통상적 거래관행을 현저히 벗어난 매매계약 상 건물의 가액은 토지와 가액과 건물의 가액이 불분명한 경우에 해당함

[ 세 목 ] 부가 [ 판결유형 ] 국승 [ 사건번호 ] 서울행정법원-2023-구합-56903(2023.08.18) [직전소송사건번호 ] [심판청구 사건번호 ] [ 제 목 ] 토지의 가액과 건물의 가액이 불분명한 경우에 해당하는지 여부 [ 요 지 ] 이 사건 매매계약에 이 사건 건물의 가액을 ‘0원’으로 기재하고 있다고 하더라도 이는 원고와 소외 회사의 진정한 합의에 의한 것이 아니거나 통상의 거래관행을 현저히 벗어난 비합리적인 가액이어서 구 부가가치세법 제29조 제9항 제1호 에서 규정하는 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물의 가액이 불분명한 경우에 해당한다고 봄이 타당함 [ 판결내용 ] 판결 내용은 붙임과 같음 [

] 부가가치세법 제29조 【과세표준】 부가가치세법 시행령 제64조 【공급가액의 계산】 사 건 2023구합56903 부가가치세경정거부처분취소 원 고 임AA 피 고 동대문세무서장 변 론 종 결

2023. 08. 18. 판 결 선 고

2023. 10. 27.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2021. 3. 3. 원고에 대하여 한 2020년 2기분 부가가치세 107,XXX,822원의 경 정거부처분 을 취소한다.

• 가. 원고의 부동산 보유 및 임대사업

1. 원고는 *구 장OO 3XX-7 대 373.5㎡ 및 위 토지 지상 철근콘크리트조 근린생활시설 및 일반 업무시설 건물(이하 토지를 ‘이 사건 토지’, 건물을 ‘이 사건건물’이라 하고, 합하여 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다)의 20분의 10 지분을 소유하여왔다.

2. 원고를 포함한 이 사건 각 부동산의 공유자들(이하 원고 및 공유자들을 통칭하여 ‘원고 등’이라 한다)은 2009. 12. 29. 이 사건 각 부동산을 사업장소재지로 하여 공동임대사업자로 사업자등록을 마친 후 부동산임대업을 영위하였다.

• 나. 이 사건 각 부동산 매매계약 및 폐업신고

1. 원고 등은 2020. 3. 4. 주식회사 QQQ개발(이하 ‘소외 회사’라 한다)에 이 사건 각 부동산을 총 52억 원에 매도하기로 하는 매매계약을 체결하였다(이하 ‘이 사 건 매매계약’이라 한다). 이 사건과 관련된 이 사건 매매계약의 특약사항은 다음과 같

• 다. 특약사항

1. 현 시설 상태에서의 매매계약이며, 등기사항 증명서를 확인하고, 계약을 체결함.

3. 본 계약은 포괄 양도양수계약이 아닌 신축 공사를 위한 매매계약이다.

4. 본 매매계약 52억 원 중 건물분 매수금액은 없는 것으로 하며 토지 매수금액은 52억으로 한다. 매수인은 잔금 지불 후 매수인의 책임 하에 1개월 이내에 건물 철거를 시작하기로 한다.

5. 신축을 위한 매매이며, 매도인은 건축허가 관련업무에 협조하기로 한다.(건축허가 신청은 매도인의 명의로 하며, 잔금시 매수인의 명의로 변경하며 인감증명서 첨부해 주기로 한다.)

6. 매도인은 임차인의 명도를 잔금 전까지 책임진다.

2. 원고 등은 2020. 7. 31. 소외 회사에 이 사건 각 부동산에 관하여 이 사건 매매 계약을 원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳐 주었고, 같은 날 이 사건 각 부동산에서 의 부동산임대업을 폐업신고 하였다.

• 다. 부가가치세 경정청구 및 피고의 처분

1. 원고는 2020. 8. 25. 피고에게 2020년 2기분 부가가치세 확정신고를 하면서 위 부동산임대업과 관련된 부가가치세 과세대상이 없는 것으로 신고하였다가 2020. 9. 25. 이 사건 건물의 양도가액을 1,XXX,167,582원으로 산정하여 2020년 2기분 부가가치세과세표준수정신고를 하였고, 그에 따라 2020년 2기분 부가가치세 107,XXX,822원(가산세 포함)을 납부하였다.

2. 원고는 2021. 1. 26. 피고에게 ‘이 사건 건물은 이 사건 매매계약 당시 이미 철거가 예정된 것으로서 부가가치세 과세대상이 아니므로 이 사건 건물 양도에 관한 부가가치세를 환급하여 달라’는 취지의 경정청구를 하였으나, 피고는 2021. 3. 3. 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

3. 원고는 이에 불복하여 2021. 5. 27. 감사원에 심사청구를 하였으나, 감사원은 2022. 12. 26. 원고의 청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 5, 6, 8호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함한다), 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고 등은 소외 회사와 매매대금 잔금 수령일까지 이 사건 건물의 임차인들을 원고 등의 책임으로 이주시키기로 약정하여 임차인들에게 상당한 돈을 지급하고 임대차계약을 합의해지한 후 임차인들을 이 사건 건물에서 퇴거시켰고, 이 사건 건물의 양도와 동시에 부동산임대업을 폐업하였다. 원고 등과 소외 회사는 이 사건 건물을 곧 철거할 것을 전제로 하여 이 사건 매매계약을 체결하면서 이 사건 건물의 가액을 0원으로 정하였고, 이 사건 매매계약 체결 후 곧바로 원고 등 명의로 건축허가를 신청하였으며, 실제 이 사건 건물은 양도 후 곧바로 철거되었다. 따라서 이 사건 건물의 공급가액은 이 사건 매매계약에서 정한 실지가액인 0원으로 보아야 한다. 이와 다른 전제에선 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 법리

• 가) 부가가치세법은 토지의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제하는 반면[구 부가가치세법(2021. 12. 8. 법률 제18577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조 제1항 제14호], 건물의 공급에 대하여는 부가가치세를 과세하고 있다. 또한, 구 부가가치세법 제15조 제1항 제2호 는 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우 그 재화가 이용가능하게 되는 때를 재화의 공급시기로 보고 있는바, 공급받은 재화가 부동산인 경우 특별한 사정이 없는 한 공급시기는 그 부동산을 명도받기로 한 때라 할 것이다(대법원2008. 9. 11. 선고 2006두9900 판결 등 참조).
• 나) 구 부가가치세법 제29조 제9항 은 ‘사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.’고 규정하고, 구 부가가치세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32419호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조는 ‘법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.’고 규정하면서, 제1호 본문에서 ‘토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액’을 규정하고 있다.
• 다) 매도인이 매수인에게 토지와 그 지상 건물을 함께 매도하는 경우, 매수인이 잔금을 지급한 후 토지와 건물을 인도받았다면 그 때 토지뿐만 아니라 건물 역시 매수인에게 공급된 것인바, 만일 매수인이 장차 지상 건물을 철거할 것이라는 사정만으로매매당사자들이 매매계약서에 건물의 가액을 통상의 거래관행보다 현저히 낮은 금액(예컨대, 0원)으로 기재한 경우, 이를 그대로 받아들여 건물분 부가가치세를 과세할 수없다고 한다면, 매매당사자 간의 합의로 철거예정건물의 가액을 토지의 가액에 포함시켜 매매계약서를 작성하는 등으로 국가의 부가가치세 징수권을 무력화시키는 부당한 결과를 피할 수 없게 된다. 따라서 국세기본법 제14조 제2항 의 실질과세원칙에 비추어, 구 부가가치세법 제29조 제9항 의 ‘실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우’라 함은, 토지와 건물을 가액 구분 없이 양도한 경우만을 의미하는 것이 아니라 계약서상 토지의 가액과 건물의 가액이 명확하게 구분되어 있다고하더라도 그것이 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아님이 명백하거나 통상의 거래관행을 현저히 벗어나 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우도 포함하는 취지라고 해석함이 상당하다.

2. 인정사실

• 가) 이 사건 건물은 지하 1층, 지상 6층 규모의 철근콘크리트조 건물로서 1990. 2. 10.자로 보존등기가 마쳐졌는데, 원고 등은 이 사건 매매계약 이전까지 이 사건 건물을 임대하고 있었다. 이 사건 건물의 마지막 임차인은 ‘골OO포차’라는 상호로 식당을 운영하던 나OO이었는데, 원고 등은 이 사건 매매계약에 따라 임차인을 이주시키기 위해 나OO에게 명도비용 명목으로 2억 3,000만 원을 지급하고 임대차계약을 중도해지하는 내용의 합의를 하였고. 그에 따라 원고는 나OO에게 2020. 6. 10. 1억 5,000만 원, 2020. 7. 6. 5,976만 원 합계 2억 976만 원을 지급하였다.
• 나) 한편 이 사건 건물에 소재하였던 위 골OO포차는 2020. 7.까지 신용카드매출이 발생하였고, 2020. 7. 31. 폐업하였다.
• 다) 원고가 2020년 귀속 양도소득세 신고 당시 제출한 재무상태표에 따르면, 이 사건 건물의 가액이 최초 784,XXX,345원으로 계상되어 있고, 2019년 장부가액은634,XXX,109원이다.
• 라) 이 사건 각 부동산에는 채무자 원고, 채권최고액 12억 원의 근저당권설정등기가 마쳐져 있었다가 소외 회사에 소유권이 이전된 2020. 7. 31. 위 근저당권설정등기가 말소되었다.
• 마) 원고 및 공유자 등은 2020. 5. 27. 이 사건 토지를 포함한 대지 574.8㎡ 지상에 연면적 4,782.77㎡ 규모의 오피스텔 1동의 건축허가 신청을 하였고, 2020. 7. 7. 건축허가를 받았다가 2020. 7. 31. 소외 회사로의 건축주 변경신고가 제출되었다.
• 바) 이 사건 건물은 2020. 11. 27. 철거가 완료되었다. [인정근거] 앞서 든 증거들, 갑 제4, 9, 11호증, 을 제7 내지 10호증의 각 기재, 변론전체의 취지

3. 구체적 판단 위와 같은 사실을 통해 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 매매계약에 이 사건 건물의 가액을 ‘0원’으로 기재하고 있다고 하더라도 이는 원고와 소외 회사의 진정한 합의에 의한 것이 아니거나 통상의 거래관행을 현저히 벗어난 비합리적인 가액이어서 구 부가가치세법 제29조 제9항 제1호 에서 규정하는 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물의 가액이 불분명한 경우에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 건물의 가액은 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호 본문에 따라 이 사건 각 부동산 전체의 가액을 이 사건 건물 및 이 사건 토지의 공시지가 및 기준시가에따라 안분한 액수로 산정하는 것이 타당한바, 그에 따라 원고의 경정청구를 거부한 이사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

• 가) 2019년말 기준 재무상태표에는 이 사건 건물의 가치가 634,XXX,109원으로 반영되어 있었고, 원고 등은 이 사건 건물 1층을 ‘골OO포차’로, 4층을 ‘뷰OO드’ 상호를 사용하는 임차인에게 임대하여 2020. 4.까지도 월 임대료로 총 4,518,180원을 수령하고 있었다. 이 사건 건물에는 이 사건 토지와 공동담보로 근저당권이 설정되어 있었는데, 소외 회사 앞으로 이 사건 건물의 소유권이전등기가 마쳐진 때에 말소되었다. 이 사건 매매계약에 따르면 원고는 제한 물권을 말소하여야 하고 임차인에 대한 명도책임도 부담하였는바, 이 사건 매매계약 체결 당시 이 사건 건물의 객관적 가치가 0원이었다고 볼 수는 없고 오히려 이 사건 매매계약의 매매대금에는 원고 등이 이 사건 건물의 완전한 소유권 이전을 위하여 이행하여야 할 위와 같은 의무에 대한 대가가 포함되어 있다고 보인다.
• 나) 이 사건 매매계약서에 기재된 이 사건 건물의 가액 0원은 2019년 장부가액과도 현저한 차이가 있다.
• 다) 소외 회사가 이 사건 건물에 관한 소유권이전등기를 경료받은 이상, 원고 등이 이 사건 건물을 소외 회사에 공급한 것이고, 그 후 소외 회사가 이 사건 건물을 철거한 것은 이 사건 건물의 공급 이후의 사정에 불과하다. 이 사건 건물의 취득 목적이나 이 사건 건물이 취득 후 곧 철거되었다는 사정이 이 사건 건물의 공급과 관련된 부가가치세 산정에 있어 당시 법령상 반드시 고려되어야 할 요소도 아니다.
• 라) 소외 회사의 입장에서 보더라도, 이 사건 토지 위에 건물을 신축하기 위해서는 우선 이 사건 건물의 처분권을 취득하여야만 한다. 이러한 이유로 이 사건 매매계약에서도 이 사건 건물이 목적물로 명시되었고, 소외 회사는 이 사건 건물에 관한 소유권이전등기를 마친 후 자기의 책임으로 이 사건 건물을 철거하였다. 따라서 소외 회사 역시 대가를 지불하고 이 사건 건물의 소유권을 유상으로 취득할 의사가 있었다고볼 수 있다.
• 마) 이 사건 처분 이후에 2021. 12. 8. 법률 제18577호로 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 단서가 신설되어, ‘다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다’고 규정하였고, 위 신설 규정의 위임에 따라 2022. 2. 15. 대통령령 제32419호로 개정된 부가가치세법 시행령에서 제64조 제2항이 신설되어, ‘법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다’고 규정하면서 제1호로 ‘다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분한 경우’를, 제2호로 ‘토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우’를 각 규정하였다. 그런데 부가가치세법 부칙(2021. 12. 8.) 제1조, 제7조에 따르면 위와 같이 신설된 각 규정은 2022. 1. 1. 이후 재화를 공급하는 분부터 적용되고, 이러한 부칙의 내용 및 취지에 비추어 위와 같이 신설된 각 규정이 단순한 확인적 규정에 해당한다고 볼 수도 없으므로, 2020년에 이루어진 이 사건 건물의 공급에 위와같이 신설된 각 규정이 적용된다고 할 수도 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.