법령상 제한으로 고유목적사업에 사용하지 못한 이 사건 임야의 처분수익 과세제외에 해당하지 아니함

[ 세 목 ] 법인 [ 판결유형 ] 국승 [ 사건번호 ] 서울행정법원-2023-구합-58428(2024.04.19) [직전소송사건번호 ] [심판청구 사건번호 ] 조심-2022-서-8215 (2023.03.07) [ 제 목 ] 법령상 제한으로 고유목적사업에 사용하지 못한 이 사건 임야의 처분수익 과세제외에 해당하지 아니함 [ 요 지 ] 법령상 제한으로 인하여 이 사건 임야를 고유목적사업에 사용하지 못하였더라도, 이 사건 임야의 처분수익을 구 법인세법 제4조 제3항 제5호 의 단서규정에 따른 비과세대상이라고 할 수 없음 [ 판결내용 ] 판결 내용은 붙임과 같습니다. [

] 구 법인세법 제4조 【과세소득의 범위】 구 법인세법 시행령 제3조 【수익사업의 범위】 사 건 2023구합58428 법인세부과처분취소 원 고 학교법인 ○○학원 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2024. 4. 5. 판 결 선 고

2024. 4. 19.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. 7. 26. 원고에게 대하여 한 2021년 귀속 법인세 ○○○○원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 이 사건 임야에 관한 수용재결과 손실보상금 공탁

1. ○○특별시지방토지수용위원회(이하 ‘토지수용위원회’라 한다)는 2020. 7. 24. ○○○○○○ ○○구청장이 ○○근린공원 조성사업을 위해 원고 소유이던 ○○ ○○구 ○동 ○○임야(이하 ‘이 사건 임야’라 한다)를 수용개시일 2020. 9. 11., 손실보상금 ○○○○○원으로 하여 수용한다는 수용재결을 하였다(이하 ‘이 사건 수용’ 내지 ‘이 사건 수용재결’이라 한다).

2. ○○특별시 ○○구청장은 2020. 9. 8. 원고가 위 손실보상금의 수령을 거부한다는 것을 이유로 원고를 피공탁자로 하여 ○○○○지방법원 2020년 금제3838호로 ○○○○원을 공탁하였고, ○○특별시는 2020. 9. 11. 이 사건 임야에 관하여 이 사건 수용을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.

• 나. 피고의 과세처분

1. 원고는 2021. 5. 26.경 위 공탁금의 수령 없이 2020. 3. 1.부터 2021. 2. 28.까지의 사업연도(이하 ‘2021 사업연도’라 한다)에 관한 법인세를 신고·납부하면서 그 사업연도 소득에 이 사건 수용에 따른 손실보상금 ○○○○원(이하 ‘이 사건 소득’이라 한다)을 포함하지 않았다.

2. 피고는 2022. 7. 26. 이 사건 소득을 2021 사업연도 소득에 포함하여 원고에 대하여 2021 사업연도 법인세 ○○○○원(가산세 ○○○○원 포함)을 증액경정·고지하였다.

• 다. 관련 소송의 경과

1. 원고는 2020. 9. 3. 토지수용위원회를 상대로 이 사건 수용재결의 취소를, ○○특별시 ○○구를 상대로 손실보상금의 증액을 구하는 소송을 제기하였는데(서울행정법원 2020구합76517), 2022. 1. 28. 토지수용위원회에 대한 청구를 기각하고, ○○특별시 ○○구에 대한 청구를 일부 인용하는 판결이 선고되었다. 그중 ○○특별시 ○○구에 대한 청구 부분에 관하여 ○○특별시 ○○구와 원고가 각 항소를 제기하였으나 2022. 11. 2. 위 항소가 모두 기각되었고(서울고등법원 2022누37303 판결), 2023. 2. 23. 원고의 상고가 기각되었다(대법원 2022두65696 판결).

2. 원고는 2022. 5. 20. 토지수용위원회를 상대로 이 사건 수용재결의 무효확인 등을 구하는 소송을 제기하였으나(서울행정법원 2022구합67036), 2023. 4. 28. 원고 청구기각 판결이, 2024. 4. 8. 원고 항소기각 판결이 각 선고되었다(서울고등법원 2023누44537). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7, 9호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재(가지 번호 있는 것은 각 가지번호를 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 요지

1. 비영리내국법인인 원고가 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 유형자산의 처분으로 생기는 수입은 과세소득에 포함되지 않는다. 원고는 ○○근린공원 조성사업에 관한 도시계획시설결정에 수반되는 법령상 제한으로 인하여 이 사건 임야를 고유목적사업인 교육사업에 사용하지 못하였으므로, 이를 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 것과 마찬가지로 보아야 한다. 결국 이 사건 소득은 과세소득에 해당하지 않는다.

2. 원고는 2020. 9. 3. 이 사건 수용재결의 취소소송을 제기하였고, 이는 법인세법 제62조의2 제4항 에 따라 준용되는 소득세법 제98조, 같은 법 시행령 제162조 제1항 제7호 단서에 따른 ‘소유권에 관한 소송’에 해당하므로 2021 사업연도가 아닌 위 판결확정일이 속하는 사업연도가 이 사건 소득의 귀속 사업연도에 해당한다.

3. 원고가 이 사건 소득을 2021 사업연도의 소득에 포함시키지 않은 채 법인세를 신고·납부하였던 것에 정당한 사유가 있으므로 적어도 가산세를 부과할 수는 없다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 이 사건 소득이 과세소득에 해당하는지에 대한 판단

• 가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 법인세법 제4조 제3항 제5호 및 구 법인세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32418호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제2항은 비영리내국법인이 유형자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하는 유형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 관하여 법인세를 부과한다고 규정하고 있을 뿐, 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는 경우에는 달리 본다는 규정을 두고 있지 않다. 따라서 부동산의 처분대금을 법인세 과세소득으로 보아야 하는지를 결정함에 있어 해당 비영리내국법인이 부동산을 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는지 없는지는 이를 따질 필요가 없다(대법원 2006. 7. 27. 선고 2005두14370 판결, 대법원 2017. 7. 11. 선고 2016두64722 판결 참조).
• 나) 위 법리에 따라 이 사건을 보건대, 원고가 이 사건 수용 당시 이 사건 임야를 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 이상, 설령 원고가 도시계획시설결정에 수반되는 법령상 제한으로 인하여 이 사건 임야를 고유목적사업에 사용하지 못하였더라도, 이 사건 소득을 구 법인세법상의 비과세대상이라고 할 수는 없다[법인세법령이 일정한 범위 내에서 비영리내국법인의 유형자산 처분 수입에 대하여 비과세하도록 규정한 것은 비영리내국법인으로 하여금 상당한 기간 부동산과 같은 유형자산을 고유목적사업에 직접 사용하도록 유도하는 데에 그 취지가 있다(대법원 2013. 5. 23. 선고 2013두1829 판결 참조). 법령상 제한으로 인하여 유형자산을 고유목적사업에사용할 수 없는 경우에는 그러한 유인을 제공할 필요조차 없었던 것이므로 법령상 제한으로 사용할 수 없던 경우라 하여 앞서 본 법리와 달리 보기는 어렵다].
• 다) 이 사건 소득이 과세소득에 해당하지 않는다는 원고의 주장은 이유 없다.

2. 이 사건 소득의 귀속사업연도에 대한 판단 가) 법인세법 제40조 제1항 은 ‘내국법인의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다’고 규정하고 있다. 구체적으로 같은 조 제2항 및 구 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호 는 ‘상품 등외의 자산의 양도’에 관하여 그 대금을 청산한 날이 속하는 사업연도를 익금과 손금의 귀속사업연도로 하는 것을 원칙으로 하면서, 대금청산일보다 이전등기일·인도일 또는 사용수익일이 더 빠른 경우에는 그중 빠른 날을 익금과 손금의 귀속사업연도로 하도록 정하고 있다. 앞서 본 바와 같이 토지수용위원회는 2020. 7. 24. 이 사건 임야에 관하여 수용개시일을 2020. 9. 11., 손실보상금을 ○○○○원으로 하여 수용한다는 이 사건 수용재결을 하였고, 이에 따라 ○○특별시 ○○구청장은 2020. 9. 8. 위 손실보상금을 공탁하였으며, ○○특별시는 2020. 9. 11. 이 사건 임야에 관하여 이 사건 수용을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다. 그렇다면 이 사건 소득의 공탁일, 이 사건 임야에 관한 수용개시일과 소유권이전등기일 모두 2021 사업연도에 속하는 것으로, 위 일시 중 어느 것을 기준으로 하더라도 이 사건 소득의 귀속사업연도는 2021 사업연도가 된다.

• 나) 이에 관하여 원고는 법인세법 제62조의2 제4항 에 의해 준용되는 소득세법 제98조, 같은 법 시행령 제162조 제1항 제7호를 들어 이 사건 수용재결 취소소송의 판결확정일이 속하는 사업연도가 이 사건 소득의 귀속사업연도라고 주장한다. 그런데 법인세법 제62조의2 제1항 은 제62조의2의 적용대상에서 같은 법 제4조 제3항 제1호에 따른 수익사업을 하는 비영리내국법인을 제외하고 있다. 원고는 부동산임대업 등을 영위하고 있고(을 제2호증), 이는 법인세법 제4조 제3항 제1호 및 구 법인세법 시행령 제3조 제1항 이 정하고 있는 수익사업에 해당하므로, 이 사건은 법인세법 제62조의2 제4항 에 따라 소득세법 제98조, 같은 법 시행령 제162조 제1항 제7호가 준용되는 경우에 해당하지 않는다. 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

3. 원고에게 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있는지에 대한 판단 가) 국세기본법 제48조 제1항 제2호 는 ‘납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과하지 아니한다’고 규정하고 있다. 그런데 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2013. 5. 23. 선고 2013두1829 판결 등 참조).

• 나) 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지에 따라 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 앞서 본 바와 같이 관련 법령의 문언과 체계 등에 반하는 주장을 하고 있는 점, ② 원고가 당초 2021 사업연도 법인세를 신고·납부하면서 과세관청 등에게 이 사건 소득에 관하여 질의하거나 이 사건 소득이 과세소득에 해당하는지 등에 대하여 심도 있게 검토했다고 볼 만한 자료가 없는 점 등을 위 법리에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는, 원고에게 가산세를 부과하지 아니할 만한 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 결국 원고의 위 주장도 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.