10년의 부과제척기간을 적용하기 위해서는 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 국가의 조세수입 감소를 가져오게 된다는 인식이 있어야 함

사 건 2023구합73380 부가가치세부과처분취소 원 고 한국AA 주식회사 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2025. 10. 22. 판 결 선 고

2025. 12. 10.

1. 피고가 2022. 12. 12. 원고에게 한 2012년 2기분 부가가치세 25,125,540원(가산세 포함)의 부과처분 중 세금계산서불성실가산세 1,727,780원을 제외한 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 10%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. 12. 12. 원고에게 한 2012년 2기분 부가가치세 25,125,540원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1981. 11. 5.부터 서울 성동구 성수일로XX길 X(성수동X가)에서 폐쇄회로 시스템 및 영상감시장치 등을 제조ㆍ판매하고 있는 회사로, 송CC가 대표자이다.
• 나. 김DD은 1993년부터 2001년까지 원고의 사업장에서 근무하였던 자로, 2002. 1. 29.부터 ‘EEE’(이하 ‘EEE’라 한다)라는 상호로 위 원고 소재지 지하 201호에서 CCTV 설치업 등을 영위하다가 2013. 12. 30. 김DD 자신의 거주지인 서울 강남구 양재대로XX길 XX, 101호(XX동)로 사업장을 이전하였다.
• 다. 피고는 EEE가 독립된 사업장이 아닌 원고의 현장부서에 불과하다는 이유로, EEE와 제3자 간의 매출ㆍ매입을 원고와 제3자 간의 매출ㆍ매입으로 보고, 원고와 EEE간의 매출ㆍ매입 거래를 부인하여 2022. 12. 12. 원고에게 2012년 2기분 부가가치세25,125,540원(세금계산서불성실가산세 1,727,780원, 부당과소신고가산세 3,894,160원, 납부불성실가산세 9,768,207원 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

별지 기재와 같다.

• 가. 세무조사의 절차적 위법 주장에 관한 판단

1. 원고의 주장 요지 피고의 주장에 따르면 EEE는 원고의 현장부서일 뿐 독립된 사업자가 아니라는 것인데, FF세무서장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2018. 2. 28.부터 같은 해 4. 10.까지 EEE를 세무조사하였음에도 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의12에 따라 20일 이내에 원고에게 세무조사의 결과 통지를 하지 않았다.

2. 판단

• 가) 구 국세기본법 제81조의12 는 ‘세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사를 마친 날부터 20일 이내에 세무조사 내용, 결정 또는 경정할 과세표준, 세액 및 산출근거, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항이 포함된 조사결과를 납세자에게 설명하고 이를 서면으로 통지하여야 한다’고 규정하고 있다. 앞서 든 증거, 갑 제16호증, 을 제11호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 따르면 조사청이 2018. 2. 28.부터 같은 해 4. 10.까지 EEE를 납세자로 하여 세무조사를 실시한 사실을 인정할 수 있으므로, 세무조사 결과 통지는 조사대상자인 EEE(김DD)에게 하면 충분하다고 할 것이고, 원고가 EEE는 원고의 현장부서가 아니라 독립된 사업자에 해당한다고 주장하고 있는 점 등을 고려하면 EEE에 대한 세무조사가 원고의 영업의 자유 등에 큰 영향을 미쳤다고 보이지는 않는다. 원고로서는 EEE에 대한 세무조사 결과를 통지받지 않고도 구 국세기본법 제81조의15 제1항 제2호 에 따라 과세예고 통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있으므로, 2018. 2. 28.부터 같은 해 4. 10.까지 실시된 세무조사의 결과 EEE가 조사대상기간(2008년 1기부터 2013년 2기까지) 동안 원고의 현장부서에 불과하였던 것으로 판명되었다고 하여 조사대상자가 아닌 원고에게까지 EEE에 대한 세무조사 결과를 통지하여야 한다고 보기 어렵다.
• 나) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
• 나. 부과제척기간 도과 주장에 관한 판단

1. 원고의 주장 요지 EEE를 원고의 현장부서로 보더라도 EEE 명의로 부가가치세를 모두 납부하였으므로 부가가치세의 탈루가 없었고, 원고에게는 국가의 부가가치세 수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식도 없었다. 따라서 이 사건에는 사기나 그 밖의 부정행위를 이유로 하는 10년의 부과제척기간이 적용되지 않고 5년의 부과제척기간이 적용되는데, 이 사건 처분은 그 부과제척기간 경과 후에 내려졌으므로 위법하다.

2. 관련 법리

• 가) 구 국세기본법 제26조의2 제1항 은, 상속세ㆍ증여세 이외의 국세의 부과제척기간을 원칙적으로 ‘해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간’으로 규정하는 한편(제3호), 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 ‘부정행위’라 한다)로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 ‘그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간’으로 규정하고 있다(제1호). 구 국세기본법 제26의2 제1항 제1호 에 따른 장기부과제척기간이 적용되기 위해서는, 해당 부정행위를 하는 납세자에게 조세포탈의 목적 또는 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 필요하고(대법원 2025. 5. 29. 선고 2023두41314 판결 참조), 조세포탈은 세목별로 판단하여야 하므로 허위의 세금계산서를 수취한 경우 비용의 과대계상으로 법인세가 포탈되었더라도 전단계 세액공제방식의 채택으로 부가가치세가 포탈되지 아니하였다면 부가가치세에 관하여 장기부과제척기간이 적용되지 않는다(대법원 2014. 9. 4. 선고 2014두7329 판결, 대법원 2021. 12. 30. 선고 2017두75415 판결 참조).따라서 납세자가 허위의 계약서를 작성한 다음 그에 따라 교부받은 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우, 그러한 행위가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 가 정한 ‘부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우’에 해당하여 ‘부가가치세’에 관하여 10년의 부과제척기간이 적용되기 위하여는, 납자에게 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 허위의 세금계산서를 발급한 자가 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고ㆍ납부하거나 또는 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고ㆍ납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원2014. 2. 27. 선고 2013두19516 판결 참조).
• 나) 국세부과의 제척기간이 지난 다음에 이루어진 부과처분은 무효이고(대법원 2018. 12. 13. 선고 2018두128 판결 참조), 과소신고ㆍ납부불성실 가산세는 가산세 부과의 근거가 되는 법률 규정에서 본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 납세의무자가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않을 것을 요건으로 하는 것으로서, 신고ㆍ납부할 본세의 납세의무가 인정되지 아니하는 경우 이를 따로 부과할 수 없다(대법원 2025. 8. 14. 선고 2025두33285 판결 참조). 다만, 납세자가 부정행위로 세금계산서불성실가산세 등의 부과대상이 될 경우에는, 본세 자체에 조세포탈이 존재하거나 이에 대한 납세자의 인식이 있었는지 여부와 무관하게 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의2에 규정된 바에 따라 그 가산세에 대하여 10년의 장기부과제척기간이 적용된다(대법원 2025. 5. 29. 선고 2023두41314 판결 참조).

3. 구체적 판단

• 가) 이 사건 처분 중 본세, 부당과소신고가산세, 납부불성실가산세 부분

(1) 앞서 든 증거에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 처분은 EEE와 제3자 간의 매출ㆍ매입을 원고와 제3자 사이의 매출ㆍ매입으로 보고, 원고와 EEE 사이의 매출ㆍ매입 거래를 부인하여 한 처분인 점, ② 자료상 조사 종결보고서에 따르면 EEE는 세금계산서상의 부가가치세를 전부 신고ㆍ납부한 것으로 보이고, EEE가 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈하였다는 주장ㆍ증명이 없는 점, ③ 그렇다면 원고가 EEE로부터 수취한 매입세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받았다고 하더라도 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 된다고 보기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건처분 중 부가가치세 본세와 관련하여 조세포탈이 존재하거나 이에 대한 원고의 인식이 있었다고 보기 어렵다.

(2) 따라서 이 사건 처분 중 본세, 부당과소신고가산세, 납부불성실가산세 부분에 관하여는 앞서 본 법리에 따라 5년의 부과제척기간이 적용된다고 할 것인데, 과세기간이 2012년 2기인 이 사건 처분은 2022. 12. 12.에 이루어져 그 부가가치세를 부과할 수 있는 날로부터 5년 이후에 부과되었음이 분명하므로, 이 사건 처분 중 본세, 부당과소신고가산세, 납부불성실가산세 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

• 나) 이 사건 처분 중 세금계산서불성실가산세 부분

(1) 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의2 다목은 납세자가 부정행위로 세금계산서불성실가산세 부과대상이 되는 경우 그 가산세에 대하여 10년의 장기부과제척기간이 적용된다고 규정하고 있고, 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호, 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조의2 제1항, 조세범 처벌법 제3조 제6항 에 따르면, ‘부정행위’란 ‘이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장’(제1호), ‘거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취’(제2호), ‘장부와 기록의 파기’(제3호), ‘재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐’(제4호),‘고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작’(제5호), ‘그 밖에 위계에 의한 행위 또는 부정한 행위’(제7호) 등으로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

(2) 앞서 본 법리에 따라 원고가 부정행위로 세금계산서불성실가산세 등의 부과대상이 될 경우에는 본세 자체에 조세포탈이 존재하거나 이에 대한 원고의 인식이 있었는지와 무관하게 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의2에 따라 그 세금계산서불성실가산세에 대하여 10년의 장기부과제척기간이 적용된다고 할 것인데, 앞서 든 증거에 따르면, 원고의 대표자 송CC가 원고를 사실상 단독으로 소유ㆍ지배하면서 본인의 비자금 조성 등 조세포탈의 목적을 가지고 김DD 명의로 EEE의 사업자등록을 하게 한 다음, EEE가 원고에게 용역을 공급하는 것처럼 거짓의 세금계산서를 발급하게 하는 방법으로 매입을 조작한 사실을 인정할 수 있으므로, 원고가 부정행위로 세금계산서불성실가산세의 부과대상이 되고, 이 사건 처분 중 세금계산서불성실가산세 부분에 관하여는 10년의 장기부과제척기간이 적용된다고 할 것이다. 원고는 원고가 송CC의 업무상횡령 범행 피해자에 불과하므로 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의2에서 말하는 부정한 행위에 해당한다고 볼 수 없다고 주장하나, 송CC가 원고의 대표자일 뿐만 아니라 특별한 사정이 없는 한 사용인 등의 배임적 부정행위는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 의 장기부과제척기간에서 말하는 부정한 행위에 포함되는 것이므로(대법원 2021. 2. 18. 선고 2017두38959 전원합의체 판결 참조), 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다. 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제1항 은 부과제척기간의 기산일인 국세를 부과할 수 있는 날에 관하여 제1호에서 ‘과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날’로 규정하고 있고, 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것) 제19조 제1항은 부가가치세의 확정신고기한에 관하여 ‘그 과세기간이 끝난 후 25일 이내’로 규정하고 있는데, 2012년 2기 과세기간은 2012. 7. 1.부터 2012. 12. 31.까지이므로 그 과세기간의 종기로부터 25일이 지난 다음 날부터 10년의 기간 내에 있는 2022.12. 22.에 이루어진 이 사건 처분 중 세금계산서불성실가산세 1,727,780원 부분은 장기부과제척기간 내에 부과되었다.

• 다) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
• 다. 처분사유 부존재 주장에 관한 판단

1. 원고의 주장 요지 EEE는 원고의 현장부서가 아니라 독립된 사업자에 해당하므로, 원고가 부정행위를 하였다거나 EEE 사이에 실물거래 없이 허위로 세금계산서를 발급ㆍ수취하였다고 볼 수 없다.

2. 관련 법리

• 가) 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 참조).
• 나) 민사나 세무소송에 있어서 형사재판에서 인정된 사실에 구속을 받는 것은 아니라 할지라도, 이미 확정된 관련있는 형사판결의 인정사실은 이를 채용할 수 없는 특별한 사정이 나타나 있지 않은 한 유력한 자료가 되어 이를 배척할 수 없다(대법원 1985. 10. 8. 선고 84누411 판결 참조).

3. 구체적 판단

• 가) 앞서 든 증거, 을 제5 내지 9호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고의 대표자인 송CC의 확정된 형사판결 서울동부지방법원 2017고합XXX, XXX(병합), XXX(병합) 판결, 서울고등법원 2020노XXX 판결, 대법원 2021도XXXX 결정 에서 송CC가 원고의 자금을 업무상 보관하던 중 김DD을 내세워 실질적으로 운영하고 있던 EEE로부터 실제로 물품 등을 공급받은 것으로 가장하여 2012. 3. 23.경부터 2013. 7. 4.경까지 총 14회에 걸쳐 원고의 자금 합계 143,994,260원을 김DD(EEE) 명의 계좌로 송금하였다는 범죄사실이 인정된 점, ② 김DD은 경찰 및 검찰 조사 과정, 세무조사 과정 등에서 ‘EEE는 원고의 현장부서일 뿐 독립된 사업자가 아니다’는 취지로 일관되게 진술하였고, 원고의 경리직원이었던 이GG의 진술도 이에 부합하는 점, ③ 원고는 2009 내지 2011 사업연도 귀속 법인세 취소 소송(이 법원 2021구합56442 판결, 서울고등법원 2022누60013 판결, 대법원 2023두41628 판결) 및 2009년 1기분 내지 2011년 2기분 각 부가가치세 취소소송(이 법원 2020구합54586 판결, 서울고등법원 2022누59457 판결, 대법원 2024두51684 판결) 등에서 동일한 취지의 주장을 하였으나 전부 배척된 점 등에 비추어 볼 때, EEE가 원고와의 관계에서 독립된 사업자로서 사업을 영위하였다고 보기 어렵고, 원고와 EEE 사이의 세금계산서가 실물 거래 없이 허위로 작성되었음이 상당한 정도로 증명되었다고 할 것이며, 원고가 제출한 증거만으로 원고와 EEE와의 거래가 실물거래를 기반으로 한 진정한 거래라는 사실을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.
• 나) 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 위와 같이 인정된 범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.