과 관리처분계획인가전양도차익으로 구분 및 합산하여 계산하여야 함

사 건 서울행정법원-2024-구단-53652 양도소득세부 과처분취소 원 고 AAA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2024. 9. 4. 판 결 선 고

2024. 10. 30.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지

피고가 20. . . 원고에 대하여 한 20년 귀속 양도소득세 xxx,xxx,xxx원(가산세포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 19. . . 서울 xx구 xx동 xxx-xx 외 x필지 소재 제x층 제x호(이하 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)를 취득하였고, 이는 20. . . 재건축정비사업의 관리처분계획 인가로 재건축아파트를 취득할 수 있는 권리(이하 ‘이 사건 조합원입주권’이라고 한다)로 전환되었다.
• 나. 원고는 20. . *. 이 사건 조합원입주권을 xx억 원에 양도한 후 20. . .양도가액 중 9억 원 초과분에 대한 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여 20년 귀속 양도소득세 xx,xxx,xxx원을 예정신고ㆍ납부하였다.
• 다. 피고는 원고의 양도소득세 신고내역을 검토한 결과, 관리처분계획인가일 이후의 보유기간에 대해서는 장기보유특별공제가 적용될 수 없다고 보아 이를 배제하는 한편, 양도소득금액의 산정에도 오류가 있다고 보고, 20. . . 원고에게 20년 귀속 양도소득세 xxx,xxx,xxx원을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다). 원고가 당초 신고한 내역과 피고가 이 사건 처분을 통하여 추가로 양도소득세를 부과한 내역을 비교하여 표로 나타내면 아래와 같다.
• 라. 위와 같이 원고가 신고한 내역과 피고의 처분내역 사이에 차이가 나타나게 된 원인은, 원고는 아래와 같이 이 사건 조합원입주권의 양도에 대해 일반적인 고가주택 양도 시의 계산방식을 적용하였던 반면, 피고는 소득세법(2019. 8. 27. 법률 제16568호로 개정되어 2020. 8. 28. 시행된 것, 이하 같다) 제100조 제4항 및 소득세법 시행령(2020. 10. 8. 대통령령 제31101호로 개정된 것, 이하 같다) 제166조 제1항 제1호에 따라 관리처분계획인가후양도차익과 관리처분계획인가전양도차익으로 구분 및 합산하여 계산하였기 때문이었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 6, 7호증, 을 제4, 5호증의 각 기재, 변론전체의 취지

• 가. 원고의 주장 요지

1. 원고는 이 사건 부동산을 19. . . 취득하였고 20. **. *. 이 사건 조합원입주권을 양도한 뒤 소득세법 제95조 제2항 에 의한 장기보유특별공제의 대상으로 정당 세액을 완납하였으므로 원고에게 양도소득세를 추가로 부과하는 것은 위법하다.

2. 피고는 취득가액을 xxx,xxx,xxx원으로 양도소득세를 산정하였으나, 취득가액은 xxx,xxx,xxx원이 맞으므로 이 사건 조합원입주권의 양도차익은 xxx,xxx,xxx원으로 보아야 한다.

3. 이 사건 부동산은 관리처분인가 당시의 감정평가금액이 xxx,xxx,xxx원이므로, 관리처분계획인가일 이전 부분의 양도차익은 위 xxx,xxx,xxx원에서 취득가액 xxx,xxx,xxx원 등을 차감하면 xxx,xxx,xxx원이 되고, 여기에 장기보유특별공제율 80%를 적용하면 xxx,xxx,xxx원이 장기보유특별공제액이 된다. 피고가 이와 달리 장기보유특별공제액을 xxx,xxx,xxx원으로 낮게 정한 것은 위법하다.

4. 피고와 같이 관리처분계획인가일 이후 부분에 대하여 장기보유특별공제를 배제하더라도 산출세액은 xxx,xxx,xxx원으로 계산되는데, 원고의 기납부세액은 xx,xxx,xxx원이므로 미납액이 xxx,xxx,xxx원인 것으로 가산세가 산정되어야 함에도, 피고가 미납액이 xxx,xxx,xxx원임을 전제로 가산세를 산정한 것은 위법하다.

• 나. 판단

1. 원고의 첫 번째 주장에 대한 판단 원고의 이 부분 주장은, 원고가 당초 신고하였던 바와 같이 양도차익 계산 자체를 구분하지 않고 전체 양도차익을 일괄 계산한 다음 장기보유특별공제의 적용 여부를 판단하는 방식이 그대로 타당하고, 피고가 취한 바와 같이 관리처분계획인가후양도차익과 관리처분계획인가전양도차익으로 구분 및 합산하는 방식을 취해서는 아니 된다는 취지인 것으로 선해된다. 그러나 관리처분계획인가후양도차익과 관리처분계획인가전양도차익으로 구분하는 것은 소득세법 제100조 제4항 및 같은 법 시행령 제166조 제1항제1호에 근거한 것일 뿐 아니라, 소득세법 제95조 제2항 은 관리처분계획인가 전 양도차익에 한정하여 장기보유특별공제가 적용되도록 규정하고 있는바, 이에 따르면 이 사건 조합원입주권의 양도에 관하여 피고가 취한 계산방식이 위법하다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장을 받아들이지 않는다.

2. 원고의 두 번째 주장에 대한 판단 원고의 이 부분 주장은 원고가 당초 신고한 바와 같이 아래 산식에 따라 취득가액이 산정되어야 함을 전제로 하고 있다. 그러나 양도차익의 산정에 관하여 소득세법 제100조 제4항 의 위임에 따른 소득세법 시행령 제166조 제1항 제1호 는, 청산금이 납부된 경우의 양도차익을 아래와 같은 산식에 따라 계산하도록 규정함으로써, 전체적으로 기존건물과 그 부수토지의 평가액, 그리고 납부한 청산금을 합산한 금액을 취득가액으로 삼도록 정하고 있다. 피고는 기존건물과 그 부수토지의 취득가액을 확인할 수 없는 경우에 속한다고 보아(원고도 이 점 자체는 다투지 않는 것으로 보인다), 소득세법 시행령 제166조 제3항 에 따라 기존건물과 그 부수토지의 취득가액을 xxx,xxx,xxx원으로 계산한 다음, 여기에 납부한 청산금 xx,xxx,xxx원을 합산하여 총 xxx,xxx,xxx원을 취득가액으로 정한 것인바, 여기에 원고가 주장하는 바와 같은 위법이 있다고 볼 수 없다.

3. 원고의 세 번째 주장에 대한 판단 원고의 이 부분 주장은, 관리처분계획인가일 이전 부분의 양도차익을 산정함에 있어 비례율이 적용된 권리가액이 아닌, 감정평가금액 자체를 기준으로 삼아야 함을 전제로 하고 있는 것이나, 이는 소득세법 제99조 제1항 제2호 가목의 위임에 따라 소득세법 시행령 제165조 제1항 에서 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’의 기준시가를 ‘취득일 또는 양도일까지 납입한 금액과 취득일 또는 양도일 현재의 프리미엄에 상당하는금액을 합한 금액’으로 정하고 있는 것의 취지 등에 반하는 주장으로서 받아들일 수 없다. 그 외에 피고가 이 사건 처분을 함에 있어 장기보유특별공제액 및 양도소득금액을 산정한 과정에 위법이 있다고 볼 수 없다.

4. 원고의 네 번째 주장에 대한 판단 원고의 이 부분 주장은, 원고가 당초 신고하였던 바와 같이, 이 사건 조합원입주권의 양도에 대해 일반적인 고가주택 양도 시의 계산방식이 기본적으로 적용되어야 함을 전제로 하고 있는 것이나, 피고가 행한 바와 같이 이 사건 조합원입주권의 양도로인한 양도소득세는 소득세법 제100조 제4항 및 같은 법 시행령 제166조 제1항 제1호에 따라 관리처분계획인가후양도차익과 관리처분계획인가전 양도차익으로 구분 및 합산하여 계산해야 할 것이므로, 원고의 위 주장 역시 받아들일 수 없다. 앞서 살펴본 피고의 가산세 산정과정에 달리 위법이 있다고 볼 수 없다(원고는 20**. . .자 준비서면에서 설령 피고가 계산한 바와 같이 관리처분계획인가후양도차익과 관리처분계획인가전양도차익을 구분 및 합산하는 방식으로 계산하더라도, 필요경비 x,xxx,xxx원만큼은 위 두 단계 모두에서 중복하여 차감되어야 한다는 취지로 주장하나, 이 역시 독자적이고 일방적인 주장으로서 받아들일 수 없다).

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.