실제 거래 없이 형식적 거래당사자로 참여하고 발급·수취한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당함

[ 세 목 ] 부가 [ 판결유형 ] 일부국패 [ 사건번호 ] 서울행정법원-2023-구합-70565(2025.7.16) [직전소송사건번호 ] [심판청구 사건번호 ] [ 제 목 ] 실제 거래 없이 형식적 거래당사자로 참여하고 발급·수취한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당함 [ 요 지 ] 실제 거래 없이 형식적 거래당사자로 참여하고 발급·수취한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당함 [ 판결내용 ] 판결 내용은 붙임과 같습니다. [

] 부가가치법 제32조 【세금계산서 등】 사 건 2023구합70565 각 부가가치세 부과처분 취소 원 고 주식회사 BBB 피 고 KK세무서장 변 론 종 결

2025. 5. 14. 판 결 선 고

2025. 7. 16.

1. 피고가 2020. 12. 10. 원고에 대하여 한 2019년 1기 부가가치세 143,634,380원(가산세 포함) 부과처분 중 137,144,775원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 90%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2020. 12. 10. 원고에 대하여 한 2019년 1기 부가가치세 143,634,380원(가산세 포함), 2019년 2기 부가가치세 105,916,300원(가산세 포함)의 각 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2003. 8. 18. 금융컨설팅업 등을 목적으로 설립된 회사로, 2005. 12. 15. 목적사업에 도소매판매업 등을 추가하였으며, 화장품 및 의류 도매·무역업을 영위하다가 2020. 11. 30. 직권 폐업된 후 2023. 12. 4. 상법 제520조의2 제1항 에 의해 해산간주되었다.
• 나. PJJ는 2012. 7. 2. 원고의 대표이사로 취임하여 해산간주될 무렵까지 사내이사로 등기되어 있었다.
• 다. 원고는 2019년 제1기 및 제2기 과세기간 동안 JAAA 주식회사(이하 ‘JAAA’이라 하고, 이하 ‘주식회사’ 명칭을 생략한다) 등 12개 업체(이하 ‘이 사건 매입처’라 한다)로부터 별지 1 기재와 같이 공급가액 합계 4,470,497,223원의 매입세금계산서(이하 ‘이 사건 매입세금계산서’라 한다)를 수취하고, KC인터내셔널 및 KC에 별지 2 기재와 같이 공급가액 합계 4,542,796,558원의 매출세금계산서(이하 ‘이 사건 매출세금계산서’라 한다)를 발행하였다.
• 라. 피고는 2020. 9. 9.부터 2020. 11. 29.까지 사이에 원고의 2019년 제1기 및 제2기 과세기간에 대한 부가가치세 세목별 조사를 실시한 결과, 원고가 KC인터내셔널 등과 그 매입처 사이에서 형식적인 도관(중간) 거래를 통해 실물거래 없이 사실과 다른 세금계산서를 발행·수취하였다고 보아, 2020. 12. 10. 원고의 2019년 제1기 과세기간 부가가치세 143,634,380원(가산세 포함) 및 2019년 제2기 과세기간 부가가치세 105,916,300원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 한편, 이 사건 매입처 중 JAAA 및 ABBB의 대표인 ASS과 KC인터내셔널 및 KC의 대표인 MYY는 2025. 2. 19. 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(횡령), 사기 및 사기방조, 관세법위반, 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서 교부등) 등 혐의에 대하여 유죄판결(이하 ‘이 사건 형사판결’이라 한다)을 선고받았다. [인천지방법원 2021고합475, 2022고합516(병합), 2023고합46(병합), 2023고합1010(병합), 2024고합204(병합)]. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 14, 23호증, 을 제1, 17, 18, 25호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 요지 아래와 같은 이유로 이 사건 매입 및 매출세금계산서가 허위라는 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

1. PJJ는 2014년 무렵부터 KC인터내셔널에서 MYY와 함께 일하였다. 당시 PJJ가 국내 화장품 구매 업무를 하고 MYY는 중국 수출업무를 담당하였는데, PJJ가 2016. 4.경 KC인터내셔널을 퇴사하면서 동일한 업무를 원고를 통하여 하게 되었다. 원고는 이 사건 매입처들로부터 KC인터내셔널이 요청하는 화장품을 매입한 후 이윤을 남기고 이를 KC인터내셔널에 판매하였다. 그러던 중 PJJ가 2019. 4.경 뇌경색으로 입원하게 됨에 따라 공인인증서 등을 MYY에게 맡기게 되었고 KC인터내셔널이 원고의 행정업무만 도와주었던 것이다. 따라서 이 사건 매입 및 매출세금계산서는 모두 실제 거래에 부합하는 세금계산서이다.

2. 원고는 이 사건 매입처 및 KC인터내셔널 등과의 거래에 따른 세금을 전액 납부하였는바, 조세회피의 목적도 없었고 조세회피의 결과가 발생하지도 않았다. 그럼에도 이루어진 이 사건 처분은 조세법률주의에 위반된다.

3. 설령 이 사건 매입 및 매출세금계산서가 허위라고 하더라도, 원고는 MYY에게 이용당하였던 것에 불과하므로, 원고에 대한 가산세의 부과는 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 3 기재와 같다.
• 다. 인정사실 앞서 채택한 각 증거, 갑 제10호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 아래와 같은 사실이 인정된다.

1. PJJ는 2016. 3. 11. 화장품 제조 및 유통업 등을 목적으로 하는 주식회사 CAA를 설립하였다.

2. 원고와 KC인터내셔널 사이에 2016. 3. 20. 물품공급계약서가 작성되었는데, 그 주요 내용은 아래와 같다. <표 생략>

3. 한편 이 사건 형사판결의 범죄사실에서 인정된 내용은 아래와 같다. <표 생략>

• 라. 조세법률주의 위반 여부 원고는 이 사건 처분에 근거가 없으므로 조세법률주의에 위반된다고 주장한다. 그러나 구 부가가치세법(2019. 12. 31. 법률 제16845호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘부가가치세법’이라 한다)에 의하면, 납세자가 신고한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우, 제출된 매출처별·매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우 등에는 납세지 관할 세무서장 등은 해당 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정할 수 있는 점(제57조 제1항), 부가가치세법은 제29조 제1항에서 ‘재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다’고 규정하고, 이를 기초로 매출세액을 계산하도록 정하고 있는 점(제37조 제1항), 같은 법 제38조에서 ‘사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액’을 매입세액으로 공제한다고 하면서(제1항 제1호), 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 세금계산서는 매입세액에서 공제하지 아니한다고 정하고 있는 점(제39조 제1항 제2호) 등을 종합하면, 납세지 관할 세무서장 등은 사실과 다른 세금계산서에 따른 매출 또는 매입을 제외하고 정당한 과세표준 및 세액을 조사·결정할 수 있다고 봄이 타당하고, 원고의 주장처럼 납세자가 사실과 다른 세금계산서에 따라 발생한 부가가치세나 법인세를 전부 납부하였다고 하여 달리 볼 수는 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
• 마. 사실과 다른 세금계산서 여부

1. 관련 법리

• 가) 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래인지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 현실적인 재화의 이동과정, 대가의 지급관계 등 제반사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하여야 하고(대법원 2012. 11. 15. 선고 2010두8263 판결 등 참조), 재화나 용역을 공급하기로 하는 계약을 체결하는 등 실물거래가 있다는 것은 당사자 사이에 재화나 용역을 공급하기로 하는 구속력 있는 합의가 있음을 의미하는 것으로서, 부가가치세법 등 관련 법령에서 세금계산서에 기재할 사항 중의 하나로 규정하고 있는 공급가액, 공급품목, 단가, 수량 등에 관하여도 합의가 있어야 한다(대법원 2012. 11. 15. 선고 2010도11382 판결 등 참조).
• 나) 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 과세요건사실에 관한 직접적인 증거가 없는 경우라도 간접적인 사실관계 등에 의거하여 경험칙상 가장 합리적인 설명이 가능한 추론에 의하여 과세요건사실의 존재를 추정할 수 있는 경우에는 그 증명이 있다고 하여야 할 것이며, 따라서 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실을 인정할 수 있는 간접사실이 밝혀진 이상, 세금부과처분의 상대방이 당해 사실은 경험칙의 적용대상이 되지 못한다거나 당해 사건에서 그와 같은 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점을 증명하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 등 참조).

2. 사실과 다른 세금계산서로 판단한 부분 앞서 채택한 각 증거, 갑 제5 내지 13, 15 내지 22, 24 내지 43호증, 을 제2 내지 16, 19 내지 24호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 고려하면, 이 사건 매출세금계산서 모두와 이 사건 매입세금계산서 중 공급자가 ‘HR인터내셔날, SY무역, JNJ인터내셔날’인 부분을 제외한 나머지(이하 ‘이 사건 허위 세금계산서’라 한다)는, 원고가 실제 거래 없이 형식적 거래 당사자로 참여하고 발급·수취한 사실과 다른 세금계산서라고 판단된다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

• 가) 이 사건 형사판결의 내용, 관련자들의 진술 등에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하면, ASS이 지배한 JAAA 및 ABBB와 원고 사이의 거래, MYY가 지배한 KC인터내셔널 및 KC과 원고 사이의 거래는, 모두 JAAA 등과 KC인터내셔널 등이 가공거래를 하는 과정에서 원고를 끼워넣음에 따라, 실물거래 없이 형식적으로 이루어진 거래라고 판단된다.

(1) PJJ는 종래 KC인터내셔널에서 MYY와 함께 일하였으며, KC인터내셔널을 나오면서 비로소 원고의 대표이사로 취임하여 원고를 통하여 화장품 등 도매업을 영위하기 시작하였고, 무렵 CAA도 설립하였다.

(2) 이 사건 형사판결에서는, ASS과 MYY가 JAAA의 매출액 과대계상 등을 위하여 실제 거래대금 및 물품이동을 수반하지 않는 가공의 국내 일반 과세 거래 또는 수출을 전제로 하는 영세율 거래를 반복하기로 모의하였고, 이에 따라 국내 일반 과세 거래의 경우, 원 판매처와 KC 및 KC인터내셔널 간 물품공급거래에 있어 아무런 역할을 하지 않는 JAAA을 중간상으로 개입시켜 외관상 거래대금의 1~2%의 마진을 취득하는 방식을 취하거나 JAAA 명의의 허위 세금계산서를 발행하여 진성거래를 가장하는 방식을 취하기로 한 사실을 인정하였다. 그 과정에서 MYY가 원고와 CAA의 명의로도 허위의 세금계산서를 발행하였다고 판단되었다.

(3) 이 사건 형사판결의 범죄사실에서 ASS이 허위로 발급한 것으로 인정된 세금계산서에는 이 사건 매입세금계산서 중 공급자가 JAAA인 것이 모두 포함되어 있으며, 위 범죄사실에서 MYY가 허위로 발급받은 것으로 인정된 세금계산서에는 이 사건 매출세금계산서 중 공급받는 자가 KC인터내셔널인 것이 모두 포함되어 있다.

(4) MYY는 수사과정에서 ‘KC, KC인터내셔널의 매출 중 JAAA과 관련된 거래는 전부 JAAA의 매출액을 부풀리기 위한 수단으로써 허위인 거래로 보면된다. KC, KC인터내셔널의 관계회사인 BMM, CAA, ELLL 등과 JAAA이 관련된 모든 거래 또한 전부 허위이다’, ‘세금계산서 내지 계약서상 거래당사자로 개입한 것처럼 외관을 형성한 허위거래이다. JAAA이 아무런 역할을 하지 않음에도 세금계산서 내지 계약서상 거래당사자로 개입한 것처럼 외관을 형성한 허위 거래라는 것이다. 실제 거래가 아니기 때문에 자금이동이 아예 수반되지 않거나 자금이동이 있다 하더라도 다시 해당 금원을 돌려받는 식으로 처리해서 사실상 진짜 매출을 발생시키는 실제 거래가 아니다’고 진술하였다. 이 사건 형사판결에서 법원은, MYY가 거래유형 별로 구체적인 거래방식 및 물품의 이동흐름에 관한 도표 등을 제시받은 상태에서 진술하였고, 그러한 거래를 시작하게 된 경위, 거래에 관하여 ASS과 MYY가 각자 담당한 역할 등을 상세히 진술한 점 등에 비추어, MYY의 위 진술에 신빙성이 있다고 보았다.

(5) 원고, CAA와 JAAA 및 KC인터내셔널 간의 계좌거래내역에 의하면, 이 사건 매입 및 매출세금계산서상의 거래들 중 일부에 있어서 거래대금이 짧은 시간 내에 ‘KC인터내셔널 → 원고 또는 CAA → JAAA → (KJJ) → KC인터내셔널’로 순환이동한 경우가 확인되었다고 보인다. 위와 같이 자금이 순환이동된 이유에 관하여 MYY는 서울지방국세청 조사에서 ‘같은 금액을 돌린 것으로 KC인터내셔널과 JAAA만 돌리면 티가 날 것 같아 금융권에 혼선을 주기 위해 CAA와 원고를 중간에 넣어 같은 금액을 넣어 돌린 것’이라고 진술하였다.

(6) 인천세관이 KC에서 압수한 장부에서 아래와 같은 내용이 확인되었는바, 이를 통해 MYY가 매입처와 KC인터내셔널 간의 거래 또는 KC이나 KC인터내셔널이 당사자인 순환거래에 원고 또는 CAA를 개입시키고, MYY의 개인계좌로의 이체를 원고 또는 CAA와의 거래에 의한 것처럼 가장하였음을 알 수 있다. <표 생략>

(7) 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 현실적인 재화의 이동과정, 대가의 지급관계 등 제반사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하더라도, 원고가 JAAA, ABBB 및 KC, KC인터내셔널과 사이의 거래에서 거래당사자로서 자기의 책임과 계산으로 어떠한 위험을 부담하였다거나 구체적인 역할을 수행하였다고 볼 여지가 없다. (가) 우선, 원고의 세금계산서 발급, 상품 발주, 단가 조정 및 대금정산 등의 전반적인 업무를 모두 KC인터내셔널의 직원들이 수행하였다. 원고의 은행인증서, OTP카드, 전자세금계산서 발급 인증서 또한 KC인터내셔널에서 보유하며 금융거래를 하고 세금계산서를 발급하였다. 원고는, PJJ가 뇌경색으로 입원하는 등의 사정으로 KC인터내셔널에서 행정업무를 지원해준 것이라고 주장하나, 단순히 세금계산서 발급 업무만 부탁하는 것이 아니라 그 법인의 은행인증서와 OTP카드까지 다른 법인에 전적으로 맡긴다는 것은 매우 이례적이다. 또한 원고가 매입하여 KC인터내셔널, KC에 공급한 물품은 원고를 거치지 않고 곧바로 KC인터내셔널, KC으로 이동하였으며, 원고가 해당 물품의 하자에 대한 책임을 지기로 했다고 보이지도 않는다. 이처럼 원고가 JAAA과 KC인터내셔널 사이에서 대금지급을 관리하거나 물품에 대한 입고, 검수, 보관 등의 역할을 수행하였다는 사정도 없다. (나) 원고가 JAAA, KC인터내셔널과 공급 대상 물품의 종류, 수량, 가격 등에 대하여 협의하였다는 증거도 없다. ASS은 세무조사 시 ‘원고, CAA로부터 주문발주를 받지 않았고 MYY로부터 받았다’, ‘출고상품에 대한 가격 결정은 MYY와 진행했다’, ‘원고에 대한 거래명세서는 MYY를 통하여 교부했다’고 진술하였으며, 이 사건 형사판결 시 법정에서 ‘PJJ와 만난 적 없고, 원고, CAA와의 거래는 전적으로 MYY를 통해 진행했다’고 진술하였다.

• 나) 아래와 같은 사정을 종합하면, 이 사건 매입세금계산서 중 공급자가 ‘SYCH, BT시그널, SI코스메틱, ENSS패션쇼핑몰 천호점, HSE비지니스, WC유통, DW글로벌’인 부분도 사실과 다른 세금계산서임이 인정된다.

(1) SYCH의 대표 CSY은 KC인터내셔널의 본부장이다. SYCH의 사업자등록신청은 KC인터내셔널의 직원이 대리하였으며, CSY은 세무조사 당시 ‘전자세금계산서 관련된 것은 모른다. MYY 대표가 한 걸로 알고 있다. MYY가 법인통장, 인감도장도 다 관리했다. 저는 명의상 대표일 뿐 실제로는 MYY가 실 대표자다’고 진술하였다. PJJ도 세무조사 시 ‘SYCH의 경우 담당자는 CSY이지만, 당시 CSY이 KC 소속이었기 때문에 발주요청 납품, 검수 등은 KC의 직원들과 진행했다’고 진술한 바 있다. 뿐만 아니라 이 사건 형사판결에서는 SYCH 또한 MYY가 실질적으로 운영하는 회사로 실제 거래당사자가 아니고 가공거래를 위해 동원된 것으로 보인다고 판단하였다.

(2) 원고와 거래했던 BT시그널의 담당자는, KC인터내셔널의 직원을 통하여 원고와 거래를 시작하게 되었고, 원고 대표가 누구인지 모르고 만난 적도 없으며, 젊은 남자와 통화하여 납품했다고 진술하였다. 그런데 원고 회사에는 PJJ(1961년생) 외에 별도의 직원은 없던 것으로 보인다. 또한 이 사건 형사판결에서 BT시그널 또한 JAAA과 KC인터내셔널 사이의 가공거래에 관여하였다고 인정되기도 하였다.

(3) SI코스메틱과 ENSS패션쇼핑몰 천호점의 담당자는 거래사실문답서에 원고와 거래 시 연락하였던 원고 측 담당자로, 원고가 아닌 KC인터내셔널의 직원을 기재하였다. 특히 SI코스메틱은 이 사건 처분의 과세기간 동안 JAAA 및 CAA와도 거래한 내역이 존재하며, 이 사건 형사판결에 KC인터내셔널 및 JAAA간 거래에 관여한 것으로 언급되어 있기도 하다.

(4) WC유통은 기존에 KC인터내셔널과 거래하던 업체로 보이며, WC유통의 담당자는 MYY로부터 소개를 받아 원고와 거래하게 되었고, 거래 시 KC인터내셔널의 직원이 해당 업무를 처리하였다고 진술하였다.

(5) HSE비지니스 또한 기존에 KC인터내셔널과 거래하던 업체로 보이며, HSE비지니스의 담당자는 원고와 거래 시 PJJ가 아닌 젊은 여자직원과 연락하였다고 진술하였다. 또한 이 사건 형사판결에서 HSE비지니스 또한 JAAA과 KC인터내셔널 사이의 가공거래에 관여하였다고 인정되기도 하였다.

(6) DW글로벌은 이 사건 처분의 과세기간 동안 JAAA 및 CAA와도 거래한 내역이 존재한다.

3. 사실과 다른 세금계산서로 보기 어려운 부분 앞서 채택한 각 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 고려하면, 제출된 증거들만으로는 이 사건 매입세금계산서 중 공급자가 ‘HR인터내셔날, SY무역, JNJ인터내셔날’인 부분이 사실과 다른 세금계산서라고 인정하기 부족하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

• 가) HR인터내셔날, SY무역, JNJ인터내셔날과 원고 사이의 거래는 이 사건 형사판결에서 허위의 거래라고 판단된 부분에 포함되어 있지 않으며, 위 각 업체가 형사판결에 언급되어 있지도 않다. 이 사건 형사판결의 요지는, JAAA과 KC인터내셔널이 가공거래를 하는 과정에서 원고를 포함한 관계회사를 형식적으로 끼워넣었다는 것인데, 위 세 업체가 JAAA 또는 KC인터내셔널과 어떠한 관계가 있다는 증거도 없다.
• 나) 앞서 허위의 거래로 인정된 부분들과 달리, HR인터내셔날, SY무역, JNJ인터내셔날과 원고 사이의 거래는 각 1건씩에 불과하며, 위 업체들과 원고가 거래를 하게 된 경위에 대하여 알 수 있는 자료도 없다.
• 다) 원고가 HR인터내셔날, SY무역, JNJ인터내셔날과 거래한 시점은 원고가 뇌경색으로 입원하면서 KC인터내셔널에 인감 등을 맡기게 되었다고 주장한 2019. 4.경 이전이므로, 위 업체들과 원고 사이의 거래 또한 원고의 관여 없이 KC인터내셔널 측에서 전적으로 처리한 것이라고 단정하기는 어렵다.
• 바. 가산세 부과의 위법 여부

1. 관련 법리 세금계산서불성실가산세는 세금계산서 제도가 당사자 사이의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐만 아니라 소득세와 법인세의 세원 포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 갖고 있음을 감안하여, 과세권의 적정한 행사와 조세채권의 용이한 실현을 위하여 부가가치세 납세의무를 지는 사업자로 하여금 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 발행 또는 수취하지 않도록 할 의무를 부과하고, 사업자가 정당한 사유 없이 이에 위배하여 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 수수할 경우에는 행정상 제재로 세금계산서불성실가산세를 부과하도록 한 것이다. 이에 비추어 보면 세금계산서불성실가산세는 사업자가 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 수수한다는 점에 관한 인식이 있었을 것을 요건으로 하지 아니한다. 그리고 세금계산서불성실가산세를 면할 정당한 사유가 있는지가 문제될 때에는 이러한 규정 취지를 충분히 고려하면서 납세의무자가 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 의무의 이행을 기대하는 것이 무리였다고 할 것이어서 납세의무자에게 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 볼 수 있는지 여부를 판단하여야 하고, 단지 재화나 용역의 공급 없이 수수되는 세금계산서라는 점을 알지 못하였다는 사정만으로 쉽게 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 단정하여서는 안 된다(대법원 2016. 11. 10. 선고 2016두31920 판결 등 참조).

2. 판단 앞서 채택한 각 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 고려하면, 원고가 이 사건 허위 세금계산서를 발급·수취함에 있어서 그 의무이행을 기대할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 인정하기 어렵다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

• 가) PJJ는 KC인터내셔널에서 근무하다가 2016년경 퇴사한 후 원고의 대표이사로 취임하고 CAA를 설립하였으며, 그 후 원고와 CAA를 통하여 JAAA 및 KC인터내셔널 등과 형식적 거래를 하여왔다. 이러한 PJJ와 MYY 사이의 관계를 고려하였을 때 원고가 이 사건 허위 세금계산서가 허위라는 사실을 몰랐다고 보기 어렵다.
• 나) PJJ는 원고의 인증서, OTP카드 등을 KC인터내셔널 측에 전적으로 맡겨 그들로 하여금 이를 자유롭게 사용하도록 하였는바, 최소한 이 사건 허위 세금계산서를 둘러싼 거래구조에 묵시적으로 동의하였다고 볼 수 있다.
• 다) MYY는 검찰 조사 당시 JAAA이 관여된 거래가 가공거래임을 설명하는 과정에서 ‘2018년경 세관 단속이 있고 그래서 수출비중이 준 반면에, ASS이 JAAA을 중간상 형식으로 끼워둔 국내 거래는 계속해도 무방하다고 해서 그런 거래에 더 치중하게 되었다. CAA, BMM 대표도 그렇게 형식상 중간상으로 끼워도 정상거래와 같이 문제가 없다고 했다’고 진술하였는바, 이에 의하면 원고의 대표 PJJ는 JAAA과 KC인터내셔널 사이의 가공거래의 구조에 대하여 잘 알고 있던 것으로 보인다.
• 라) 이 사건 형사판결에 의하면, ASS은 허위의 매출채권·매입채무를 제각하는 상계계약서를 위조하기도 하였는데, 그 과정에서 MYY는 ‘PJJ는 설득하지 못한다’며 PJJ의 동의가 어렵다는 취지로 이야기하였던 것으로 보이는바, PJJ가 JAAA과 KC인터내셔널 사이의 가공거래의 구조에 대하여 전혀 알지 못한채 MYY에게 이용당한 것으로 보기는 어렵다.
• 마) 원고와 PJJ가 조세범처벌법위반 등의 혐의에 대하여 검찰의 혐의없음 처분을 받은 사실은 인정된다. 그러나 불기소결정서에 의하면 ‘원고의 세금계산서 발급업무를 MYY가 처리하였다고 진술한 점 등 종합하면, PJJ가 MYY 범행에 가담하였다고 인정할 증거가 없다’는 것에 불과한바, 이러한 사정만으로 원고가 JAAA과 KC인터내셔널 사이의 가공거래에 주도적으로 관여하지 않았다는 점을 넘어, 이 사건 허위 세금계산서에 관한 세금계산서불성실가산세를 면할 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다.
• 사. 취소의 범위

1. 이 사건 처분 중, 원고에 대한 2019년 1기 부가가치세 143,634,380원(가산세포함) 부과처분 중 HR인터내셔날, SY무역, JNJ인터내셔날이 원고에 각 공급한 세금계산서(공급가액 합계 63,088,654원)가 사실과 다른 세금계산서라는 전제에서 이루어진 부분은 위법하고, 나머지 부분은 적법하다.

2. 이에 따라 계산한 정당세액은 아래 표 기재와 같으므로, 원고에 대한 2019년 1기 부가가치세 부과처분 중 137,144,775원을 초과하는 부분은 취소되어야 한다. <표 생략>

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 부분은 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.