공사도급금액이 특수관계자에게 과다지급된 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분은 적법함

사 건 2023구합61837 법인세부과처분취소 원 고 주식회사 aaa 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2024. 7. 26. 판 결 선 고

2024. 9. 13.

1. 피고가 2021. 12. 8. 원고에 대하여 한 별지1 표 기재 2018 사업연도 법인세 본세(기납부세액공제) 부과처분 중 xxx,xxx,xxx원을 초과하는 부분, 같은 표 기재 2018 사업연도 법인세에 대한 가산세 부과처분 중 xxx,xxx,xxx원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 각 기각한다.

3. 소송비용 중 80%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2021. 12. 8. 원고에 대하여 한 별지1 표 기재 2017 사업연도 결손금 감액처분 중 x,xxx,xxx,xxx원을 초과하는 부분, 같은 표 기재 2018 사업연도 법인세 본세(기납부세액 공제) 부과처분 중 xxx,xxx,xxx원을 초과하는 부분 및 같은 표 기재 2018 사업연도 법인세에 대한 가산세 부과처분 중 xx,xxx,xxx원을 초과하는 부분, 같은 표 기재 2019 사업연도 결손금 감액처분 전부를 각 취소한다.

• 가. 원고는 건축공사업, 부동산 시행업 등을 영위하는 회사이다.
• 나. [○○시 ○○○구 사업] 원고는 2017. 1. 5. ○○시 ○○○구 중심상업지역에 있는 건물의 상가(근린생활시설) 분양을 대행한 주식회사 bbb(이하 ‘bbb’이라고 한다) 및 같은 건물의 오피스텔 분양을 대행한 ccc(변경 전 상호: 주식회사 jjj)에게 분양대행수수료 외 성과금 명목으로 각 x억 원씩 총 xx억 원을 지급하였다(이하 ‘이 사건 분양성과금’이라고 한다).
• 다. [○○○○○○○ 사업] 원고는 2018, 2019 사업연도에, 분양형 토지신탁계약에 따른 수탁자(신탁사)를 주식회사 ddd(이하 ‘ddd’이라고 한다), 시공사를 bbb, 주식회사 eee(이하 ‘eee’이라고 한다), fff 주식회사(이하 ‘fff’라고 한다)의 3개 법인으로 구성된 공동수급체로 하여 ○○○○○○○(○○1차) 신축공사(이하 ‘이 사건 공사’라고 한다)를 시행하였다.
• 라. ○○지방국세청은 2021. 7. 6.부터 2021. 10. 27.까지 원고, bbb, ccc에 대하여 법인세통합조사를 실시한 결과, 원고가 ① 업무와 관계없이 특수관계인인 bbb과 ccc에게 이 사건 분양성과금을 지급하였다는 이유로 2017 사업연도에 관하여 xx억 원을 기타사외유출로 손금불산입하고, ② 이 사건 공사에 관하여 특수관계인인 bbb에게 x,xxx,xxx,xxx원 상당의 공사대금을 시가보다 과다하게 지급하였다는 이유로 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조에서 정한 부당행위계산의 부인 규정을 적용하여 2018 사업연도에 관하여 x,xxx,xxx,xxx원, 2019 사업연도에 관하여 x,xxx,xxx,xxx원을 각 기타사외유출로 손금불산입하여 과세자료를 피고에게 통보하였다.
• 마. 피고는 2021. 12. 8. 원고에게 별지1과 같이 2017, 2019 사업연도 법인세에 관하여는 결손금을 감액경정·고지하고, 2018 사업연도 법인세에 관하여는 x,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)을 증액경정·고지하였다.
• 바. 피고는 2022. 10. 6. 원고의 경정청구를 받아들여 2018 사업연도에 관하여 최저한세 적용대상 공제 감면세액 xx,xxx,xxx원을 반영하여 별지1과 같이 2018 사업연도 법인세를 x,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)으로 감액경정·고지하였다(이하 2017, 2019 사업연도 결손금 감액처분 및 당초 2018 사업연도 법인세 부과처분 중 감액되고 남은 부분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라고 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 14호증, 을 제1, 7호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지2 기재와 같다.

• 가. [이 사건 공사 관련] 부당행위계산에서의 시가 등 산정 위법성 주장에 관한 판단

1. 관련 법리

• 가) 구 법인세법 제52조 제1항 은 ‘납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다’고 규정하면서, 같은조 제4항에서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령에서 정하도록 위임하고 있다.
• 나) 구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항은 ‘법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다’고 규정하면서, 그중 하나로 ‘금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우’(제7호)를 들고 있다. 그리고 같은 조 제3항은 ‘제1항 제7호 등은 시가와 거래가액의 차액이 3억 원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다’고 규정하고 있다.
• 다) 구 법인세법 시행령 제89조 는 용역의 '시가'에 대해 ① 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의하고(제1항), ② 위와 같은 거래의 실례가 없는 경우에는 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 각 호에서 정한 방법에 의하여 산정할 수 있으며(제2항), ③ 이러한 방법에 의하여도 시가를 산정할 수 없는 경우에는 보충적으로 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, “원가”라고 한다)과 원가에 당해 사업연도중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액에 의하도록 규정하고 있다(제4항 제2호).
• 라) 부당행위계산 부인 규정에서 ‘시가’란 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 말하고, 그 판단은 거래 당시를 기준으로 하므로, 만약 거래계약 체결 시기와 양도 시기가 다르다면 그것이 부당행위계산에 해당하는지 여부는 그 대금을 확정짓는 거래 당시를 기준으로 판단하여야 하고, 다만 익금에 산입하여 소득처분할 금액은 특별한 사정이 없는 한 취득시기를 기준으로 산정하여야 한다(대법원 2010. 5. 27. 선고 2010두1484 판결 참조).

2. 인정사실

• 가) ddd은 2017. 10. 13.경 bbb과 이 사건 공사에 관하여 착공일 2017. 10. 13., 준공예정일 2019. 2. 12., 연면적 13,200.57㎡를 주요조건으로 정한 공사도급계약을 체결하면서, 위 계약의 범위에는 전기공사, 정보통신공사, 소방공사 등이 제외되고 제외되는 공사는 분리발 및 공동수급하기로 하되1), 전기공사 등을 포함한 전체 공사대금의 합계액은 3.3㎡당 xxx만 원(부가가치세 별도)으로 정하였다. 이에 따라 전기공사 등을 모두 포함한 이 사건 공사대금은 xx,xxx,xxx,xxx원(= 연면적 13,200.57㎡ / 3.3㎡ × xxx만 원)이었다.
• 나) ddd은 2018. 2. 23. bbb, eee, fff를 공동수급인으로 하여 다시 이 사건 공사에 관하여 공사대금을 아래와 같이 정한 변경계약을 체결하면서, 기성대금은 공동수급대표자인 bbb에게 일괄 지급하고 bbb이 eee과 fff의 기성대금을 각각 정산 지급하기로 정하였다. 공사명 수급인 공사대금 (부가가치세 포함, 원) 공급가액 전기, 통신, 소방 제외 일체 공사 bbb xx,xxx,xxx,xxx xx,xxx,xxx,xxx 전기공사 eee xxx,xxx,xxx xxx,xxx,xxx 통신공사 eee xxx,xxx,xxx xxx,xxx,xxx 소방공사 전기 eee xx,xxx,xxx xx,xxx,xxx 기계 fff xxx,xxx,xxx xxx,xxx,xxx 합계 xx,xxx,xxx,xxx xx,xxx,xxx,xxx
• 다) bbb은 부가가치세 및 법인세를 신고하면서 2017년과 2018년에는 주업종코드를 ‘452101(전문직별 공사업)’로, 2019년에는 ‘451104(종합 건설업)’로 적용하였다.
• 라) 피고는 이 사건 공사에 대한 bbb의 투입원가인 xx,xxx,xxx,xxx원을 기초로 하여, 이 사건 공사의 계약체결일인 2017년경 bbb이 주업종으로 신고한 ‘전문직별 공사업’의 평균 매출원가율(87.9%)을 적용하여 이 사건 공사의 시가를 xx,xxx,xxx,xxx원(= xx,xxx,xxx,xxx원 / 87.9%)으로 산출한 후, 이 사건 전체 공사대금(전기공사, 통신공사, 소방공사 포함) xx,xxx,xxx,xxx원에서 위 시가 xx,xxx,xxx,xxx원을 공제한 x,xxx,xxx,xxx원이 과다하게 특수관계인인 bbb에게 지급되었다고 보아 이 사건 처분을 하였다. [인정근거] 갑 제3, 4호증, 을 제8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

3. 판단

• 가) 앞서 인정한 사실 및 앞서 든 증거들, 갑 제10, 11호증, 을 제3, 9 내지 13호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래와 같은 사정 등을 종합하면, 피고가 bbb이 수행한 이 사건 공사 부분의 시가를 xx,xxx,xxx,xxx원으로 산정한 것에 위법이 있다고 보기는 어렵다.

(1) 이 사건 공사계약이 체결된 2017년경(시가의 판단 기준시점)을 기준으로 이 사건 공사계약과 유사한 상황에서 원고가 특수관계인 외의 불특정다수인과 ‘계속적으로’ 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 ‘일반적으로 거래된 가격’이 있다고 볼 만한 자료가 없다(원고는 ggg 주식회사 내지 hhh 주식회사와의 계약이 있다고 주장하나, 원고와 ggg 주식회사의 계약은 2016년, hhh 주식회사와의 계약은 2019년에 체결된 것이고, 그 수익률도 각 9.19%, 17.98%로 차이가 상당하여 위와 같은 계약에서의 가격이 계속적으로 일반적으로 이루어진 것이라고 보기도 어렵다). 이 사건 공사계약의 경우 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 각 호에서 정한 방법에 의하여도 시가를 산정할 수 없으므로, 결국 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호 에 따라 시가 산정이 가능한지 살펴야 한다.

(2) 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호 는 2021. 2. 17. 아래와 같이 개정되었다. 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호 현행 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 “원가”라 한다)과 원가에 당해 사업연도 중 특수관계인외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호에 따른 자산(금전은 제외한다) 또는 용역을 제공할 때 제1항 및 제2항을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호에 따라 계산한 금액을 시가로 한다.

2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 “원가”라 한다)과 원가에 해당 사업연도 중 특수관계인외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래 또는 특수관계인이 아닌 제3자간의 일반적인 용역제공거래를 할 때의 수익률 (기업회계기준에 따라 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액 법인세법 제52조 제2항 은 ‘시가’를 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격으로 정의하고 있는바, 개정 시행령의 ‘특수관계인이 아닌 제3자간의 일반적인 용역제공 거래를 할 때의 수익률’은 법에서 정한 내용을 구체화 한 것으로 기존 시행령으로도 합리적 해석이 가능하였던 부분을 시행령을 개정하면서 이를 명시한 것인 점, ‘시가’라 함은 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 말하는 것이지만 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는 개념이므로, 법인세법 시행령에서 정한 방법으로도 산정이 어려운 경우에는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 시가로 볼 수 있는 점(대법원 2005. 5. 12. 선고 2003두15287 판결 등 참조) 등을 고려하면, 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 에서 정한 시가의 산정 방법은 예시적인 규정에 불과하다고 봄이 타당하다(구 법인세법 시행령 제89조 에서 열거한 방법으로 시가를 산정할 수 있는 기초자료가 없을 경우 시가를 전혀 산정할 수 없다고 볼 수는 없다). 그러므로 과세관청은 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 에서 정한 요건을 충족하는 거래 실례가 있는 경우에는 그 수익률을 기준으로 하여 용역의 시가를 산정할 수 있으나, 그와 같은 실례가 존재하지 않는 경우에는 당해 용역의 내용 등 제반 조건을 고려하여 객관적이고 합리적인 방법에 의하여 평가한 수익률을 기준으로 용역의 시가를 산정할 수 있다고 할 것이다.

(3) 앞서 본 바와 같이 원고가 2017년 중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래가 존재하지 않고, 상가건물 건설용역은 건물의 규모와 시공방법이 다양하며, 토공사, 기초공사, 조적공사 등 다양한 공사용역을 포함하고 있을 뿐만 아니라 공사 현장별로 수익률 차이가 상당한 것으로 보인다. 이에 피고는 가장 합리적인 시가 산정방법을 정하기 위하여 원가에서 bbb이 2017 사업연도 부가가치세 및 법인세 신고 시 적용한 전문직별 공사업(주업종코드452101)의 2017년도 동종업종 평균 매출액 대비 매출원가 비율 87.9%를 나누는 방법2)을 선택하였다. 이러한 시가 계산방법은 아래와 같은 사정에 비추어 볼 때 합리적이라고 보이고, 주업종코드가 착오로 잘못 입력된 것이라거나 동종업종 평균자료에 특수관계인 매출이 포함되어 있을 가능성을 배제할 수 없다는 등의 원고의 주장만으로는 달리 보기 어렵다.

① bbb이 2017년경 세금 신고 시 적용한 주업종코드인 ‘전문직별 공사업(주업종코드 452101)’의 용역 내용은 실제 bbb의 사업 내용 및 이 사건 공사와 관련성이 있다고 보인다. 구체적으로 ‘전문직별 공사업(주업종코드 452101)’은 토공사, 파일공사 및 축조 관련 기초공사, 방음 및 내화공사, 조적 및 석축공사, 미장, 타일 및 방수공사 등을 수행하는 업종을 말하는 것으로, bbb은 이 사건 공사 중 전기, 통신, 소방공사를 제외한 일체의 공사를 도급받았다.

② 원고는 2017년경 ○○○시 ○○○○○구 소재 토지매입자금을 조달하기 위하여 시공사인 bbb의 공사대금채권을 담보로 금융기관으로부터 xx억 원의 ABL대출을 받았다. 원고와 bbb이 작성한 내부자료 등에 따르면 위 xx억 원 상당의 담보를 제공한 bbb에게 자금을 지원하기 위하여 원고와 bbb은 실제 xx,xxx,xxx,xxx원(평당 약 xxx만 원)으로 책정한 이 사건 공사대금을 xx억 원 증액하여 xx,xxx,xxx,xxx원(평당 약 xxx만 원)으로 정하였다. 그런데 bbb의 투입원가인 xx,xxx,xxx,xxx원을 기초로 위 87.9%를 적용하여 이 사건 공사의 시가를 산정하면 원고와 bbb이 당초 산정한 공사대금 xx,xxx,xxx,xxx원에 근접한 xx,xxx,xxx,xxx원(= xx,xxx,xxx,xxx원 / 87.9%)이 되는바, 이는 실제 현장을 담당하였던 당사자들의 계산에도 부합하는 합리적인 비율이다.

③ 원고의 대표이사였던 AAA은 2021. 10.경 세무공무원에게 ‘상기 법인(원고)은 2018~2019 사업연도에 bbb과 이 사건 공사도급계약 체결 시 시가보다 과도하게 공사도급비를 책정하여 특수관계법인인 bbb에 이익을 과다하게 분여한 사실이 있음을 확인합니다’라는 확인서를 작성해 주면서‘87.9%’ 비율을 적용한 금액을 공사비 과다지급액으로 인정하기도 하였다.

• 나) 위와 같이 피고가 bbb이 투입한 xx,xxx,xxx,xxx원을 원가로 삼아 이 사건 공사 중 bbb이 수행한 부분의 시가를 xx,xxx,xxx,xxx원으로 산정한 것에 위법이 있다고 보기는 어렵다. 그런데 피고는 위와 같이 bbb이 수행한 이 사건 공사 부분의 시가를 산정하면서, bbb이 원고로부터 지급받은 공사대금은 eee, fff의 공사대금까지 합한 xx,xxx,xxx,xxx원으로 하여 시가보다 과다 지급된 공사대금을 산정하였다. 그러나 앞서 본 변경계약서 등에 따를 때 bbb에게 귀속되는 공사대금은 총 공사대금 중 xx,xxx,xxx,xxx원이라는 점에서 위와 같은 산정은 위법하다. 이에 대하여 피고는 ‘bbb이 eee과 fff로부터 세금계산서를 발급받아 매입세액을 공제받았고, bbb이 이 사건 공사에 투입한 비용에는 eee과 fff가 투입한 비용이 포함되어 있으므로, 공동수급체 전체의 공사대금에서 bbb이 투입한 비용을 기준으로 산정한 시가를 공제하여 과다 지급된 공사대금을 산정한 것은 적법하다’는 취지로 주장한다. 그러나 ① eee과 fff를 bbb의 하도급업체와 같이 보는 것은 3자를 공동수급체로 정한 처분문서의 기재 내용에 반하는점, ② 공동수급대표자 bbb이 기성대금을 정산하고 eee과 fff로부터 세금계산서를 발급받은 것으로 보이나, bbb의 회계처리나 법인세 세무상 bbb에게 일괄하여 지급된 전체 공사대금 중 eee과 fff가 시공한 부분에 대한 공사대금도 bbb의 수익(익금)으로 인식되어 있다거나, bbb이 eee과 fff에게 정산한 공사대금이 bbb의 비용(손금)으로 인식되어 있다는 사실을 인정할 만한 자료가 없는 점, ③ 달리 bbb의 투입금액 xx,xxx,xxx,xxx원에 eee과 fff가 투입한 비용이 포함되어 있음을 확인할 만한 자료가 없는 점 등에 비추어 보면, 위 주장은 받아들일 수 없다.
• 다) 다만 bbb이 받은 공사대금을 eee과 fff의 공사대금을 제외한 xx,xxx,xxx,xxx원으로 보더라도 위 공사대금과 시가 xx,xxx,xxx,xxx원의 차액이 ‘3억 원 이상이고 시가의 100분의 5 이상’임은 계산상 명백하다. 나아가 bbb의 공사대금채권을 담보로 원고가 금융기관으로부터 xx억 원의 ABL대출을 받을 수 있었다고 하더라도, ① 결국 위 대출금의 채무자는 원고이고 bbb이 이를 변제할 경우 bbb에게 구상금채무를 지는 점, ② 대출금을 포함한 사업비용을 줄이고 bbb에게 지급해야 할 공사대금도 줄이는 것이 원고에게 이익인 점 등에 비추어 보면, 공사대금채권을 담보로 제공하였는지 여부와 관계없이 특수관계법인인 bbb에게 시가를 훨씬 초과하는 공사대금을 지급하기로 약정하였다면 경제적 합리성을 상실한 행위에 해당하여 ‘부당행위계산’에 해당한다고 봄이 타당하다. 이에 대하여 원고는 ‘ddd과 bbb이 체결한 계약에 관하여 부당행위계산의 부인 규정을 적용할 수 없다’는 취지로도 주장하나, 이 사건 공사계약 일반조건 제2조 제2항에 따르면 토지신탁의 종료와 동시에 ddd이 부담하는 모든 의무는 별도의 행위 없이 포괄적으로 원고에게 이전될 뿐만 아니라 구 법인세법 시행령 제88조 제2항 은 부당행위계산의 부인 규정은 그 행위 당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다고 규정하고 있으므로, 위 주장은 받아들일 수 없다.
• 라) 결국, ① 피고가 bbb이 수행한 이 사건 공사 부분의 시가를 xx,xxx,xxx,xxx원으로 산정한 것이 위법하다고 보기는 어려우나, bbb에게 귀속되는 공사대금 xx,xxx,xxx,xxx원이 아닌 bbb, eee, fff에게 귀속되는 전체 공사대금 xx,xxx,xxx,xxx원에서 위 시가 xx,xxx,xxx,xxx원을 공제하여 시가보다 과다 지급된 공사대금을 계산한 것은 위법하다. ② 다만 위 xx,xxx,xxx,xxx을 기준으로 보더라도 시가 xx,xxx,xxx,xxx을 훨씬 초과하고 원고가 위 공사대금을 bbb에게 지급한 것은 경제적 합리성을 상실한 행위에 해당하여 ‘부당행위계산’에 해당한다. ③ 위 xx,xxx,xxx,xxx원과 시가 xx,xxx,xxx,xxx원의 차액인 x,xxx,xxx,xxx원만을 손금불산입하여 계산한 정당세액은 2018 사업연도의 법인세 xxx,xxx,xxx원, 법인세 가산세 xxx,xxx,xxx원이다(참고자료 14-1 참조).
• 나. [이 사건 분양성과금 관련] 이 사건 분양성과금은 업무관련비용으로 손금에 해당한다는 주장에 관한 판단

1. 관련 법리 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제19조 제1항은 “손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.”라고 정하고, 제2항은 “제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.”라고 정하고 있다. 여기에서 말하는 ‘일반적으로 용인되는 통상적인 비용’이란 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 뜻하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려해서 객관적으로 판단해야 한다(대법원 2021. 9. 16. 선고 2017두68813 판결 등 참조).

2. 인정사실

• 가) 원고는 2016년경 하남시 ㅇㅇ 11-2에 있는 상가(근린생활시설)에 관하여 bbb과 분양대행 용역계약을, 오피스텔에 관하여 ccc와 분양대행 용역계약을 각 체결하였다.
• 나) ① 피고가 이 법원에 제출한 원고, eee, fff 사이의 각 분양대행 계약서(을 제4, 5호증, 이하 ’피고 제출 분양대행 계약서‘라고 한다)에는 계약일자가 모두 ‘2016...’로 기재되어있고, 분양대행료 이외에 별도의 분양성과금 지급에 대한 내용은 규정하고 있지 않다. ② 반면 원고가 이 법원에 제출한 각 분양대행 계약서(갑 제6호증, 이하 ‘원고 제출 분양대행 계약서’라고 한다)는 ‘2016. 9..’자로 되어 있고(‘9’는 자필로 기재되어 있다), 아래와 같이 제4조[목표분양률] 아래에 ‘D+2개월 이내 누적분양률(bbb은 70%, ccc는 90%)을 달성하였을 경우 분양촉진비 명목으로 x억 원(이 사건 분양성과금을 의미한다)을 지급한다’는 내용이 기재되어 있다. 제4조[목표분양률]: bbb의 분양대행 계약 구분 1단계(D+1개월) 2단계(D+3개월) 3단계(D+6개월) 4단계(D+12개월) 비고 분양률 10% 20% 50% 100% 계약금 완납기준 bbb이 D+2개월 이내 누적분양률 70%(매출금액 기준)를 달성하였을 경우 원고는 bbb에게 분양촉진비의 명목으로 xxx,xxx,xxx원을 일시에 지급한다. 제4조 목표분양률의 시작시점은 정계약서 발행 개시일을 기준으로 한다. 제4조[목표분양률]: ccc의 분양대행 계약 구분 1단계(D+1개월) 2단계(D+3개월) 3단계(D+6개월) 4단계(D+12개월) 비고 분양 호실 수 392 245 196 151 계약금 완납기준 누적분양 호실 수 392 637 833 984 계약금 완납기준 ccc가 D+2개월 이내 누적분양률 90%(매출금액 기준)을 달성하였을 경우 원고는 ccc에게 분양촉진비의 명목으로 xxx,xxx,xxx원을 일시에 지급한다. 제4조 목표분양률의 시작시점은 정계약서 발행 개시일을 기준으로 한다.
• 다) 한편 ccc는 2016. 3.경 주식회사 iii(이하 ‘iii’라고 한다)와 다시 오피스텔 분양에 관하여 분양대대행 용역계약을 체결하였는데, 위 분양대대행 계약서의 제4조[목표분양률] 내용은 분양성과금에 관한 내용이 없는 것을 제외하면 원고 제출 분양대행 계약서 제4조 내용과 동일하다.
• 라) 원고는 bbb과 ccc가 누적분양률을 달성하였다는 이유로 2017. 1. 5. 각 x억 원의 이 사건 분양성과금을 지급하였고, ccc는 2017. 1. 25. iii에게 분양대대행 수수료(오피스텔) 시상금 명목으로 x억 xxx만 원(부가가치세 별도)을 지급하였다. [인정근거] 갑 제6, 9호증, 을 제4, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

3. 판단 앞서 인정한 사실 및 앞서 든 증거들, 갑 제7, 13호증, 을 제6, 10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래와 같은 사정 등을 종합하면, 이 사건 분양성과금은 원고의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것이라고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

• 가) 피고 제출 분양대행 계약서(ccc와 iii 사이에 작성된 분양대대행계약서도 같다)에는 분양성과금에 대한 기재가 없다. 그럼에도 원고는 특수관계인인 ccc과 iii에게 각 x억 원씩의 이 사건 분양성과금을 지급하였다.
• 나) 원고는 원고 제출 분양대행 계약서상 이 사건 분양성과금 내용과 2016. 12. 31. 기준 총괄 분양현황(갑 제7호증)을 근거로 분양성과금 약정이 존재하고 bbb과 ccc가 그 조건을 성취하였다고 주장한다. 그러나 각 분양대행 계약서에 기재된 계약일자, 이 사건 분양성과금에 관한 내용의 기재 여부, 분양대대행 계약서의 작성일자가 2016. 3.경인 사실(ccc의 분양대행 목표분양률과 iii의 분양대대행 목표분양률이 동일하고, 분양대대행 계약체결일이 2016. 3.경이라는 점에서 분양대행 계약 역시 2016. 3. 이전에 체결되었을 것으로 보인다) 등에 비추어 볼 때 원고 제출 분양대행 계약서는 사후에 작성된 것으로 보이고, 사후에 분양성과금 약정을 하여야 할 만한 사업상 필요가 있다고 볼 만한 자료는 없다. 또한 원고 제출 분양대행 계약서에 기재된 분양성과금 지급조건은 D+2개월 이내 누적분양률이 70% 또는 90% 이상을 달성하였을 경우여야 하는데, bbb과 ccc가 위와 같은 분양성과금 지급조건을 달성하였는지도 불분명하다.
• 다) 원고의 직원은 세무조사를 대비한 내부자료로서 ‘세무조사 예상적출 ITEM’이라는 문건을 작성하였는데, 해당 문건에는 이 사건 분양성과금 지급과 관련하여 ‘특수관계자 부당지원’이라는 문제가 있고, 그 대응방안으로 ‘분양대행계약서 분양률 달성에 따른 성과급 지급조건 추가’할 필요가 있으며, 그에 따른 조치로 ‘분양대행계약서 재작성 완료’하였다는 내용의 기재가 있다.
• 라) 원고의 대표이사였던 AAA은 2021. 10.경 세무공무원에게 ‘원고는 특수관계법인인 bbb, ccc에 자금을 지원할 목적으로 당초 분양대행계약에 없던 이 사건 분양성과금을 각 x억 원씩 지급한 사실이 있음을 확인합니다’라는 내용의 확인서를 작성해 주었다.
• 다. 소결론 이 사건 처분 중, 2017 사업연도에 관한 원고의 주장은 이유 없고, 2018 사업연도에 관한 원고의 주장은 정당세액인 본세 xxx,xxx,xxx원과 가산세 xxx,xxx,xxx원을 초과하는 범위에서 이유 있으며, 2019 사업연도에 관한 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 별지2 관계 법령 ▣ 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제19조(손금의 범위)

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제52조(부당행위계산의 부인)

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ▣ 구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것) 제88조(부당행위계산의 유형 등)

① 법 제52조제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

7. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 차용하거나 제공 받은 경우

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항제8호가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계인인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다.

③ 제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호ㆍ제7호 및 제9호(제1항제1호ㆍ제3호ㆍ제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다. 제89조(시가의 범위 등)

① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외 한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조 ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 조세특례제한법 제101조 를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조제1항제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 상속세 및 증여세법 제63조제2항제1호 ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조제1항ㆍ제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다.

④ 제88조제1항제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 “원가”라 한다)과 원가에 당해 사업연도 중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액. 끝.