법인의 손비 중 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액 및 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 비용은 손금에 산입하지 아니함

사 건 2023구합82343 법인세등 부과처분취소 원 고 주식회사 aa 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2024. 10. 18. 판 결 선 고

2024. 11. 29.

1. 피고가 2020. ✕. ✕. 원고에 대하여 한 2014년 귀속 법인세 ✕✕✕ 원(가산세 포함), 2015년 귀속 법인세 ✕✕✕ 원(가산세 포함), 2016년 귀속 법인세 ✕✕✕ 원(가산세 포함), 2017년 귀속 법인세 ✕✕✕ 원(가산세 포함), 2015년 1기분 부가가치세 ✕✕✕ 원(가산세 포함), 2015년 2기분 부가가치세 ✕✕✕ 원(가산세 포함), 2016년 1기분 부가가치세 ✕✕✕ 원(가산세 포함), 2016년 2기분 부가가치세 ✕✕✕ 원(가산세 포함), 2017년 2기분 부가가치세 ✕✕✕ 원(가산세 포함)의 각 부과처분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 70%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청 구 취 지

(1) 주문 제1항 기재와 같다. (2) 피고가 2020. ✕. ✕. 원고에 대하여 한 2015년 귀속연도 소득자 AAA으로 한 소득금액 ✕✕✕ 원, 2016년 귀속연도 소득자 BBB로 한 소득금액 ✕✕✕ 원, 2016년 귀속연도 소득자 AAA으로 한 소득금액 ✕✕✕ 원, 2017년 귀속연도 소득자 BBB로 한 소득금액 ✕✕✕ 원, 2017년 귀속연도 소득자 AAA으로 한 소득금액 ✕✕✕ 원의 각 소득금액변동통지처분을 모두 취소한다. 이 유

피고는 아래 표 기재와 같은 전제에서 원고에게, 2020. ✕. ✕. 청구취지 제1항 기재와 같은 법인세 및 부가가치세를 경정‧고지하였고, 2020. ✕. ✕. 청구취지 제2항 기재와 같은 소득금액변동통지를 하였다(이하 위 각 처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다). (표 생략) 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑1, 2, 3호증, 을3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 1 기재와 같다.

• 가. 이 사건 제1 쟁점에 관한 판단

1. 원고의 주장 요지 BBB는 원고가 bbbbb에 대하여 가지는 채권(원고가 bbbbb을 대신하여 인건비, 공사비 등으로 지급하였던 ✕✕✕ 원에 대한 대지급금 채권)을 취득하는 대가로 원고에게 이 사건 제1 쟁점금액을 지급한 것이므로, 이는 원고의 자산수증이익에 해당한다고 볼 수 없다.

2. 인정사실 다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 앞서 든 증거들과 갑4, 5, 18호증, 을16호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 이를 인정할 수 있다.

• 가) BBB는 2007. 1.경 원고가 중국으로 사업영역을 확장하기 위한 방편으로 원고로 하여금 ✕✕.✕✕ %, BBB가 ✕.✕✕ %, 딸인 CCC이 ✕✕.✕✕ %, AAA이 ✕.✕✕ %를 출자하도록 하여 중국에 bbbbb을 설립하였다.
• 나) BBB는 2013. ✕. ✕. 다음과 같은 범죄사실 등에 관하여 유죄판결(이하 ‘이 사건 형사판결’이라 한다)을 선고받았고(✕✕✕ 지방법원 2013. ✕. ✕. 선고 2012고합 ✕✕✕✕ 판결), 위 판결은 그대로 확정되었다. (글상자 생략)
• 다) BBB는 이 사건 형사판결의 선고에 앞서 2013. ✕. ✕. 및 2013. ✕. ✕. 이 사건 형사판결에 관한 공소장에 원고의 피해 금액으로 기재된 금액 합계 ✕✕✕ 원(= 배임금액 ✕✕✕ 원 + 횡령금액 ✕✕✕ 원, 이하 ‘이 사건 피해회복금’이라 한다)을 원고에게 지급하였고, 원고는 이를 예수금으로 회계처리하였다. 이 사건 형사판결의 판결문에는 “피고인이 이 사건 재판 진행 중에 횡령 및 배임의 피해 전부를 회복하여 피해자 측에서도 피고인에 대한 선처를 탄원하고 있는 점”이 BBB에 대한 유리한 양형사유로 기재되어 있다.
• 라) 원고, BBB, bbbbb은 2015. ✕. ✕. 아래와 같은 내용을 포함한 합의서(이하 ‘이 사건 합의서’라 한다)를 작성하였다 (글상자 생략)
• 마) 원고는 2015. ✕. ✕. 이 사건 형사판결에서 원고에 대한 배임금액으로 인정된 ✕✕✕ 원 중 ✕✕✕ 원은 bbbbb에 대한 원고의 대여금 채권과 상계처리하고, 나머지 ✕✕✕ 원은 손해배상이익으로 처리하였다가 이월익금으로 세무조정하였다

3. 구체적인 판단 앞서 인정한 사실과 앞서 든 증거들과 을3, 4, 5, 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 또는 사정 등을 종합하여 보면,이 사건 제1 쟁점금액은 원고의 2015 사업연도 익금으로 보는 것이 타당하다. 이와 다른 전제에 있는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

• 가) 원고가 금융감독원 전자공시시스템에 공시한 2015년 사업연도 감사보고서에 는 BBB가 이 사건 형사판결 전 원고에게 입금한 이 사건 피해회복금 ✕✕✕ 원 및 이에 대한 이자 ✕✕✕ 원의 합계액 ✕✕✕ 원이 손해배상이익으로 기재되어 있다.
• 나) BBB는 2014. ✕. ✕. 이 사건 피해회복금과 관련하여 원고를 상대로 ✕✕✕ 지방법원 2014가합 ✕✕✕✕ 호로 ✕✕✕ 원의 부당이득금 반환청구의 소를 제기하였다. 이에 대하여 원고는 위 사건에서 이 사건 피해회복금이 ‘형사재판 과정에서 BBB로부터 지급받은 합의금’이라고 주장하면서도 ‘원고가 부당이득을 얻었다는 BBB의 주장에 관하여는 법원의 판단에 따르겠다’는 내용이 기재된 답변서를 제출하였다. 1) 이는 원고와 BBB 사이에 이 사건 합의서에 기재된 것과 같은 합의가 존재하지 않음을 전제로 한 것이다.
• 다) BBB가 이 사건 형사판결에 앞서 원고에게 이 사건 피해회복금을 지급한 것은 배임에 따른 경제적 이익 등을 포기하는 대신 양형상의 이익이라는 무형의 이익을얻기 위한 행위라고 보는 것이 타당하다. 이와 달리 BBB가 원고에게 이 사건 피해회복금을 지급한 때로부터 약 2년 뒤에 작성된 이 사건 합의서에 기재된 바와 같이 BBB가 원고의 bbbbb에 대한 대지급금 채권을 취득하는 대가로 원고에게 이 사건 제1 쟁점금액을 지급한 것으로 볼 수는 없다. 이는 이 사건 합의서 작성 당시 bbbbb이 이 사건 합의서에 기재된 것과 같이 BBB에게 2016. ✕. ✕. 까지 ✕✕✕ 원 및 이에 대한 2013. ✕. ✕. 이후의 민법상 5%의 비율에 의한 지연손해금을 직접 지급할 자력이 있는 상태가 아니었다는 점에서도 그러하다.
• 나. 이 사건 제2 쟁점에 관한 판단

1. 원고의 주장 요지 원고는 피소당한 소송사건에 관하여 소송대리 용역을 제공받고 법무법인 등에 이 사건 제2 쟁점금액을 지급하였을 뿐, 주주간 경영권 다툼과 관련하여 위 돈을 지급한 것이 아니므로, 이는 매입세액 공제대상에 해당한다.

2. 관련 법리 구 부가가치세법(2018. 12. 31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법’이라 한다) 제38조 제1항은 공제하는 매입세액으로 ‘사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액’을 규정하고 있는바, 위와 같은 공제대상이 되는 매입세액은 자신의 과세사업에 관련된 매입세액이어야 하며 면세사업이나 비과세사업과 관련된 매입세액은 제외된다. 구 부가가치세법 제39조 제1항 제4호 는 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’을 들고 있는데 여기서 말하는 사업 관련성 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2013. 5. 9. 선고 2010두15902 판결 참조). 조세부과처분의 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세관청이 구체적인 소송과정에서 과세요건사실을 직접 증명하거나 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실을 밝히지 못하면 해당 과세처분은 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이 된다(대법원 2013. 3. 28. 선고 2010두20805 판결 등 참조). 법인 자체가 소송당사자가 된 경우에는 원칙적으로 그 소송의 수행이 법인의 업무수행이라고 볼 수 있으므로 그 변호사 선임료를 법인의 비용으로 지출할 수 있을 것이나, 그 소송에서 법인이 형식적으로 소송당사자가 되어 있을 뿐 실질적인 당사자가 따로 있고 법인으로서는 그 소송의 결과에 있어서 별다른 이해관계가 없다고 볼 특별한 사정이 있는 경우에는, 그 소송의 수행이 법인의 업무수행이라고 볼 수 없어 법인의 비용으로 이를 위한 변호사 선임료를 지출할 수 없다고 할 것이다(대법원 2008. 6.

26. 선고 2007도9679 판결 등 참조).

3. 구체적인 판단

• 가) 을1호증의 기재에 의하면, 원고의 대표이사 CCC이 2020. 2.경 이 사건 제2 쟁점금액은 ‘피고가 원고이고, 원고가 이○○인 소송에 따른 비용으로 이는 원고의 주주간 경영권 다툼에 따른 소송과 관련된 비용임을 확인한다’는 취지의 내용이 기재된 확인서에 원고의 대표이사 직인을 찍은 사실이 인정되기는 한다.
• 나) 그러나 앞서 든 증거들과 갑23호증, 을11, 12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 또는 사정을 종합하여 보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 제2 쟁점금액 전액이 원고의 사업과 관련성이 없다거나 매입세액 불공제대상에 해당한다고 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 처분 중 이 사건 제2 쟁점금액과 관련한 부분(2015년, 2016년, 2017년 법인세, 2015년 1기 및 2기, 2016년 1기, 2017년 2기 부가가치세 부분)은 위법하다.

(1) 피고는 별지 2 기재 소송 내역이 이 사건 제2 쟁점금액과 관련한 소송이라고 주장한다. 그러나 이 사건 제2 쟁점금액이 2011. 6. 9.경부터 2018. 9.경까지 진행되었던 위 소송 내역 전부와 관련하여 2015.부터 2017.까지 사이에 지출된 비용임을 인정할 만한 객관적인 자료가 없다.

(2) 이에 대하여 원고는 이 사건 제2 쟁점금액은 별지 3 기재 소송 내역과 같이 이○○이 원고를 상대로 제기한 신청이나 소에 관하여 원고가 응소하기 위하여 지출한 비용이라고 주장한다. 원고가 위 각 소송에 관한 당사자의 지위에 있었던 이상 이 사건 제2 쟁점금액이 원고의 사업과 관련성이 없어 매입세액 불공제대상에 해당한다고 보기 위해서는 원고가 형식적으로 소송당사자가 되어 있을 뿐 실질적인 당사자가 따로 있고 원고로서는 그 소송의 결과에 있어서 별다른 이해관계가 없다고 볼 특별한 사정이 있었음이 증명되어야 한다. 그런데 그와 같이 볼 만한 객관적인 자료가 없다.

(3) 피고는 ✕✕✕지 방법원 2016가합 ✕✕✕ 사건, ✕✕✕ 고등법원 2017나 ✕✕✕ 사건, ✕✕✕ 지방법원 2015카합 ✕✕✕ 사건이 이○○과 CCC 및 나머지 가족간의 경영권‧재산권 다툼으로 발생한 소송이라고 주장한다. 그러나 ✕✕✕ 지방법원 2016가합 ✕✕✕ 사건에서 이○○의 원고에 대한 주권 교부 및 위 주권에 대한 명의개서절차의 이행을 구하는 청구는 기각되었고, 위 사건의 항소심인 ✕✕✕ 고등법원 2017나 ✕✕✕ 사건에서 이○○의 항소가 기각되었으며, ✕✕✕ 지방법원 2015카합 ✕✕✕ 사건에서 채무자인 원고의 가처분 이의신청이 각하되기는 하였으나, 그 항고심인 ✕✕✕ 고등법원 2015라 ✕✕✕ 사건에서 위 사건의 제1심결정을 취소하여 원고의 항고를 받아들인 것을 보면, 위 각 사건과 관련하여 원고가 형식적으로 소송당사자가 되어있을 뿐 실질적인 당사자가 따로 있고 원고로서는 그 소송의 결과에 있어서 별다른 이해관계가 없었다고 단정할 수 없다.

• 다. 이 사건 제3 쟁점에 관한 판단

1. 원고의 주장 요지 원고는 원고의 bbbbb에 대한 채권 회수를 위하여 법무법인으로부터 bbbbb의 주식 매각 용역을 제공받고 이 사건 제3 쟁점금액을 지급하였으므로, 이는 매입세액 공제대상에 해당한다.

2. 구체적인 판단

• 가) 을1호증의 기재에 의하면, 원고의 대표이사 CCC이 2020. 2.경 이 사건 제3 쟁점금액이 ‘부가가치세 매입세액 불공제 대상임을 확인한다‘는 취지의 내용이 기재된 확인서에 원고의 대표이사 직인을 찍은 사실이 인정되기는 한다.
• 나) 그러나 앞서 든 증거들과 갑6, 7, 8, 24, 25, 26호증의 각 기재 또는 영상에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 제3 쟁점금액 전액이 원고의 사업과 관련성이 없어 매입세액 불공제대상에 해당한다고 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 처분 중 이 사건 제3 쟁점금액과 관련한 부분(2015년 2기, 2016년 1기 및 2기 부가가치세 부분)은 위법하다.

1. bbbbb은 2007. 1.경 원고의 사업영역을 중국으로 확장하기 위한 방편으로 설립되었고, 원고는 bbbbb 발행주식의 73.43%를 보유하고 있었다. 그런데 bbbbb이 생산‧영업활동을 개시한 2009년경부터 bbbbb의 당기순손실은 계속 증가하였고, 원고가 bbbbb에 대여한 금액도 계속 늘어갔다. 결국 bbbbb은 2013.경 영업을 중단하여 2014.부터 매출액이 발생하지 않았다.

2. 이에 원고는 bbbbb을 통한 중국 사업을 철수하기로 하였고, 2015. 9. 17. 법무법인(유한) cc(이하 ’cc‘이라 한다)과 자문의 범위를 ’원고의 bbbbb 매각과 관련한 일체의 자문‘으로 하는 자문계약을 체결하였다. 이후 cc은 bbbbb의 매각을 위한 각종 자료 검토 및 매수의향사와의 협상, 관련 계약서 검토 등의 업무를 수행하고, 이 사건 제3 쟁점금액을 용역수수료로 지급받았다. 피고는 cc이 이에 관하여 실제 용역을 제공하였는지 불명확하다는 취지로 주장하나, 매각요약정리자료(갑25호증), cc 소속 변호사들이 작성한 타임시트, 관련 이메일 수발신 내역(갑26호증) 등을 통해 cc의 위와 같은 업무 수행 내역이 확인된다.

3. bbbbb의 주주이던 원고, BBB, CCC, AAA은 2018. 10. 19. 아래와 같은 내용을 포함한 합의를 하였다. (글상자 생략)

4. 이처럼 원고는 bbbbb을 통한 중국 사업을 철수하는 과정에서 bbbbb에 대한 대여금 채권 등을 최대한 회수하고, 보유하고 있던 bbbbb 발행주식을 환가할 사업상의 필요가 있었고, 이를 위해 cc과 용역계약을 체결하고 이에 관한 용역 등을 제공받은 후 이 사건 제3 쟁점금액을 지급한 것으로 보이므로, 이 사건 3 쟁점금액 전액이 원고의 사업과 관련성이 없다고 단정할 수 없다.

• 라. 이 사건 제4 쟁점에 관한 판단

1. 원고의 주장 요지 AAA은 2014 내지 2017 사업연도에 원고 경영 전반에 대하여 주요한 의사결정 및 전략 수립에 참여하였고, 피고가 비교한 다른 비등기 임원과 동일한 직위에 있지 않았다.

2. 관련 규정 및 법리

• 가) 구 법인세법 제26조 (2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것)는 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다고 규정하면서, 같은 항 제1호에서 ‘인건비’를 규정하고 있고, 그 위임에 따라 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제43조 제3항은, 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다)인 임원 또는 사용인에게 정당한 사유 없이 ‘동일직위에 있는’ 지배주주등 외의 임원 또는 사용인에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우, 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다고 하여, 내국법인이 지출한 인건비 중 손금에 산입하지 않는 항목을 구체화하고 있다. 위 법령 조항들은 법인이 정관이나 내부규정에 따른 정당한 내부절차를 거쳤는지 따지지 않고, 지배주주등 임원에 대하여 동일직위에 있는 임원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급함으로써 법인의 조세부담을 부당하게 경감시키거나 회피하는 행위를 규제하려는 것이다.
• 나) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비나 손금에 관하여도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담한다. 그렇지만 필요경비나 손금에 관한 사항은 일반적으로 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 납세의무자의 지배영역안에 있어 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수 있다고 할 것이다(대법원 2013. 10. 31. 선고 2010두4599 판결 등 참조).

3. 구체적인 판단 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정등에 비추어 보면, 2014.부터 2017.까지 AAA에 대하여 동일직위에 있는 임원(비출자임원 중 각 사업연도별 급여를 가장 많이 받은 임원인 DDD, EEE, FFF)에게 지급한 금액을 초과하여 보수를 지급하였음이 추정되고, 원고가 제출한 증거들만으로는 AAA이 위 DDD, EEE, FFF과 ‘동일직위’에 있지 않았다는 점이나 초과 보수의 지급에 ‘정당한 사유’가 있다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

• 가) 원고가 AAA이 DDD, EEE, FFF(이하 ‘DDD 등’이라 한다)과 동일직위에 있지 않았다고 주장하는 주된 근거는 AAA은 원고의 등기이사인 사내이사의 지위에 있었던 반면, DDD 등은 등기이사의 지위에 있던 임원이 아니라는 것이다. 그러나 앞서 본 관련 규정의 취지에 비추어 보면, 동일직위에 있는지 아닌지는 법인등기부상 직위에 관계없이 회사의 내부 조직체계상 실제 종사하는 사실상의 직무를 기준으로, 초과금액을 보수로 지급한 정당한 사유가 있는지는 지배주주등인 임원의 경영실적, 담당업무의 성질․중요도․소요 시간, 책임의 경중, 법인의 재무현황, 건전한 사회통념이나 상관행 등에 비추어 경제적 합리성을 기준으로 판단하여야 한다.
• 나) AAA이 원고의 사내이사 직위에서 어떤 업무를 수행하였는지는 원고의 지배영역 내에 있는 내부 결재 문서, 업무 관련 이메일 수발신 내역 등을 통해 확인할 수 있다. 그런데 원고는 2014.부터 2017.까지 AAA이 원고의 어떤 지위에서 어떤 업무를 수행하였는지를 객관적으로 확인할 수 있는 자료를 제출하지 못하였다. 이에 원고가 AAA이 수행하였다고 주장하는 업무의 성질․중요도․소요 시간, 책임의 경중 등을 확인할 수 없다.
• 다) 이에 대하여 원고는 AAA이 근무하였다고 주장하는 사무실 등의 사진(갑8, 9호증)을 근거로 원고가 임원 사무실에서 업무를 처리하였다고 주장하나, 위 사진의 영상만으로는 AAA이 구체적으로 어떠한 업무를 수행하였는지를 알 수 없다. 또한 원고는 2011. 10. 3.자로 작성된 원고의 이사회 회의록(갑27호증)에 ‘감사 AAA’의 날인이 있음을 AAA이 원고의 업무를 수행하였다는 근거로 들고 있으나, AAA이 2011. 10. 3.경 감사의 지위에서 위 이사회 회의록에 날인하였다는 사정만으로는 2014.부터 2017.까지 AAA이 구체적으로 어떤 업무를 하였는지 알 수 없다.
• 라) 원고는 또한 2017. 7. 13.경 작성된 것으로 보이는 “17년 上 영업실적 및 下 추진전략“이라는 제목의 보고서(갑32호증) 중 ‘임원’란에 AAA의 서명이 있음을 AAA이 원고의 업무를 수행하였다는 근거로 들고 있으나 위 서명을 AAA이 하였는지 확인할 수 없고, 설령 AAA이 서명한 보고서라고 하더라도 그와 같은 사실만으로는 AAA이 구체적으로 어떤 업무를 수행하였는지 알 수 없는 것은 마찬가지이다. 나아가 2023. 12. 11. 및 2024. 4. 25. 촬영된 사진(갑34, 35호증)을 통해서도 2014.부터 2017.경까지 AAA이 원고 회사에서 어떤 업무를 하였는지 알 수 없다.
• 마. 이 사건 제5 쟁점에 관한 판단

1. 원고의 주장 요지 원고는 중국에서의 사업 철수 업무를 위해 GGG, HHH, JJJ(이하 ‘GGG 등’이라 한다)을 중국에 파견하였고, GGG 등은 원고의 지시를 받으며 원고의 업무를 수행하였다.

2. 구체적인 판단

• 가) 을1호증의 기재에 의하면, 원고의 대표이사 CCC이 2020. 2.경 아래와 같은 내용이 기재된 확인서에 원고의 대표이사 직인을 찍은 사실이 인정되기는 한다. (표 생략)
• 나) 그러나 앞서 든 증거들과 갑10 내지 13호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 또는 사정 등을 종합하여 보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 제5 쟁점금액 전액이 원고의 사업과 관련성이 없다고 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 처분 중 이 사건 제5쟁점금액과 관련한 부분(2014년, 2015년, 2016년 법인세 부분)은 위법하다.

(1) bbbbb은 2013.경부터 사실상 영업을 중단한 상태였고, 2014.경부터는 bbbbb의 매각 내지 청산에 관한 업무만이 필요한 상태였다. 이에 GGG 등이 2014.부터 2016.까지 bbbbb의 영업 등을 위한 업무를 처리하였다고 보기는 어렵다.

(2) 이 사건 제3 쟁점에 관한 판단 부분에서 앞서 본 바와 같이 원고는 bbbbb을 통한 중국 사업을 철수하는 과정에서 bbbbb에 대한 대여금 채권 등을 최대한 회수하고, 보유하고 있던 bbbbb 발행주식을 환가할 사업상의 필요가 있었다. 이에 GGG 등은 2014.경부터는 매수의향사와의 협상 등과 관련한 업무를 수행한 것으로 보이고, 이는 원고의 업무로 볼 수 있다.

(3) bbbbb은 2014.경 이후 중국에서의 사용 건물과 시설물의 관리 등의 업무를 위해 중국 현지에서 별도의 인력을 고용하고, 이에 대한 인건비를 지출한 것으로 보인다.

• 바. 이 사건 제6 쟁점에 관한 판단

1. 원고의 주장 요지 원고의 이사인 BBB, AAA이 업무용으로 사용한 차량에 관한 운행기록부가 존재함에도 이와 관련한 비용을 손금불산입한 것은 위법하다.

2. 관련 법리 법인세과세처분 취소소송에 있어서의 과세근거로 되는 과세표준의 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 그가 입증하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 납세의무자가 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합된다(대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결 등 참조).

3. 구체적인 판단 앞서 든 증거들과 을15호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 또는 사정 등을 종합하여 보면, ××48누×××× 벤츠 S500L 차량(이하 ‘이 사건 제1 승용차’라 한다)과 ××누×××× 벤츠 E400 차량(이하 ‘이 사건 제2 승용차’라 한다)의 운행과 관련한 비용인 이 사건 제6 쟁점금액은 손금에 산입할 수 없다고 보는 것이 타당하다. 이와 다른 전제에 있는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

• 가) 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제27조의2 제2항, 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것) 제50조의2 제4항 제1호에서는 해당 법인의 임원 또는 직원이 운전하는 경우만 보상하는 자동차보험에 가입한 경우에는 업무용승용차 관련비용에 업무사용비율을 곱한 금액만을 손금산입하도록 규정하고 있다. 이 사건 제1, 2승용차는 원고의 임직원이 운전하는 경우만 보상하는 운전자 한정특약 자동차보험에 가입되어 있으므로, 업무사용비율에 따라 손금산입 금액이 정해진다.
• 나) 원고는 이 사건 제1, 2 승용차에 관한 운행일지(을15호증, 이하 ‘이 사건 운행일지’라 한다)를 근거로 위 각 승용차가 업무용으로 사용되었다고 주장한다. 그러나 이 사건 운행일지에 의하면 이 사건 제1 승용차는 AAA만이, 이 사건 제2 승용차는 BBB만이 사용한 것으로 기재되어 있는데, 위 운행일지에는 구체적인 행선지가 기재되어 있지 않고 ‘비고’란에 단순히 ‘외부미팅’, ‘거래처’, ‘진천공장‘, ’해외출장‘ 등으로 기재되어 있을 뿐이다. 나아가 원고의 대표이사 CCC이 이 사건 제1, 2 승용차에 관하여 차량의 운행기록을 작성하지 않았다는 내용의 확인서를 작성한 점까지 더하여 보면, 이 사건 운행일지에 기재된 내용만으로는 이 사건 제1, 2 승용차의 구체적인 사용내역을 확인할 수 없다.
• 다) AAA과 BBB가 이 사건 제1, 2 승용차를 통해 수행하였다는 원고의 업무에 관한 구체적인 일정을 확인할 수 있는 자료를 이 사건 운행일지 기재 내용과 비교하여 보면, AAA과 BBB가 이 사건 제1, 2 승용차를 원고의 업무 목적으로 사용하였는지 여부와 대략적인 업무용 사용비율을 확인할 수 있을 것으로 보인다. 그런데 원고는 자신의 지배영역 안에 있는 AAA과 BBB가 수행하였다는 업무 내역이나 일정 등을 확인할 수 있는 자료를 아무것도 제출하지 않는 등 이에 관해 입증활동을 하지 않았다.
• 라) 이처럼 AAA과 BBB가 이 사건 제1, 2 승용차를 사용하여 원고의 업무를 수행하였다고 볼 만한 객관적인 자료가 없는데, 이 사건 운행일지에 의하면 이 사건 제1 승용차의 2016년 주행거리는 22,659km이고, 2017년 주행거리는 16,443km이며, 이 사건 제2 승용차의 2016년 주행거리는 36,260km이고, 2017년 주행거리는 27,696km로 상당한 주행거리를 기록하였다. 앞서 본 바와 같은 사정과 AAA(1930년생), BBB(1934년생)의 나이 등을 고려할 때, 이 사건 운행일지의 기재 내용을 그대로 신빙하기는 어렵다.
• 사. 취소의 범위

1. 과세처분 취소소송에서 법원은 제출된 자료에 따라 적법하게 부과할 정당한 세액을 산출할 수 있는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 한다. 그렇지 않은 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없다. 이 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결, 대법원 2016. 7. 14. 선고 2015두4167 판결 등 참조).

2. 이 사건 처분 중 이 사건 제2, 3, 5 쟁점에 관한 부분은 위법하므로 취소되어야 한다. 그런데 당사자들이 제출한 증거와 변론 전체의 취지만으로는 위 각 위법 부분에관한 정당한 과세표준 및 세액을 산출할 수 없으므로, 이 사건 처분 중 이 사건 제2, 3, 5 쟁점에 관한 부분을 전부 취소한다.

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 2) 1) 이후 BBB가 원고를 상대로 위와 같은 소를 제기한 것에 관하여 언론 등을 통한 비난이 일자, BBB는 2015. ×. ×. 위 사건의 소를 취하하였다 2) 원고가 이 사건 처분의 위법성을 주장하며 내세운 이 사건 제1 내지 6 쟁점 중 이 사건 제2, 3, 5 쟁점에 관한 원고의 주장만을 받아들이므로, 이 사건 처분 중 원고의 주장이 받아들여진 부분과 그렇지 않은 부분의 과세표준 및 세액 등을 고려하여소송비용의 부담에 관하여 정한다.