면세사업자 등록번호로 수취한 세금계산서를 과세사업자 등록번호로 수정하여 발급받은 경우 매입세액을 소급하여 공제할 수 없음

사 건 2023구합77337 부가가치세경정거부처분취소 원 고 서AA 외 1 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2024. 6. 11. 판 결 선 고

2024. 9. 10.

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청 구 취 지 피고가 20. *. . 원고 서AA에 대하여 한 2019년 제2기 및 2020년 제1기 부가가치세 경정청구 거부처분을, 원고들에 대하여 한 2020년 제2기 내지 2021년 제2기까지의 각 부가가치세 경정청구 거부처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고 서AA은 20. . . 서울 동작구 상도로길 토지 및 다가구주택을 매수하였고, 20. . . 주택임대업을 영위하는 것으로 면세사업자등록을 하였다. 이후 원고 서AA은 위 토지 지상에 4층 단독주택 및 근린생활시설(이하 ‘이 사건 제1사업장’이라 한다)을 신축한 후 20. . **. 사용승인을 받았다.
• 나. 원고들은 20. . . 서울 동작구 상도로 길 토지 및 다가구주택을 매수하였고, 20. . . 주택임대업을 영위하는 것으로 면세사업자등록을 하였다. 이후 원고들은 위 토지 지상에 단독주택 및 제2종 근린생활시설(이하 ‘이 사건 제2사업장’이라 하고, 이 사건 제1사업장과 통틀어 ‘이 사건 각 사업장’이라 한다)을 신축한 후 20. *. . 사용승인을 받았다.
• 다. 원고들은 20. *. . 이 사건 각 사업장에 관하여 단독주택건설업으로 과세사업자 등록을 신청하면서 개업일을 면세사업자 개업일로 각각 소급 신청하여 일반과세사업자로 사업자등록을 하였다.
• 라. 원고들은 과세사업자등록 후 시공사인 주식회사 OOO엔지(이하 ‘OOO엔지’라고 한다) 로부터 면세사업자번호로 발급 받은 세금계산서를 과세사업자번호로 소급하여 수정 교부받았다.
• 마. 원고들은 20. . . 피고에게 이 사건 제1사업장에 관한 2019년 제2기 및 2020년 제1기 부가가치세 매입세액 ,,원과 이 사건 제2사업장에 관한 2020년 제2기부터 2021년 제2기까지의 부가가치세 매입세액 ,,*원의 경정청구를 하였다(이하 원고들이 매입세액 공제를 구하는 매입세액을 통틀어 ‘이 사건 매입세액’이라 한다).
• 바. 피고는 20. *. . 국세기본법상의 경정청구 요건에 해당하지 않는다는 이유로 원고들의 경정청구를 각하한다는 결정을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 사. 원고들은 이 사건 처분에 불복하여 20. . . 국세청에 심사청구를 제기하였으나, 국세청은 20. . . 원고들의 심사청구를 기각하는 결정을 하였다.

2. 피고의 본안전항변에 관한 판단

• 가. 피고의 본안전항변 원고들은 부가가치세법 제49조 제1항 의 부가가치세 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출하지 않았고 기한후과세표준신고서를 제출하지도 않았으므로, 원고들에게 경정청구권이 존재하지 않는다. 따라서 원고들의 경정청구를 거부하는 내용의 이 사건 처분은 항고소송의 대상이 되는 거부처분에 해당하지 않는다.
• 나. 판단 1) 국세기본법 제45조의2 는 ‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에서 청구할 있다’고 규정하고 있다.

2. 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고들이 2019년 제2기부터 2021년 제2기 부가가치세 과세기간의 법정신고기한까지 부가가치세 과세표준신고서를 제출하지 않았으나, 20. *. . 피고에게 경정청구와 함께 기한후과세표준신고서를 제출한 사실을 인정할 수 있고, 위 인정사실에 의하면 원고들은 기한후과세표준신고서를 제출한 자에 해당한다고 봄이 타당하고, 피고의 주장과 같이 경정청구의 요건을 경정청구를 하기 전에 기한후과세표준 신고서를 제출한 자로 제한할 수는 없다.

3. 따라서 피고의 본안전항변은 이유 없다.

• 가. 원고들의 주장 이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하다. 1) 부가가치세법 제39조 제1항 제8호 에 따라 매출세액에서 공제되지 않는 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액은 ‘매출세액이 발생할 것을 전제로 하여 납부한 매입세액’만을 뜻하고, 이 사건 매입세액과 같이 ‘사업자가 면세사업을 영위하는 것으로 알고 매출세액이 발생하지 않을 것을 예정하고 납부하였으나, 실제로는 매출세액이 발생하게 되는 경우의 매입세액’은 포함되지 않는다.

2. 이 사건 처분은 헌법상 재산권 보장의 원칙, 과잉금지의 원칙, 평등권을 침해한 위헌적인 조항에 근거하였다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 법리 및 규정

• 가) 구 부가가치세법(2022. 12. 31. 법률 제19194호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제39조 제1항 제8호는 ‘제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액’은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 제8조 제1항 본문은 ‘사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다’고 규정하고 있다. 위 위임에 따른 부가가치세법 시행령 제11조 제1항 은 ‘구 부가가치세법 제8조 제1항 에 따라 사업자등록을 하려는 사업자는 사업장마다 다음 각 호의 사항을 적은 사업자등록 신청서를 관할 세무서장이나 그 밖에 신청인의 편의에 따라 선택한 세무서장에게 제출해야 한다’고, 같은 조 제10항은 ‘ 소득세법 제168조 및 법인세법 제111조 에 따라 등록한 자로서 면세사업을 경영하는 자가 추가로 과세사업을 경영하려는 경우 제14조 제1항을 준용하여 사업자등록 정정신고서를 제출하면 제1항 및 제2항에 따른 등록신청을 한 것으로 본다’고 각 규정하고 있다.
• 나) 위와 같은 부가가치세법령의 문언, 법률의 체계적 해석 등을 고려하면, 구 부가가치세법상 사업자등록의무자는 부가가치세의 납세의무 있는 사업자에 한하고 부가가치세의 면세사업자는 그 등록의무가 없다고 할 것이므로, 구 부가가치세법 제39조 제1항 제8호 의 '제8조에 따른 사업자등록'이란 부가가치세의 납세의무 있는 사업자의 사업자등록만을 의미한다고 봄이 타당하다(대법원 2004. 3. 12. 선고 2002두5146 판결의 취지 등 참조).

2. 구체적 판단

• 가) 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고들이 이 사건 각 사업장에 관하여 과세사업자로 등록하기 전 면세사업자로서 세금계산서를 수취한 사실을 인정할 수 있고, 위 인정사실에 의하면 이 사건 매입세액은 구 부가가치세법 제8조 에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액에 해당하므로 매출세액에서 공제할 수 없다. 이후 원고들이 과세사업자로 변경하였다는 사정만으로 이 사건 매입세액을 소급하여 매출세액 에서 공제할 수도 없다.
• 나) 사업자등록을 하기 전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 구 부가가치세법 제39조 제1항 제8호 는 사업자등록제도가 정착되지 않으면 부가가치세제도의 근간이 흔들릴 수 있는 점을 고려한 제재적 성격의 규정으로서 그 입법 목적이 정당하고, 그 입법 목적의 달성을 위하여 사업자등록을 하지 아니한 사업자에 대해 매입세액 공제를 불허하는 수단을 선택한 것은 사업자등록의 이행을 담보하기 위한 효과적인 방법이 될 수 있으므로 수단의 적정성이 인정되는 점, 사업자등록이 이루어지지 않으면 법인세, 소득세, 지방세 등의 정확한 산정이 곤란할 뿐만 아니라 최종소비자에 대한 부가가치세의 전가가 적정하게 이루어지기 어려워 세제 전반의 부실한 운영을 초래할 수 있는 점, 부가가치세법령이 사업자등록 전의 매입세액 불공제로 인한 침해를 최소화하기 위한 장치를 두고 있는 점 등을 고려하면, 구 부가가치세법 제39조 제1항 제8호 가 과잉금지의 원칙에 위배되어 납세자의 재산권을 침해하는 규정이라 할 수 없고, 그에 따른 매입세액의 불공제가 형사상 처벌에 해당하지 않으므로 이중처벌금지의 원칙에 반한다고 할 수도 없다(헌법재판소 2011. 3. 31. 선고 2009헌바319 결정 등 참조). 그리고 구 부가가치세법 제39조 제1항 제8호 는 사업자등록을 하지 아니한 데 대한 제재로 매입세액 불공제의 불이익을 주는 것이지 성별·종교·사회적 신분 등을 이유 로 불합리한 차별을 하는 것이 아니므로 평등원칙에 반한다고 할 수도 없다(대법원 2011. 7. 14. 선고 2009두20847 판결의 취지 등 참조).
• 다) 따라서 원고들의 주장은 모두 이유 없다.

그렇다면 원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.