1+1조합원입주권의 양도를 1세대1주택 양도로 보아 장기보유특별공제율 80%를

[ 세 목 ] 양도 [ 판결유형 ] 국승 [ 사건번호 ] 서울행정법원-2023-구단-60950(2024.10.30) [직전소송사건번호 ] [ 제 목 ] 1+1조합원입주권의 양도를 1세대1주택 양도로 보아 장기보유특별공제율 80%를 적용할 수 있는지 여부 [ 요 지 ] 이 사건 부동산의 양도 시점를 기준으로 원고가 2개의 조합원입주권을 보유한 지위 자 체는 이미 ‘확정’된 상태인 것으로 평가되어야 한다. 양도인이 조합원입주권을 몇 개 취득하여 양도하였는지는 관리처분계획인가가 이루어진 이후에 이루어진 양도 시점을 기준으로 살피는 것으로 충분하고, 이에 관한 판단이 분양신청이 사후적으로 어떻게 이루어졌는지의 결과에 연동되거나 좌우되어야 한다고 보기 어려움 [ 판결내용 ] 판결 내용은 붙임과 같습니다. [

] 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】 소득세법시행령 제159조의4 【장기보유특별공제】 사 건 2023구단60950 양도소득세경정처분일부취소 원 고 AAA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2024. 08. 21. 판 결 선 고

2024. 10. 30.

한다.

비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2021. 12. 16. 원고에게 한 2021년 귀속 양도소득세 419,527,740원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1980. 7. 14. 서울 구 동 8 외 5필지 아파트 동 *호(이하 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)를 취득하고, 2015. 11. 25. 아들 조○○에게 40%의 지분소 유권을 10억 원에 양도하였다. 이로써 위 양도 이후 원고는 이 사건 부동산에 대한 60%의 지분소유권이 남게 되었다.
• 나. 그 후 원고와 조○○는 2021. 3. 29. 이 사건 부동산을 양도가액 47억 원(원고 지분소유권에 대한 가액 2,820,000,000원, 조○○ 지분소유권에 대한 가액1,880,000,000원) 에 양도한 후, 원고는 자신이 보유한 지분소유권의 양도에 관하여 1세대 1주택 고가주택 으로 보아 장기보유특별공제율 80%를 적용하여 2021. 5. 31.경 2021년 귀속 양도소득세 152,577,160원을 신고ㆍ납부하였고, 조○○는 자신이 보유한 지분소유권의 양도에 관하여 조정대상지역 내 2주택 보유로서 중과세율(52%)을 적용하고 장기보유특별공제를 배제 하여 2021년 귀속 양도소득세 196,492,030원을 신고ㆍ납부하였다[그 후 피고는 조○○가 양도한 지분소유권에 대하여 일반세율(42%) 및 장기보유특별공제를 각 적용한 감액 경정에 따라 환급가산금을 포함한 89,835,550원을 2022. 1. 11. 환급해주었다].
• 다. 피고는 원고에 대한 양도소득세 실지조사를 실시한 결과, 이 사건 부동산은 1단지 주택재건축정비사업조합에 속해 있고, 위 주택재건축사업은 2018. 12. 31. 관리처분계획인가를 이미 받은 상태로서 이 사건 부동산이 양도될 당시 2개의 조합원 입주권(즉, 전용면적 135.31㎡ 주택 1채와 전용면적 59.96㎡ 주택 1채를 각 취득할 수 있는 권리)으로 전환된 상태였다고 보아, 이 중 먼저 양도한 것으로 보는 1개의 조합원 입주권에 대해서는 과세대상임을 전제로 장기보유특별공제 30%를 적용하고, 나중에 양도한 것으로 보는 나머지 1개의 조합원입주권에 대해서는 1세대 1주택 고가주택임을 전제로 장기보유특별공제 80%를 적용하여, 2021. 12. 16. 원고에게 2021년 귀속 양도 소득세 419,527,740원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장 요지 원고는 이 사건 부동산 자체를 양도한 것이지, 조합원입주권을 양도한 것이 아니다. 아울러 이 사건 부동산에 관하여 조합원입주권이 2개 부여되는 것은 이 사건 양도 당시를 기준으로 확정되지 아니한 상태였으므로, 이 사건 부동산의 양도가 2개 조합원입주권의 양도임을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 인정사실

1. 이 사건 부동산에 관하여 인가된 관리처분계획의 내용 중 공동주택(아파트) 분양 기준에 관한 부분은 다음과 같다.

1. 1세대 또는 1인이 하나 이상의 주택 또는 토지를 소유한 경우 1주택을 공급하고, 같은 세대에 속하지 아니하는 2인 이상이 1주택 또는 1토지를 공유한 경우에는 1주택만 공급 한다. 다만 다음 각 목의 경우에는 각 목의 방법에 따라 주택을 공급할 수 있다.

• 나. 조합원이 출자한 종전의 토지 및 건축물의 사업시행인가의 고시가 있은 날을 기준으로 한 가격의 범위 또는 종전 주택의 주거전용면적의 범위에서 2주택을 공급할 수 있고, 이 중 1주택은 주거전용면적을 60제곱미터 이하로 한다. 다만, 60제곱미터 이하로 공급받은 1주택은 법 제54조제2항에 따른 이전고시일 다음 날부터 3년이 지나기 전에는 주택을 전매(매매, 증여나 그 밖에 권리의 변동을 수반하는 모든 행위를 포함하되 상속의 경우는 제외한다)하거나 이의 전매를 알선할 수 없다.

2. 주택공급에 관한 기준은 다음 각 호와 같다.

• 가. 조합원에게 분양하는 공동주택(아파트)의 평형배정은 조합원의 분양신청에 따른다.
• 나. 권리가액에 해당하는 분양주택가액의 주택을 분양한다. 이 경우 권리가액이 2개의 분 양주택가액의 사이에 해당하는 경우에는 분양신청자의 신청에 따른다.
• 다. 제1호에 불구하고 국민주택규모 주택은 분양대상자의 권리가액이 많은 순으로 분양 한다.
• 라. 국민주택규모를 초과하는 주택은 분양대상자에게 권리가액이 많은 순으로 분양한다.
• 마. 동일규모의 주택분양에 경합이 있는 경우에는 권리가액(종전 주택의 권리가액을 기준 으로 한다)이 많은 순으로 분양하고, 권리가액이 동일한 경우에는 공개추첨에 따르며, 주택의 동ㆍ층ㆍ호의 결정은 주택규모별 공개추첨에 따른다.

4. 공동주택(아파트)의 동ㆍ호수 추첨방법

• 가. 조합원분양, 일반분양, 보류지의 동층호 구분은 관리처분계획인가 후 인가받은 내용을 토대로 총회의결을 거쳐 그 기준을 결정한다.
• 나. 공동주택을 분양받을 조합원의 동ㆍ호수 추첨은 전산추첨이 가능한 은행 또는 금융결 제원의 전산추첨을 원칙으로 경찰관입회하에 공정하게 실시하여야 하며 추첨결과는 구청장에게 통보하여야 한다.
• 다. 조합원은 추첨결과에 대하여 일체 이의를 제기할 수 없다.

2. 원고가 이 사건 부동산을 양도할 당시 작성된 매매계약서(갑 제4호증)의 특약사 항 중에는 “매도인은 기존 관리처분계획상 감정평가액 금 3,325,900,000원 평가액이며, 135㎡+59㎡ 분양신청한 상태에서 매매계약하여 조합원분양 추산가액 사본을 첨부하며, 조합원지위를 매수인에게 승계함.”이라는 기재가 포함되어 있다.

3. 한편, **1단지 주택재건축정비사업조합은 이 사건 부동산과 관련하여 아파트 입주권 2개인 상태가 유지되고 있는지 등에 대해 이 법원에, 원고는 관리처분계획인가된 이 사건 부동산(135.31㎡ + 59.96㎡ 입주권 포함)을 양도한 것이고, 해당 양수인은 현재 까지 2개의 조합원입주권을 보유한 지위를 유지하고 있으며, 2024. 11.경부터 같은 해 12.경으로 계획되어 있는 재분양신청 시기에 대형평형(85평)인 1주택으로 할 것인지, 아니면 2주택(하나는 135.31㎡, 나머지는 59.96㎡)으로 할 것인지를 선택하여 분양신 청할 수 있다고 회신하였다. [인정근거] 갑 제4, 13호증의 각 기재, 이 법원의 **1단지 주택재건축정비사업조합에 대한 각 사실조회 결과

• 라. 판단 도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업의 경우, 관리처분계획인가가 이루어 지게 되면 종전 부동산은 ‘입주자로 선정된 지위’ 즉 조합원입주권으로 전환되는바, 이와 함께 구 소득세법(2021. 12. 8. 법률 제18578호로 개정되어 2022. 1. 1. 시행되기 전의
• 것) 제89조 제1항 제4호 역시 조합원입주권의 취득시기가 관리처분계획의 인가일임을 전제로 삼고 있음을 고려하면, 앞서 본 사실관계 하에서 원고는 이 사건 부동산을 양 도할 당시 인가된 관리처분계획에 따라 2개의 조합원입주권을 취득한 상태로 평가된다 할 것이므로, 이 사건 부동산의 양도를 실질적으로 2개 조합원입주권의 양도로 보고 이루어진 이 사건 처분에는 원고 주장과 같은 위법이 없다. 관련하여 원고는 이 사건 부동산의 양도 당시 2개의 조합원입주권이 원고에게 부여된 상태였을지라도 양수인이 나중의 분양신청 단계에 이르러 2개의 아파트(전용면적135.31㎡ 주택 1채와 전용면적 59.96㎡ 주택 1채)로 할 것인지, 대형평형으로 1개의 아파트를 할 것인지를 선택할 수 있으므로, 이 사건 부동산의 양도 당시를 기준으로 2개의 조합원 입주권이 부여된 상태는 잠정적ㆍ유동적이라 할 것이고, 따라서 이 사건 부동산을 2개의 조합원입주권으로 보아서는 아니 된다는 취지로도 이 사건에서 주장하고 있으나, 이는 조합원입주권과 분양권의 두 가지를 서로 혼동한 주장이다. 뿐만 아니라, 이 사건 부동산 의 양도 시점을 기준으로 원고가 인가된 관리처분계획에 의하여 2개의조합원입주권을 취득 또는 확보한 지위가 법적으로 보호되는 수준에 이르렀다고 평가되는 이상, 위 2개의 조합원입주권이 해당 양수인의 희망 내지 선택에 따라 향후 대형평형의 1개의 주택으로 바뀌게 될 가능성(이는 이 사건 부동산의 양도 이후에 생긴, 원고의 의지 내지 선택과는 무관하게 이루어진 사항이다)이 있다 하더라도, 이 사건 부동산의 양도 시점를 기준으로 원고가 2개의 조합원입주권을 보유한 지위 자체는 이미 ‘확정’된 상태인 것으로 평가 되어야 한다. 양도인이 조합원입주권을 몇 개 취득하여 양도하였는지는 관리처분계획 인가가 이루어진 이후에 이루어진 양도 시점을 기준으로 살피는 것으로 충분하고, 이에 관한 판단이 분양신청이 사후적으로 어떻게 이루어졌는지의 결과에 연동되거나 좌우되어야 한다고 보기 어렵기 때문이다. 또한, 양수인이 1개의 주택을 분양받기로 나중에 선택한 경우, 원고에 대한 양도소득세 역시 이에 영향을 받아 1개의 조합원입주권을 양도한 것임을 전제로 매겨져야 한다는 취지의 원고 주장 역시 서로 별개인 원고에 대한 양도소득세와 양수인의 취득세를 아무런 법적 근거 없이 상호 연계시키고자 하는 것으로서 받아들일 수 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.