원고에게 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과하거나 장기보유특별공제 적용을 배제할 수 없는 특별한 사정이 인정됨

사 건 2023구단72731 양도소득세부과처분 취소청구 원 고 AAA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2024. 10. 30. 판 결 선 고

2024. 12. 18.

1. 피고가 2022. 10. 13. 원고에 대하여 한 2019년 귀속 양도소득세 000,000,000원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 1998. 11. 23.

○○시 ○○구 ○○동 AA아파트 a호(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)를 취득하여 2019. 6. 12. 이 사건 주택을 0,000,000,000원에 양도(이하 ‘이 사건 양도’라 한다)하였고, 2019. 8. 22. 1세대 1주택 특례가 적용된다고 보고 9억 원 초과분 양도차익에 대하여 장기보유특별공제와 일반세율을 적용하여 2019년 귀속 양도소득세 00,000,000원을 신고ㆍ납부하였다.

• 나. 원고는 이 사건 양도 당시 이 사건 주택 이외에도 ○○시 △△구 □□동 FF빌라(이하‘이 사건 대체주택’이라 한다)와

○○ 시 ◎◎구 GG아파트 000호 및 0000호(이하 ‘이 사건 임대주택들’이라 한다)를 아래 표 기재와 같이 보유하고 있었다. 구분 소유자 취득일 양도일 거주기간 이 사건 주택 원고

1998. 11. 23.

2019. 6. 12.

1998. 12. 23.~ 2003.

2.

원고 및 CCC(원고의 배우자) 각 1/2

2019.

6. 12.~ 이 사건 임대주택들 원고(2018. 12. 23. 민간임대주택등록)

2013.

4. 11.

• 다. 피고는 이 사건 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도한 것으로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율(20%)을 적용하여 2022. 10. 13. 원고에게 2019년 귀속 양도소득세 000,000,000원(가산세 포함)의 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

별지 기재와 같다.

• 가. 원고 주장의 요지

1. 원고는 투기 목적 없이 거주 이전을 위하여 이 사건 대체주택을 취득하는 과정에서 일시적으로 이 사건 임대주택들을 포함하여 3주택 이상을 보유하게 된 것이므로 이 사건 양도에 대하여 대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 법리가 적용되어야 한다. 따라서 이 사건 양도를‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도’로 취급하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

2. 설령 이 사건 양도에 대하여 장기보유특별공제가 배제되거나 중과세율이 적용된다고 하더라도, 원고는 위 판결 등에 따라 양도소득세를 신고ㆍ납부하였으므로 국세기본법 제48조 제2호 내지 제3호의 가산세 면제 사유가 있다. 따라서 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

• 나. 판단

1. 관련 법리 투기 목적의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하려는 취지에서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 대하여 중과세율을 적용하도록 하는 한편, 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민과 중산층의 주거안정을 지원하기 위하여 장기임대주택과 더불어 일반주택도 중과세율의 적용 대상에서 제외하는 관련 규정의 입법 취지 등에 비추어 보면, 일반주택(종전주택)과 장기임대주택을 소유한 거주자가 대체주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기 목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 등 참조).

2. 인정사실

• 가) 원고는 2019. 4. 8. DDD, EEE와 사이에, 원고가 DDD, EEE에게 이 사건 주택을 0,000,000,000원에 매도하되, 계약금 000,000,000원은 계약 시, 중도금 000,000,000원은 2019. 5. 20., 잔금 000,000,000원은 2019. 6. 12. 각 지급받기로 하는 매매계약(이하 ‘이 사건 주택 매매계약’이라 한다)을 체결하고, 2019. 6. 12. 이 사건 주택의 각 1/2 지분에 관하여 위 매매를 원인으로 하는 소유권이전등기를 DDD, EEE 앞으로 마쳐주었다.
• 나) 원고와 CCC는 2019. 4. 15. FFF와 사이에, 원고와 CCC가 FFF로 부터 이 사건 대체주택을 0,000,000,000원에 매수하되, 계약금 000,000,000원은 계약시, 중도금 000,000,000원은 2019. 5. 21., 잔금 0,000,000,000원은 2019. 6. 12. 각 지급하기로 하는 매매계약(이하 ‘이 사건 대체주택 매매계약’이라 한다)을 체결하고, 2019. 6. 3. 이 사건 대체주택의 각 1/2 지분에 관하여 위 매매를 원인으로 하는 소유권이전등기를 원고와 CCC 앞으로 마쳤다.
• 다) 원고의 이 사건 주택 취득 이후 주민등록 변동내역은 다음 표 기재와 같다. 순번 전입일 주소 세대주 및 관계 1

1998. 12. 23.

○○시 ○○구 ○○동 AA아파트 a호 (이 사건 주택) CCC의 배우자 2

2003. 02. 03.

○○시 ○○구 ○○동 BB아파트 b호 상동 3

2009. 02. 16.

○○시 △△구 ◇◇동 CC아파트 c호 상동 4

2013. 02. 25.

○○시 △△구 △△동 DD빌라 d호 상동 5

2013. 05. 28.

○○시 △△구 □□동 EE빌라 e호 상동 6

2019. 06. 12.

○○시 △△구 □□동 FF빌라 f호 (이 사건 대체주택) 상동

3. 구체적 판단 이 사건 양도는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과하거나 장기보유특별공제 규정을 배제할 수 없는 특별한 사정이 인정되는 경우로 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 처분은 위법하고, 원고의 주장은 이유 있다.

• 가) 원고는 1998. 11. 23. 이 사건 주택을 취득한 후 1998. 12. 23. 부터 이 사건 주택에서 4년 1개월 넘게 거주하였다. 원고는 2013. 5. 28. 부터 서울 △△구 □□동 EE빌라에서 거주하던 중, 개인적인 사정으로 주거를 이전하기 위하여 2019. 4. 8. 이 사건 주택을 매도하는 이 사건 주택 매매계약을 체결하고 2019. 4. 15. 위 □□동 주택 근방에 위치한 이 사건 대체주택을 매수하는 이 사건 대체주택 매매계약을 체결한 것으로서 이 사건 주택을 양도하고 이 사건 대체주택을 취득한 데에 투기 목적 등 다른 목적이 개입되었다고 볼 만한 사정이 없다.
• 나) 원고는 약 2개월의 단기간에 이 사건 주택의 양도와 이 사건 대체주택의 취득을 진행하는 과정에서 이 사건 주택의 양도 절차가 선행되었기 때문에 이 사건 대체주택 매매계약상 계약금 지급기일을 이 사건 주택 매매계약상 계약금 지급기일 7일 후로, 이 사건 대체주택 매매계약상 중도금 지급기일을 이 사건 주택 매매계약상 중도금 지급기일 1일 후로 정하였고, 이 사건 대체주택 매매계약상 잔금 지급기일을 이 사건 주택 매매계약상 잔금 지급기일과 동일하게 정하였다. 실제로 이 사건 주택의 매도대금이 이 사건 대체주택의 매수대금으로 사용되었을 것으로 보인다.
• 다) 원고가 앞서 본 바와 같이 이 사건 주택 매매계약 및 이 사건 대체주택 매매계약상 매매대금 지급기일을 정하여 마련한 이 사건 대체주택 매수대금 조달 계획과 달리, 원고가 이 사건 대체주택을 매수하는 과정에서 매도인의 요청에 따라 이 사건 대체주택의 잔금 지급기일이 2019. 6. 12. 에서 2019. 6. 3. 로 9일 앞당겨졌고, 그 결과 원고가 이 사건 주택과 이 사건 대체주택을 함께 보유하였던 9일의 기간이 발생하였다. 이는 주택거래의 현실 등에 비추어 흔히 발생할 수 있는 경우로서 일시적이라고 볼 수 있음이 분명하다.
• 라) 원고는 이 사건 대체주택을 취득한 무렵인 2019. 6. 12. 이 사건 대체주택으로 전입신고를 마치고 실제 주거를 이전하여 현재까지 거주하고 있다.
• 마) 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 관하여 중과세율 등의 규정을 둔 취지는 주로 부동산 투기로 인한 이득을 세금으로 흡수하여 과세형평을 도모하고 부동산 투기를 차단하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하기 위함이다(대법원 2009. 12. 24. 선고 2009두13788 판결, 헌법재판소 2010. 10. 28. 선고 2009헌바67 결정 등 참조). 이 사건 주택과 이 사건 임대주택들을 보유하고 있던 원고가 거주예정인 이 사건 대체주택을 취득함으로써 이 사건 임대주택들을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 그 기간은 불과 9일에 불과하고, 그마저도 이 사건 주택을 양도하고 이 사건 대체주택을 취득하는 과정 중에 계약상대방의 요구에 따라 주택의 양도 순서가 바뀌면서 발생한 것이어서 특별히 투기 목적을 찾아보기 어려우므로, 이러한 경우에까지 이 사건 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과하는 것은 위 규정 취지에도 부합하지 않는다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.