소득세법 제97조의2 제4항의 ‘가업상속공제가 적용된 자산’은 ‘가업상속 재산’을 의미한다고 해석함이 타당함

사 건 2023구합73335 양도소득세등부과처분취소 원 고 사AA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2024. 5. 3. 판 결 선 고

2024. 6. 21.

1. 피고 BB세무서장이 2021. 4. 12. 원고에게 한 2016년 귀속 양도소득세 0,000,000,000원과 000,000,000원의 각 경정처분 및 피고 서울특별시 CC구청장이 2021. 4. 15. 원고에게 한 2016년 귀속 지방소득세 000,000,000원과 00,000,000원의 각 경정처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고들이 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고의 주식 상속 및 피고 BB세무서장의 상속세 부과

1. 원고는 2015. 5. 12. 사망한 홍ㅁㅁ로부터 주식회사 ㅁㅁ와이어(이하 ‘ㅁㅁ와이어’라 한다) 발행 주식 360,000주(비상장주식이다. 이하 ‘이 사건 주식’이라 한다) 등을 상속받았다.

2. 원고는 구 ｢상속세 및 증여세법｣(2015. 12. 15. 법률 제13557호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법’이라 한다) 제18조 제2항 제1호, 구 ｢상속세 및 증여세법 시행령｣(2015. 6. 1. 대통령령 제26302호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법 시행령’이라 한다) 제15조에 따라 가업상속 재산가액 18,950,514,369원[≒ 이 사건 주식 가액 60,059,880,000원(= 360,000주 × 1주당 가액 166,833원) × 상속개시일 현재 사업무관자산을 제외한 자산가액이 ㅁㅁ와이어의 총 자산가액에서 차지하는 비율(이하 ‘사업관련비율’이라 한다) 31.6%]을 상속세 과세가액에서 공제하여 상속세를 신고하였다.

3. 서울지방국세청장은 상속세 조사를 실시한 뒤 가업상속 재산가액을 16,450,819,416원[= 이 사건 주식 가액 61,337,880,000원(= 360,000주 × 1주당 가액 170,383원) × 사업관련비율 26.82%]으로 경정할 것을 피고 BB세무서장에 통지하였고, 이에 따라 피고 BB세무서장은 원고에게 상속세를 부과․고지하였다.

• 나. 원고의 이 사건 주식 일부 물납 및 양도소득세 신고

1. 원고는 상속세 신고세액 및 고지세액 중 일부를 이 사건 주식 등으로 물납하겠다고 신청하여 허가를 받은 뒤 이 사건 주식 중 141,209주를 다음 표 기재와 같이 물납함으로써 이를 양도하였다(이하 위 141,290주를 ‘이 사건 물납 주식’이라 한다). 물납허가통지일 주식(주, A) 수납액(원, A × 170,383원)

2016. 7. 4. 128,565 21,905,290,395

2016. 11. 4. 12,644 2,154,322,650 합계 141,209 24,059,613,045

2. 원고는 이 사건 물납 주식의 양도가액을 1주당 170,383원으로, 취득가액 역시 구 소득세법 시행령(2017. 1. 17. 대통령령 제27793호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제163조 제9항에 따라 상속개시일 당시의 가액인 1주당 170,383원으로 산정하여 이 사건 물납 주식의 양도에 관한 양도소득세를 신고하였다(양도차익 0원).

• 다. 피고들의 양도소득세․지방소득세 경정처분

1. 감사원은 서울지방국세청장에 대한 감사를 실시한 결과 이 사건 물납 주식의 1주당 취득가액을 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제97조의2 제4항(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)에 따라 다음 글상자 기재 각 금액의 합계인 126,027원(= 1,341원 + 124,686원)으로 산정하여야 한다고 지적하였다.

1. 홍ㅁㅁ의 취득가액 1주당 5,000원 × 해당 자산가액 중 가업상속공제가 적용된 비율 0.2682 = 1,341원

2. 상속개시일 현재 해당 자산가액 1주당 170,383원 × (1 – 0.2682) = 124,686원

2. 이에 따라 피고 BB세무서장은 2021. 4. 12. 원고에게 이 사건 물납 주식의 취득가액을 126,027원으로 하여 산정한 2016년 귀속 양도소득세 1,043,430,538원과 110,013,130원을 경정․고지하였고, 피고 서울특별시 CC구청장은 2021. 4. 15. 원고에게 이 사건 물납 주식의 취득가액을 126,027원으로 하여 산정한 2016년 귀속 지방소득세 104,343,053원과 11,001,313원을 경정․고지하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). 【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑1호증의 1 내지 4, 갑2호증, 을가1호증의 1, 2, 을가2호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다.

• 가. 원고 가업상속공제적용률을 이 사건 조항은 ‘가업상속공제가 적용된 자산의 가액 중 가업상속공제가 적용된 비율’로, 구 소득세법 시행령 제163조의2 제3항 은 ‘구 상증세법 제18조 제2항 제1호에 따라 상속세 과세가액에서 공제한 금액을 같은 항 제1호에 따른 가업상속 재산가액으로 나눈 비율’로 각각 규정하고 있고, 구 상증세법 제18조 제2항 제1호의 ‘가업상속 재산가액’은 ‘상속재산 중 가업에 해당하는 법인의 주식 등’을 의미한다. 이를 수식으로 표시하면 다음 표 기재와 같은데, 양 수식의 분자가 서로 같은 이상 분모도 서로 같아야 하므로, 이 사건 조항상의 ‘가업상속공제가 적용된 자산’이란 ‘상속재산 중 가업에 해당하는 주식’(상속재산의 가액에 사업관련비율을 곱하여 계산한 금액에 해당하는 주식)을 의미한다고 보아야 한다. [가업상속공제적용률] 이 사건 조항 구 소득세법 시행령 제163조의2 제3항 적용된 가업상속공제액 / 가업상속공제가 적용된 자산의 가액 가업상속공제액 / 상속재산 중 가업에 해당하는 주식 등의 가액 따라서 원고가 상속받은 이 사건 주식 중 96,552주(= 360,000주 × 사업관련비율 26.82%)만이 가업에 해당하는 주식으로서 이 사건 조항상의 ‘가업상속공제가 적용된 자산’에 해당하고, 나머지 263,448주는 가업에 해당하지 않는 주식으로서 이 사건 조항상의 ‘가업상속공제가 적용된 자산’에 해당하지 않는데, 그중 어떤 주식으로 상속세를 물납한 것인지에 대하여는 원고에게 선택권이 있고, 원고는 이 사건 주식을 주권별로 구분하여 주권대장을 통해 관리하면서 가업에 해당하지 않는 주식 263,448주 중 141,209주를 양도하였다. 이처럼 원고는 가업에 해당하지 않는 주식으로서 이 사건 조항상의 ‘가업상속공제가 적용된 자산’이 아닌 주식만 양도하였으므로, 해당 주식(이 사건 물납 주식)의 취득가액을 산정하는 데 이 사건 조항이 적용된다고 볼 수 없다. 그럼에도 피고들은 아무런 법률상 근거 없이 원고가 가업에 해당하는 주식 96,552주를 포함한 이 사건 물납 주식을 양도하였다고 간주하여 이 사건 조항을 적용하여 이 사건 물납 주식의 취득가액을 산정한 뒤 이에 기초하여 이 사건 각 처분을 하였으므로, 이 사건 각 처분은 위법하다.
• 나. 피고 BB세무서장 구 상증세법 제18조 제2항 제1호에 따라 상속세 과세가액에서 공제된 부분이 있다면 그 부분에 대하여는 반드시 이 사건 조항이 적용되어야 하는데, 원고는 이 사건 물납 주식 중 96,552주에 해당하는 금액(16,450,819,416원)에 대하여 구 상증세법 제18조에 따라 가업상속공제를 받았으므로, 이러한 가업상속공제가 적용된 주식의 양도차익을 계산할 때의 취득가액은 이 사건 조항에 따라 계산되어야 한다. 원고는 이 사건 주식을 임의로 가업에 해당하는 주식과 가업에 해당하지 않는 주식으로 구분하여 그중 가업에 해당하지 않는 주식만 양도하였다고 주장하나, 상속세 과세가액에서 공제된 가액에 해당하는 주식이 가업에 해당하는 주식으로, 나머지 금액에 해당하는 주식이 가업에 해당하지 않는 주식으로 구분될 뿐 원고가 이를 임의로 구분할 수 있는 것이 아니다. 원고가 이 사건 주식을 위와 같이 구분한 것은 오로지 이 사건 조항에 따른 양도소득세를 회피하기 위한 것이어서 이 사건 조항의 입법취지와 맞지 않고, 그와 같은 구분이 합리적인 기준이나 법적 근거에 따른 것이라고 볼 수도 없다.

4. 이 사건 각 처분의 적법 여부(이 사건 물납 주식의 취득가액 산정에 이 사건 조항이 적용되는지 여부)

• 가. 관계 규정의 내용 이 사건 조항은 구 상증세법 제18조 제2항 제1호에 따른 공제(이하 ‘가업상속공제’라 한다)가 적용된 자산의 양도차익을 계산할 때 취득가액은 ‘피상속인의 취득가액 × 해당 자산가액 중 가업상속공제가 적용된 비율(이하 ’가업상속공제적용률‘이라 한다)’과 ‘상속개시일 현재 해당 자산가액 × (1 – 가업상속공제적용률)’을 합한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령 제163조의2 제3항 은 이 사건 조항을 적용할 때 가업상속공제적용률은 구 상증세법 제18조 제2항 제1호에 따라 상속세 과세가액에서 공제한 금액을 같은 항 제1호에 따른 가업상속 재산가액으로 나눈 비율로 한다고 규정하고 있다. 그리고 구 상증세법 제18조 제2항 제1호는 거주자의 사망으로 상속이 개시되는 경우로서 가업을 상속받은 경우에는 가업상속 재산가액에 상당하는 금액(다만 해당 금액이 20,000,000,000원을 초과하는 경우에는 20,000,000,000원을 한도로 하되, 피상속인이 15년 이상 계속하여 경영한 경우에는 30,000,000,000원, 피상속인이 20년 이상 계속하여 경영한 경우에는 50,000,000,000원을 한도로 한다)을 상속세 과세가액에서 공제한다고 규정하고 있고, 구 상증세법 시행령 제15조 제5항 제2호는 위 가업상속 재산이란 상속재산 중 가업에 해당하는 법인의 주식[해당 주식의 가액에 그 법인의 총 자산가액 중 상속개시일 현재 사업무관자산을 제외한 자산가액이 그 법인의 총 자산가액에서 차지하는 비율(사업관련비율)을 곱하여 계산한 금액에 해당하는 것]에서 유류분상속재산을 제외한 상속재산을 말한다고 규정하고 있다.
• 나. 이 사건 조항의 적용대상 앞서 본 처분의 경위와 관계 규정의 내용 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음 사정에 비추어 보면, 이 사건 조항은 구 상증세법 제18조 제2항 제1호, 구 상증세법 시행령 제15조 제5항 제2호에 규정된 ‘가업상속 재산’[상속재산 중 가업에 해당하는 법인의 주식(주식의 가액에 사업관련비율을 곱하여 계산한 금액에 해당하는 주식)]을 양도한 경우에 한하여 해당 재산의 취득가액을 산정하는 데 적용된다고 해석함이 타당하다(피고 BB세무서장도 이 점은 다투지 않는 것으로 보인다).

1. 이 사건 조항은 ‘구 상증세법 제18조 제2항 제1호에 따른 공제(가업상속공제)가 적용된 자산’의 취득가액 산정에 적용되는데, 구 상증세법 제18조 제2항 제1호, 구 상증세법 시행령 제15조 제5항 제2호는 상속재산 중 가업에 해당하는 법인의 주식(해당 주식의 가액에 사업관련비율을 곱하여 계산한 금액에 해당하는 주식)을 가업상속 재산으로 규정하면서 그에 상당하는 금액을 상속세 과세가액에서 공제한다고 규정하고 있으므로, 문언상 이 사건 조항의 ‘가업상속공제가 적용된 자산’은 위 가업상속 재산을 의미한다고 해석된다.

2. 가업상속공제적용률을 이 사건 조항은 ‘해당 자산가액(가업상속공제가 적용된 자산의 가액) 중 가업상속공제가 적용된 비율’로, 구 소득세법 시행령 제163조의2 제3항 은 ‘구 상증세법 제18조 제2항 제1호에 따라 상속세 과세가액에서 공제한 금액을 같은 항 제1호에 따른 가업상속 재산가액으로 나눈 비율’로 각각 규정하고 있고, 이를 수식으로 표시하면 다음 표 기재와 같은데, 양 수식의 값이 같은 점을 감안하면 이 사건 조항의 ‘해당 재산(가업상속공제가 적용된 자산)’은 구 상증세법 제18조 제2항 제1호에 따른 가업상속 재산을 의미하는 것으로 해석된다. [가업상속공제적용률] 이 사건 조항 구 소득세법 시행령 제163조의2 제3항 실제 가업상속공제된 금액 / 해당 자산가액(가업상속공제가 적용된 자산의 가액) 실제 가업상속공제된 금액 / 구 상증세법 제18조 제2항 제1호에 따른 가업상속 재산가액

3. 가업상속공제는 상속 단계에서 과도한 상속세의 부담을 경감하려는 취지의 제도인데, 상속인이 가업상속공제가 적용된 자산을 양도할 경우 피상속인의 보유기간 동안의 자본이득에 대한 양도소득세까지 과세되지 아니하여 과세 형평성을 저해하는 문제가 있었다. 이에 따라 가업상속공제가 적용된 자산 부분에 대해서는 피상속인의 취득가액을 적용하여 양도차익을 계산하도록 하여 피상속인의 보유기간 동안의 자본이득에 대하여 양도소득세를 부과하기 위하여 이 사건 조항이 2014. 1. 1. 신설되었다. 이러한 이 사건 조항의 입법 취지에 비추어 보면, 이 사건 조항은 구 상증세법 제18조 제2항 제1호에 따른 가업상속 재산을 양도한 경우에 한하여 적용하되, 가업상속 재산 중 실제로 가업상속공제를 받은 부분에 대하여는 피상속인의 취득가액을(이 사건 조항 단서 제1호), 가업상속 재산 중 가업상속공제를 받지 못한 부분에 대하여는 상속개시일 현재의 가액을(이 사건 조항 단서 제2호) 각각 적용하여 취득가액을 산정하도록 한 것이라고 봄이 타당하다.

• 다. 원고가 가업상속 재산인 주식을 포함한 이 사건 물납 주식을 양도하였는지 여부 피고들은 이 사건 조항에 따라 이 사건 물납 주식의 1주당 취득가액을 126,027원으로 산정하여 이 사건 각 처분을 하였는데, 이는 원고가 이 사건 조항의 적용대상인 가업상속 재산(가업에 해당하는 법인의 주식)인 96,552주(= 이 사건 주식 360,000주 × 사업관련비율 26.82%)를 포함한 이 사건 물납 주식(141,209주)을 양도하였다는 전제에 선 것이다. 그러나 앞서 본 처분의 경위와 갑3호증의 1의 기재, 관계 규정의 내용 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음 사실 또는 사정에 비추어 보면, 피고들이 주장하는 사정만으로는 원고가 가업상속 재산인 96,552주를 포함한 이 사건 물납 주식을 양도하였다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

1. 원고는 이 사건 물납 주식을 양도한 뒤 이 사건 물납 주식의 취득가액을 구 소득세법 시행령 제163조 제9항 에 따라 상속개시일 당시의 가액인 1주당 170,383원으로 산정하여 양도소득세를 신고하였는데, 피고들은 원고가 가업상속 재산인 96,552주를 포함한 이 사건 물납 주식을 양도하였다고 보아 그 취득가액을 이 사건 조항에 따라 산정하여 이 사건 각 처분을 하였다. 그런데 과세처분취소소송에 있어 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세관청에게 있으므로, 원고가 가업상속 재산 96,552주를 포함한 이 사건 물납 주식을 양도하였다는 점에 관하여도 과세관청인 피고들에게 증명책임이 있다고 보아야 한다.

2. 그런데 피고들은 원고가 가업상속 재산 96,552주를 포함한 이 사건 물납 주식을 양도하였다는 점에 관하여는 아무런 구체적인 주장․증명을 하지 않고 있다.

3. 구 상증세법 제73조 제1항은 납세지 관할세무서장이 일정한 경우 납세의무자의 신청을 받아 상속받은 재산 중 부동산과 유가증권에 대해 물납을 허가할 수 있다고 규정하고 있고, 구 상증세법 제73조 제1, 2항의 위임을 받은 구 상증세법 시행령은 제70조 내지 제75조에 물납에 충당할 수 있는 재산의 범위, 물납절차 등에 관하여 자세하게 규정하고 있으나, 상속받은 비상장주식으로 상속세를 물납하는 경우 해당 주식 중 가업상속 재산에 해당하는 주식이 먼저 물납된 것으로 본다는 내용의 규정은 두고 있지 않다(구 상증세법 시행령 제74조 제2항은 물납에 충당하는 재산의 순서를 정하고 있으나, 상속받은 비상장주식 중 가업상속 재산에 해당하는 주식을 선순위로 물납에 충당한다는 내용은 정하고 있지 않다). 따라서 이 사건 주식 중 가업상속 재산 96,552주가 먼저 물납에 충당된 것으로 간주된다고 볼 수도 없다.

4. 오히려 ① 원고가 이 사건 주식을 주권별로 구분하여 주권대장을 통해 관리하면서 가업상속 재산이 아닌 주식 263,448주 중 141,209주를 물납하였다고 주장하고 있는 점, ② 갑3호증의 1의 기재에 따르면, ㅁㅁ와이어의 주권대장에 각 주권별로 명의인, 발행사유, 양수인, 양수사유 등이 기재되어 있는데, 원고가 홍ㅁㅁ로부터 상속받은 주식의 일부에는 ‘가업상속’이라고 기재되어 있는 반면 나머지에는 그러한 기재가 없는 사실이 인정되고, 이를 통해 원고가 홍ㅁㅁ로부터 상속받은 이 사건 주식을 가업상속 재산인 주식과 가업상속 재산이 아닌 주식으로 구분하여 관리하였다는 사실을 추단할 수 있는 점 등에 비추어, 원고는 이 사건 주식을 가업상속 재산인 주식과 가업상속 재산이 아닌 주식으로 구분하여 관리하던 중 가업상속 재산이 아닌 주식만을 이 사건 물납 주식으로 양도한 것으로 보인다(이에 대하여 피고 BB세무서장은 원고가 임의로 이 사건 주식을 가업상속 재산인 주식과 가업상속 재산이 아닌 주식으로 구분할 수 없다고 주장하나, ① 원고가 구 상증세법 제18조 제2항 제1호, 구 상증세법 시행령 제15조 제5항 제2호에 따라 이 사건 주식을 가업상속 재산인 주식과 그렇지 않은 주식으로 구분한 이상 원고가 이 사건 주식을 임의로 구분하였다고 볼 수 없는 점, ② 홍ㅁㅁ로부터 이 사건 주식을 상속받아 취득한 원고가 이 사건 주식을 주권별로 구분하여 관리할 수 없다고 볼 만한 법적 근거도 찾을 수 없는 점 등에 비추어, 피고 BB세무서장의 위 주장은 받아들이지 않는다).

• 라. 소결 이 사건 조항은 구 상증세법 제18조 제2항 제1호, 구 상증세법 시행령 제15조 제5항 제2호에 규정된 가업상속 재산(상속재산 중 가업에 해당하는 법인의 주식)을 양도한 경우에 한하여 해당 주식의 취득가액 산정에 적용되는데, 원고가 가업상속 재산인 96,552주를 포함한 이 사건 물납 주식을 양도하였다고 볼 수 없는 이상, 이 사건 물납 주식의 취득가액 산정에 이 사건 조항이 적용된다고 볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다(원고는 이 사건 물납 주식의 취득가액을 산정하는 데 이 사건 조항이 적용된다고 가정하더라도 피고들이 가업상속공제적용률을 100%가 아닌 26.82%로 하여 이 사건 물납 주식의 1주당 취득가액을 126,027원으로 산정한 것은 위법하다고 주장하고, 이에 대하여 피고 BB세무서장은 이 사건 각 처분의 세액이 정당세액의 범위 내에 있어 이 사건 각 처분이 적법하다고 다투나, 이 사건 물납 주식의 취득가액 산정에 이 사건 조항이 적용되지 않는다는 이유로 이 사건 각 처분을 취소하는 이상 원고와 피고 BB세무서장의 위 주장에 대하여는 따로 판단하지 아니한다).

원고의 청구는 이유 있으므로 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.