이 사건 어린이집은 국세기본법 제13조 제1항 제1호에 따른 ‘법인으로 보는 단체’로 볼 수 없다고 봄이 타당함.

사 건 2023구합59964 양도소득세경정거부처분취소소송 원 고 SSS 피 고 AA세무서장 변 론 종 결

2024. 03. 07. 판 결 선 고

2024. 03. 28.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 20... 원고에 대하여 한 20년 귀속 양도소득세 ,,*,***원의 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 20... NNN시 YY읍 DD리 - 대 ㎡ 및 그 지상 건물(이하 위 토지 및 건물을 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 억 원에 매수하여 소유해 오다가 20... 주식회사 GGGGGG에게 **억 원에 양도(이하 ‘이 사건 양도’라 한다)하였다.
• 나. 원고는 20... 피고에게 양도소득세 ,,,원을 신고․납부하였다.
• 다. 원고는 이후 20... 피고에게 “NNN세무서로부터 비영리법인으로 고유번호증을 발급받아 이 사건 부동산에서 어린이집을 운영해 왔으므로 위 어린이집은 국세기본법상 법인으로 보는 단체에 해당하고, 위 단체가 이 사건 부동산을 양도하였으므로, 원고가 납부한 양도소득세 ,,,원을 환급해 달라”는 취지로 경정청구를 하였으나, 피고는 20..**. 위 경정청구를 기각하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 이에 불복하여 20... 조세심판원에 심판청구를 하였으나 20... 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 6 내지 10호증, 을 제1 내지 7호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지 원고는 어린이집을 운영하기 위해 이 사건 부동산을 매수하였다가 양도하였다. 원고는 관할관청으로부터 설립 인가를 받아 이 사건 부동산에서 어린이집을 운영하였으므로, 위 어린이집은 국세기본법 제13조 제1항 제1호 에 따른 ‘법인으로 보는 단체’에 해당한다. 따라서 이 사건 양도의 주체는 원고 개인이 아니라 ‘법인으로 보는 단체’인 위 어린이집이고, 이 사건 부동산을 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용하였으므로 그 처분으로 인하여 생긴 수입은 과세소득에서 제외되어야 한다. 그럼에도 피고는 원고의 경정청구를 거부하였으므로 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실

1. 원고가 이 사건 부동산을 매수할 무렵인 20..**. 이 사건 부동산 중 건물의 용도가 노유자시설(아동관련시설)로 변경되었다.

2. 원고는 20..**. NNN시장으로부터 소재지를 ‘이 사건 부동산’으로, 명칭을 ‘HHHHHH어린이집’으로 하여 영유아보육법상 ‘민간어린이집’ 설치 인가를 받았다(이하 ‘이 사건 어린이집’이라 한다).

3. 원고는 2008. 3. 5. NNN세무서장으로부터 이 사건 어린이집에 관하여 수익사업을 하지 않는 단체 등으로 고유번호증을 발급받았다.

4. 원고는 2020. 2. 28. 이 사건 어린이집을 폐업하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3 내지 5호증, 을 제8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단

1. 관련 규정 및 법리 가) 국세기본법 제13조 제1항 은 법인 아닌 단체 중 ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것’(제1호), ‘공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것’(제2호)의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 본다고 규정하고 있다. 위 규정은 조세법의 특성상 과세되는 조세의 종류 및 과세대상을 특정하기 위하여 법인격 없는 사단․재단 기타 단체 중 일정한 요건을 갖춘 단체에 대하여만 세법의 적용에 있어 법인으로 본다는 것으로서 조세법의 특성 및 법적 안정성에 기초한 합리적인 규정이다(대법원 2002. 2. 8. 선고 2000두1652 판결 참조). 나) 영유아보육법 제10조 는 어린이집의 종류를 국공립어린이집(제1호), 사회복지법인어린이집(제2호), 법인ㆍ단체등어린이집(제3호), 직장어린이집(제4호), 가정어린이집(제5호), 협동어린이집(제6호), 민간어린이집(제7호)으로 각 규정하면서, ‘법인ㆍ단체등 어린이집’을 ‘각종 법인(사회복지법인을 제외한 비영리법인)이나 단체 등이 설치ㆍ운영하는 어린이집으로서 대통령령으로 정하는 어린이집’으로, ‘민간어린이집’을 ‘제1호부터 제6호까지의 규정에 해당하지 아니하는 어린이집’으로 정의하고 있다. 영유아보육법 제13조 제1항 은 국공립어린이집 외의 어린이집을 설치ㆍ운영하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ구청장(이하 ‘자치단체장’이라 한다)의 인가를 받아야 한다고 규정하고 있고, 영유아보육법 시행규칙 제5조 제1항 은 어린이집의 설치인가를 받으려는 자는 어린이집 인가신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부해 자치단체장에게 제출해야 한다고 규정하면서 ‘법인의 정관 및 출연금 등에 관한 서류(법인인 경우만 해당한다)’(제1호), ‘단체의 회칙 또는 규약(단체인 경우만 해당한다)’(제2호) 등을 규정하고 있다.

2. 구체적 판단 처분의 경위 및 인정사실, 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음의 사정들을 종합해 보면, 이 사건 어린이집은 국세기본법 제13조 제1항 제1호 에 따른 ‘법인으로 보는 단체’로 볼 수 없다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 처분은 위법하지 않고, 원고의 주장은 받아들이기 어렵다.

• 가) 원고가 이 사건 어린이집 인가를 받을 당시 시행되던 구 영유아보육법(2007. 7. 27. 법률 제8563호로 개정되기 전의 것) 제10조는 보육시설의 종류로 국․공립보육시설, 법인보육시설, 직장보육시설, 가정보육시설, 부모협동보육시설, 민간보육시설만을 규정하고 있었고, 2011. 8. 4. 법률 제11003호로 영유아보육법이 개정되면서 비영리법인이나 단체 등이 설치․운영하는 보육시설을 관리ㆍ지원하기 위하여 현행 영유아보육법 제10조 제3호 의 규정과 같이 ‘법인ㆍ단체등어린이집’이 추가되었다. 원고가 2008. 3. 5. 이 사건 어린이집을 ‘민간어린이집’으로 인가를 받았다는 점은 앞서 본 바와 같은바, ‘법인ㆍ단체등어린이집’으로 인가를 받을 가능성이 없었고, 그 이후 ‘법인ㆍ단체등어린이집’으로 변경 인가를 받았음을 인정할 증거도 없다. 나) 국세기본법 제13조 제1항 제1호 의 문언에 비추어 볼 때, ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립된 법인 아닌 단체’는 그 허가 또는 인가가 법인 아닌 단체의 ‘설립’에 관한 것이어야 한다(대법원 2005. 6. 10. 선고 2003두2656 판결의 취지 참조). 그런데 영유아보육법 제10조 는 ‘법인ㆍ단체등어린이집’과 ‘민간어린이집’을 구분하고 있고, 영유아보육법 시행규칙 제5조 제1항 은 어린이집의 설치 인가를 받으려는 자로 하여금 ‘법인의 정관 및 출연금 등에 관한 서류(법인인 경우만 해당한다)’(제1호), ‘단체의 회칙 또는 규약(단체인 경우만 해당한다)’(제2호) 등을 제출하도록 하고 있는 점에 비추어 보면, 자치단체장의 어린이집 설치 인가는 어린이집의 설치․운영에 대한 인가일 뿐, 법인의 설립이나 단체의 결성에 대한 인가로 볼 수 없다. 따라서 이 사건 어린이집이 남양주시장으로부터 설치 인가를 받았다고 하더라도 국세기본법 제13조 제1항 제1호 에서 정한 ‘주무관청의 인가를 받아 설립’이라는 요건을 갖추었다고 보기 어렵다.
• 다) 원고는 이 사건 부동산을 억 원에 매도하여 대출금 변제, 양도소득세 납부, 교사 퇴직금 등을 지출하고 ,,*원이 남게 되었다고 주장(원고 주장에 의하면 그 밖에 증빙자료를 찾지 못한 것일 뿐 원고가 취한 이익은 위 금원 보다 적을 것이라고 주장하고 있다) 하면서도 위와 같은 이익이 이 사건 어린이집에 귀속되었다고 볼만한 자료는 제출하지 못하고 있다. 따라서 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 어린이집이 설치․운영자인 원고로부터 독립하여 조직을 갖추고 단체로서의 주요 사항이 확정 되어 있는 등 단체 그 자체가 존속하여 법인 아닌 단체로서의 실체를 가진다고 보기도 어렵다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.