법인전환에 의한 양도세 이월과세 해당 여부

1. 피고가 2023. 3. 2. 원고에 대하여 한 2020년 귀속 양도소득세 353,508,470원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2006. 5. 9. 서울 구 동 101동 **호(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 취득하여 보유하다가 이를 고정자산으로 하여 2016. 4. 8. 개인사업자 등록을 하고 주거용 건물 임대업을 영위하였다.
• 나. 원고는 2020. 3. 25. 이 사건 부동산을 현물출자하는 방식으로 유한회사 A(이하 ‘A’라고 한다)에 양도하면서, 2020. 4. 27. 이 사건 부동산에 대하여 조세특례제한법 제32조, 같은 법 시행령 제29조에 따라 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세신청을 하였다.
• 다. 감사원은 원고의 기존 사업장의 금융부채 187,166,801원(이하 ‘이 사건 대출금채무’라 한다)이 신설법인인 A에 승계되지 아니하였으므로, 이 사건 대출금채무를 제외할 경우 A의 자본금(642,830,000원)이 순자산가액(829,996,801원)에 미달하여 이월과세 요건을 충족하지 못한다고 지적하였고, 이에 따라 피고는 2023. 3. 2. 원고에게 2020년 귀속 양도소득세 353,508,470원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 8, 13호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지 원고는 이 사건 대출금채무는 이 사건 부동산을 취득하는데 사용된 것으로서 ‘사업에 직접 사용된 부채’에 해당하고, 원고는 현물출자계약을 통하여 이 사건 대출금채무를 포함한 기존 사업장의 사업용 고정자산을 모두 현물출자 하였으므로 이월과세 적용을 부인한 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 법리 구 조세특례제한법(2020. 12. 29. 법률 제17799호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제32조 제1항은 ‘거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 법인으로 전환하는 경우 그 사업용 고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다’고 하면서, 제2항에서 ‘새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령이 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다’고 규정하고 있다. 그 위임을 받은 구 조특법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31444호로 개정되기 전의 것) 제28조 제1항 제2호, 제29조 제5항은 위 ‘대통령령이 정하는 금액’에 관하여 ‘사업용 고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 법인전환일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액’이라고 규정하고 있다. 구 조특법 제32조의 법인전환 시 양도소득세 이월과세 규정은, 개인사업장을 법인으로 전환하여 기업의 조직 형태를 변경하는 것은 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영 형태만 바꾸는 것에 불과하여 재산 이전에 따르는 취득세 등을 부과할 필요가 적은데다가, 개인사업장을 법인 형태로 전환하는 것이 사회경제적으로도 바람직하기 때문에 이를 장려하고자 도입되었다. 위 규정이 적용되기 위한 요건으로서 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영 형태만 바꾼 것으로 평가되기 위해서는 현물출자 대상의 순자산가액이 신설 법인에 그대로 승계되어야 하는바(대법원 2012. 12. 13. 선고 2012두17865 판결 참조), 조특법은 이월과세의 요건으로 ‘새로 설립되는 법인의 자본금이 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액 이상일 것’을 규정함으로써, 개인사업장을 그대로 법인으로 전환하는 것을 장려하되 그 과정에서 개인사업자가 출자금액을 부당하게 축소시키는 것을 방지하고 있다(대법원 1994. 11. 18. 선고 93누20160 판결 참조). 거주자가 부동산임대업을 자기 자본에 의하여 경영할 것인지 차입금에 의하여 경영할 것인지는 거주자 개인의 선택에 달린 문제이므로, 거주자의 부동산임대소득금액을 계산함에 있어, 임대용 부동산의 취득비용으로 사용된 당초의 차입금을 그 후 다른 차입금으로 상환한 경우는 물론이고, 당초 자기 자본으로 임대용 부동산을 취득하였다가 그 후 투하자본의 회수를 위하여 새로 차입한 금원을 자본인출금으로 사용한 경우에도, 초과인출금(필요경비 불산입 항목인 사업용 자산의 합계액이 부채의 합계액에 미달하는 경우에 그 미달하는 금액) 상당의 부채에 해당한다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 차입금채무는 부동산임대업을 영위하는 데 필요한 자산에 대응한 부채로서 사업에 직접 사용된 부채에 해당한다고 보아야 한다(대법원 2010. 1. 14. 선고 2009두11874 판결 등 참조)

2. 구체적 판단 앞서 든 증거들, 갑 제4 내지 7, 9 내지 12, 14 내지 18호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 및 관련 규정의 입법취지 등을 통해 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 대출금채무는 A에 승계되어 자본금이 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액 이상의 이월과세의 요건을 충족한다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하고, 이 점을 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

• 가) 원고는 이 사건 대출금채무를 비롯한 기존 사업장의 사업용 고정자산 전부를 현물출자하여 A를 설립하였고, 기존 사업장의 자산과 부채 중 제외한 것이 없는 바, 현물출자 대상인 순자산가액이 새로 설립되는 A에 그대로 승계되어 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영 형태만 바꾼 것으로 평가된다.
• 나) 원고와 A 사이의 현물출자계약서에 명백하게 이 사건 대출금채무가 출자목적 재산으로 기재되어 있지는 않으나, 제2조에서 출자목적 재산을 이 사건 부동산으로, 가격을 642,830,000원으로 정하였는데, 위 가격은 회계법인의 이 사건 부동산 감정보고서에 따라 21억 원에서 이 사건 대출금채무 187,166,801원과 전세보증금채무 12억 7,000만 원을 공제한 금액이고, A는 위 출자금액을 기준으로 주당 액면금액 5,000원으로 한 128,566주를 발행하여 원고에게 지급하였다. 이는 A의 정관에도 동일하게 기재되어 있다.
• 다) 원고가 이 사건 부동산을 취득함에 있어 자기 자본에 의하여 경영할 것인지 차입금에 의하여 경영할 것인지는 개인의 선택에 달린 문제이고, 이 사건 부동산을 취득할 당시 **은행으로부터 가계자금 대출을 받아 A로 현물출자 이후 기업자금대출로 승계가 곤란하여 이 사건 대출금채무 관련 근저당권설정등기의 채무자명의 변경이 이루어지지 않았을 뿐 그 과정에서 기존 사업장의 자산이 외부로 유출되지 않았다. 다만, 원고가 현물출자한 이 사건 부동산의 가액과 관련 이 사건 대출금채무를 공제할 것인지 아닌지에 따라 순자산가액(현물출자액)이 그 액수만큼 차이가 나게 되고, 그에 따라 A의 발행주식수에 차이가 나게 되는 것뿐이다.
• 라) A의 자본금 액수(발행주식 총수)는, 원고가 A를 설립함에 있어 이 사건 대출금채무를 공제하여 산정된 현물출자액을 기초로 법원의 심사를 거쳐 정해진 것이다. 발기설립 절차에서 현물출자액 산정 시에는 법원의 엄격한 심사를 통과하기 위해 보수적으로 이 사건 대출금채무를 공제할 수밖에 없음에도, 구 조특법 제32조에 따른 이월과세나 취득세 감면을 적용받기 위해서는 기존 사업장의 순자산가액 산정 시 종국적인 부담 가능성이 분명하지 않다는 이유로 이 사건 대출금채무를 공제할 수 없다고 해석한다면, 원고로서는 현물출자에 앞서 미리 이 사건 대출금채무와 관련한 근저당권을 말소하거나 또는 이 사건 대출금채무 상당을 추가로 출자하여야 한다. 그런데 이는 물상보증인인 개인사업자의 경우에는 현물출자에 의한 법인전환을 현저히 곤란하게 하여 구 조특법 제32조의 입법취지를 몰각시킬 우려가 있다. 그렇다면 이월과세와 관련하여 기존 사업장의 가치를 평가하여 이를 새로 설립되는 법인의 자본금과 비교하기 위한 목적에서 산정하는 순자산가액을 구함에 있어서도 이 사건 대출금채무를 부채로 평가할 수 있다고 보는 것이 합리적이다.
• 마) A의 재무상태표에도 이 사건 대출금채무는 장기차입금 부채로 기재되어 있고, 현물출자 이후에 이 사건 대출금채무를 원고가 변제하였다고 하더라도 이는 A의 대표자로서 A가 적어도 병존적 채무인수나 이행인수한 이 사건 대출금채무를 가수금계정으로 회계처리할 수 있다. 따라서 현물출자 이후 아파트 임대사업을 영위하여 유동자산이 없는 A의 재정 상태 등을 고려하면 위와 같은 사정만으로 A가 이 사건 대출금채무를 인수하지 않았다고 볼 수도 없다.

원고의 청구는 이유 있어 인용한다.