정비조합과 체결한 대토협약에 따라 수령한 건축지원금은 환지로 볼 수 없음

서 울 행 정 법 원 제 6 부 판 결 사 건 2023구합55870 양도소득세부과처분취소 원 고 aaa 서울 00구 00 피 고 00세무서장 소송수행자 000 변 론 종 결 2024. 5. 10. 판 결 선 고 2024. 6. 21.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2019. 12. 2. 원고에 대하여 한 2015년 귀속 양도소득세 0,000,000,000원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 서울특별시장은 2008. 1. 10. 서울 00구 00동 일원 00,000㎡를 ‘00제2주택재개발정비구역’으로 지정·고시하였다(이하 위 구역에서 시행되는 재개발사업을 ‘이 사건 재개발’이라고 한다).
• 나. 00제2주택재개발정비사업조합(이하 ‘이 사건 조합’이라고 한다)은 20XX. X. XX. 설립인가를 받았고, 00구청장은 20XX. X. XX. 이 사건 조합의 관리처분계획을 인가하고 20XX. X. XX. 이를 고시하였다.
• 다. 원고는 20XX. X. XX. bbb로부터 이 사건 재개발정비구역 안에 있는 00구 00동 대 000㎡, 같은 동 대 00㎡(이하 위 2개 토지를 ‘이 사건 토지’라고 한다) 및 그 지상 X층(지하 X층) 규모의 유치원 용도 건물(이하 ‘이 사건 건축물’이라고 하고, 이 사건 토지와 건축물을 통틀어 ‘이 사건 각 부동산’이라고 한다)을 0,000,000,000원에 매수하고, 20XX. X. XX. 그 소유권이전등기를 마쳤다.
• 라. 원고와 이 사건 조합은 20XX. XX. XX. ① 이 사건 조합이 원고로부터 이 사건 각 부동산을 인도받아 사업지로 편입하고, 그 대신 원고가 별도의 지반공사 없이 즉시 건축을 할 수 있도록 일체의 인입공사와 토지정리작업을 완료한 00구역 획지(00동 일원 000㎡, 이하 ‘이 사건 대토’라고 한다)를 원고에게 대체부지로 제공하며, ② 원고는 이 사건 각 부동산을 즉시 철거할 수 있는 상태로 인도하고, ③ 원고가 이 사건 대토 지상에 건축물을 신축하는 데에 필요한 건축비용 0,000,000,000원 중 75%와 설계·감리비를000,000,000원을 합한 0,000,000,000원(이하 ‘이 사건 건축지원금’이라고 한다)을 원고에게 지급하기로 하는 내용의 협약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 협약’이라고 한다).
• 마. 원고는 이 사건 조합으로부터 이 사건 건축지원금으로 20XX. XX. XX. 000,000,000원, 20XX. X. XX. 0,000,000,000원 등 합계 0,000,000,000원을 지급받았다.
• 바. 00구청장은 20XX. X. XX. 이 사건 협약 내용이 포함된 이 사건 조합의 관리처분계획(변경)을 인가하고 20XX. X. XX. 이를 고시하였다.
• 사. 00지방국세청장은 20XX. X. XX.부터 20XX. X. XX.까지 원고에 대한 양도소득세 조사를 실시하고, 이 사건 건축지원금을 이 사건 건축물의 유상이전에 따른 양도소득세 과세대상으로 보아 원고에게 20XX년 귀속 양도소득세 0,000,000,000원을 부과한다는 내용의 세무조사결과를 통지하였다. 원고는 20XX. X. XX. 과세전적부심사를 청구하였으나, 00지방국세청장은 이를 채택하지 않고 피고에게 과세자료를 통보하였다. 그리고 피고는 20XX. XX. X. 원고에 대하여 20XX년 귀속 양도소득세 0,000,000,000원(가산세 000,000,000원 포함)을 결정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
• 아. 한편 서울특별시장은 20XX. X. XX. 이 사건 대토의 용도를 유치원에서 노유자시설로 변경하는 내용이 포함된 재정비촉진계획 변경결정을 고시하였고, 원고는 20XX. X. XX. 00구청장에게 연면적 000.00㎡ 규모의 노유자시설(노인복지시설, 지상 4층, 지하 1층)을 신축하는 건축허가신청을 하여 20XX. X. XX. 00구청장으로부터 건축허가를 받았으며, 20XX. X. XX.경 이 사건 대토 지상에 노유자시설을 완공하였다(이하 ‘이 사건 노유자시설’이라고 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 8, 9, 10, 13, 14, 15, 19호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다.

• 가. 원고의 주장 요지

1. 이 사건 재개발사업이 진행되는 동안 이 사건 건축물의 소유권은 계속 원고에게 있었고 멸실등기 또한 원고의 명의로 이루어졌다. 원고와 이 사건 조합 사이에 이 사건 건축물에 관한 ‘양도’가 있었다고 볼 수 없고, 이 사건 건축지원금은 이 사건 조합이 수립한 관리처분계획에 의한 환지처분에 따라 제공받은 것으로 소득세법상 ‘양도’에 해당하지 않으므로, 이 사건 처분은 위법하다(이하 ‘① 주장’이라고 한다).

2. 원고는 이 사건 건축지원금을 지급받음과 동시에 노유자시설을 신축할 의무를 부담하므로, 원고가 이 사건 협약으로 취득한 것은 결국 ‘이 사건 건축지원금’이 아닌 ‘이 사건 노유자시설’로 보아야 하고, 원고는 이 사건 노유자시설을 신축하면서 이 사건 건축지원금을 초과하는 비용을 지출하였으므로, 이 사건 협약으로 인하여 발생한 소득이 없다. 이 사건 처분은 과세될 양도‘소득’이 없는 자에게 부과된 것이므로 위법하다(이하 ‘② 주장’이라고 한다).

3. 가사 이 사건 건축지원금을 양도소득세 과세대상으로 보더라도, 원고는 이 사건 건축지원금을 지급받음과 동시에 노유자시설을 건설할 의무를 부담하므로 이는 일종의 부채(선수금)로 보아야 하고, 원고가 이 사건 노유자시설을 완성함으로써 그 의무이행을 완료한 20XX년경 원고에게 양도소득이 발생하였다고 보아야 한다. 이와 달리 사건 건축지원금을 도시 및 주거환경정비법(이하 ‘도시정비법’이라고 한다) 제89조 제1항에서 정한 ‘청산금’으로 보더라도, 소득세법 제98조, 소득세법 시행령 제162조 제1항 제9호 등에 따라 그 양도시기는 이 사건 재개발사업의 이전고시일(20XX. X. XX.)의 다음 날인 20XX. X. X.이 된다. 그럼에도 이 사건 건축지원금을 지급받은 20XX년을 양도소득 발생시점으로 보아 부동산 1년 미만 보유를 이유로 소득세법 제104조 제1항 제3호 에 따라 고율(50%)의 세율을 적용한 이 사건 처분은 위법하다(이하 ‘③ 주장’이라고 한다).

4. 재개발사업 과정에서 정비구역 내의 토지등소유자가 재개발조합과 대토 협약을 체결하면서 건축지원금을 지급받은 경우 이를 양도소득으로 보지 않는다는 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 존재하고, 이는 일반적으로 납세자들에게 받아들여졌다. 이 사건 처분은 국세기본법 제18조 제3항 에서 정한 비과세관행에 위배되고, 건축지원금 지급 경위 등이 본질적으로 다르지 않은 ccc(DD유치원)과 달리 원고에 대하여만 양도소득세를 부과한 것은 조세평등주의에도 위배된다(이하 ‘④ 주장’이라고 한다).

5. 이 사건 조합이 이 사건 협약 체결 당시부터 일관하여 이 사건 건축물도 환지대상이고, 추후 관리처분계획상 환지 목록에 포함될 것이라고 하였던 점, 재개발조합과 대토 협약을 체결한 토지등소유자에게 지급된 건축지원금에 대하여 양도소득세를 부과한 사례는 찾아볼 수 없는 점 등을 고려하면, 원고가 이 사건 건축물에 관한 양도소득세를 신고·납부하지 못한 데에는 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 인정된다. 따라서 적어도 가산세는 면제되어야 한다(이하 ‘⑤ 주장’이라고 한다).

• 나. ① 주장(자산의 ‘양도’ 관련 주장)에 관한 판단

1. 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제1문은 ‘제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다’라고 규정하고, 같은 조 제2항 제1호는 ‘도시개발법이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 보류지(保留地)로 충당되는 경우에는 제1항에 따른 양도로 보지 아니한다’라고 규정하고 있다. 그리고 구 소득세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제152조 제1항은 ‘법 제88조 제2항 제1호에서 "환지처분"이란도시개발법에 의한 도시개발사업,농어촌정비법에 의한 농업생산기반 정비사업 그 밖의 법률에 따라 사업시행자가 사업완료 후에 사업구역내의 토지소유자 또는 관계인에게 종전의 토지 또는 건축물 대신에 그 구역 내의 다른 토지 또는 사업시행자에게 처분할 권한이 있는 건축물의 일부와 그 건축물이 있는 토지의 공유지분으로 바꾸어주는 것(사업시행에 따라 분할·합병 또는 교환하는 것을 포함한다)을 말한다’라고 규정하고 있다.

2. 앞서 든 증거들 및 갑 제16, 17, 25호증, 을 제4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 이 사건 건축물에 대한 소유권을 이 사건 조합에 사실상 이전하고 그 대가로서 이 사건 건축지원금을 지급받았다고 볼 수 있고, 이는 구 소득세법 제88조 제1항 제1문에서 말하는 ‘양도’에 해당한다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

• 가) 이 사건 협약은, i) 이 사건 조합이 원고로부터 이 사건 각 부동산을 인도받아 사업지로 편입하고 그 대신 이 사건 대토를 원고에게 대체부지로 제공하며, ii) 원고는 이 사건 조합에게 이 사건 각 부동산을 즉시 철거할 수 있는 상태로 인도하고, iii)이 사건 조합은 원고에게 이 사건 건축지원금을 지급하는 것을 내용으로 한다. 즉 이사건 협약은 이 사건 토지에 대하여는 그에 상응하는 이 사건 대토를 대체부지로 제공하고, 이 사건 건축물에 대하여는 이 사건 건축지원금을 지급하는 것을 주된 내용으로 한다고 볼 수 있다. 그런데 이 사건 협약은 이 사건 건축지원금과 관련하여 원고에게 이 사건 대토 지상에 노유자시설 등 건축물을 신축할 의무를 부과하거나 이 사건 건축지원금의 사용용도를 제한하는 등의 규정을 전혀 두고 있지 않다. 그 지급시기 역시 관리처분계획(변경)인가 또는 새로운 건축물 신축 등과 무관하게 협약 체결일로부터 10일 이내에 계약금을 지급하고, 총회 개최 30일 이후 원고가 요청하는 시기에 지급하도록 하였다. 향후 이 사건 대토 지상에 신축될 건물의 용도나 규모 등도 전혀 정해진바 없다. 이러한 사정들을 고려하면, 이 사건 건축지원금은 향후 이 사건 대토에 신축될 건축물과는 무관하게 ‘이 사건 건축물을 즉시 철거할 수 있는 상태로 인도하여 사실상 그 처분권을 이전하는 것’ 자체에 대한 대가로 지급된 것이라고 봄이 타당하다.
• 나) 이 사건 협약 이후 이 사건 조합이 의결한 관리처분계획변경안에도 종교시설, 어린이집, 유치원 등 2,347㎡에 관하여 토지는 1:1 대토로 하고, 건물은 ‘협의보상’으로 한다는 내용이 기재되어 있다(갑 제7호증의1 4면 등 참조).
• 다) 원고는 이 사건 건축물에 대한 환지처분이 있었고 이 사건 건축지원금은 그 일환으로 지급받은 것이므로 구 소득세법 시행령 제152조 제1항 에 따라 양도소득세의 과세대상이 되는 자산의 양도가 아니라는 취지로도 주장한다. 그러나 이 사건 조합이 인가받은 관리처분계획에 이 사건 토지가 환지로 지정되어 있는 것과 달리 이 사건 건축물은 환지로 지정되어 있지 않다. 이후 원고가 이 사건 대토 지상에 이 사건 노유자시설을 신축하였더라도 이를 두고 구 소득세법 제88조 제2항 제1호 에서 정한 ‘도시개발법이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되는 경우’에 해당한다고 보기는 어렵다.
• 라) 한편 이 사건 건축지원금이 ‘원고가 이 사건 대토에 건축물을 신축하는데 필요한 건축비용 등’을 기초로 산정된 사정은 있으나, 당시 이 사건 조합으로서는 이 사건 재개발사업의 원활한 진행을 위하여 조기에 이 사건 건축물을 인도받아 철거할 필요가 있었던 점, 이 사건 건축지원금은 신축공사비용 전액이 아니라 이 사건 건축물이 19XX년경 신축된 점을 고려하여 그 비용을 75%로 감액한 금액으로 정해졌던 점 등에 비추어 보면, 앞서 본 사정만으로 이 사건 건축지원금이 이 사건 건축물의 양도에 대한 대가가 아니라고 볼 수는 없다.
• 다. ② 주장(‘소득’의 발생 관련 주장)에 관한 판단 앞서 본 바와 같이 이 사건 협약에서 원고에게 이 사건 건축지원금으로 이 사건 대토 지상에 노유자시설 등을 신축할 의무를 부여하고 있다고 보기는 어렵고, 이 사건 건축지원금은 원고가 이 사건 건축물에 대한 사실상의 소유권을 이 사건 조합에 이전하는데 대한 대가로 볼 수 있으므로, 원고가 이 사건 건축물에 관하여 취득가액 등 필요경비를 초과하는 이 사건 건축지원금을 지급받은 이상 그 소득은 발생하였다고 보아야 한다(실제 원고는 이 사건 건축지원금을 노유자시설 신축과 관계없이 20XX. X. XX.경까지 승계차입금 변제 명목 등으로 대부분 소비하였다). 설령 원고가 추후 노유자시설을 신축하면서 이 사건 건축지원금을 초과하는 비용을 지출하였더라도 이는 이미 발생한 위와 같은 소득에 아무런 영향을 미치지 않는다. 따라서 원고가 이 사건 협약으로 취득한 것은 이 사건 건축지원금이 아니라 이 사건 노유자시설이라거나 또는 원고가 노유자시설을 신축하면서 이 사건 건축지원금을 초과하는 비용을 지출하였으므로 이 사건 협약으로 인하여 발생한 소득이 없다는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
• 라. ③ 주장(자산의 ‘양도시기’ 관련 주장)에 관한 판단 구 소득세법 제98조 제1문은 ‘자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다’라고 규정하고 있다. 이 사건 건축지원금은 이 사건 건축물의 양도에 대한 대가이고 이를 최종 지급받아 청산한 날이 20XX. X. XX.임은 분명하므로, 이를 전제로 양도소득세를 산정한 이 사건 처분에 위법이 있다고 보기는 어렵다. 이에 대하여 원고는 이 사건 건축지원금으로 노유자시설을 신축하여야 하므로 이는 일종의 부채(선수금)에 해당하여 노유자시설을 완공한 2020년경 양도소득이 발생한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 원고가 이 사건 협약에 따라 이 사건 건축지원금을 지급받음과 동시에 노유자시설을 신축할 의무를 부담한다고 볼 수 없음은 앞서 본 바와 같고, ‘선수금’은 거래처에 상품이나 용역을 제공하기 전에 현금을 미리 수취하는 거래가 발생할 때 인식하는 비금융부채 계정인데, 노유자시설 신축의무가 없는 이상 원고에게 위와 같은 부채가 발생하였다고 볼 수도 없다. 또한 원고는 이 사건 건축지원금을 도시정비법 제89조 제1항 에서 규정하는 ‘청산금’으로 보는 경우라도 이와 관련된 자산의 양도시기는 이 사건 재개발사업의 이전고시일 다음날인 2022. 7. 1.로 보아야 한다고도 주장한다. 그러나 도시정비법 제89조 제1항 에서 규정하는 ‘청산금’은 ‘대지 또는 건축물을 분양받은 자가 종전에 소유하고 있던 토지 또는 건축물의 가격과 분양받은 대지 또는 건축물의 가격 사이에 차이가 있는 경우 사업시행자가 이전고시가 있은 후에 분양받은 자에게 지급하는 차액 상당’을 의미하는 것으로, 이 사건 건축지원금이 이에 해당한다고 보기는 어렵다5). 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
• 마. ④ 주장(비과세관행 및 조세평등주의 위반 관련 주장)에 관한 판단 1) 국세기본법 제18조 제3항 이 규정하고 있는 ‘일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행’이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 그와 같은 비과세관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하므로, 위와 같은 공적 견해의 표시는 비과세의 사실상태가 장기간에 걸쳐 계속되는 경우에 그것이 그 사항에 대하여 과세의 대상으로 삼지 아니하는 뜻의 과세관청의 묵시적인 의향의 표시로 볼 수 있는 경우 등에야 이를 인정할 수 있다(대법원 2009. 12. 24. 선고 2008두15350 판결 참조). 그런데 원고가 제출한 증거들만으로는 재개발사업 과정에서 사업구역 내의 토지등소유자가 재개발조합과 대토 협약 등을 체결하면서 건축물의 사실상 이전에 대한 대가로 건축지원금 명목의 돈을 지급받는 경우 위 금액에 대하여 과세관청이 양도소득세를 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사를 명시적 또는 묵시적으로 표시하였다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

2. 또한 조세평등주의는 헌법상 평등의 원칙의 조세법적 표현으로서 조세의 부과와 징수는 납세자의 담세능력에 상응하여 공정하고 평등하게 이루어져야 하고 합리적인 이유 없이 특정의 납세의무자를 불리하게 차별하거나 우대하는 것은 허용되지 아니한다는 원칙일 뿐, 과세관청이 어떠한 사안에 대하여 과세하지 않거나 과세를 취소한 사례가 있다고 하여 그와 유사한 다른 사안에 대하여 사실관계를 달리 판단하고 과세하는 것이 곧바로 조세평등주의에 위배된다는 것을 의미하지는 않는다(헌법재판소 1999. 11. 25. 선고 98헌마55 결정 등 참조). 설령 원고 주장과 같이 이 사건 재개발정비구역 안에서 정님유치원을 운영하다가 대토 협약에 따라 건축지원금을 지급받은 박현경에 대하여 양도소득세를 과세하지 않는 등 과세관청이 이 사건과 같은 사안에서 적극적으로 과세권을 행사하지 않은 사례가 있다고 하더라도 그러한 사정만으로 이 사건 처분이 조세평등주의에 위배된다고 할 수는 없다(한편 피고는 ccc에 대하여도 양도소득세 부과처분이 이루어졌다고 주 장하고 있다).

3. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

• 바. ⑤ 주장(가산세 관련 주장)에 관한 판단

1. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다. 그러나 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법률의 부지나 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다(대법원 2021. 1. 28. 선고 2020두44725 판결 참조).

2. 앞서 인정한 사실 및 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는아래와 같은 사정, 즉 구 소득세법령 문언을 살펴보면 이 사건 건축물의 사실상 소유권을 이전하고 이 사건 건축지원금을 지급받는 것이 양도소득세 과세대상인 ‘양도’에 해당함을 충분히 알 수 있었고, 관리처분계획상 이 사건 건축물은 환지대상이 아니었음이 명백했던 점 등에 비추어 보면, 원고가 ‘이 사건 협약에 따라 이 사건 건축지원금 을 지급받는 것은 양도소득세 과세대상에 해당하지 않는다’라고 오인한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

따라서 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.