특별한 사정이 없으므로 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용한 처분은 정당함

사 건 2023구단56586 양도소득세부과처분취소 원 고 박AA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2024. 6. 21. 판 결 선 고

2024. 10. 11.

1. 피고가 2022. 7. 8. 원고에 대하여 한 2020년 귀속 양도소득세 000,000,000원(가산세 포함)의 부과처분 중 000,000,000원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 3/5은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. 7. 8. 원고에 대하여 한 2020년 귀속 양도소득세 000,000,000원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2010. 8. 20. 서울 ○○구 ○○길 33, 000동 000호(○○동, ○○이편한세상, 이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)를 취득하여 2020. 12. 21. 17억 원에 양도(이하 ‘이 사건 양도’라 한다)하고, 1세대 1주택 고가주택 비과세 및 장기보유특별공제율 80%를 적용하여 양도소득세 9,780,780원을 신고‧납부하였다.
• 나. 이 사건 양도 당시 원고의 주택 보유 현황은 아래와 같다.
• 다. 피고는 이 사건 양도 당시 원고가 1세대 3주택을 소유한 경우에 해당하므로 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율(20% 가산)을 적용하여 2022. 7. 8. 원고에게 2020년 귀속 양도소득세 000,000,000원(가산세 포함)의 부과처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 4, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지 주위적으로 원고는 이 사건 주택은 구 소득세법(2020. 12. 29. 법률 제17757호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제89조 제1항 제3호 나목, 구 소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법시행령’이라 한다) 제155조 제1항, 제20항, 제154조 제1항에 의하여 1세대 1주택으로의제된 고가주택임에도 피고가 양도가액 9억 원 이하는 과세대상에서 제외하고 9억 원초과분은 중과세되는 1세대 3주택으로 본 것은 부당하며, 9억 원 초과분에 대한 양도차익에 대한 중과세율 적용규정이 없어 조세법률주의에 반하고, 장기보유특별공제와 관련하여 구 소득세법 제95조 제2항 단서가 본문에 우선하여 적용되어야 하며, 2021. 2. 17. 개정된 소득세법 시행령 제167조의3 규정이 반성적 고려에서 신설되었고, 원고는 투기목적이 없이 주거 이전의 목적으로 장기임대주택 외에 2주택을 소유하게 되어대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 등에 비추어 중과할 수 없다고 주장한다. 예비적으로 원고는 이 사건 주택의 취득일이 소득세법 부칙(2008. 12. 26. 법률 제9270호, 2010. 12. 27. 법률 제10408호로 개정된 것) 제14조 제1항(이하 ‘이 사건 부칙조항’이라 한다)에서 정한 ‘2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지’이므로, 위 부칙조항에 따른 특례에 따라 구 소득세법 제104조 제1항 제1호 에서 정한 일반세율을 적용하여야 한다고 주장한다.
• 나. 관계 법령 별지1 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 주위적 주장에 대한 판단

1. 구 소득세법령의 해석상 장기보유특별공제 및 중과세율 적용 여부

• 가) 양도소득에 대한 세율은 구 소득세법 제104조 에 따라 계산하게 되는데, 건물(주택)의 경우 원칙적으로 구 소득세법 제55조 제1항 에 따른 일반세율을 적용하되(제1항 제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용하고(제7항 제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하게 된다(제7항 제3호). 한편, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 은 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 ‘국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서 제1호에서 수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을, 제2호에서 장기임대주택을, 제10호에서 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(일반주택)을 들고 있다. 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 은 ”대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택”에 관하여 ‘국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서 제1호에서 수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을, 제2호에서 장기임대주택 등(제167조의3 제1항 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택)을, 제8호에서 일시적 2주택 등을 들고 있다.
• 나) 이러한 소득세 관련 법령의 문언 및 체계를 살펴보면, 양도소득에 대한 세율은 주택 수에 따라 결정되는데, 1세대가 소유하는 주택수가 1개인지, 2개인지, 3개 이상인지 여부는 원칙적으로 거주자가 실제 소유하는 모든 주택을 대상으로 하는 점, 다만, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호, 제167조의10 제1항 제1호에 규정된 주택(수도권 및 광역시, 특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택)만이 주택수 산정에서 제외될 뿐 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항, 제167조의10 제1항의 나머지 각 호에 규정된 주택은 그것이 비록 1세대 1주택 특례에 해당하는 장기임대주택, 대체주택 등이라 할지라도 모두 주택수 산정에는 포함되고, 그것이 양도대상이 되는 경우에만 중과세율이 적용되지 않는 점, 일시적 2주택의 경우 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제8호 에서는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 예외로 규정하고 있는 반면, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 에서는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 예외로 규정하고 있지 않은 점 등에 비추어 보면, 이 사건에서 원고가 소유하고 있는 주택들은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호 에 정한 주택에 해당하지 않으므로, 일단 주택수 산정에 있어 모두 포함하여 계산하여야 하고, 양도 대상인 이 사건 주택이 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각호에서 정한 주택에 해당하지 아니하므로(구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호 에서는 일반주택을 중과세율 배제 대상으로 규정하고 있으나, 이 사건 양도 당시 장기임대주택인 이 사건 임대주택 이외에 대체주택인 이 사건 대체주택도 소유하고 있었으므로, 이 사건 주택은 위 제10호 소정의 일반주택에 해당하지 않는다), 이 사건 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 에서 규정한 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 양도한 경우에 해당하여 중과세율이 적용된다고 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 양도에 구 소득세법 제95조 제2항, 제104조 제7항 제3호에 따라 장기보유특별공제를 적용하지 아니하고, 같은 법 제104조 제7항 제3호에 따른 중과세율을 적용하여 한 이 사건 처분은 적법하고, 조세법률주의 위반도 없어 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2. 고가주택의 경우에도 장기보유특별공제가 적용되어야 하는지 여부 살피건대, 구 소득세법 제95조 제2항 의 문언과 체계에 비추어, 구 소득세법 제95조 제2항 표 외의 부분 본문은 장기보유특별공제 대상이 되는 자산을 ‘제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것…(중략)…’으로 한정하고 있고, 같은 항 단서에서 규정한 ‘자산’은 위 본문에서 규정한 장기보유특별공제 대상에 해당하는 자산을 의미한다고 보아야 할 것이므로, 구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 해당하여 구 소득세법 제95조 제2항 본문 첫 번째 괄호 안 규정에 따라 장기보유특별공제 대상에서 제외된 자산인 경우에는 같은 항 단서가 적용될 여지가 없다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 개정된 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 의 개정 취지 소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정된 것) 제167조의3 제1항 제13호는 ‘제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택’을 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에서 제외하는 것으로 규정하고 있으나, 위 개정 규정은 이를 소급 적용하는 규정을 마련하지 않았는바, 국가의 조세정책은 탄력적․합리적으로 운용할 필요성이 큰 만큼 조세에 관한 법규와 제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점을 감안하면, 위 개정규정이 구 소득세법 시행령 제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대 1주택으로 보게 되는 경우를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에서 제외한 것은, 그 부작위가 위법하다는 인식 하에 그 위법적 요소를 없애려는 반성적 고려에서 비롯된 것이라기보다는 입법자가 조세감면의 혜택을 받는 범위를 합리적으로 조정하기 위한 입법재량권 행사에 따라 이루어진 것으로 봄이 타당하다.

4. 중과세율을 적용할 수 없는 특별한 사정이 인정되는지 여부

• 가) 투기목적의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하려는 취지에서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 대하여 중과세율을 적용하도록 하는 한편, 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민과 중산층의 주거안정을 지원하기 위하여 장기임대주택과 더불어 일반주택도 중과세율의 적용 대상에서 제외하는 위 관련 규정의 입법 취지 등에 비추어 보면, 일반주택(종전주택)과 장기임대주택을 소유한 거주자가 대체주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 등 참조).
• 나) 살피건대, 원고에게 투기 등 목적이 없었던 것으로 보이기는 하나, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고에게 중과세율을 적용할 수 없는 특별한 사정이 있다고 볼 수 없다. 따라서 이 부분 원고 주장도 받아들이지 아니한다.

① 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 은 일괄적으로 중과세 대상이 된다고 할 경우의 불합리를 방지하기 위하여 1세대 3주택 이상에서 제외되는 주택에 대하여 상세히 규정하고 있는 점, 이러한 예외에 해당하지 않는 한 모두 중과세 대상에 포함하려는 것이 당초 입법의도로 보이는 점, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건을 막론하고 조세법규의 해석은 엄격히 하여야 하며, 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는 점 등을 종합하여 보면, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 의 ‘국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 양도하는 주택’을 투기 목적으로 소유하는 경우에 한정하여 적용되는 것으로 해석하기는 어렵다.

② 원고로서는 이 사건 대체주택을 취득하기 전에 얼마든지 보유하고 있던 다른 주택을 양도함으로써 3주택 이상을 보유하지 않을 수 있었던 것으로 보이고, 다른 주택을 처분하는 데에 특별한 제약이 있었던 것으로 보이지 않으며, 이 사건 주택의 매수인의 요구에 따라 잔금지급기일을 조정하는 등으로 인하여 이 사건 대체주택의 취득과 이 사건 주택의 양도의 순서가 바뀌는 등의 특별한 사정도 없다.

③ 원고는 주거를 이전하기 위한 목적으로 이 사건 대체주택을 취득한 것은 아닌 것으로 보이며, 실제로 원고가 이 사건 주택을 양도한 이후 이 사건 대체주택으로 주거를 이전한 사실도 확인되지 않는다.

④ 원고는 2019. 3. 4. 이 사건 대체주택을 취득하였고, 2020. 12. 21. 이 사건 주택을 양도하였는데, 이 사건 대체주택과 이 사건 주택을 중복으로 보유한 기간이 1년 9개월 정도에 이르러 이를 두고 사회통념상 일시적이라고 할 수도 없다.

• 라. 예비적 주장에 관한 판단

1. 법률의 개정 시에 종전 법률 부칙의 경과규정을 개정하거나 삭제하는 명시적인 조치가 없다면 개정 법률에 다시 경과규정을 두지 않았다고 하여도 부칙의 경과규정이 당연히 실효되는 것은 아니다(대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결 참조). 이는경과규정 뿐 아니라 다른 부칙조항에서도 마찬가지라 할 것이다. 이 사건 부칙조항 이후에 여러 차례 소득세법의 개정이 있었지만, 이 사건 부칙조항을 삭제하거나 그에 대한 경과규정(예를 들어 ‘0000. 00. 00.까지의 양도분에 한해서만 적용한다’)을 두는 등의 명시적인 조치가 없었고, 현재까지 그대로 존속하고 있다. 이 사건 부칙조항 자체에 효력기한이나 적용기한이 설정된 것도 아니다.

2. 법률의 부칙도 본칙과 동일한 효력을 갖는다. 이 사건 부칙조항은 ‘제104조 제1항 제4호의 규정에도 불구하고’라고 되어 있고, 당시 제104조 제1항 제4호는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 대한 중과세율 규정이다. 이 사건 부칙조항의 의미는 결국 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택이라 하더라도, 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제55조 제1항(일반세율)에 따른 세율을 적용한다’라는 것이다. 즉 위 기간 동안 취득한 자산은 그 양도시기에 관계없이 특례를 규정한 것이다.

3. 이 사건 부칙조항이 적용되는 취득기간은 2009. 3. 16.부터 2012. 12. 31.까지이고, 원고는 그 기간 내인 2010. 8. 20. 이 사건 주택을 취득하여 2년 이상 보유하다 양도하였으므로, 이 사건 부칙조항에 따른 일반세율이 적용되어야 한다.

4. 이 사건 양도에 대하여 이 사건 부칙조항에 따른 일반세율을 적용한 정당세액이 별지2 정당세액 계산표 기재와 같이 000,000,000원이므로 이 사건 처분 중 위 정당세액을 초과한 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각한다.