임대주택 2개호에 대한 중과세율 적용이 부당한지 여부

사 건 2023구합68807 양도소득세부과처분취소 원 고 강○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2024. 02. 23. 판 결 선 고

2024. 04. 12.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 원고에게 2022. 6. 1. 한 2020년 귀속 양도소득세 8,671,570원, 2022. 6. 20. 한 2020년 귀속 양도소득세 520,049,050원, 2022. 8. 2. 한 2020년 귀속 양도소득세 158,605,820원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고의 조정대상지역 내 부동산 양도 및 양도소득세 무신고

1. 원고는 2002. 11. 21. 서울 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 1- 대 52㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)의 소유권을, 2011. 12. 5. 서울 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 1**-* 토지 지상 집합건물(이하 ‘이 사건 집합건물’이라 한다) 106․107․108․109․110․202․301․302․303․304․401호(이하 통틀어 ‘이 사건 각 집합건물’이라 한다)의 소유권을 각각 취득하였고, 2016. 8. 3. ｢민간임대주택에 관한 특별법｣(이하 ‘민간임대주택법’이라 한다) 제5조에 따라 이 사건 집합건물 106․107․108․109․110․202호 등에 관하여 주택구분을 매입, 주택종류를 단기임대, 임대개시일을 2016. 8. 2.로 하여 임대사업자 등록을 하였다.

2. 국토교통부장관은 주택법 부칙(법률 제14866호, 2017. 8. 9.) 제2조에 따라 이 사건 각 집합건물이 있는 서울 ㅇㅇ구 등을 조정대상지역 예정지로 지정하고 2017. 9. 6. 이를 공고하였고(국토교통부 공고 제2017-1305호), 서울 ㅇㅇ구는 위 부칙 제2조 제3항에 따라 2017. 11. 10. 구 주택법(2021. 1. 5. 법률 제17874호로 개정되기 전의 것) 제63조의2에 따른 조정대상지역으로 지정된 것으로 간주되었다.

3. 원고는 이 사건 각 집합건물과 이 사건 토지에 관한 강제경매절차에서 다음 표 ‘납부일’란 기재 각 일자에 매각대금을 납부하고 다음 표 ‘소유권이전등기일’란 기재 일자에 소유권이전등기를 마친 AAA(원고의 자녀이다)에게 이 사건 각 집합건물과 이 사건 토지를 양도하였으나, 양도소득세를 신고하지 않았다.

• 나. 민간임대주택법 및 소득세법 시행령의 개정 경위 등

1. 구 민간임대주택법(2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것) 제43조 제1항, 제2조 제6호는 단기민간임대주택의 임대의무기간을 4년 이상으로 규정하였으나, 2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정된 민간임대주택법은 단기민간임대주택의 임대기간에 관한 제2조 제6호를 삭제하고 종전의 민간임대주택법 제2조 제6호 에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간(4년)이 종료한 날 등록이 말소되는 것으로 규정하였다(제6조 제5항).

2. 한편 구 소득세법(2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되어 2021. 1. 1 시행되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제104조 제7항 제3호는 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우 구 소득세법 제55조 제1항 에 따른 세율(이하 ‘기본세율’이라 한다)에 100분의 20을 더한 세율(이하 ‘중과세율’이라 한다)을 적용한다고 규정하고 있었고, 구 소득세법 시행령(2020. 10. 7. 대통령령 제31083호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 소득세법 시행령’이라 한다) 제167조의3 제1항은 국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택을 양도하는 경우 중과세율이 적용된다고 규정하면서 다만 민간임대주택법에 따른 임대사업자 등록을 한 거주자로서 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택을 양도하는 경우에는 중과세율이 적용되지 않는다고 규정하였다(제2호 가목). 그런데 2020. 10. 7. 대통령령 제31083호로 개정된 구 소득세법 시행령(이하 ‘개정된 소득세법 시행령’이라 한다)은 제167조의3 제1항 제2호 단서를 신설하여 단기민간임대주택으로서 민간임대주택법 제6조 제5항 에 따라 임대의무기간(4년)이 종료한 날 등록이 말소되는 경우에는 임대의무기간(4년)이 종료한 날 제167조의3 제1항 제2호 가목에서 정한 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다고 규정함으로써 단기민간임대주택의 경우에는 4년 이상 임대한 주택을 양도하는 경우에도 제167조의3 제1항 제2호 가목에 정해진 임대기간요건(5년)을 갖춘 것으로 보아 중과세율을 적용하지 않도록 하였고, 위 단서 규정을 2020. 8. 18. 이후 임대사업자 등록이 말소된 후 해당 주택을 양도한 분부터 적용하도록 규정하였다[부칙(대통령령 제31083호, 2020. 10. 7.) 제1조, 제2조, 제4조 제1항].

3. 한편 구 소득세법 제95조 는 양도소득의 총수입금액에서 필요경비를 공제한 금액(양도차익)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액을 양도소득금액으로 하도록 규정하면서(제1항), 제104조 제7항 각 호에 따른 자산을 양도하는 경우에는 양도소득금액을 산출함에 있어 장기보유 특별공제액을 공제하지 않도록 규정하고 있다(제2항). 이에 따라 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우로서 중과세율이 적용되는 경우(구 소득세법 제104조 제7항 제3호)에는 장기보유 특별공제액을 공제하지 않고, 기본세율이 적용되는 경우에는 장기보유 특별공제액을 공제하게 된다.

• 다. 피고의 양도소득세 결정․고지 등

1. 피고는 원고가 국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 이 사건 집합건물 106․107․108․109․110․202호를 양도하였고, 원고가 양도한 단기민간임대주택 중 ① 이 사건 집합건물 107․108․109․110호의 경우 2020. 8. 18. 이후 양도되어 개정된 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 단서가 적용되고 임대기간이 4년 이상(2016. 8. 3.부터 2020. 8. 18.까지 또는 2020. 9. 3.까지)이어서 임대기간요건을 갖추었다고 보아 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제하고 기본세율을 적용한 반면, ② 이 사건 집합건물 106호, 202호의 경우 2020. 8. 18. 이전에 양도되어 개정 전 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 가목이 적용되고 임대기간이 5년 미만이어서 임대기간요건을 갖추지 못하였다고 보아 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하지 않고 중과세율을 적용하여 원고에게 다음 표 기재와 같이 2020년 귀속 양도소득세(가산세 포함) 687,326,440원을 결정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

2. 이 사건 처분에 관한 납세고지서는 다음 표 기재와 같이 송달되었다. 【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑1호증, 을1호증, 을2호증의 1, 2, 3, 을3호증의 1, 2, 3, 을10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

다음 사유로 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

• 가. 송달 부적법 이 사건 처분에 관한 납세고지서를 수령한 CCC는 원고의 배우자 BBB이 담임목사로 있는 교회의 전도사에 불과하고, CCC가 원고로부터 이 사건 처분에 관한 납세고지서를 교부받는 행위 또는 납세관리에 대한 대리권을 수여받았다고 볼 만한 자료가 없다. 따라서 이 사건 처분은 원고에게 적법하게 송달되지 않았으므로 그 효력이 발생하였다고 볼 수 없다.
• 나. 이 사건 집합건물 106호, 202호에 대한 장기보유 특별공제액 미공제․중과세율 적용 위법 원고는 이 사건 집합건물 106호를 3년 11개월 27일(2016. 8. 3.부터 2020. 7. 30.까지), 202호를 3년 11개월 13일(2016. 8. 3.부터 2020. 7. 16.까지) 임대하여 민간임대주택법상 임대의무기간(4년) 요건을 충족하지는 못하였으나, ① 임대의무기간(4년)에 모자란 일수가 불과 3일(106호), 17일(202호)에 불과한 점, ② 동일한 경매절차에서 이 사건 집합건물 106호, 202호만 의도치 않게 절차상 빠르게 매각되어 임대기간을 준수하지 못한 점, ③ 경매라는 불가피한 사정으로 임대를 계속하지 못한 점 등에 비추어, 이 사건 집합건물 106호, 202호에는 민간임대주택법 제43조 제4항 제1호 에 규정된 임대의무기간 면제 사유인 ‘부도’, ‘파산’에 준하는 사유가 있다고 보아야 한다. 따라서 원고가 이 사건 집합건물 106호, 202호에 관한 임대의무기간을 준수하지 못하였다는 이유로 피고가 이 사건 집합건물 106호, 202호에 대하여 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제하지 않고 중과세율을 적용하여 양도소득세를 산정한 것은 위법하다.

• 가. 관계 규정 별지 기재와 같다.
• 나. 송달이 부적법하다는 주장에 대한 판단

1. 관련 법리 국세기본법 제8조 제1항 은 국세기본법 또는 세법에서 규정하는 서류를 그 명의인의 주소, 거소, 영업소 또는 사무소에 송달하도록 규정하고 있는데, 과세처분의 상대방인 납세의무자 등 서류의 송달을 받을 자가 다른 사람에게 우편물 기타 서류의 수령권한을 명시적 또는 묵시적으로 위임한 경우에는 그 수임자가 해당 서류를 수령함으로써 그 송달받을 자 본인에게 해당 서류가 적법하게 송달된 것으로 보아야 하고, 그러한 수령권한을 위임받은 자는 반드시 위임인의 종업원이거나 동거인일 필요가 없다(대법원 2011. 5. 13. 선고 2010다108876 판결 등 참조).

2. 인정사실 을4호증의 1 내지 6, 을5, 6호증, 을7호증의 1, 2, 을8호증의 1에서 5, 을9호증의 1, 2의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음 사실이 인정된다.

• 가) 원고는 2014. 11. 16. 이 사건 집합건물 401호로 전입하였다가 2022. 8. 7. 전출하였다.
• 나) 이 사건 처분에 관한 과세예고통지서, 독촉장은 다음 표 기재와 같이 송달되었다.
• 다) 원고에 대한 종합소득세․종합부동산세 납세고지서, 독촉장 및 AAA에 대한 납세고지서, 독촉장은 다음 표 기재와 같이 송달되었다.
• 다) 원고에 대한 종합소득세․종합부동산세 납세고지서, 독촉장 및 AAA에 대한 납세고지서, 독촉장은 다음 표 기재와 같이 송달되었다.
• 라) CCC는 원고의 배우자 BBB이 담임목사로 있는 대한예수교장로회 ㅇㅇ동교회의 전도사로, 2014. 6. 9. 이 사건 집합건물 지하 101호로 전입하였고, 2015년에는 원고가 운영한 ‘ㅇㅇ어린이집’에서 7개월간 근무하였다.

3. 판단 피고가 이 사건 처분에 관한 납세고지서를 당시 원고의 주민등록상 주소지이던 이 사건 집합건물 401호로 발송하였고, 해당 납세고지서를 원고가 아닌 CCC가 수령한 사실은 앞서 본 바와 같다. 그런데 앞서 본 처분의 경위와 위 인정사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음 사정에 비추어, 원고는 CCC에게 이 사건 처분에 관한 납세고지서의 수령권한을 묵시적으로 위임하였다고 판단되므로, 이 사건 처분에 관한 납세고지서는 원고에게 적법하게 송달되었다고 봄이 타당하다.

• 가) CCC는 원고의 배우자가 담임목사로 있는 화양동교회의 전도사로서 2014. 6. 9. 원고의 주민등록상 주소지와 같은 건물에 있는 이 사건 집합건물 지하 101호로 전입하였고, 2015년에는 원고가 운영하는 어린이집에서 근무하기도 하였으므로, 원고와 밀접한 관계가 있는 것으로 보인다.
• 나) CCC는 2015. 11. 24.부터 2016. 12. 30.까지 원고 및 원고의 자녀인 AAA에 대한 납세고지서․독촉장을 수령하였는데, 원고 또는 AAA가 위 납세고지서의 송달이 부적법하다고 다투었다고 볼 만한 자료가 없다(오히려 피고는 위 납세고지서에 관한 세금이 모두 납부되었다고 주장하고 있다).
• 다) CCC는 2022. 4. 22.부터 2022. 9. 6.까지 자신과 원고의 관계를 ‘회사 동료’로 하여 이 사건 처분에 관한 과세예고통지서, 독촉장을 수령하였다.
• 다. 이 사건 집합건물 106호, 202호에 대하여 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제하지 않고 중과세율을 적용한 것이 위법하다는 주장에 대한 판단 1) 민간임대주택법 제43조 제4항 제1호 에 규정된 사유가 있을 경우 소득세법 시행령상 임대기간요건을 충족한 것으로 볼 수 있는지 여부 원고는 이 사건 집합건물 106호, 202호의 양도에 개정된 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 단서가 적용되어 민간임대주택법상 임대의무기간(4년) 이상 임대한 후 양도하면 제167조의3 제1항 제2호 가목에 규정된 임대기간요건을 갖춘 것으로 간주되고, 민간임대주택법 제43조 제4항 제1호 에 규정된 임대의무기간의 예외 사유(부도, 파산, 그 밖의 대통령령으로 정하는 경제적 사정 등으로 임대를 계속할 수 없는 경우)가 있을 경우 임대의무기간(4년)에 못 미치는 기간 임대한 경우에도 임대기간요건을 갖춘 것으로 볼 수 있다는 전제에서 피고가 이 사건 집합건물 106호, 202호에 대하여 장기보유 특별공제액을 공제하지 않고 중과세율을 적용한 것이 위법하다고 주장한다. 그러나 앞서 본 대로 개정된 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 단서는 부칙에 따라 2020. 8. 18. 이후 임대사업자 등록이 말소된 후 해당 주택을 양도한 분부터 적용되는데, 이 사건 집합건물 106호, 202호는 2020. 8. 18. 이전에 양도되었으므로, 이 사건 집합건물 106호, 202호의 양도에는 개정된 소득세법 시행령이 아닌 개정전 소득세법 시행령이 적용된다. 이처럼 민간임대주택법상 임대의무기간이 종료한 날 소득세법 시행령상 임대기간요건을 갖춘 것으로 간주하는 개정된 소득세법 시행령이 적용되지 않는 이상, 원고에게 민간임대주택법 제43조 제4항 제1호 에 규정된 사유가 있는지 여부는 임대기간요건 충족 여부에 어떠한 영향을 미칠 수 없다[더욱이 ① 소득세법 시행령이 민간임대주택법 제43조 제4항 제1호 에 규정된 사유가 있을 경우 임대기간요건을 충족한 것으로 본다는 규정을 두고 있지 않은 점, ② 원고가 주장하는 사정(이 사건 집합건물 106호, 202호만 빠르게 매각되어 임대기간을 준수하지 못하였고 경매로 인해 임대를 계속하지 못하였다)이 민간임대주택법 제43조 제4항 제1호 에 규정된 ‘부도’, ‘파산’에 준하는 사유에 해당한다고 볼 수도 없는 점 등에 비추어, 원고의 위 주장은 어느 모로 보나 이유 없다].

2. 개정 전 소득세법 시행령상 임대기간요건의 충족 여부 이 사건 집합건물 106호, 202호의 양도에 적용되는 개정 전 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 가목은 조정대상지역에 있는 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택을 양도하는 경우 중과세율을 적용하되 임대사업자 등록을 한 거주자가 5년 이상 임대한 주택을 양도하는 경우에는 중과세율을 적용하지 않고 기본세율을 적용한다고 규정하고 있다. 원고가 국내에 주택을 3개 이상 소유한 상태에서 조정대상지역에 있는 이 사건집합건물 106호, 202호를 양도한 사실은 앞서 본 바와 같은데, 원고는 이 사건 집합건물 106호, 202호를 5년 이상 임대하지 못하여 임대기간요건을 충족하지 못하였으므로, 이 사건 집합건물 106호, 202호의 양도에는 중과세율이 적용된다고 봄이 타당하다. 따라서 피고가 이 사건 집합건물 106호, 202호의 경우 개정 전 소득세법 시행령제167조의3 제1항 제2호 가목에 규정된 임대기간요건을 갖추지 못하였다고 보아 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제하지 않고 중과세율을 적용하여 양도소득세를 산정한 것이 위법하다고 볼 수 없다.

• 라. 소결 이 사건 처분은 적법하다.

원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.