조합원입주권의 취득시기는 관리처분계획의 인가일임

1. 피고가 2022. 1. 12. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 양도소득세 000,000,000원(가산세 000,000,000원 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문 제1항과 같다.

• 가. 원고는 2005. 5. 16. 도시 및 주거환경정비법(이하 ‘도시정비법’이라고 한다)에 따라 주택재건축 사업시행인가를 받은 재건축아파트(서울 000아파트 00동 00호, 이하 ‘종전아파트’라고 한다)를 2006. 6. 00. 취득하였다. 위 재건축아파트의 주택재건축사업에 관하여는 2010. 8. 00. 관리처분계획인가를 거쳐 2016. 8. 00. 사용승인이 이루어졌고, 원고가 소유하던 종전아파트는 ‘서울 XXX아파트 XX동 XX호’(이하 ‘신축아파트’라고 한다)로 전환되었다. 원고는 2017. 9. 00. 신축아파트를 0억 000만 원에 양도하고 1세대 1주택(고가주택)으로서 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세를 신고하였다. 나.피고는, 원고가 종전아파트를 취득할 당시 이는 법적으로 ‘부동산’이 아니라 ‘조합원입주권’에 해당하였음을 전제로 양도대상인 신축아파트 자체만 가지고 장기보유특별공제의 적용 여부를 살펴야 한다는 관점에 따라, 원고가 신축아파트를 취득한 시기는 사용승인일인 2016. 8. 00.인 반면 신축아파트의 양도시기는 2017. 9. 00.로서 장기보유특별공제가 적용되기 위한 보유기간(3년)을 충족하지 못하였다는 이유로, 2022. 1.00. 원고에 대하여 장기보유특별공제를 완전히 배제한 가운데 2017년 귀속 양도소득세 000,000,000원(가산세 000,000,000원 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증의 각 기재

별지 관계법령 기재와 같다.

• 가. 당사자의 주장 요지

1. 원고 피고는 종전아파트가 조합원입주권으로 변환된 시점을 사업시행인가일인 2005. 5. 00.로 잡은 다음, 종전아파트의 취득 시점(2006. 6.00.)이 위 날짜보다 시간적으로 나중인 이상, 원고가 종전아파트와 관련해서는 ‘부동산’ 자체가 아니라 ‘조합원입주권’을 원조합원으로부터 승계취득하였을 따름이고, 이에 따라 원고가 신축아파트를 양도한 것과 관련하여 장기보유특별공제가 적용되기 위한 보유기간(3년) 요건이 충족되었는지를 살핌에 있어서도 구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되어 2018.1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라고 한다) 제95조 제2항 중 두 번째 괄호 부분(조합원으로부터 취득한 조합원입주권을 장기보유특별공제를 받을 수 있는 자산의 범위에서 제외하고 있다)의 취지를 고려하여 종전아파트(그 법적 성격이 ‘부동산’이든, ‘조합원입주권’이든)를 보유한 기간 일체가 통산ㆍ반영되어서는 아니 된다는 점을 장기보유특별공제가 배제되어야 하는 근거로 제시하고 있다. 그러나 이러한 피고의 과세논리에 의하더라도 종전아파트가 조합원입주권으로 변환된 시기는 피고가 주장하는 바와 같이 사업시행인가일이 아니라 관리처분계획인가일(2010. 8. 24.)이고, 이에 따라 원고가 종전아파트를 취득할 당시(2006. 6.00.) 종전아파트는 ‘조합원입주권’이 아니라 ‘부동산’ 자체에 해당한다고 보아야 한다. 이에 따라 신축아파트의 양도에 관하여는 원고가 종전아파트를 보유한 기간과 신축아파트를 보유한 기간 모두를 통산ㆍ반영한 가운데 1세대 1주택에 해당하는 자산의 장기보유특별공제가 주어져야 할 것인바, 이와 다른 전제에서 이루어진 피고의 이 사건 부과처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

2. 피고 원고가 종전아파트를 취득한 시점(2006. 6.00.)이 사업시행인가일(2005. 5. 16.)보다 시간적으로 나중인 이상, 구 소득세법 시행령(2003. 6. 30. 대통령령 제18044호로 개정되기 전의 것) 제155조 제16항과 개정 전/후 시행령 제155조 제16항 및 부칙<대통령령 제18044호, 2003. 6. 30.> 제1조, 부칙<대통령령 제18850호, 2005. 5. 31.> 제4항에 따라 원고는 ‘부동산’이 아닌 ‘조합원입주권’을 당시 취득한 것으로 보아야 한다. 이 렇게 볼 경우, 원고는 종전아파트를 취득하였을 당시 원조합원으로부터 조합원입주권을 승계취득한 지위에 불과하므로, 구 소득세법 제95조 제2항 중 두 번째 괄호 부분의 취지에 따라(즉, 만일 원고가 ‘조합원입주권’으로서의 종전아파트를 양도하였을 경우 위 괄호 부분에 걸려서 장기보유특별공제를 적용받지 못하였을 것이라는 점과의 균형상) 신축아파트가 양도된 본건의 경우에도 원고가 종전아파트를 보유한 기간(2016. 8. 00.전까지의)은 장기보유특별공제가 적용되기 위한 보유기간에 일체 산입되어서는 아니된다. 그렇다면, 원고에 대해서는 사용승인일(2016. 8. 30.)부터 신축아파트를 양도한 시점(2017. 9. 00.)까지의 기간만 고려될 수 있을 뿐인데, 위 기간은 장기보유특별공제가 적용되기 위한 3년에 미달하여 원고는 장기보유특별공제를 일체 받을 수 없다 할 것이므로, 같은 이유로 이루어진 이 사건 부과처분은 적법하다.]

• 나. 판단 도시정비법에 따른 재건축사업의 경우 조합원입주권 취득시기는 도시정비법에 따라 정해진다고 할 것인바, 2002. 12. 30. 법률 제6852호로 제정되어 2003. 7. 1.부터 시행된 도시정비법에 의하면, 사업시행인가 이외에도 관리처분계획인가까지 받아야 비로소 ‘입주자로 선정된 지위’ 즉 조합원입주권을 취득하게 된다고 보아야 한다[이 사건 양도 당시 적용된 구 소득세법 제89조 제1항 제4호 역시 조합원입주권의 취득시기가 관리처분계획의 인가일임을 전제로 삼고 있다. 반면 피고가 들고 있는 구 소득세법 시행령(2003. 6. 30. 대통령령 제18044호로 개정되기 전의 것) 제155조 제16항과 개정전/후 시행령 제155조 제16항 및 부칙<대통령령 제18044호, 2003. 6. 30.> 제1조, 부칙<대통령령 제18850호, 2005. 5. 31.> 제4항은, 조합원입주권 자체를 양도하였을 경우에나 적용되는 규정으로서, 도시정비법에 따른 재건축사업으로 신축된 주택을 양도한 경우에 대해서까지 기존주택이 조합원입주권으로 전환되는 시기를 관리처분계획의 인가가 이루어진 날과는 별도로 정한 규정이라고 볼 수 없다]. 따라서 이 사건의 경우, 도시정비법에 따라 종전아파트가 조합원입주권으로 전환는 기준일에 해당하는 관리처분계획인가일(2010. 8. 00.)보다 먼저 원고가 종전아파트를 취득한 이상, ‘부동산’으로서의 종전아파트를 취득하였다고 보아야 한다. 그러므로 원고가 ‘조합원입주권’으로서의 종전아파트를 취득하였고 이에 따라 종전아파트의 취득 당시 원조합원으로부터 조합원입주권을 승계취득하였다는 전제 하에 구 소득세법 제95조 제2항 의 두 번째 괄호 부분에 기대어 일체의 장기보유특별공제가 배제되어야 한다는 취지의 피고 과세논리는 그 자체로 타당하다고 볼 수 없고, 이에 기초한 이 사건 부과처분은 위법을 면할 수 없다고 할 것이다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.