공사비용 중 이 사건 건물의 개량이나 이용편의를 위하여 지출된 비용은 소득세법 제97조 제1항 제2호, 소득세법 시행령 제163조 제3항 제3호가 규정한 자본적 지출액에 해당함

[ 세 목 ] 양도 [ 판결유형 ] 국패 [ 사건번호 ] 서울행정법원-2023-구단-57022(2025.05.16) [직전소송사건번호 ] [심판청구 사건번호 ] 조심-2022-서-6675 (2022.12.29) [ 제 목 ] 공사비용 중 이 사건 건물의 개량이나 이용편의를 위하여 지출된 비용은 소득세법 제97조 제1항 제2호, 소득세법 시행령 제163조 제3항 제3호 가 규정한 자본적 지출액에 해당함 [ 요 지 ] 공사비용 ***원은 모두 이 사건 제1건물 및 제2건물의 개량이나 이용편의를 위하여 지출된 비용으로서 소득세법 제97조 제1항 제2호, 소득세법 시행령 제163조 제3항 제3호 가 규정한 자본적 지출액에 해당한다고 봄이 상당하나, 반면 원고가 주장하는 나머지 지출내역들은 이 사건 제1건물 및 제2건물의 개량이나 이용편의를 위하여 지출되었음을 인정할 구체적인 근거가 부족하므로 자본적 지출액으로 인정할 수 없음 [ 판결내용 ] 판결 내용은 붙임과 같습니다. [

] 구 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】 사 건 2023구단57022 양도소득세부과처분취소 원 고

○○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 3. 28. 판 결 선 고

2025. 5. 16.

1. 피고가 2022. 5. 9. 원고에 대하여 부과한 양도소득세(가산세 포함) ***원 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. 5. 9. 원고에 대하여 한 양도소득세(가산세 포함) ***원 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고의 이 사건 각 부동산 취득과 처분

1. 원고는 아래 목록 기재 각 부동산의 소유권을 다음과 같이 취득하였다. 목록 생략

2. 위의 표 연번1, 2번 토지는 ‘충남 ’와 함께 ‘충남 ’ 토지로 환지되었고, 원고는 위 환지된 토지의 지분을 갖게 되었다(이하 연번1, 2번 토지였다가 토지의 2597.3/3929.6 지분으로 환지된 토지를 ‘이 사건 토지’라고 한다).

3. 원고는 2016. 6. 17. 이 사건 토지, 위의 표 연번 3번 건물(이하 “이 사건 제1건물”이라 한다), 4번 건물(이하 “이 사건 제2건물”이라 한다)(이하 이 사건 토지와 이 사건 제1건물, 제2건물을 통틀어 “이 사건 각 부동산”이라 한다)을 aaa 등 3인에게 ***원에 매도하는 계약을 체결하였고 2016. 7. 8. aaa 등 3인에게 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

• 나. 원고의 양도소득세 신고·납부 및 피고의 부과처분

1. 원고는 2016. 9. 30. 이 사건 각 부동산의 양도가액 원에서 취득가액 원, 자본적 지출액 원, 중개수수비 원, 명도비 원을 필요경비로 공제한 다음 이 사건 각 부동산의 양도에 따른 양도소득세 원을 예정신고하였다.

2. 피고는 2022. 3. 24. 원고에 대하여 신고한 필요경비 중 일부를 부인하여 양도소득세를 재산정하고 양도소득세 원(가산세 포함)을 부과할 예정이라는 내용의 과세예고 통지를 하였다. 원고는 2022. 4. 25. 과세전적부심사를 청구하였으나, 피고는 조세부과제척기간이 임박하였다는 사유를 들어 과세전적부심사 제외결정을 하였고, 2022. 5. 9. 원고에게 양도소득세 원, 가산세 원 합계 원을 부과하는 처분을 하였다(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 7, 8호증의 각 기재

• 가. 피고는 원고의 양도소득세 신고·납부 이후 정당한 사유 없이 검토 및 처리를 게을리하다가 5년이 넘게 경과한 2022. 3. 24.경에 이르러 원고에게 과세예고 통지를 한 다음 제척기간이 임박하였다는 이유로 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 이 사건 부과처분을 하였는바, 이러한 피고의 부과처분에는 원고의 과세전적부심사에 관한 권리를 침해한 중대한 절차적 하자가 있다.
• 나. 원고는 이 사건 제1건물 및 제2건물의 개량 공사비용, 부동산중개비용, 명도비 등 필요경비를 지출하였고 이와 관련된 충분한 소명자료를 제시하였음에도, 피고는 제대로 심사를 진행함이 없이 공사비용 중 ***만 원만을 이 사건 각 건물의 개량을 위한 자본적지출액으로 인정한 다음 나머지 모든 내역을 필요경비로 인정하지 않았는바, 필요경비를 잘못 산정하여 이루어진 이 사건 부과처분은 위법하다.

• 가. 과세전적부심사에 관한 권리를 침해한 절차적 위법이 있는지 여부

1. 관련 법령 및 법리

• 가) 구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것)에 따르면 납부고지하려는 세액이 100만 원 이상인 경우 과세관청은 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(과세예고통지)해야 하고(제81조의15 제1항 제3호), 과세예고통지를 받은 사람은 통지를 받은 날부터 30일 이내에 세무서장 등에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(과세전적부심사)를 청구할 수 있으며(제81조의15 제2항), 다만 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 제2항을 적용하지 않도록 규정되어 있다(제81조의15 제3항).
• 나) 사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제 방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고, 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점 등을 고려하여 보면, 국세기본법 및 국세기본법 시행령이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세예고 통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화 시킬 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 그 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 할 것이다(대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결 등 참조).

2. 판단 위의 증거들에 의하여 알 수 있는 아래의 사정들을 종합하면, 피고가 2022. 3. 24. 원고에 대하여 과세예고통지를 한 이후 과세전적부심사를 생략하고 2022. 5. 9. 이 사건 부과처분을 하였지만, 이 사건 부과처분에 과세전적부심사에 관한 권리를 침해한 위법이 있다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

① 과세전적부심사제도는 사전적 권리구제절차에 해당하기는 하나, 구 국세기본법 제81조의15 규정에 의하면 부과제척기간의 만료일이 임박하는 등 일정한 사유가 있는 경우에는 이를 생략할 수 있도록 법에 예외사유가 명시되어 있다. 2016년 귀속 양도소득세와 관련하여 피고가 2022. 3. 24. 원고에게 과세예고통지를 하였던 반면 그 부과제척기간은 2022. 5. 31.이 만료일이었으므로(구 국세기본법 제26조의2 제1항, 소득세법 제110조 제1항), 피고가 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당하였다.

② 원고는 피고가 실제로 과세예고통지를 한 날이 아니라 과세예고통지가 가능하였던 시점을 기준으로 하여 그때부터 부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에만 구 국세기본법 제81조의15 제3항 이 적용될 수 있고, 과세예고통지가 가능하였던 시점부터 부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하라는 구체적 사정을 피고가 제시해야 한다고 주장하나, 법률의 문언과 다르게 원고의 주장과 같이 해석할 정당한 근거가 있다고 보기 어렵다.

③ 원고는 2016. 9. 30. AA세무서장에게 양도소득세 신고를 하였고 AA세무서장은 2019. 1. 10. 원고를 개별검토대상자로 분류하였으나 원고가 2019. 3. 4. 주거지를 이전함에 따라 2019. 4. 10. 위 자료를 피고에게 이관하였다. 피고가 위 자료를 이관받은 다음 원고의 신고내용을 확인하고 검증하는 업무를 신속히 처리하지 못한 것으로 보이기는 하나, 피고가 원고의 절차적 권리를 박탈하기 위하여 고의로 그 요건의 검토나 처리를 지연하는 등 구 국세기본법 제81조의15 제3항 에 규정된 예외사유를 적용하는 것이 부당하다고 볼 만한 특별한 사정이 인정되지 않는다. 오히려 피고는 과세예고통지 이후 제출된 원고의 의견 중 일부를 수용하여 양도소득세액을 수정한 다음 이 사건 부과처분을 하였는바, 과세예고통지 이후 과세처분 전에 납세자의 의견이 일부 반영된 것으로 평가할 수 있는 측면이 있다.

3. 소결 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

• 나. 필요경비가 정당하게 산정되었는지 여부

1. 관련 법리 과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 양도가액 및 양도가액에서 공제할 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이 어서 그가 입증하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결, 대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 등 참조).

2. 이 사건 제1건물 및 제2건물의 개량을 위한 공사비용 위의 증거들, 갑 제 3 내지 5, 8 내지 10, 14, 16 내지 18호증의 각 기재에 의하여 인정되거나 알 수 있는 다음의 사실 및 사정들을 종합하면, 원고는 2005. 12.경부터 2006. 4.경까지 bbb을 통하여 이 사건 각 건물의 개량을 위한 보수공사를 직영으로 진행하면서 별지1 공사비용목록 제1.항에 기재된 원을 bbb에게 지급하고 같은 목록 제2.항에 기재된 원을 거래상대방(공사업자 또는 자재 공급업자)에게 지급하는 방식으로 공사비용을 지출하였다고 인정함이 타당하다. 그렇다면 그 공사비용 합계액 ***원은 모두 위 건물의 개량이나 이용편의를 위하여 지출된 비용으로서 소득세법 제97조 제1항 제2호, 소득세법 시행령 제163조 제3항 제3호 가 규정한 자본적지출액에 해당한다고 봄이 상당하다. 반면 원고가 주장하는 나머지 지출내역들은 이 사건 제1건물 및 제2건물의 개량이나 이용편의를 위하여 지출되었음을 인정할 구체적인 근거가 부족하므로 자본적지출액으로 인정할 수 없다.

• 가) 2005. 12.부터 2006. 4.까지 원고가 bbb에게 지급한 내역 부분

① bbb은 원고로부터 공사대금을 수령한 후 원고의 지시(당시 원고는 해외에 체류하였던 관계로 주로 원고의 아버지인 故 ccc가 공사를 진행하였던 것으로 보인다)를 받아 이 사건 제1건물의 보수공사를 진행하면서 원고로부터 수령한 금액, 지출내역과 금액, 잔액을 시기별로 상세하게 기재한 거래명세표(갑 제4호증의 3 내지 9)를 작성하였다. 갑 제4호증의 3(“1차지출내역금”), 갑 제4호증의 6(“2005년 12월 24일 현재 2차 자재 및 노임지급내역”), 갑 제4호증의 5(“2006년 1월 8일 현재 3차노임지급내역”), 갑 제4호증의 7(“2월 23일 입금 ”), 갑 제4호증의 8, 9(“3월 3일 입금 ”)에 따르면 순차로 아래와 같은 내용이 기재되어 있다. 표 생략

② 위 각 거래명세표에는 각 물품별로 품목과 단가, 수량이, 노임의 경우 근로자의 이름과 일당금액, 작업일수가 모두 구체적으로 기재되어 있어 사후적인 확인과 검증이 가능할 뿐만 아니라, 시간 순서대로 작업의 진행경과와 공사비 수령내역과 지출내역, 그에 따른 잔액의 경과도 확인할 수 있는바, 거래명세표의 작성형태와 기재내용을 면밀히 살펴보고 이를 금융거래내역이나 장부 등 다른 자료의 내용과 대조해 보면, 해당 거래명세표는 상당한 신뢰성을 인정할 수 있다고 봄이 상당하다. 결국 갑 제4호증의 3, 5 내지 9의 각 거래명세표에 기재된 비용지출내역은 모두 원고가 이 사건 각 건물의 개량을 위해 지출한 공사비용으로 충분히 인정될 수 있다.

③ 갑 제4호증의 4(거래명세표)에 예비비 원을 포함하여 각종 지출내역 원이 기재되어 있기는 하나, 수령한 돈의 내역이나 지출 후 잔액이 표기되어 있지 않아 위에서 살핀 거래명세표와는 기재형식이 다르고 해당 자료들과 연속성이 인정되지 않는 점, 갑 제4호증의 4에 기재된 지출내역 중 상당 부분(폐기물 9대, 시멘트 200포, 철근 2톤 등)이 갑 제4호증의 3에 기재된 지출내역과 중복되는 것으로 보이는 점, ①항에서 살핀 거래명세표에 기재된 지출내역만을 고려하였을 때 자금 수령내역, 지출내역, 잔액이 상호 잘 부합하는 것으로 보이고 갑 제4호증의 4에 기재된 내역을 추가로 고려하게 되면 오히려 자금 잔액이 잘 안 맞게 되는 점을 함께 고려하면, 갑 제4호증의 4(거래명세표)는 특정 시점에서의 지출내역이나 예비비 소요를 정리해 놓은 자료로 보일 뿐이고, 해당 자료에 기재된 지출내역을 위에서 살핀 거래명세표 (갑 제4호증의 3, 5 내지 8)에 기재된 지출내역과 구별되는 독자적인 지출내역으로 인정하기는 어렵다.

④ 반면 원고가 2006. 3. 15. 이후 bbb에게 지급하여 공사비용으로 사용하였음을 주장하는 내역들(2006. 3. 15.자 원, 2006. 4. 12.자 원, 2006. 4. 16.자 원, 2006. 4. 20.자 원, 2006. 4. 23.자 ***원)과 관련하여서는, 지출내역(품목, 거래상대방, 단가, 물량)이 구체적으로 기재되어 있어 사후적인 확인과 검증을 할 수 있고 시간의 경과에 따른 자금 수령금액, 지출금액, 잔액의 변동현황을 확인할 수 있는 거래명세표 등 자료가 존재하지 않고, 비용지출과 관련된 견적서, 영수증, 금융거래내역 등 자료도 전혀 확인되지 않는다. 갑 제4호증의 13(거래명세표)은 위의 ①, ②항에서 살핀 거래명세표와 달리 신뢰성을 보장할 만한 구체적인 기재가 되어 있지 않으며, 현장관리 업무를 대행하였던 故ddd이 작성한 장부(갑 제10호증)에도 자금의 수령사실만 기재되어 있을 뿐 구체적인 공사비용 지출내역은 전혀 기재되어 있지 않다.

• 나) 2005. 12.부터 2006. 4.까지 원고가 직접 거래상대방에게 지급한 내역 부분

① 원고는 이 사건 제1건물의 개량 공사비용으로 직접 지출한 내역을 확인하기 위하여 갑 제4호증의 14 내지 31의 각 송금증, 영수증 또는 거래내역서를 제시하였다. 해당 거래내역과 관련된 자료들은 거래명세표를 통하여 거래상대방(이름 또는 상호), 세부 품목, 품목별 단가와 수량 등을 구체적으로 확인하고 검증할 수 있을 뿐 아니라, 故ddd이 작성한 장부(갑 제10호증)에서도 해당 지출내역을 확인할 수 있으므로, 상당한 신뢰성이 있다고 보아야 한다.

② 해당 내역 중 상당수에 대하여는 금융거래내역이 존재한다. 피고는 송금증이 확인된 일부 거래(아래 표 연번 3, 5, 8, 9번 거래)에 대하여는 금융거래내역이 확인되었다는 이유로 이를 자본적지출액으로 인정하기도 하였는데, 원고가 주장하는 지출내역 중 상당 부분을 뒷받침하는 금융거래내역이 있다는 점은 원고가 제시하는 거래명세표와 영수증이 전반적으로 신뢰성이 있음을 나타내는 정황이라고 볼 수 있다. 원고가 제시한 거래명세표와 영수증의 기재내용을 금융거래내역과 대조하여 면밀히 살펴보면, 원고가 이 사건 각 건물의 개량을 위한 공사비용으로 아래 내역과 같은 비용을 지출하였음을 인정할 수 있고, 일부 송금내역상 송금인이 원고가 아닌 제3자로 되어있다는 사정만으로는 위 판단에 지장을 주지 아니한다. 표 생략

• 다) 2007. 11.부터 2008. 3.까지의 공사내역 부분

① 원고는 2007년 11월부터 2008년 3월까지 bbb을 통하여 직영하는 방식으로 이 사건 제1건물 및 제2건물의 보수공사를 진행하였다고 주장하면서 이를 뒷받침할 자료로 거래명세표(갑 제5호증의 1 내지 6)만을 제출하였다. 그러나 해당 거래명세표에는 공사의 품목과 금액만 나열되어 있을 뿐이어서, 이를 통해서는 공사기간, 공사의 진행경과, 거래상대방이나 근로자의 구체적 내역, 공사대금 수령금액과 지출금액 및 잔액 등 자금의 흐름내역, 원고가 공사대금을 지급한 방식 등을 확인하거나 검증할 수 없으므로, 앞서 보았던 2005. 12.에서 2006. 4.까지의 공사에 대한 거래명세표와는 기재형식이나 내용에서 현저한 차이가 있고, 신뢰성을 보장할 만한 구체적인 기재가 있는 것으로 평가하기 어렵다.

② 故ddd이 작성한 장부(갑 제10호증)에도 해당 공사에 대한 내용은 포함되어 있지 않고, 달리 해당 공사부분을 정리해 놓은 별도의 장부가 확인되지도 않는다.

③ fff 호텔 사진(갑 제9호증)에 의하면 이 사건 제2건물에 대하여도 어느 시점에 보수공사가 있었던 것으로 볼 여지가 있다. 그렇지만 원고는 2007. 11.에서 2008. 3.까지 이 사건 제1건물 및 제2건물의 개량을 위한 보수공사를 진행하였다고 주장하면서도 이를 뒷받침할 수 있는 합리적인 근거를 제시하지는 못하였고, 결국 원고가 2007. 11.에서 2008. 3.까지 사이에 그 주장과 같이 이 사건 각 건물의 개량을 위한 공사비용을 지출한 것으로 인정하기 어렵다.

• 라) 건축물대장과 종합소득세신고서에서 보수공사 내역이 확인되지 않는다는 주장에 대한 판단 피고는 이 사건 제1건물 및 제2건물에 대한 건축물대장에서 2005. 12.부터 2006. 4. 사이에 보수공사가 진행된 내역이 확인되지 않고, 원고의 종합소득세신고서에 포함된 자산 대차대조표상으로도 해당 보수공사비용이 계상되지 않았다는 점을 지적한다. 살피건대 사업소득자가 종합소득세를 신고·납부하는 과정에서 건물 등 자산에 지출한 보수공사비용을 건물의 가액에 가산하는 방식으로 반드시 회계처리를 한다고 보기 어려울 뿐 아니라, 보수공사를 하였다고 하더라도 이러한 내역을 건축물대장에 반영하지 않아 건축물대장 기재에 아무런 변동이 없는 것도 가능하므로, 원고가 2005. 12.부터 2006. 4.까지 이 사건 제1건물의 개량을 위하여 비용을 지출한 내역이 분명하게 확인되는 이 사건에서, 피고가 지적하는 사정만으로는 위의 판단에 지장이 되지 아니한 다.

3. 부동산 중개비용 및 명도비용

• 가) 부동산 중개비용 원고는 2016. 6. 17. 이 사건 각 부동산을 aaa 등 3인에게 매도하는 거래를 중개한 kkk에게 잔금일인 2016. 7. 8. 보수로 원을 지급하였는바 이는 이 사건 각 부동산을 양도하기 위하여 직접 지출한 필요경비에 해당하므로 양도가액에서 공제되어야 한다고 주장한다. 갑 제6호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, 원고가 2016. 7. 8. ggg에게 원을 지급한 사실이 확인되기는 한다. 그러나 이 사건 각 부동산의 매매계약서에는 부동산중개인과 관련된 내용이 기재되어 있지 않고, 달리 ggg이 위 매매계약의 중개를 하였거나 그에 따라 원고에게 보수청구권을 갖는다는 점을 인정할 자료가 전혀 없으므로, 위 ***원을 이 사건 각 부동산의 양도를 위하여 지출된 비용이라고 인정하기 어렵다.
• 나) 명도비용 원고는 이 사건 각 부동산을 aaa 등 3인에게 매도한 다음 이를 인도하기 위하여 기존 임차인에게 원을 지급하였는데, 이 역시 이 사건 각 부동산을 양도하기 위하여 지출한 필요경비이므로 양도가액에서 공제되어야 한다고 주장한다. 원고는 2016. 7. 8. 원을, 2016. 7. 18. 원을 각 지급받았다는 내용의 hhh 명의 영수증(갑 제6호증의 5, 6)을 제출하였고, hhh는 이 사건 제1건물 및 제2건물을 임차하여 fff 여관을 운영하던 jjj의 배우자로 보이기는 한다. 그렇지만 위 영수증 기재만으로는 원고가 이 사건 각 부동산의 인도의무 이행을 위하여 원을 비용으로 지출하였다고 인정할 만한 충분한 근거가 되기는 어려우므로, 위 ***원 역시 이 사건 각 부동산의 양도를 위하여 지출된 비용이라고 인정하기 어렵다.

4. 소결 원고가 이 사건 제1건물, 제2건물의 개량 또는 이용편의를 위하여 ***원을 지출한 것으로 인정할 수 있으므로, 이는 자본적지출액으로서 필요경비에 해당하여 이 사건 각 부동산의 양도가액에서 공제되어야 한다. 원고의 이 부분 주장은 위 인정 범위 내에서 이유 있다.

• 다. 취소범위에 대한 판단 원고가 이 사건 제1건물, 제2건물의 개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 원은 자본적지출액에 해당하여 이 사건 각 부동산의 양도가액에서 공제되어야 함에도, 피고는 자본적지출액으로 만을 인정하고 나머지 필요경비를 부인하는 전제하에 이 사건 부과처분을 하였으므로, 이 사건 부과처분은 위법하다. 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것인바, 사실심 변론종결시까지 제출된 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조). 살피건대 이 사건 변론 종결일까지 제출된 증거들만으로는 이 사건 각 부동산의 양도가액에서 자본적지출액 ***원을 필요경비로 공제하고 장기보유 특별공제를 적용한 정당한 세액을 산정하기 어려우므로, 이 사건 부과처분 전부를 취소하기로 한다.

이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.