쟁점 어린이집을 법인으로 보는 단체로 볼 수 있는지 여부

사 건 2023구합60827 양도소득세 경정거부처분 취소소송 원 고 AAA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결 2024. 2. 23. 판 결 선 고 2024. 3. 15.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. 5. 4. 원고에게 한 2019년 귀속 양도소득세 000,000,000원의 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고의 어린이집 운영 및 부동산 양도에 따른 양도소득세 신고․납부

1. 원고는 각 일자에 각 토지에 관하여 소유권이전등기를 마쳤고, 서울 ㅇㅇ구 토지에 건물을 신축하여 2005. 1. 5. 해당 건물에 관하여 소유권보존등기를 마쳤다(이하, 위 각 토지와 건물을 통틀어 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다).

2. 원고는 2004. 12. 30. 서울특별시 ㅇㅇ구청장에게 구 영유아보육법(2004. 1. 29. 법률 제7153호로 전부개정되어 2005. 1. 30. 시행되기 전의 것) 제7조 제2항에 따라 시설 명칭을 ‘CC 어린이집’으로, 소재지를 서울 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇㅇ-ㅇㅇ으로, 경영자명을 원고로 하여 민간보육시설(이하, ‘이 사건 어린이집’이라 한다) 설치․운영을 신고하였고, 2006. 0. 00. 서울특별시 ㅇㅇ구청장으로부터 구 영유아보육법(2007. 10. 17. 법률 제8654호로 개정되기 전의 것) 제13조 제1항, 구 영유아보육법 시행규칙(2008. 3. 3. 보건복지가족부령 제1호로 개정되기 전의 것) 제5조에 따라 시설명칭을 ‘CC 어린이집’으로, 대표자를 원고로 한 민간보육시설 설치․운영 인가를 받아 이 사건 어린이집을 운영하였다.

3. 원고는 2019. 0. 00. 서울특별시 ㅇㅇ구와 사이에 이 사건 각 부동산을 서울특별시 ㅇㅇ구에 0,000,000,000원(계약금 0,000,000,000원은 계약 시에, 중도금 0,000,000,000원은 2019. 00. 00.에, 잔금 0,000,000,000원은 2019. 00. 00.에 지급하고, 원고 명의 oo은행 계좌로 입금하는 방법으로 지급)에 매도하는 내용의 매매계약을 체결하였고, 이를 원인으로 하여 2020. 0. 0. 이 사건 각 부동산에 관하여 서울특별시 ㅇㅇ구 앞으로 소유권이전등기를 마쳤으며, 2020. 0. 0. 소득세법에 따라 2019년 귀속 양도소득세 000,000,000원을 신고․납부하였다.

• 나. 피고의 양도소득세 경정청구 거부처분

1. 원고는 2022. 0. 00. 피고에게 ‘이 사건 어린이집은 국세기본법 제13조 제1항 에 따른 법인으로 보는 단체로서 법인세법 제4조 제3항 제1호, 법인세법 시행령 제3조 제1항 제4호 아목의 규정 내용에 비추어 법인세법상 비영리내국법인에 해당하는데, 이 사건 각 부동산은 3년 이상 고유목적사업에 사용되었으므로 이 사건 각 부동산에 대한 양도차익은 법인세법 제4조 제3항 제5호, 법인세법 시행령 제3조 제2항 에 따라 과세소득에서 제외되어야 한다’는 이유로 이 사건 각 부동산의 양도에 관한 과세표준과 세액을 각 0원으로 경정하고 원고가 이미 납부한 양도소득세 000,000,000원을 환급해 줄 것을 청구하였다.

2. 피고는 2022. 0. 0. 원고의 경정청구를 거부하였다(이하, ‘이 사건 처분’이라 한다).

• 다. 전심절차 경유 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2022. 0. 0. 조세심판원장에 심판청구를 하였으나, 2022. 00. 00. 심판청구가 기각되었고, 원고는 결정문을 2023. 0. 00. 송달받았다. 【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑1호증의 1 내지 4, 갑2 내지 8, 10, 11, 12호증, 을1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 국세기본법 제13조 제1항 에 따라 법인으로 보는 단체에 해당하려면 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되고 수익을 구성원에게 분배하지 아니하여야 한다. 그런데 ① 이 사건 어린이집이 구 영유아보육법(2004. 1. 29. 법률 제7153호로 전부개정되어 2005. 1. 30. 시행되기 전의 것) 제7조 제2항에 따른 보육시설 신고 및 구 영유아보육법(2007. 10. 17. 법률 제8654호로 개정되기 전의 것) 제13조 제1항, 구 영유아보육법시행규칙(2008. 3. 3. 보건복지가족부령 제1호로 개정되기 전의 것) 제5조에 따른 인가에 따라 설립된 점, ② 영유아보육법 제2조 가 어린이집을 단순한 시설물이 아닌 권리․의무의 주체인 ‘기관’으로 정의하고 있고, 이 사건 어린이집이 피고로부터 ‘단체’로서 고유번호증을 교부받은 점, ③ 이 사건 각 부동산의 매매대금 중 일부가 원고에게 귀속되기는 하였으나 이는 이 사건 어린이집을 청산하는 과정에서 원고에 대한 차용금 채무를 변제한 것에 불과하므로 이를 두고 원고에게 수익을 분배하였다고 볼 수 없는 점 등에 비추어, 이 사건 어린이집은 국세기본법 제13조 제1항 의 요건을 갖추어 법인으로 보는 단체에 해당하므로, 이 사건 어린이집에는 법인세법이 적용된다. 그런데 이 사건 각 부동산에 관하여 원고 명의로 소유권이전등기가 마쳐지기는 하였으나 실제로는 이 사건 어린이집이 이 사건 각 부동산을 소유하였고, 이 사건 어린이집은 이 사건 각 부동산을 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용하였으며, 이 사건 각 부동산의 매매대금은 이 사건 어린이집에 귀속되었으므로, 이 사건 각 부동산 처분으로 인한 수입은 구 법인세법(2022. 12. 31. 법률 제19193호로 개정되기 전의 것, 이하,구 법인세법’이라 한다) 제4조 제3항 제5호, 구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것, 이하, ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제3조 제2항에 따라 이 사건 어린이집의 과세소득(2019 사업연도의 소득)에서 제외되어야 한다. 그럼에도 피고는 원고 개인이 이 사건 각 부동산을 취득하였다가 양도한 것으로 보아 원고에게 양도소득세를 과세하였으므로, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 피고 이 사건 각 부동산의 처분으로 인한 수입이 구 법인세법 제4조 제3항 제5호 에 따라 이 사건 어린이집의 과세소득에서 제외되려면 이 사건 각 부동산의 양도인이 구 법인세법상 비영리내국법인에 해당하여야 하는데, 이 사건 각 부동산을 양도한 주체는 이 사건 어린이집이 아니라 자연인인 원고이므로, 이 사건 각 부동산의 양도에 구 법인세법 제4조 제3항 제5호 가 적용된다고 볼 수 없다. 또한, ① 이 사건 어린이집의 정관에 자본의 구성이나 재산의 관리에 대한 사항이 전혀 규정되어 있지 않은 점, ② 이 사건 어린이집이 주무관청의 인가를 받아 설립된 단체가 아닌 점, ③ 이 사건 각 부동산의 매매대금이 원고에게 귀속되었으므로 수익을 구성원에게 분배한 것으로 보아야 하는 점 등에 비추어, 이 사건 어린이집이 국세기본법 제13조 제1항 에 규정된 법인으로 보는 단체에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이 점에서도 이 사건 어린이집에 구 법인세법 및 그 시행령이 적용된다고 볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 경정청구를 피고가 거부한 것은 적법하다.

• 가. 관계 규정 별지 기재와 같다.
• 나. 관계 규정의 내용 및 이 사건의 쟁점 국세기본법에 따르면, 법인(법인세법 제2조 제1호 에 따른 내국법인 및 같은 조 제3호에 따른 외국법인을 말한다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체 중 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립된 등기되지 않은 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 국세기본법과 세법을 적용한다(제13조 제1항 제1호). 그리고 국세기본법 제13조 에 따른 법인으로 보는 단체는 구 법인세법상 비영리내국법인에 해당하고(구 법인세법 제2조 제2호 다목), 비영리내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 각 사업연도의 소득 등으로 하되, 유형자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 유형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 각 사업연도의 소득에서 제외한다(구 법인세법 제4조 제1항 제1호, 제4조 제3항 제5호, 구 법인세법 시행령 제3조 제2항). 이 사건에서 원고는 이 사건 어린이집이 국세기본법 제13조 제1항 에 규정된 법인으로 보는 단체로서 구 법인세법상 비영리내국법인에 해당한다는 전제에서 구 법인세법 제4조 제3항 제5호, 구 법인세법 시행령 제3조 제2항 에 따라 이 사건 각 부동산의 처분으로 인한 수입이 이 사건 어린이집의 과세소득에서 제외되어야 한다고 주장하고 있고, 피고는 이 사건 어린이집이 국세기본법상 법인으로 보는 단체 또는 구 법인세법상 비영리내국법인이 아니어서 이 사건 어린이집에 구 법인세법 제4조 제3항 제5호, 구 법인세법 시행령 제3조 제2항 이 적용되지 않는다고 주장하고 있으므로, 이 사건의 쟁점은 이 사건 어린이집이 국세기본법 제13조 제1항 에 규정된 법인으로 보는 단체에 해당하는지 여부이다.
• 다. 이 사건 어린이집이 국세기본법 제13조 제1항 에 규정된 법인으로 보는 단체에 해당하는지 여부

1. 관련 법리 어떤 단체가 고유의 목적을 가지고 사단적 성격을 가지는 규약을 만들어 이에 근거하여 의사결정기관 및 집행기관인 대표자를 두는 등의 조직을 갖추고 있고, 기관의 의결이나 업무집행방법이 다수결의 원칙에 의하여 행하여지며, 구성원의 가입, 탈퇴 등으로 인한 변경에 관계없이 단체 그 자체가 존속되고, 그 조직에 의하여 대표의 방법, 총회나 이사회 등의 운영, 자본의 구성, 재산의 관리 기타 단체로서의 주요사항이 확정되어 있는 경우에는 법인격 없는 사단으로서의 실체를 가진다(대법원 1999. 4. 23. 선고 99다4504 판결 등 참조).

2. 인정사실 갑5, 17호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음 사실이 인정된다.

• 가) 피고는 2005. 3. 14. 원고에게 단체명을 ‘CC 어린이집’, 대표자를 원고로 한 고유번호증(갑 제5호증)을 교부하였다. 해당 고유번호증 하단에는 ‘이 고유번호증의 부여로 인해 민법 기타 특별법에 의한 법인격이 부여되는 것이 아닙니다’라고 기재되어 있다.
• 나) 원고가 제출한 이 사건 어린이집의 정관(갑 제17호증)은 5장(제1장 총칙, 제2장 어린이집 보육교직원 규정, 제3장 운영위원회, 제4장 원아 관리, 제5장 재정 관리)으로 구성되어 있고, 그 주요 내용은 다음과 같다. 제1장 총칙 제2조(목적) 이 어린이집은 영유아보육법에 따라 어린이집의 영유아의 건강한 육성과 보호자의 사회적 활동을 효과적으로 지원함을 목적으로 한다. 제3조(사업의 내용) 제2조의 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업을 수행한다.

① 영유아 보육 서비스

② 차량이동 및 시간연장 보육 서비스

③ 부모교육 및 부모참여 서비스

④ 기타 영유아보육법의 어린이집 설립 목적을 수행하기 위한 사업 제2장 어린이집 보육교직원 규정 근로기준법에 따른 취업규칙에서 정하는 바에 따른다. 제3장 운영위원회 제5조(어린이집 운영위원회) 영유아보육법 제25조, 영유아보육법 시행규칙 제26조 에 따라 어린이집 운영위원회를 설치․ 운영하여야 한다. 제7조(기능) 어린이집 운영위원회는 어린이집의 운영과 관련한 다음 각 호의 사항을 심의한다. (각 호 생략) 제15조(의사 및 의결정족수) 어린이집 운영위원회는 위원장을 포함한 재적위원 과반수의 출석으로 개회하고, 출석위원 과반수의 찬성으로 의결한다.

3. 판단 앞서 본 처분의 경위, 위 인정사실, 관계 규정의 내용 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음 사정에 비추어 보면, 이 사건 어린이집은 원고가 설치 인가를 받아 운영한 어린이집 시설의 명칭에 불과하여 원고와 독립한 법인격 없는 사단 또는 단체로서의 단체성을 갖추었다고 볼 수 없고(대법원 2019. 11. 15. 선고 2019다247712판결 참조), 주무관청의 인가를 받아 설립되었다고 볼 수도 없으므로, 이 사건 어린이집이 국세기본법 제13조 제1항 에 규정된 법인으로 보는 단체에 해당한다고 볼 수 없다.

• 가) 이 사건 어린이집은 구 영유아보육법(2011. 6. 7. 법률 제10789호로 개정되기 전의 것) 제10조 제6호에 규정된 민간보육시설 및 현행 영유아보육법 제10조 제7호 에 규정된 민간어린이집에 해당하는데, ① 구 영유아보육법(2011. 6. 7. 법률 제10789호로 개정되기 전의 것) 제2조 제3호는 ‘보육시설’을 보호자의 위탁을 받아 영유아를 보육하는 ‘시설’로 정의하고 있고, 현행 영유아보육법 제2조 제3호 는 ‘어린이집’을 보호 자의 위탁을 받아 영유아를 보육하는 ‘기관’으로 정의하고 있는 점, ② 영유아보육법 제15조 는 어린이집을 설치ㆍ운영하려는 자는 보건복지부령으로 정하는 설치기준을 갖추어야 한다고 규정하고 있고, 영유아보육법 시행규칙 제9조 제1항, [별표 1]은 어린이집의 입지조건․규모․구조 및 설비기준 등에 관하여 자세하게 규정하고 있는 점, ③ 영유아보육법 및 그 시행령․시행규칙에서 어린이집에 정관․회칙․규약 등을 두도록 규정하고 있지도 않은 점 등에 비추어, 위 구 영유아보육법상 보육시설 및 현행 영유아보육법상 어린이집은 법인격 없는 사단 또는 단체가 아닌 시설(기관)에 해당한다고 판단된다.
• 나) 이 사건 어린이집이 정관을 두고 있고, 고유의 목적(어린이집의 영유아의 건강한 육성과 보호자의 사회적 활동을 효과적으로 지원)을 가지고 있으며(정관 제2조), 다수결의 방법으로 의결하는 심의기관인 어린이집 운영위원회를 두고 있고(정관 제5조, 제15조), 정관에서 보육교직원 및 재정 관리에 관한 사항을 정하고 있기는 하다. 그러나 ① 이 사건 어린이집의 정관에 이 사건 어린이집의 의사결정기관 및 집행기관에 관한 내용이 규정되어 있지 않은 점(어린이집 운영위원회는 의사결정기관이 아닌 심의기관에 해당한다), ② 이 사건 어린이집에 의사결정기관 등의 조직이 갖추어져 있다거나 의사결정․업무집행이 다수결의 원칙에 따라 행해진다고 볼 자료도 없는 점 등에 비추어, 이 사건 어린이집의 정관의 일부 규정 내용만을 근거로 이 사건 어린이집이 법인격 없는 사단 또는 그 밖의 단체로서의 단체성을 가지고 있다고 보기 어렵다.
• 다) 피고가 2005. 3. 14. 원고에게 단체명을 ‘CC 어린이집’, 대표자를 원고로 한 고유번호증을 교부하기는 하였으나, ① 고유번호의 부여는 과세자료의 효율적 처리를 도모하기 위한 것에 불과한 점, ② 위 고유번호증에 ‘이 고유번호증의 부여로 인해 민법 기타 특별법에 의한 법인격이 부여되는 것이 아닙니다’라고 기재되어 있는 점 등에 비추어, 피고가 원고에게 위 고유번호증을 교부하였다는 사정만으로 이 사건 어린이집이 단체성을 가지고 있다고 볼 수는 없다.
• 라) 원고는 2004. 12. 30. 서울특별시 ㅇㅇ구청장에게 구 영유아보육법(2004. 1.29. 법률 제7153호로 전부개정되어 2005. 1. 30. 시행되기 전의 것) 제7조 제2항(민간보육시설을 설치ㆍ운영하고자 하는 자는 시장ㆍ군수에게 신고하여야 한다)에 따라 이 사건 어린이집 설치․운영을 신고하였고, 2006. 7. 28. 서울특별시 성동구청장으로부터 구 영유아보육법(2007. 10. 17. 법률 제8654호로 개정되기 전의 것) 제13조 제1항(국․공립보육시설 외의 보육시설을 설치ㆍ운영하고자 하는 자는 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 인가를 받아야 한다)에 따라 이 사건 어린이집 설치․운영 인가를 받았다. 그런데 ① 원고가 서울특별시 ㅇㅇ구청장에게 한 신고 및 서울특별시 ㅇㅇ구청장으로부터 받은 인가는 모두 원고가 이 사건 어린이집을 설치하여 운영하는 데 관한 것일 뿐 이 사건 어린이집을 ‘설립’하는 데 관한 것이 아닌 점, ② 위 신고 및 인가의 근거 규정의 형식․내용이 주무관청의 인가를 받아 설립되는 사단․단체에 관한 규정의 형식․내용과 서로 다른 점1) 등에 비추어, 원고가 2004. 12. 30. 서울특별시 ㅇㅇ구청장에 신고를 하고 2006. 7. 28. 서울특별시 ㅇㅇ구청장으로부터 인가를 받은 것을 두고 이 사건 어린이집이 주무관청의 인가를 받아 설립되었다고 평가할 수도 없다.

1. 예를 들어 ｢도시 및 주거환경정비법｣ 제35조 제2항 은 ‘재개발사업의 추진위원회(제31조 제4항에 따라 추진위원회를 구성하지 아니하는 경우에는 토지등소유자를 말한다)가 조합을 설립하려면 토지등소유자의 4분의 3 이상 및 토지면적의 2분의 1 이상의 토지소유자의 동의를 받아 다음 각 호의 사항을 첨부하여 시장ㆍ군수등의 인가를 받아야 한다.’고 규정하고 있고, 도시개발법 제13조 제1항 은 ‘조합을 설립하려면 도시개발구역의 토지 소유자 7명 이상이 대통령령으로 정하는 사항을 포함한 정관을 작성하여 지정권자에게 조합 설립의 인가를 받아야 한다.’고 규정하고 있다.

• 라. 소결 이 사건 어린이집이 국세기본법 제13조 제1항 에 규정된 법인으로 보는 단체에 해당한다고 볼 수 없는 이상, 이 사건 어린이집은 구 법인세법상 비영리내국법인이 아니어서 이 사건 어린이집의 소득에 구 법인세법 제4조 제3항 제5호, 구 법인세법 시행령 제3조 제2항 이 적용된다고 볼 수 없다[더욱이 이 사건 어린이집의 2019 사업연도 소득에 구 법인세법 제4조 제3항 제5호 가 적용되기 위해서는 그 전제로서 이 사건 각 부동산의 처분으로 인한 수입이 이 사건 어린이집에 귀속되어야 하는데, ① 2004. 6. 17.부터 2005. 1. 5.까지 사이에 이 사건 각 부동산에 관한 소유권이전등기 또는 소유권보존등기가 모두 원고 명의로 마쳐진 점(원고는 실제로는 이 사건 어린이집이 이 사건 각 부동산을 소유하였다고 주장하나 이를 뒷받침할 자료를 찾아볼 수 없고, 오히려 원고의 주장에 따르더라도 이 사건 각 부동산의 매수대금․건축공사비․기타 공사비를 지출한 사람은 원고이다), ② 이 사건 각 부동산에 관한 2019. 9. 20.자 매매계약 역시 원고 명의로 체결되었고 매매계약에 따른 매매대금도 원고 명의 계좌로 지급된 점(원고는 해당 매매대금이 이 사건 어린이집에 귀속되었다가 원고에 대한 차용금 채무 변제 명목으로 원고에게 지급된 것이라고 주장하나 이를 뒷받침할 자료가 없다) 등에 비추어, 이 사건 각 부동산의 처분으로 인한 수입은 소득세법의 규율 대상인 원고에게 귀속되었다고 보아야 하므로, 이 점에서도 이 사건 각 부동산의 양도소득에 구 법인세법 제4조 제3항 제5호, 구 법인세법 시행령 제3조 제2항 이 적용된다고 볼 수 없다]. 따라서 피고가 이와 다른 전제에 선 원고의 경정청구를 거부하는 내용의 이 사건 처분을 한 것은 적법하다.

원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.