대법원 판례 부가가치세

이 사건 각 세금계산서가 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당하는지 여부

사건번호 서울행정법원-2023-구합-88726 선고일 2025.08.22

피고가 제출한 증거만으로는 이 사건 매출세금계산서 및 매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 점을 상당한 정도로 증명하였다고 볼 수 없으므로 이에 관한 과세요건이 충족되었다고 볼 수 없다.

사 건 2023구합88726 부가가치세부과처분취소 원 고 주식회사 AA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2024. 11. 5. 판 결 선 고

2025. 2. 27.

주 문

1. 피고가 2022. 7. 2. 원고에 대하여 한 2021 사업연도 제2기분 부가가치세 세금계산서 지연발급·지연수취·미발급 등 가산세 ,*,***원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

1. 처분의 경위
  • 가. 피고는 2022. 7. 22. 주식회사 CC(이하 ‘CC’이라 한다)이 2021년 제2기 과세기간에 재화 또는 용역을 공급하지 않거나 공급받지 않았음에도 아래와 같은 세금계산서를 발급 또는 수취하였다(이하 ‘이 사건 처분사유’라 한다)는 이유로 CC에 세금계산서 지연발급·지연수취·미발급 등으로 인한 가산세(이하 ‘이 사건 가산세’라 한다) ,*,***원 등을 경정·고지하였다.

○ DD병원 외 10개 업체(이하 ‘이 사건 교육서비스 매출처’라 한다)에 대한 공급가액 합계 ,,,원의 매출세금계산서 및 주식회사 EE(이하 ‘EE’라 한다)에 대한 공급가액 ,,*원의 매출세금계산서

○ 주식회사 FF(이하 ‘FF’라 한다)로부터 수취한 공급가액 ,,원의 매입세금계산서 및 GG에이전트(이하 ‘GG’이라 한다)로부터 수취한 공급가액 ,,*원의 매입세금계산서

  • 나. CC은 2022. 9. 29. 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 2022. 10. 19. 원고에 흡수합병되었다. 조세심판원은 2023. 9. 18. ‘피고가 원고에게 한 처분 중 FF로부터 수취한 공급가액 ,,***원의 세금계산서상 매입세액을 공제하여 그 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다’는 내용의 결정을 하였다.
  • 다. 이후 피고는 위 조세심판원의 결정 취지에 따라 이 사건 가산세 중 ,,원을 감액경정하였다. 이에 따라 이 사건 가산세 중 원고에 대하여 남아 있는 처분‘이 사건 처분’이라 한다)은 ,,원(= ,,원 – ,,원)이다. 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제2, 3호증, 을 제2 내지 4, 7, 11, 12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 위법 여부
  • 가. 관련 법리 특정 거래가 실질적인 재화나 용역의 공급이 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래 과정에서 수취한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두13446 판결 등 참조). 다만 납세의무자가 신고한 특정 재화 또는 용역의 공급 거래에 관한 세금계산서가 재화 또는 용역의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 특정 거래가 실제로 재화의 인도 또는 용역의 제공 등이 없는 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 거래에 있어서 재화가 실제로 수수되었다거나 용역의 공급이 실제로 있었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 봄이 타당하다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결, 대법원 2010. 10. 28. 선고 2010두11108 판결 등 참조).
  • 나. 이 사건 교육서비스 매출처에 대한 매출세금계산서에 관한 판단

1. 인정사실 앞서 든 증거들과 갑 제10 내지 14호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

  • 가) 원고는 2021. 9. 1. CC에 2021. 9. 1.부터 2022. 12. 31.까지 HH 플랫폼(이하 ‘이 사건 플랫폼’이라 한다)에 접근할 수 있는 권한을 부여하기로 하는 내용의 계약을 체결하였다. 이를 통해 CC은 특정 거래처의 임직원 등에게 이 사건 플랫폼을 통해 관련 교육프로그램을 수강할 수 있는 권한을 부여할 수 있게 되었다.
  • 나) CC은 2021년 제2기 과세기간에 이 사건 교육서비스 매출처에 이 사건 플랫폼을 통한 교육프로그램을 수강할 수 있는 권한 등을 부여하기로 하는 이 사건 플랫폼에 관한 교육용역계약(이하 ‘이 사건 용역계약’이라 한다)을 체결하였다. 이와 관련하여 CC은 아래 표 기재 내용과 같이 매출세금계산서를 발급하였고, 해당 용역대금과 수강신청 인원을 기준으로 하여 부가가치세를 포함한 1인당 교육비를 계산하면 그 비용은 아래 표 ‘1인당 교육비’란 기재와 같다. < 표 >

2. 구체적인 판단 위 인정사실과 앞서 든 증거들과 갑 제15 내지 23, 29호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정 등을 종합하여 보면, 피고가 이 사건 교육서비스 매출처에 대한 매출세금계산서가 용역의 수수 없이 발급되었다는 점을 상당한 정도로 증명하였다고 볼 수 없다. 따라서 이에 관한 과세요건이 충족되었다고 볼 수 없다.

  • 가) CC은 이 사건 교육서비스 매출처 중 JJ를 제외한 나머지 매출처(이하 ‘이 사건 매출처’라 한다)와 이 사건 용역계약을 체결하고, 이에 따라 매출세금계산서에 부합하는 용역대금을 수령하였다. 이 사건 매출처에 따라 이 사건 용역계약에 따른 1인당 교육비에 상당한 차이가 있기는 하나, 이는 이 사건 플랫폼을 통한 교육이 주로 온라인으로 이루어지고, CC이 이에 관한 매출을 극대화하기 위해 매출처에 따라 용역대금을 달리 정하였으며, 이 사건 매출처 중 KK와 LL에 대하여는 강사 육성 과정에 대한 별도의 용역을 제공하기로 하였기 때문일 가능성이 있다. 따라서 이 사건 매출처에 따라 1인당 교육비가 상당히 차이가 난다는 사정만으로는 이에 관한 매출세금계산서가 용역의 수수 없이 작성된 것이라고 추단할 수 없다. 또한 CC은 JJ를 매출처로 하여 발급한 매출세금계산서에 관하여 착오 또는 계약 해제를 이유로 수정세금계산서를 발급한 것으로 보이고, CC이 세무조사의 통지를 받는 등으로 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 위와 같은 수정세금계산서를 발급한 것으로 볼 만한 자료가 없으므로, 위와 같은 사정만으로는 JJ에 대한 매출세금계산서가 용역의 수수 없이 작성되었다고 볼 수 없다.
  • 나) 이 사건 용역계약을 체결하고, 이 사건 플랫폼을 통한 교육프로그램을 수강할 수 있는 권한을 부여받은 이 사건 매출처의 임직원들은 이 사건 플랫폼을 통해 온라인 콘텐츠에 접속하여 관련 교육프로그램을 수강하였다. 이에 관하여 작성된 수강생 교육 진도율 통계자료, 교육과정에 대한 안내서 등이 허위로 작성되었다거나, 형식적으로 작성된 것이라고 볼 만한 객관적인 자료가 없다. 피고는 이 사건 매출처의 직원들이 실제로 교육을 수강하였다고 하더라도, 그 교육서비스 용역을 제공한 당사자는 CC이 아니라고 주장한다. 그러나 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로 권리 등 재화를 사용하게 하는 것은 용역의 공급에 해당하는데(부가가치세법 제11조 제1항 제2호), 이 사건 매출처는 이 사건 용역계약에 따라 이 사건 플랫폼에 접속할 수 있는 권한을 부여받고, 관련 교육프로그램을 수강할 수 있었던 것으로 보일 뿐, 이 사건 용역계약 이외의 계약 또는 법률상의 원인 등에 의해 이 사건 매출처가 위와 같은 권한을 부여받았다고 볼 만한 자료가 없다.
  • 다) 피고는 CC이 2021년 제2기 과세기간에 이 사건 용역계약 등과 아무런 관련이 없는 고급 중고자동차 20여 대를 구매하였고, 해당 과세기간의 총 매입금액인 공급가액 약 ,,,원 중 교육 관련 매입금액은 약 ,만 원에 불과한데, 위 고급 중고자동차의 매입금액이 약 ,*만 원에 달하는 것을 보면, 이 사건 교육서비스 매출처에 대한 매출세금계산서가 허위로 발급된 것이라는 취지로 주장한다. 그러나 피고가 주장하는 것과 같이 CC이 이 사건 교육서비스 매출처로부터 고급 중고자동차에 대한 투자금을 수령하고, 형식상 교육용역을 제공하였다는 명목으로 매출세금계산서를 발급하였다고 볼 만한 객관적인 자료가 없는 이상, 위와 같은 CC의 매입내역이 CC이 이 사건 매출처에 실제 용역을 제공하지 않았다는 점을 적극적으로 뒷받침하는 사정이라고 볼 수는 없다. 또한 CC은 이 사건 용역계약에 따라 이 사건 매출처로부터 용역대금을 지급받았는데, CC이 위와 같이 지급받은 용역대금을 순환거래 등의 방식으로 이 사건 매출처에 되돌려 주었다고 볼 만한 사정도 찾아볼 수 없다.
  • 라) MM세무서는 2023. 3. 13.경부터 2023. 5. 5.까지 이 사건 교육서비스 매출처 중 가장 큰 매출처(공급가액 억 원)인 DD병원의 대표자인 김NN에 대하여 2021 사업연도에 관한 세무조사를 실시하였다. 그 조사대상에는 DD병원이 이 사건 용역계약에 따라 지출한 억 원에 대한 부분도 포함되었는데, 담당 조사자는 ‘300여명의 병원 직원들이 접속 ID를 발급받아서 직무교육을 실시하였다는 것이 병원 기안서 및 내부 이메일을 통해 확인되었고, 해당 교육 수강 이후 직원들에게 교육보고서를 제출받았으며, 직원들이 온라인 교육 링크 주소에 본인 아이디로 접속하여 수강한 이력을 확인할 수 있었다’는 등의 이유로 거짓세금계산서 수취 정황을 발견할 수 없다고 판단하였다.
  • 마) 피고는 2022년 7월경 이 사건 처분사유를 혐의사실로 하여 CC의 대표이사이던 손PP를 서울서초경찰서에 조세범칙 행위자로 고발하였다. 서울서초경찰서는 2022. 7. 26.경부터 손PP에 대한 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서 교부등) 혐의에 관하여 수사한 다음, 2023. 9. 7. 이 사건 교육서비스 매출처에 관해 발급한 매출세금계산서에 관하여 ‘업체별 교육비의 편차가 심하다는 것 외에 피의자가 재화나 용역의 제공 없이 허위 세금계산서를 발급하였다고 인정할 만한 증거가 없다’는 이유로 혐의없음의 불송치 결정(이하 ‘이 사건 불송치 결정’이라 한다)을 하였고, 이를 송부받은 서울중앙지방검찰청도 2023. 11. 3. 위 사건을 그대로 종결하였다.
  • 다. EE에 대한 매출세금계산서에 관한 판단

1. 인정사실 앞서 든 증거들과 갑 제26, 27호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

  • 가) CC의 대표이사이던 손PP는 2019. 5. 13. 자신이 보유하던 주식회사 QQ코리아(이하 ‘QQ코리아’라 한다) 발행주식 4,000주를 QQ코리아의 대표이사이던 오RR에게 양도하기로 하는 계약(이하 ‘이 사건 주식양수도계약’이라 한다)을 체결하였다. 이 사건 주식양수도계약에는 ‘오RR은 위 주식의 양수 대가로 손PP 또는 손PP가 수시로 지정하는 자에게 본 계약 체결일로부터 3년간 QQ코리아의 영상 콘텐츠 플랫폼상의 L자 광고영역(이하 ’이 사건 광고영역‘이라 한다)에 광고를 무상으로 게재할 권리를 부여한다’는 내용이 포함되어 있다.
  • 나) CC은 2021. 9. 10. EE와 온라인 광고대행계약(이하 ‘이 사건 광고 대행계약’이라 한다)을 체결하여 QQ코리아가 제공하는 콘텐츠 중 일부에 EE를 위한 광고를 게재하는 업무를 수행하기로 하고, 그 대금으로 ,,***원(부가가치세 포함)을 지급받기로 하는 계약을 체결하고, 이에 관한 매출세금계산서를 발급하였다.

2. 판단 위 인정사실과 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정 등을 종합하여 보면, 피고가 EE에 대한 매출세금계산서가 용역의 수수 없이 발급되었다는 점을 상당한 정도로 증명하였다고 볼 수 없다. 따라서 이에 관한 과세요건이 충족되었다고 볼 수 없다.

  • 가) QQ코리아가 당사자로 참여한 이 사건 주식양수도계약에 의하면, 손PP 또는 손PP가 지정하는 자는 2019. 5. 13.부터 3년간 이 사건 광고영역에 무상으로 광고를 게재할 권리를 가진다. EE가 CC과 이 사건 광고대행계약을 체결하고, 이 사건 광고영역에 광고를 게재할 수 있었던 것은 CC의 대표이사이던 손PP가 위와 같은 광고를 게재할 권리를 행사할 수 있는 자를 CC으로 지정하였기 때문으로 보인다.
  • 나) EE는 이 사건 광고대행계약에 따라 CC으로부터 이 사건 광고영역에 광고를 게재할 권리를 부여받은 것으로 보일 뿐, 이 사건 광고대행계약 이외의 계약 또는 법률상의 원인 등에 의하여 위와 같은 권리를 부여받았다고 볼 만한 자료가 없다.
  • 다) 서울서초경찰서는 2023. 9. 7. EE에 대한 매출세금계산서에 관하여 ‘손PP에게 QQ코리아에 광고를 게재할 수 있는 권리가 있었고, EE와 광고업무 대행 계약 체결 후 QQ코리아에 실제 광고를 하였던 것으로 보이며, 달리 피의자가 재화나 용역의 제공 없이 허위 세금계산서를 발급하였다고 인정할 만한 증거가 없다’는 이유로 이 사건 불송치 결정을 하였고, 위 사건은 그대로 종결되었다.
  • 라. GG으로부터 수취한 매입세금계산서에 관한 판단 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정등을 종합하여 보면, 피고가 GG으로부터 CC이 수취한 매입세금계산서가 용역의 수수 없이 발급되었다는 점을 상당한 정도로 증명하였다고 볼 수 없다. 따라서 이에 관한 과세요건이 충족되었다고 볼 수 없다.

1. CC은 2021. 11. 1. GG라는 상호로 사업자등록을 한 김SS과 경영관리 용역 지원계약(이하 ‘이 사건 지원계약’이라 한다)을 체결하고, 김SS이 CC에 경영관리 용역에 필요한 기술과 인력을 제공하면, 건당 기본금 ,,*원과 건별 영업수수료를 협의로 지급하기로 하였다.

2. KK라는 상호를 사용하는 이TT, UU건축사사무소라는 상호를 사용하는 장VV는 김SS의 소개로 이 사건 용역계약을 체결하였다는 취지의 사실확인서를 작성하였다. 이에 비추어 보면, CC은 김SS으로부터 이 사건 지원계약에 따른 용역을 제공받고, 이에 관한 매입세금계산서를 수취한 것으로 볼 수 있다. 김SS이 2021.5. 10.부터 2021. 12. 31.까지 CC으로부터 근로소득을 지급받은 사실이 있다고 하더라도, 그와 같은 사정만으로는 이 사건 지원계약에 따른 김SS의 용역 제공이 허위라고 추단할 수는 없다. 또한 김SS이 CC으로부터 지급받은 이 사건 지원계약에 따른 수수료를 순환거래 등의 방식으로 CC에 지급하였다고 볼 만한 자료를 찾아볼 수 없다.

3. 서울서초경찰서는 2023. 9. 7. 이 부분 매입세금계산서에 관하여 ‘김SS이 KK와 UU건축사사무소에 이 사건 용역계약에 관한 영업을 하며 CC으로부터 그에 따른 용역비용을 지급받은 것은 사실로 보이고, 달리 피의자가 재화나 용역의 제공 없이 허위 세금계산서를 수취하였다고 인정할 만한 증거가 없다’는 이유로 이 사건 불송치 결정을 하였고, 위 사건은 그대로 종결되었다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판결 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)