주식매수선택권의 필수요건인 신청절차를 이행하지 않은 벤처기업 임원 또는 종업원에게 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례를 적용할 수 없음

사 건 2023구합58237 경정거부처분취소의 소 원 고 김ㅇㅇ 외 6인 피 고 ㅇㅇ세무서장 외 6인 변 론 종 결 2024.4.4. 판 결 선 고 2024.5.30.

1. 원고들의 피고들에 대한 각 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청 구 취 지

1. 피고 ㅇㅇ세무서장이 2021. 9. 15. 원고 김ㅇㅇ에 대하여 한 2020년도 귀속 종합소득세 1,544,395,893원의 경정거부처분을,

2. 피고 AA세무서장이 2021. 9. 2. 원고 김AA에 대하여 한 2020년도 귀속 종합소득세 9,886,897원의 경정거부처분을,

3. 피고 BB세무서장이 2021. 9. 9. 원고 나ㅇㅇ에 대하여 한 2020년도 귀속 종합소득세 16,182,721원의 경정거부처분을,

4. 피고 CC세무서이 2021. 9. 23. 원고 문ㅇㅇ에 대하여 한 2020년도 귀속 종합소득세 9,075,439원의 경정거부처분을,

5. 피고 DD세무서이 2021. 8. 20. 원고 민ㅇㅇ에 대하여 한 2020년도 귀속 종합소득세 916,804,468원의 경정거부처분을,

6. 피고 EE세무서이 2021. 9. 23. 원고 임ㅇㅇ에 대하여 한 2020년도 귀속 종합소득세 10,567,831원의 경정거부처분을,

7. 피고 FF세무서이 2021. 9. 9. 원고 장ㅇㅇ에 대하여 한 2020년도 귀속 종합소득세 281,837,807원의 경정거부처분을, 각 취소한다.

• 가. 원고들은 구 벤처기업육성에 관한 특별조치법(2020. 2. 11. 법률 제16997호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항에서 정한 벤처기업인 주식회사 퀀ㅇㅇㅇㅇㅇ(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)의 임직원이다.
• 나. 원고들은 2017. 1. 6. 이 사건 회사로부터 주식매수선택권(행사가액 주당 5,400원, 행사기간 2020. 1. 6.부터 2025. 1. 5.까지, 이하 ‘이 사건 주식매수선택권’이라 한다)을 받아 보유하고 있다가 2020. 4. 8. 이 사건 주식매수선택권을 모두 행사하여 [표1] 기재와 같이 총 508,950,000원(= 주당 1,350원×총 377,000주)을 납입하고 이 사건 회사의 주식 377,000주를 인수하였다. [표1] 주식매수선택권 행사 내역 원고 직책 주식매수선택권 지급수량(단위: 주) 매수가액 (단위: 원) 김ㅇㅇ 부대표 200,000 270,000,000 민ㅇㅇ 상무 120,000 162,000,000 장ㅇㅇ 본부장 40,000 54,000,000 나ㅇㅇ 팀원 5,000 6,750,000 김AA 팀원 4,000 5,400,000 임ㅇㅇ 팀장 4,000 5,400,000 문ㅇㅇ 팀장 4,000 5,400,000 합계 377,000 508,950,000
• 다. 원고들은 2021. 5. 31. 이 사건 주식매수선택권의 행사에 따른 행사이익을 소득에 포함하여, 피고들에게 2020년 귀속 종합소득세를 신고․납부하였다.
• 라. 원고들은 2021. 7.경 이 사건 주식매수선택권의 행사에 따른 행사이익이 구 조세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제16조의4 제1항(이하 ‘이 사건 특례조항’이라 한다)에서 정한 소득세 비과세 특례 대상이라고 주장하면서 피고들을 상대로 위 행사이익에 대하여 기존에 신고․납부한 종합소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 이에 대하여 피고들은, 원고들이 구 조세특례제한법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조의4 제2, 3항(이하 통틀어 ‘이 사건 규정’이라 한다)에서 정한 절차(이하 ‘이 사건 절차’라 한다)를 거치지 아니하였다는 이유로 2021. 8. 20.부터 2021. 9. 23.까지 [표 2] 기재와 같이 원고들의 경정청구를 모두 기각하는 결정을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). [표2] 경정청구 및 거부내역 원고 경정청구세액 (단위: 원) 경정청구 거부일 피고 김ㅇㅇ 1,544,395,893

2021. 9. 15. ㅇㅇ세무서장 민ㅇㅇ 916,804,468

2021. 8. 20. DD세무서 장ㅇㅇ 281,837,807

2021. 9. 9 FF세무서 나ㅇㅇ 16,182,722

2021. 9. 9 BB세무서장 김AA 9,886,897

2021. 9. 2. AA세무서장 임ㅇㅇ 10,567,831

2021. 9. 23. CC세무서 문ㅇㅇ 9,075,439

2021. 9. 23. EE세무서 합계 2,788,751,057 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 7, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고들 주장의 요지

1. 이 사건 규정은 과세 편의를 위하여 납세자에게 협력의무를 부과한 것에 불과하므로 원고들이 이 사건 규정에서 정한 기한 내에 이 사건 절차를 이행하지 않았다고 하더라도 이 사건 주식매수선택권이 이 사건 특례조항 각 호의 요건을 충족하는 경우에는 종합소득세 비과세 특례 대상에 해당한다고 보아야 한다.

2. 원고들은 이 사건 주식매수선택권을 행사할 당시 이 사건 회사에 이 사건 특례조항의 적용을 받겠다는 의사표시를 하였으므로, 이로써 이 사건 규정에서 정한 절차가 이행된 것으로 보아야 한다.

3. 설령 원고들에게 이 사건 특례조항이 적용될 수 없다 하더라도 이 사건 주식매수선택권 행사 당시 이 사건 회사 주식의 주가는 상속세 및 증여세법에서 정한 보충적 평가방법에 따라 1주당 1,015원으로 산정하여야 한다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 이 사건 절차의 과세요건 여부

1. 관계 법령의 내용 및 취지

• 가) 이 사건 특례조항에 의하면, 벤처기업의 임원 또는 종업원으로서 대통령령으로 정하는 자(이하 ‘벤처기업 임직원’이라 한다)가 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권으로서 각 호의 요건을 갖춘 주식매수선택권(이하 ‘적격주식매수선택권’이라 한다)을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대하여 벤처기업 임직원이 과세특례를 적용받을 것을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에는 소득세법 제20조 또는 제21조에도 불구하고 주식매수선택권 행사시에 소득세를 과세하지 아니할 수 있다. 이 사건 특례조항의 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령 제14조의4 에 의하면, 이 사건 특례조항을 적용받으려는 벤처기업 임직원은 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제8조 제1항 에 따른 금융투자업자(이하 ‘금융투자업자’라 한다)를 통하여 기획재정부령으로 정하는 계좌(이하 ‘주식매수선택권 전용계좌’라 한다)를 개설하고, 기획재정부령으로 정하는 특례적용신청서(이하 ‘특례적용신청서’라 한다)에 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 첨부하여 주식매수선택권 행사일 전일까지 해당 벤처기업에 제출하여야 하고(제2항), 특례적용신청서를 제출받은 벤처기업은 주식매수선택권 행사로 지급하는 주식을 주식매수선택권 전용계좌로 입고하고, 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 행사 주식지급명세서(이하 ‘주식매수선택권 행사주식지급명세서’라 한다)와 기획재정부령으로 정하는 특례적용대상 명세서(이하 ‘특례적용대상명세서’라 한다)를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
• 나) 위 규정은 납세자가 주식매수선택권 행사이익에 대하여 주식매수청구권 행사시에 종합소득세를 납부할지(소득세법 제20조 에 따른 근로소득 내지 소득세법 제21조 에 따른 기타소득), 아니면 주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식의 양도시에 양도소득세를 납부할지를 선택할 수 있도록 하여 벤처기업 등의 주식매수선택권 활용을 통한 우수인력 유치를 용이하게 하기 위한 취지이다.
• 다) 벤처기업 임직원이 이 사건 특례조항의 종합소득세 비과세 특례 적용을 신청하여 소득세를 과세하지 아니한 경우에는 해당 주식매수선택권의 행사에 따라 발생하는 비용은 해당 벤처기업의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 않게 된다. 한편 벤처기업 임직원이 적격주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 증여하거나 행사일부터 1년이 지나기 전에 처분하는 경우(해당 벤처기업의 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우는 제외한다) 또는 전체 행사가액이 5억 원을 초과하는 경우에는 이 사건 특례조항에도 불구하고 소득세로 과세하게 되는데, 이와 같은 경우에도 해당 주식매수선택권의 행사에 따라 발생하는 비용을 해당 벤처기업의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다(구 조세특례제한법 제16조의4 제4항, 제5항).

2. 판단 관계 법령의 문언과 그 취지에 비추어 살피건대, 이 사건 특례조항은 납세자가 주식매수선택권 행사이익에 대한 소득세 과세방식을 선택하도록 한 것이어서 이 사건 특례조항 적용에 관한 신청이 필수적인 요건이라고 할 것이고, 특히 이 사건 특례조항 적용 여부에 따라 벤처기업 임직원에 대한 소득세 과세방식과 해당 벤처기업의 법인세액이 달라지게 되므로 이 사건 특례조항 적용 신청 여부에 관한 납세자의 의사표시가 명확히 요구된다. 이 사건 규정은 이 사건 특례조항 적용 신청 여부에 관한 납세자의 의사표시 절차를 구체적으로 정한 것으로 종합소득세 비과세 요건을 구성하는 내용으로 봄이 타당하고, 이 사건 규정에서 정한 절차가 단순히 납세자에게 협력의무를 부과한 것에 불과하여 이 사건 절차를 통한 신청이 없더라도 당연히 종합소득세 비과세 특례 대상에 해당하거나 그 신청시기에 제한이 없다고 볼 수 없다. 원고들이 원용하는 대법원 1997. 10. 24. 선고 97누10628 판결, 대법원 2003. 5. 16. 선고 2001두3006 판결의 법리는 법령상 감면요건이 충족되면 당연히 감면되고 감면신청에 따라 감면 여부나 감면세액이 달라지지 아니하는 경우에 관한 판단으로, 이 사건에 그대로 적용할 수 없다. 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

• 라. 이 사건 절차 이행 여부 조세법률주의의 원칙상 그 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 그 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 공평원칙에도 부합한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결, 대법원 2011. 1. 27. 선고 2010도1191 판결 등 참조). 원고들이 이 사건 주식매수선택권 행사일 전일까지 주식매수선택권 전용계좌를 개설하고 특례적용신청서에 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 첨부하여 이 사건 회사에 제출하지 아니한 사실은 당사자들 사이에 다툼이 없다. 위 인정사실에 더하여 이 사건 절차가 비과세 특례 적용을 받기 위한 요건으로 규정되어 있고 특별한 사정이 없는 한 비과세 요건에 해당하는 이 사건 특례조항을 합리적 근거 없이 유추․확장해석할 수 없으며, 이 사건 특례조항 적용 신청 시기를 제한함으로써 소득세, 법인세의 확정과 추후 양도소득세 등 과세의 편의를 도모하고자 하는 취지를 종합하여 보면, 원고들이 이 사건 절차를 이행하였다고 평가할 수 없고, 이는 원고들이 이 사건 주식매수선택권 행사 이후에 이 사건 절차를 이행하였다고 하더라도 마찬가지이다. 원고들의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.
• 마. 행사이익 산정의 위법 여부

1. 관계 규정의 내용 소득세법 제24조 제2항 은 금전 외의 것을 수입할 때에는 그 수입금액을 그 거래 당시의 가액에 의하여 계산하도록 정하고 있고, 소득세법 제24조 제3항, 같은 법 시행령 제51조 제5호의 위임을 받은 같은 법 시행규칙 제22조의2는 금전외의 것에 대한 수입금액의 계산은 법인세법 시행령 제89조 를 준용하여 계산한 금액으로 한다고 정하고 있다. 한편 구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것) 제89조 제1항에서는 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다고 규정하고 있고, 제2항에서는 비상장주식의 시가가 불분명한 경우에는 상속세 및 증여세법(이하 ‘상증세법’이라 한다) 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 계산한다고 규정하고 있다. 그리고 상증세법 제63조 제1항 나목은 비상장주식 및 출자지분의 평가에 관하여 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다고 규정하고 있고, 그 위임을 받은 구 상증세법 시행령(2021. 1. 5. 대통령령 제31380호로 개정되기 전의 것) 제54조 제1항은 ‘법 제63조 제1항 제1호 나목에 따른 비상장주식 등은 다음의 산식에 따라 평가한 가액과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 한다.’고 보충적 평가방법을 규정하고 있다.

2. 인정사실

• 가) 이 사건 회사의 주식 총 130,500주가 2020. 4. 8. 및 같은 달 9. 아래 [표 3] 기재와 같이 1주당 20,000원에 거래되었다(이하 ‘이 사건 거래’라 한다). [표 3] 이 사건 거래 내역 표 생 략
• 나) 이 사건 거래의 매수인들은 이 사건 회사와 대리점계약을 체결한 업체의 운영자로, 이 사건 회사 직원 박ㅇㅇ의 주선으로 이 사건 회사의 주식을 매수하게 되었다. 이 사건 거래 당사자들은 이 사건 회사가 2019. 9. 16. 제3자 배정 유상증자 방식으로 주식 208,695주를 1주당 69,000원에 발행하였고, 2019. 11. 21. 무상증자 방식으로 주식 1주당 3주의 비율로 신주를 발행한 점 등을 고려하여 양도가액을 1주당 20,000원[= (69,000원×1/4) + 2,750원]으로 정하였다.
• 다) 한편 이ㅇㅇ은 2020. 2. 11. 이 사건 회사의 주식 총 30,000주(권ㅇㅇ에게 10,000주, 구ㅇㅇ에게 5,000주, 이AA에게 5,000주, 한ㅇㅇ에게 10,000주)를 1주당 19,000원에 매도하였다.
• 라) 원고들은 2021. 5. 31. 종합소득세를 신고하면서 이 사건 주식매수선택권 행사 당시의 주가가 20,000원임을 전제로 소득금액을 계산하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제7, 14 내지 23호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

3. 판단 앞서 인정한 사실에 앞서 든 증거, 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음의 사정을 종합하면, 피고들이 이 사건 거래가액을 법인세법 시행령 제89조 에서 정하는 ‘시가’에 해당한다고 본 것은 적법하다. 원고들의 이 부분 주장도 이유 없다.

• 가) 이 사건 거래의 매수인들은 이 사건 회사의 거래처일 뿐 특수관계인 지위에 있지 않고, 이들은 이 사건 회사의 유상증자 신주 발행금액과 무상증자 진행 등의 제반 사정을 고려하여 가격을 결정하였다. 결국 이 사건 거래당사자들은 각자 경제적 이익의 극대화를 추구하는 대등한 관계에서 실질적인 가격협상을 토대로 가격을 결정하였던 것이고, 달리 위 매수인들이 이 사건 회사와의 밀접한 이해관계로 인해 일방적으로 정해진 가격에 주식을 매수할 수밖에 없었다는 등의 사정은 찾기 어렵다.
• 나) 이 사건 거래는 이 사건 회사의 유상증자가 실시된 지 6개월 상당이 지난 후에 있었고 그 거래가액이 유상증자시 신주 발행금액과 차이가 있으며 이 사건 거래로 인하여 순자산증가의 효과가 발생한 것도 아니다. 이 사건 거래가 사실상 유상증자의 효과를 목적으로 한다거나 법인의 운영과 관련한 특별한 사정에 기초하여 진행되었다고 보기 어렵다.
• 다) 이 사건 거래 이전에도 특수관계인이 아닌 제3자 사이에서 이 사건 거래가액과 유사한 수준에서 주식의 양도가 이루어졌다.
• 라) 원고들 또한 이 사건 거래가액이 시가임을 전제로 이 사건 종합소득세 신고를 하였다.

그렇다면 원고들의 피고들에 대한 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 각 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.