주식의 포괄적 교환이전에 대한 과세특례 적용 후 증여를 한 경우에는 과세이연중단 사유인 처분에 포함되는 것임

사 건 2023구합61660 양도소득세경정거부처분취소 원 고 이AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2024. 7. 25. 판 결 선 고

2024. 8. 22.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. 10. 17. 원고에게 한 2020년 귀속 양도소득세 895,654,970원의 경정청구거부처분을 취소한다.

• 가. 주식회사 ○○(이하 ‘○○’이라 한다)은 2019. 6. 14. 주식회사 △△(이하 ‘△△’이라 한다)과 주식의 포괄적 교환 계약(이하 ‘이 사건 주식교환’이라 한다)을 체결하였다. 이에 따라 주식의 포괄적 교환일인 2019. 8. 27. 기준으로 완전자회사가 되는 ○○의 주주들이 보유한 ○○ 주식은 완전모회사가 되는 △△으로 이전되고 ○○의 주주들은 △△의 주식을 배정받았다.
• 나. 이 사건 주식교환 당시 원고는 ○○의 주식 중 12.69%인 1,356,089주를 보유하고 있었는데, 이 사건 주식교환에 따라 원고의 ○○ 주식은 모두 △△에게 이전되고, 대신 △△ 주식 2,993,999주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 배정받았다. 한편 원고는 이전부터 △△ 주식을 3,090,356주 보유하고 있었다.
• 다. 원고는 이 사건 주식의 취득이 구 조세특례제한법(2019. 12. 31. 법률 제16835호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제38조 제1항(이하 ‘이 사건 규정’이라 한다)에서 규정하는 주식의 포괄적 교환․이전에 대한 과세특례대상에 해당하는 것으로 보아 2019. 11. 12. 이 사건 주식에 대한 양도소득세 신고 시 양도차익 7,735,844,788원에 대하여 과세이연을 받았다.
• 라. 원고는 2020. 2. 25. 이 사건 주식 중 1,726,455주를 주식회사 ○○○○에 양도한 후 2022. 3. 15. 과세이연된 양도소득을 포함하여 계산된 양도소득세 953,572,137원을 신고․납부하였다.
• 마. 원고는 2020. 10. 12. 남매 관계인 이▽▽․이▼▼에게 △△ 주식 각 713,000주, 합계 1,426,000주를 증여(이하 ‘이 사건 증여’라 한다)하였는데, 증여한 △△ 주식 중 1,267,544주(= 이 사건 주식 2,993,999주 –주식회사 ○○○○에 양도한 1,726,455주)가 과세이연된 주식에 해당하나 증여의 경우는 이 사건 규정에서 규정하는 과세이연중단 사유인 ‘처분’에 해당하지 않는다고 보아 과세이연된 양도소득세를 신고․납부하지 않았으나, 이후 2022. 3. 15. 2020년 귀속 양도소득세 895,654,970원을 기한 후 신고․납부하였다.
• 바. 원고는 2022. 6. 30. 피고에게 위와 같이 기한 후 신고․납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2022. 10. 17. 주식의 ‘증여’는 이 사건 규정 이 규정하는 ‘처분’에 해당함을 이유로 이를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다)을 하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 관계 법령 기재와 같다.

3. 이 사건 거부처분의 위법 여부

• 가. 원고 주장의 요지 이 사건 규정 및 구 조세특례제한법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법 시행령’이라 한다) 제35조의2 제4항을 체계적으로 해석하여 보면, 다음과 같은 이유에서 이 사건 증여는 이 사건 규정에서 정한 과세이연중단 사유인 ‘처분’에 해당하지 아니하므로, 이와 반대되는 사실을 전제로 한 이 사건 거부처분은 위법하여 취소되어야 한다.

1. 이 사건 규정은 완전모회사의 주식 ‘처분’을 과세이연 중단사유로 정하고 있는데, 구 조특법 시행령 제35조의2 제4항은 완전모회사 주식의 ‘처분’이 주식의 유상양도임을 전제로 하고 있는바, 재산의 무상이전인 ‘증여’는 이 사건 규정의 ‘처분’에 포함되지 않는다고 해석하여야 한다.

2. 현행 세법은 증여받은 재산의 소득세법상 취득가액에 관하여 증여자의 취득가액이 그대로 승계되는 것이 아니라 증여일 현재의 시가로 정해지도록 하는 이른바 ‘step-up’ 방식으로 산정하고(소득세법 시행령 제163조 제9항) 해당재산과 관련한 증여자의 미실현이익에 대하여는 과세하지 않는 구조를 취하고 있다. 그러므로 주주가 이 사건 규정에 따라 주식의 양도차익에 대해 과세이연을 받은 후 주식을 증여함에 따라 종국적으로 양도차익을 실현하지 못하게 된 경우에는 양도소득세를 과세하지 않는 것이 현행 세법의 구조상으로도 타당하다.

3. 비록 형식적으로는 완전모회사 주식의 처분이 이루어졌다고 하더라도 실질적으로 기존의 지배구조가 유지되고 있다고 볼 수 있는 예외적인 경우에는 과세이연을 중단할 이유가 없다. 이에 구 조특법 제38조 제3항은 포괄적 주식 교환으로 취득한 주식의 1/2 미만을 처분하는 경우 등을 과세이연 중단의 예외사유인 ‘부득이한 사유’로 정하고 있다. 이 사건 증여는 전체 주식의 1/2 미만을 처분한 경우이고 이 사건 증여에도 불구하고 이 사건 주식교환을 통하여 이루어진 지배구조(원고 및 특수관계인→□□→ ○○)는 변함이 없으므로 이 사건 증여에도 구 조특법 제38조 제3항에서 정한‘부득이한 사유’를 인정하여 과세이연이 중단되지 않는다고 보아야 한다. 이는 구 조특법 제38조 제2항의 추징사유 여부를 판단함에 있어서도 마찬가지이다.

• 나. 판단

1. 관련 규정

○ 구 조특법 제38조(주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 과세 특례)

① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 상법 제360조의2 에 따른 주식의 포괄적교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사 또는 그 완전모회사의 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다.

1. 주식의 포괄적 교환·이전일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환등일 것. 다만, 주식의 포괄적 이전으로 신설되는 완전모회사는 제외한다.

2. 완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환·이전대가를 받은 경우 그 교환·이전대가의 총합계액 중 완전모회사 주식의 가액이 100분의 80 이상이거나 그 완전모회사의 완전모회사 주식의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 교환·이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지보유할 것

3. 완전자회사가 교환·이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

② 완전자회사의 주주가 제1항에 따라 과세를 이연받은 경우 완전모회사는 완전자회사 주식을 법인세법 제52조 제2항 에 따른 시가로 취득하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우 완전모회사는 해당 사유의 발생 사실을 발생일부터 1개월 이내에 완전자회사의 주주에게 알려야 하며, 완전자회사의 주주는 제1항에 따라 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부하여야 한다.

1. 완전자회사가 사업을 폐지하는 경우

2. 완전모회사 또는 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 처분하는 경우

③ 제1항 제2호 및 제3호와 제2항 제1호 및 제2호를 적용할 때 법령에 따라 불가피하게 주식을 처분하는 경우 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다.

○ 구 조특법 시행령 제35조의2(주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 법인의 과세특례)

③ 완전자회사의 주주인 거주자, 비거주자 또는 법인세법 제91조 제1항 에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 “거주자등”이라 한다)이 보유주식을 법 제38조 제1항에따라 완전모회사에 주식의 포괄적 교환등을 하고 과세를 이연받는 경우에는 제1호와 제2호의 금액 중 작은 금액을 양도소득으로 보아 양도소득세를 과세한다.

1. 교환ㆍ이전대가에서 주식의 포괄적 교환등으로 양도한 완전자회사 주식의 취득가액을 뺀 금액

2. 교환ㆍ이전대가로 받은 완전모회사등주식 외의 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액

④ 거주자등이 제3항에 따라 취득한 완전모회사등주식의 전부 또는 일부를 양도하는 때에 는 다음 계산식에 따른 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. 이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사등주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다.

⑥ 법 제38조 제1항 제2호 및 같은 조 제2항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주"란 완전자회사의 법인세법 시행령 제43조 제3항 에 따른 지배주주 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한 주주를 말한다.

1. 법인세법 시행령 제43조 제8항 제1호 가목의 친족 중 4촌 이상의 혈족 및 인척

2. 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 완전자회사에 대한 지분비율이 100분의 1 미만이면서 시가로 평가한 그 지분가액이 10억원 미만인 자

⑪ 법 제38조 제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 주식의 포괄적교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년을 말한다.

⑫ 완전자회사의 주주는 제11항의 기간에 법 제38조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는사유가 발생하는 경우 다음 각 호의 구분에 따라 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법 인세를 납부하여야 한다.

1. 완전자회사의 주주가 거주자등인 경우: 해당 사유가 발생한 날이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내에 법 제38조 제1항에 따라 이연받은 세액(이연받은 세액 중 이미 납부한 부분과 이 조 제3항에 따라 납부한 세액을 제외한다)을 납부. 이 경우 완전모회사등주식을 양도하는 경우에는 그 주식의 취득가액을 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 완전모회사등주식의 시가로 한다.

⑬ 법 제38조 제3항에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법 제38조 제1항 제2호 및 같은 조 제2항 제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 완전모회사 및 제6항에 따른 주주가 법인세법 시행령 제80조의2 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

○ 구 법인세법 시행령(2023. 2. 28. 대통령령 제33265호로 개정되기 전의 것) 제43조(상여금 등의 손금불산입)

③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 직원에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

⑦ 제3항에서 “지배주주등”이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주등(이하 “지배주주등”이라 한다)을 말한다.

⑧ 제3항 및 제7항에서 "특수관계에 있는 자"란 해당 주주등과 다음 각 호의 어느 하나에해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

1. 해당 주주등이 개인인 경우에는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자

• 가. 친족(국세기본법 시행령 제1조의2제1항 에 해당하는 자를 말한다. 이하 같다)
• 나. 제2조 제5항 제1호의 관계에 있는 법인
• 다. 해당 주주등과 가목 및 나목에 해당하는 자가 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인
• 라. 해당 주주등과 그 친족이 이사의 과반수를 차지하거나 출연금(설립을 위한 출연금에 한한다)의 100분의 30 이상을 출연하고 그 중 1명이 설립자로 되어 있는 비영리법인
• 마. 다목 및 라목에 해당하는 법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인

2. 해당 주주등이 법인인 경우에는 제2조제5항 각 호(제3호는 제외한다)의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자 제80조의2(적격합병의 요건 등)

① 법 제44조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법 제44조 제2항 제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 제5항에 따른 주주등(이하 이 조에서 “해당 주주등”이라 한다)이 합병으로 교부받은 전체 주식등의 2분의 1 미만을 처분한 경우. 이 경우 해당 주주등이 합병으로 교부받은 주식등을 서로 간에 처분하는 것은 해당 주주등이 그 주식등을 처분한 것으로 보지 않고, 해당 주주등이 합병법인 주식등을 처분하는 경우에는 합병법인이 선택한주식등을 처분하는 것으로 본다. 이 사건 규정은 상법상 주식의 포괄적 교환 시 과세이연의 요건을 규정하고 있는바, 내국법인이 일정한 요건[주식의 포괄적 교환일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환일 것(제1호), 완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환·이전대가를 받은 경우 그 교환대가의 총 합계액 중 완전모회사 주식의 가액이 100분의 80 이상이거나 그 완전모회사의 완전모회사 주식의 가액이 100분의 80이상으로서 그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환으로 취득한 주식을 교환일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것(제2호), 완전자회사가 교환일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것(제3호)]을 모두 갖추어 상법상 주식의 포괄적교환에 따라 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세(개인주주) 또는 법인세(법인주주)에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사의 주식을 또는 완전모회사의 완전모회사의 주식을 ‘처분’할 때까지 과세를 이연받을 수 있다. 구 조특법 제38조 제2항은 과세이연의 사후관리 요건에 대해 규정하고 있는바, 완전자회사가 사업을 폐지하거나(제1호), 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주(일정한 지배주주)가 주식의 포괄적 교환으로 취득한 주식을‘처분’하는 경우(제2호)에는 부득이한 사유가 있는 경우가 아닌 한 완전자회사의 주주는 과세를 이연받은 양도소득세(개인주주) 또는 법인세(법인주주)를 납부하여야 한다. 구 조특법 시행령 제35조의2 제6항은 이 사건 규정 및 구 조특법 제38조 제2항에서 정한 ‘대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주‘를 완전자회사의 일정한 지배주주로 정하고 있는데, 원고는 위 규정에 따른 완전자회사 ○○의 지배주주에 해당하므로, 이 사건 증여가 완전자회사 주식의 ’처분‘에 해당한다면 이 사건 규정 및 구 조특법 제38조 제2항 제2호에 따라 과세이연이 중단될 수 있는데, 이 사건 규정에 따라 과세이연이 중단되는 경우 원고는 구 조특법 제38조 제2항 제2호에 따라 과세이연이 중단되는지 여부와 관계없이 과세이연된 양도소득세를 납부하여야 하므로, 이하에서는 이 사건 규정에 따라 과세이연이 중단되는지 여부에 관하여 살펴본다.

2. 판단 다음과 같은 이유에서, 이 사건 증여는 이 사건 규정에서 정하는 과세이연중단 사유인 주식의 ‘처분’에 해당한다고 봄이 타당하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 구 조특법 제38조 제2항 제2호 해당 여부에 관하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

• 가) 이 사건 규정은 완전자회사의 주주가 완전모회사의 주식을 ‘처분’할 때까지 과세이연을 받을 수 있다고 정하고 있는바, ‘처분’의 개념에는 유상양도와 무상이전이 모두 포함된다고 보는 것이 통상적이고 그와 다른 취지의 명시적 제한 규정이 없는 한 이러한 해석이 비합리적이라고 보기 어렵다.
• 나) 구 조특법 제31조는 중소기업 간 통합 관련 과세특례규정을 두면서 제1항에서 소멸되는 중소기업이 통합 후 존속하는 법인에 사업용 고정자산을 ‘양도’하는 경우 그 사업용 고정자산에 대한 양도소득세가 이월과세 된다고 규정하고, 제7항에서 통합으로 취득한 통합법인의 주식을 100분의 50 이상 ‘처분’하는 경우 이월된 사업용 고정자산에 대한 양도소득세를 납부하여야 한다고 규정하고 있으며, 구 조특법 제38조의2는 주식의 현물출자 등에 의한 지주회사 설립 등과 관련한 과세특례규정을 두면서 제1항에서 주주가 현물출자로 인하여 발생한 주식의 양도차익에 대한 양도소득세 등을 해당 지주회사의 주식을 ‘처분’할 때까지 과세이연을 받을 수 있다고 규정하고, 제4항에서는 제1항에 따라 중간지주회사 주식으로의 이전․교환으로 과세이연을 받은 주주가 중간지주회사의 주식을 그 중간지주회사를 지배하는 금융지주회사의 주식과 교환하는 경우 당초 이연받은 양도소득세 등을 금융지주회사의 주식을 ‘양도’할 때까지 다시 과세이연받을 수 있다고 규정하고 있는 등 구 조특법에서는 ‘처분’과 ‘양도’를 구별하여사용하고 있다. 다) 소득세법 제88조 제1호 에서 ‘양도란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다.’고 규정하고 있으므로, 주식교환을 통해 얻은 양도차익은 양도소득세의 과세대상이 됨이 원칙이다. 그에 대한 예외로서 이 사건 규정은 기업의 자발적 구조조정을 지원하기 위한 목적으로 일정한 요건을 갖춘 경우 주식의 포괄적 교환으로 인하여 발생하는 완전자회사 주식에 대한 양도차익에 대해 교환으로 취득한 완전모회사 주식의 ‘처분’시까지 과세이연의 혜택을 부여하고 있다. 그런데 과세이연은 이미 과세요건이 모두 성립되었음을 전제로 그 납부를 일정기간 연기해주는 것이므로, 이 사건 규정에서 완전모회사 주식의 ‘처분’은, 기존 완전자회사 주식과 완전모회사 주식의 교환으로 이미 과세요건은 완성되었으나 과세가 이연되었던 양도소득세의 과세이연 중단사유에 불과하다. 그러므로 완전모회사의 주식을 처분하는 과정에서 별도의 이익이 발생하였다면 이러한 이익은 별개로 과세되는 것이고, 완전모회사의 주식을 유상으로 양도하지 않고 증여하여 그 과정에서 이득을 얻은 바가 없다고 할지라도, 이는 이 사건 규정에서 과세이연된 양도소득, 즉 기존 완전자회사 주식의 완전모회사 주식으로의 교환으로 인해 발생한 양도차익에 대한 양도소득세 과세와는 무관하다.
• 라) 또한, 이 사건 규정이 완전자회사 주식의 양도차익에 대해 과세이연의 혜택을 부여하는 것은 완전자회사의 주주가 완전자회사의 주식을 완전모회사 주식과 교환하더라도 완전모회사 주식을 통하여 완전자회사를 간접적으로 소유․지배하므로 주식의 포괄적 교환은 형식적인 주식의 종목교체에 불과하다는 점에 착안하여 주식의 포괄적 교환을 통한 기업구조조정을 촉진하기 위한 것인데, 완전모회사 주식의 소유자가증여나 양도 등으로 변경된 경우에는 위와 같은 과세이연의 취지와 맞지 않으므로 더 이상 과세이연의 혜택을 부여할 필요가 없다(대법원 2015. 8. 13. 선고 2015두40569판결 등 참조).
• 마) 원고는 구 조특법 시행령 제35조의2 제4항이 완전모회사 주식의 ‘양도’를 전제로 하여 양도소득세의 계산 방법을 규정하고 있으므로 이 사건 규정의 ‘처분’은 유상양도를 의미한다는 취지의 주장을 한다. 그러나 ① 구 조특법 제35조의2 제4항의 규정은 주주가 완전모회사의 주식을 제3자에게 양도하는 경우 그 양도소득세를 계산하는 구체적인 방법을 정한 규정에 불과한 것으로 볼 수 있는 점, ② 완전모회사 주식을 취득한 주주가 주식을 양도할 경우에는 과세이연된 부분과 현물출자 이후에 발생한 양도소득 부분이 혼재되어 있어 그 취득가액 및 양도차익 산정에 관한 규정이 필요한데 위 규정은 그 방식에 관한 규정을 마련한 것으로 보이는 점, ③ 완전모회사의 주식을 증여한 경우 증여자는 이미 납세의무가 성립한 기존 완전자회사 주식에 대한 양도소득세를 소득세법에 따라 납부하면 되고 주식교환 이후부터 증여 시점까지의 가치 증가분에 대하여는 이를 고려할 필요가 없는 점(주식을 증여받은 수증자는 그 당시의 시가에 따라 증여세를 납부하므로 구 조특법에 별도로 증여세 부과방법을 규정할 이유가 없다),

④ 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제38조의2 제3항 제2호가 지주회사 주식의 증여를 현물출자로 인하여 발생한 주식의 양도차익에 대한 양도소득세의 과세이연 중단 사유로 규정하고 있었을 당시에도 구 조세특례제한 법령에서 증여로 인한 과세이연 중단 시 양도소득세 계산 방법에 관한 규정을 별도로 명시하고 있지 않았던 점 등을 종합하여 보면, 구 조특법 시행령 제35조의2 제4항이‘양도’를 전제로 하고 있다고 하여 이 사건 규정의 ‘처분’이 유상양도만을 의미하는 것이라고 단정할 수는 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

• 바) 원고는 이 사건 증여에 구 조특법 제38조 제3항에서 정한 ‘부득이한 사유’를 인정하여야 한다는 취지로도 주장하나, 구 조특법 제38조 제3항은 이 사건 규정 중 과세이연의 요건인 제2호(주식의 보유), 제3호(회사의 계속)에 적용되는 것이고, 과세이연중단의 요건인 완전모회사 주식의 ‘처분’에 적용되는 것이 아니므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.
• 사) 원고는 이 사건 규정의 ‘처분’에 증여를 포함하는 경우 포괄적 교환 시점 이후로 완전모회사 주식의 가치가 급락한 경우 그 주식을 양도하였다면 납부할 양도소득세가 거의 없는 반면, 증여한 경우에는 과세이연된 양도소득세를 전액 납부해야 하므로 증여를 한 자에게 부당하게 불이익한 결과가 발생하고, 이는 완전모회사 주식을 양도한 경우와 증여한 경우를 합리적인 이유 없이 차별적으로 취급하는 것이라고 주장한다. 그러나 이 사건 규정에서 과세이연 되는 양도소득세의 과세대상은 ‘기존 보유주식의 교환을 통해 얻은 이익’인 점, 원고가 든 가정적 상황과 반대로 주식가치가 급등한 경우에는 주식을 양도하는 것이 증여하는 것보다 양도소득세 부담이 더 커질 수 있는점, 양도소득세의 납세의무자는 양도인이고 증여세의 납세의무자는 수증자인 점을 비롯하여 양도와 증여는 그에 적용되는 세법이나 납세의무자, 과세방식이 다르고 주식의 포괄적 교환 이후 양도를 한 경우와 증여를 한 경우에 부담하는 세액의 다소를 단순 비교할 수는 없는 점 등을 고려하여 보면, 원고의 위 주장도 이유 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.