원고의 사업은 사업시행구역 안에 건축물을 건설하여 공급하는 것을 내용으로 하고, 수익사업은 그 중 일부를 일반인에게 분양하는 것임을 고려하면, 기본이주비의 대출이자는 공통손금에 해당함
원고의 사업은 사업시행구역 안에 건축물을 건설하여 공급하는 것을 내용으로 하고, 수익사업은 그 중 일부를 일반인에게 분양하는 것임을 고려하면, 기본이주비의 대출이자는 공통손금에 해당함
사 건 2023구합51205 법인세경정청구거부처분취소 원 고 AAAA 피 고
○○세무서장 변 론 종 결 2023.07.14. 판 결 선 고 2023.09.15.
1. 피고가 2021. 12. 15. 원고에 대하여 한 법인세 경정청구 거부처분 중 별지1 표의 ‘법인세 정당세액’란 기재 금액을 초과하는 부분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용 중 3/10은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2021. 12. 15. 원고에 대하여 한 법인세 경정청구 거부처분을 취소한다.
2. 이 사건 거부처분의 적법 여부
1) 관련 규정 및 법리 구 법인세법 제4조 제1항 단서 및 제3항은 비영리내국법인의 과세소득을 수익사업에서 생기는 소득으로 한정하고 있다. 구 조세특례제한법 제104조의7 제2항 은 도시정비법 제35조 에 따라 설립된 조합을 비영리내국법인으로 보도록 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행령 제104조의4 는 ‘법 제104조의7 제2항을 적용할 때 정비사업조합이 도시정비법에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 구 법인세법 제4조 제3항 에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다’고 규정하고 있다. 비영리 내국법인에 대하여는 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없는 것이고, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니나 그 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 할 것이다(대법원 2005. 9. 9. 선고 2003두12455 판결 등 참조). 구 법인세법 제113조 는 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산․부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제76조 제6항 본문은 비영리법인이 구 법인세법 제113조 제1항 에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우에 공통되는 익금과 손금은 일정한 기준에 의하여 구분계산하도록 규정하고 있다. 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에 특정한 수익 또는 비용이 수익사업 또는 비수익사업 중 어디에서 발생하였는지가 분명한 경우에는 개별익금 또는 개별손금으로서 그 발생원천이 되는 수익사업 또는 비수익사업의 회계에 구분하여 경리하여야 하고, 특정한 수익 또는 비용이 수익사업 또는 비수익사업 중 어디에서 발생하였는지가 불분명한 경우에는 공통익금 또는 공통손금으로서 구분경리의 필요없이 구분계산의 방법에 따라 수익사업과 비수익사업에 안분계산하여야 하며, 비영리법인이 수익사업을 영위함에 있어서 위와 같은 회계원칙을 지키지 않은 경우에도 그 수익 또는 비용은 실질과세의 원칙상 위와 같은 기준에 따라 수익사업과 비수익사업에 귀속되어야 한다. 구 법인세법 제19조 제2항 에서 손비는 ‘그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다’라고 규정하고 있다. 2) 이 사건 이주비 이자가 공통손금인지 가) 인정사실 (1) 원고는 2014. 11. 30. 임시총회를 개최하여 이 사건 기본이주비 이자에 관하여 다음과 같이 의결하였다. (생략) (2) 원고는 2014. 12. 29. CC 주식회사와 재건축사업 관련 공사계약(이하 ‘이 사건 공사계약’이라 한다)을 체결하였다. 이 사건 공사계약에는 이 사건 이주비에 관하여 아래와 같이 규정하고 있다. (생략) (3) 원고는 2015. 2. 10. DD은행과 이주비대출 업무협약서를 체결하였는데, 그에 첨부된 이주비대출 업무협약 일반조건은 아래와 같다. (생략) [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 4호증, 을 제4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 나) 구체적 판단 (1) 구 조세특례제한법 제104조의7 제2항 은 원고를 비영리내국법인으로 보도록 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행령 제104조의4 는 ‘ 조세특례제한법 제104조의7 제2항 을 적용할 때 정비사업조합이 도시정비법에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 구 법인세법 제3조 제3항 에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다’고 규정하고 있다. 위 규정들에 따르면 정비사업조합이 조합원이 아닌 일반인에 대하여 한 분양사업만이 수익사업에 해당한다. (2) 원고는 ‘도시정비법과 정관이 정하는 바에 따라 인가받은 사업시행구역 안의 건축물을 철거하고 그 토지 위에 새로운 건축물을 건설하여 도시 및 주거환경을 개선하고 조합원의 주거안정 및 주거생활의 질적 향상에 이바지함’을 목적으로 설립되었고, 목적사업인 조합원에 대한 분양과 수익사업인 조합원이 아닌 일반인에 대한 분양사업을 함께 영위하였다. 이에 원고는 사업시행구역 내에 거주하고 있는 조합원 또는 세입자들을 타지역으로 이주하는 것을 지원하기 위하여 금융기관과 연계하여 조합원들에게 이 사건 이주비를 무이자로 대여하면서 그 이자를 부담한 것인바, 그 행위 자체로 영리를 목적으로 하는 행위라고 보기 어렵다고 할 것이나, 원고의 사업이 그 자체로 사업시행구역 안에 건축물을 건설하여 공급하는 것을 내용으로 하고, 수익사업은 그렇게 건설된 건축물 중 일부를 일반인에게 분양하는 것임을 고려하면, 사업시행구역 내에 거주하고 있던 조합원들의 이주를 위한 기본이주비의 대출이자가 그 자체로 수익사업과는 무관하게 목적사업에만 대응되는 비용이라고 볼 수는 없다. 따라서 이 사건 이주비 이자는 비수익사업과 수익사업의 공통손금에 해당한다고 봄이 타당하다. 3) 이 사건 분담금이 수익사업의 개별손금에 해당하는지
4. 소결 결국 이 사건 기본이주비 이자 부분은 공통손금에 해당되므로 그중 수익사업에 해당하는 비용 상당액은 수익사업의 손금에 산입되어야 할 것으로 보이나, 이 사건 분담금은 공동손금에 해당한다고 봄이 타당하여 수익사업의 개별손금이라고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 거부처분 중 이 사건 기본이주비 이자 부분의 경정청구를 거부한 부분만이 위법하여 취소되어야 한다.
그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 이 사건에서 문제된 법인세는 2016 내지 2019 사업연도에 관한 것이고 위 기간 내에 조세특례제한법을 비롯하여 이 사건에서 문제되는 법령들이 일부 개정되었으나, 해당 조항들의 개정 전후의 내용이 대동소이하므로 이하 본문에서는 2019 사업연도를 기준으로 하여 각 법률을 설시하고 그 이전의 구법을 따로 거시하지 아니한다. 2) 이에 원고가 당초신고보다 추가로 손금산입되어야 한다고 주장한 금액은 3,133,903,368원(= 개별손금 4,249,354,912원 + 공통손금 1,801,775,472원 – 당초 신고한 수익사업 신고금액 2,917,227,016원)이다.
판결 내용은 붙임과 같습니다.