소득처분에 따른 종합소득세 부과처분에 대하여 다투는 법인 대표가 증명책임을 다하지 못하였다고 판단한 사례

사 건 2023구합83073 종합소득세부과처분취소 원고, 항소인 AAA 피고, 피항소인 00세무서장 변 론 종 결

2025. 11. 27. 판 결 선 고

2026. 2. 12.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2021. 11. 2. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 종합소득세 1,590,911,660원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1996. 1. 10.부터 2017. 8. 31.까지 DDD 주식회사(이하 ‘DDD’라 한다)의 대표이사로 재직한 사람이다.
• 나. DDD는 차입금 과다를 이유로 2016. 9. 26.채무자 회생 및 파산에 관한 법률(이하 ‘채무자회생법’이라 한다)에 따른 간이회생신청을 하였다. DDD에 대한 회생절차는, ① 2016. 10. 5. 회생법원의 간이회생개시결정(20xx간회합xxxxxx호), ② 같은 해 11. 21. 채무자회생법에 따라 간이조사위원으로 선임된 HH회계법인의 재산가액 등의 조사(이하 ‘이 사건 조사’라 한다), ③ 2017. 8. 8. 회생법원의 회생계획 인가결정, ④ 2017. 9. 1. 대표이사 변경(이에 따라 DDD의 대표이사가 원고에서 EEE으로 변경되었다), ⑤ 2017. 9. 19. 회생절차종결의 순서로 진행되었다.
• 다. DDD는 이 사건 조사 결과를 근거로 △△△세무서장에게 DDD의 주주․임원․종업원단기채권(이하 “주임종단기채권”이라 한다) 및 그 인정이자 2,312,557,374원이 법인의 업무와 무관하게 사외로 유출되었다고 보아 잡손실로 대체분개하고, 차입금 등의 실사조사가액과 장부상가액의 차액인 743,328,857원 역시 잡손실로 대체분개하여 합계 3,056,305,613원(이하 “이 사건 당초상여처분금액”이라 한다)을 손금불산입하고, 이를 귀속이 불분명한 사외유출로 보아 원고에 대한 대표자 상여로 소득처분하는 내용의 2017 사업연도 법인세 신고를 하였다.
• 라. 피고는 △△△세무서장으로부터 DDD의 2017 사업연도 법인세 신고내용을 통보받고, 이 사건 당초상여처분금액을 원고의 2017년 귀속 수입금액에 가산하여 2021.11. 2. 원고에게 종합소득세 1,789,385,110원을 고지하였다.
• 마. 이에 대하여 원고가 2022. 1. 14. 이의신청을 하였고, **지방국세청장은 2022. 4. 7. 이 사건 당초 상여처분금액에 대하여 원고의 상여로 처분할 수 있는지 여부 등을 재조사할 것을 결정하였다(이하 ‘이 사건 재조사결정’이라 한다). 이에 따라 △△△세무서장은 DDD의 회계장부 등을 확인하여 이 사건 당초상여처분금액 중 331,941,134원이 DDD의 비용으로 지출되었음을 확인하고 그 차액인 2,724,364,479원(이하 ‘이 사건 상여처분금액’이라 한다)을 원고의 상여로 소득처분하는 것으로 경정하였다. 피고는 이 사건 재조사결정에 따라 원고에 대한 2017년 귀속 종합소득세를 1,590,911,660원으로 감액경정(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 바. 이에 대하여 원고가 심판청구를 제기하였으나 조세심판원은 2023. 8. 1. 이를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3 내지 8호증, 을 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함한다. 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 관계 법령 기재와 같다.

• 가. 원고의 주장 요지 이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하여 취소되어야 한다.

1. DDD의 2009년부터 2017년까지의 손익계산서상의 매출액이 실제 매출액과 달리 462,218,730원 과다계상되었다. 그렇다면 위 과다계상된 금원 상당액은 사외유출된 것으로 볼 수 없다.

2. 위와 같이 손익계산서상 매출액이 과다계상된 것을 전제로 DDD의 법인세차감전손익을 다시 계산하면 2009년부터 2017년까지 DDD의 누적 적자는 3,650,544,832원에 달하는데 이처럼 적자가 누적된 상황에서 27억여 원에 달하는 거액의 이 사건 상여처분금액이 원고에게 귀속되었다는 것은 상식에 반하고, 특히 이 사건 상여처분금액 중 2,583,772,901원은 DDD의 운영비용인 직원급여로 지출된 것이어서 원고에게 귀속되었다고 할 수 없다.

3. 2016. 10. 5. DDD에 대한 회생개시결정이 내려진 이후부터는 원고가 DDD의 법인 운영에 실질적으로 관여하지 못하였으므로 DDD의 2017 사업연도 법인세와 관련하여 원고에게 인정상여처분을 한 것은 위법하고, 설령 원고가 2016. 10. 5. 이후 이 사건 법인을 실질적으로 운영한 것으로 보더라도 2017. 9. 1.부터 DDD의 대표이사는 EEE이므로, 위 인정상여처분금액은 법인세법 시행규칙 제54조 에 따라 원고와 EEE의 재직일수에 따라 안분하여야 한다.

• 나. 관련 법리 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항 제1호는 과세관청이 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 하되, 다만 그 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 보도록 규정하고 있다. 법인세법상 대표자 인정상여 제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라, 법인에 의한 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대해 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데 그 취지가 있는바(대법원 2008. 1. 18. 선고 2005두8030 판결 등 참조), 사외유출된 법인의 수입금은 그 귀속이 분명치 않는 한 대표자에 대한 상여로 소득처분할 수밖에 없는 것이고, 이 경우 그 귀속이 분명하다는 점에 관한 입증책임은 이를 주장하는 납세의무자에게 있다(대법원 1992. 8. 14. 선고 92누6747 판결 등 참조). 다, 구체적 판단

1. DDD가 이 사건 당초상여처분금액을 귀속이 불분명한 사외유출로 보아 2017 사업연도 법인세 신고를 하였고, 그 후 이 사건 재조사결정에 따라 이 사건 당초상여 처분금액 중 331,941,134원이 DDD의 비용으로 지출되었음이 확인되어 피고가 이 사건 당초상여처분금액에서 위 331,941,134원을 차감한 이 사건 상여처분금액이 사외유출되었다고 보아 원고에 대하여 이 사건 처분을 한 것은 앞서 본 바와 같다.

2. 이에 대하여 원고는 DDD의 매출액이 주식회사 TTT로부터 지급받은 운송사업수입금과 광고수익을 더한 금액이라고 전제한 후,1) 갑 제19, 21호증의 각 기재 및 이 법원의 주식회사 TTT에 대한 사실조회회신결과에 따르면 DDD의 실제 매출액이 손익계산서상 매출액 보다 462,218,730원 과다계상되었으므로 위 금원은 사외유출된 것으로 볼 수 없다고 주장한다. 그러나 갑 제12호증, 을 제3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 따르면, DDD의 매출액에는 운송사업수입금과 광고수익 외에 국고보조금도 포함되고, 이 사건 조사를 수행한 HH회계법인 역시 간이조사보고서에서 ‘DDD의 매출액에는 국토해양부 유가보조금 지급지침에 따라 DDD가 지급받는 국고보조금이 포함되어 있다(단 DDD가 제시한 회계장부에는 영업외 수익으로 반영되어 매년 영업손실이 발생되었음)’고 보고 DDD의 계속기업가치를 산정한 후 ‘회생절차를 계속 진행함이 적정하다’는 의견을 제시한 점 등에 비추어 보면, DDD의 매출액이 운송수업수입금과 광고수익을 더한 금액에 한정됨을 전제로 한 원고의 주장은 받아들이기 어렵고, 원고가 제출한 증거만으로는 DDD의 매출액이 과다계상된 사실을 인정하기 부족하며 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

3. 원고는 갑 제12 내지 18호증의 각 기재를 종합하면 DDD의 재무제표상 직원급여로 지출된 것으로 기재된 금액과 DDD 명의 법인계좌에서 직원급여로 실제 출금된 금액의 차액인 2,583,772,901원은 원고의 개인명의 계좌에서 DDD 운영비용인 직원급여로 지출되었으므로 원고의 상여로 소득처분 할 수 없다고 주장한다. 그러나 위 금원이 원고 명의 개인계좌에서 DDD의 직원급여로 지출되었음을 인정할 아무런 증거가 없으므로 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다. 한편, 원고는 DDD의 적자가 누적된 상황에서 27억여 원에 달하는 거액의 이 사건 상여처분금액이 원고에게 귀속되었다는 것은 상식에 반하므로 위 금원이 원고에게 귀속되었다고 볼 수 없다고도 주장하나, 앞서 본 바와 같이 법인세법상 대표자 인정상여 제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라, 법인에 의한 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일 정한 사실에 대해 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하는 데 그 취지가 있으므로, 원고가 주장하는 위 2,583,772,901원이 DDD의 직원급여로 지급되었음을 인정할 아무런 증거가 없는 이상 위 금원은 귀속이 분명치 않은 것에 해당하여 대표자인 원고에 대한 인정상여로 소득처분할 수밖에 없다. 따라서 원고의 위 주장도 받아들이지 않는다.

4. 원고는 2017 사업연도 당시 DDD를 운영하지 않은 원고에 대하여는 인정상여처분을 할 수 없다거나 적어도 새로운 대표이사인 EEE과 원고의 재직기간에 안분하여 인정상여처분이 이루어져야 한다고 주장한다. 그러나 앞서 본 인정사실 및 앞서 든 증거들의 각 기재에 따르면, 이 사건 처분은 DDD의 회생개시결정일인 2016. 10. 5. 기준 재산상황을 조사한 간이조사보고서(을 제3호증)의 조사결과를 근거로 DDD가 2017 사업연도 법인세 신고시 회생개시결정일 당시 존재하던 주임종단기채권와 그 인정이자, 미지급금을 손금불산입한 것이고, 위 회생개시결정일 당시 DDD의 대표이사는 원고였으며 그때까지 원고가 DDD를 실질적으로 운영한 사실에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 이를 원고에 대한 상여로 보아 소득처분한 것에 어떠한 위법이 있다고 할 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.