지연손해금의 변제에 우선 충당되었다고 본 처분은 적법하고 추가공사대금채권은 201x 사업연도 무렵에는 그 소득의 실현 가능성이 상당히 높은 정도로 성숙․확정되었다고 봄이 타당하므로 법인세 과세표준 신고기한의 다음 날부터 5년이 경과하여 부과제척기간을 도과한 처분은 위법함

사 건 2022구합76528 법인세등부과처분취소 원 고 AAA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2023. 12. 21. 판 결 선 고

2024. 03. 07.

1. 피고가 202x. 7. 21. 원고에 대하여 한 201x 사업연도 귀속 법인세 x,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용의 4/5는 원고가, 나머지는 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주위적으로, 피고가 202x. 7. 21. 원고에 대하여 한 별지 1 목록 기재 각 부과처분을 각 취소한다. 예비적으로, 피고가 202x. 7. 21. 원고에 대하여 한, 별지 2 목록 기재 각 부과처분을 각 취소하고, 201x 사업연도 귀속 법인세에 대해서는 과세표준 xx,xxx,xxx,xxx원 중 xx,xxx,xxx,xxx원을, 산출세액 x,xxx,xxx,xxx원 중 x,xxx,xxx,xxx원을 각 초과하는 부분을 취소한다.

• 가. 원고는 주택건설업 및 분양, 매매 임대업 등을 영위하는 법인으로, **지방국세청장은 202x. 1. 8.부터 202x. 4. 18.까지 원고의 2015 내지 2018 사업연도에 대한 세무조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시하였고 아래 <표 1> 기재와 같은 세무조사 결과를 피고에게 통보하였다.
• 나. 피고는 202x. 7. 21. 원고에게 아래 <표 2>와 같이 201x 내지 201x 사업연도에 대한 법인세(가산세 포함) 합계 x,xxx,xxx,xxx원과 201x년 제2기 및 201x년 제2기 부가가치세(가산세 포함) 합계 x,xxx,xxx,xxx원을 각 경정․고지하였다.
• 다. 이에 불복하여 원고는 2020. 9. 24. 조세심판원에 심판 청구하였고, 조세심판원은 202x. 5. 25. ‘<표 1> 기재 순번 1번, 5번, 6번, 10번 각 항목에 관한 원고의 주장을 일부 인용하고 순번 2번 항목에 관하여는 원고가 201x. 12. 21. 주식회사 자산신탁(이하 ’신탁‘이라 한다)으로부터 담보신탁된 부동산 26호를 양수할 당시의 매매계약서상 채권의 변제충당 순서에 관한 계약내용의 신빙성에 대하여 재조사하라.’는 취지의 일부 심판청구 인용 및 재조사 결정(이하 ‘이 사건 재조사 결정’이라 한다)을 하였다.
• 라. 피고는 202x. 6. 15. 201x 사업연도 귀속 법인세 xxx,xxx,xxx원, 201x 사업연도 귀속 법인세 xx,xxx,xxx원, 201x 사업연도 귀속 법인세 x,xxx,xxx,xxx원, 201x년 제2기 귀속 부가가치세 x,xxx,xxx,xxx원을 감액 경정하였고, 202x. 7. 26. 이 사건 재조사 결정의 취지에 따라 재조사를 거쳐 원고와 **신탁 사이의 매매계약서상 채권의 변제충당 순서에 관한 계약내용의 신빙성을 인정하여 부동산 26호의 취득가액 x,xxx,xxx,xxx원 상당이 공사대금 원금, 이자, 기타 순으로 변제 충당되었다고 보아 201x 사업연도 귀속 법인세 x,xxx,xxx,xxx원을 감액 경정하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 관계 법령은 별지 3 기재와 같다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제3호증(가지번호가 있는 경우 가지번호를 포함한다, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 주위적 청구 이 사건 처분에는 아래와 같은 위법이 있으므로 취소되어야 한다.

1. A 재건축사업 공사대금 지연회수로 인한 지연손해금 익금산입 누락 관련 원고와 A 종합시장 재건축조합과 사이에는 공사대금을 원금, 이자, 기타 순으로 변제 충당하기로 하는 합의가 있었고, 설령 그렇지 않더라도 201x. 12. 21. 신탁과 매매계약을 체결하면서 공사대금을 위와 같은 순서로 변제 충당하기로 합의한 이상 그 이후의 공사대금 잔존 채권에 대해서는 위와 같은 원금 우선 충당 합의가 있었다고 보아야 한다. 그럼에도 원고가 A 종합시장 재건축조합으로부터 지급받은 85억 원 상당의 공사대금 중에서 신탁으로부터 매수한 부동산 26호의 취득가액 x,xxx,xxx,xxx원 상당을 제외한 나머지 금액이 법정충당 순서에 따라 변제되었다는 전제 하에 이를 201x 사업연도 내지 201x 사업연도 귀속 법인세의 익금에 산입한 이 부분 처분은 위법하다.

2. 웅포관광개발 임의계상 잡손실 부인 및 추가공사용역의 수익인식 누락 관련

• 가) 원고가 201x년 사업연도에 잡손실로 처리한 웅포관광개발 주식회사(이하 ‘B개발’이라 한다)에 대한 공사대금 채권은 법인세법 제19조의2 제1항, 같은 법 시행령 제19조의2 제1항 제8호에서 정한 ‘채무자의 강제집행 등으로 회수할 수 없는 채권’에 해당하므로 대손금에 해당하여 손금산입 대상이다. 그럼에도 이를 201x 사업연도 귀속 법인세의 손금으로 인정하지 아니한 이 부분 처분은 위법하다.
• 나) B개발에 대한 공사대금은 부가가치세법에서 정한 용역의 공급시기에 해당하는 201x년 사업연도에 익금의 귀속시기가 도래하였고 그로부터 부과제척기간 5년이 경과하였다. 또한 피고는 201x년경 시행한 정기 세무조사 과정에서 위 공사대금을 이미 조사하였으므로 이 사건 세무조사는 국세기본법 제81조의4 제2항 에서 금지하는 재조사에 해당한다. 그럼에도 B개발에 대한 공사대금을 201x 사업연도 귀속 법인세의 익금에 산입한 이 부분 처분은 위법하다.

3. 이의유보 의사표시를 하고 수령한 법원공탁금 익금산입 누락 관련 원고가 호텔○피에프브이 주식회사(이하 ‘호텔○’이라 한다)와의 중재 과정에서 수령한 공탁금은 향후 중재판정 등으로 공사대금 범위가 확정되기 전까지는 익금이 확정되었다고 보기 어렵다. 그럼에도 이를 201x년 사업연도 귀속 법인세 익금 및 201x년 제2기 귀속 부가가치세의 공급가액에 산입한 이 부분 처분은 위법하다.

4. 특수관계법인 업무를 공동으로 수행한 직원의 인건비 등을 공동경비로 보아 과다계상액 손금불산입 관련 원고의 직원들은 원고의 업무만을 단독으로 수행하였고 엔지니어링 주식회사(이하 ‘엔지니어링’이라 한다)의 업무를 수행한 사실이 없다. 그럼에도 권영근, 이상정 등의 직원들이 원고와 **엔지니어링의 업무를 공동으로 수행한 것으로 보아 이들에 대한 2015 사업연도부터 2018 사업연도까지의 인건비 중 공동경비 분담기준을 초과한 부분을 법인세 손금으로 인정하지 아니한 이 부분 처분은 위법하다.

5. 특수관계인에게 제공한 저가 건설용역에 대해 투입원가를 시가로 보아 부당행위계산부인 적용 관련 원고가 D에게 제공한 사당동 보미빌딩 건설용역대금은 원고가 제3자에게 제공한 유사 공사의 용역대금 액수에 비해 오히려 높다. 그럼에도 D에게 제공한 건설용역에 관한 용역대금을 초과하여 발생한 x억 x,000만 원의 공사원가 부분이 용역의 저가 공급으로 부당행위계산의 부인 대상에 해당한다고 보아 201x 사업연도 귀속 법인세의 익금으로 인정한 이 부분 처분은 위법하다.

6. 비상근등기임원에게 지급한 인건비 등의 손금불산입 관련 H는 원고의 비상근 임원으로 근무하면서 수시로 원고의 경영에 참여하여 왔으므로, H에게 지급된 2018년도 급여와 H가 201x년부터 201x년까지 사용한 법인카드사용액을 201x 사업연도 내지 201x 사업연도 귀속 법인세의 손금으로 인정하지 아니한 이 부분 처분은 위법하다.

• 나. 예비적 청구 2018 사업연도 귀속 법인세 부과처분이 피고의 감액 경정에 따라 이미 취소되어 모두 소멸하였다 하더라도 위 부과처분 중 과세표준 xx,xxx,xxx,xxx원, 산출세액 x,xxx,xxx,xxx원에 해당하는 부분은 여전히 남아있고 그 중에서 원고가 이 사건 소로써 다투는 것은 과세표준 합계 x,xxx,xxx,xxx원, 산출세액 xxx,xxx,xxx원에 해당하는 부분이므로, 201x 사업연도 귀속 법인세 부과처분 중 법인세 과세표준 xx,xxx,xxx,xxx원, 산출세액 x,xxx,xxx,xxx원을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

• 가. 본안전항변의 요지 원고는 201x 사업연도 귀속 법인세에 관한 xx,xxx,xxx원의 증액경정처분의 취소를 구하고 있으나, 피고가 이 사건 재조사 결정에 따라 원고에게 201x 사업연도 귀속 법인세 x,xxx,xxx,xxx원을 감액 경정하였으므로, 원고의 위 청구는 이미 취소되어 소멸한 처분을 대상으로 한 것이서 소의 이익이 없어 부적법하다.
• 나. 판단 과세처분취소소송의 소송물은 정당한 과세표준 및 세액의 객관적 존부이고(대법원 1997. 10. 24. 선고 97누2429 판결 등 참조), 과세표준과 세액을 증액하는 증액경정처분은 당초 납세의무자가 신고하거나 과세관청이 결정한 과세표준과 세액을 그대로 둔채 탈루된 부분만을 추가로 확정하는 처분이 아니라 당초신고나 결정에서 확정된 과세표준과 세액을 포함하여 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것으로(대법원 2012. 3. 29. 선고 2011두4855 판결) 과세처분이 있은 후 이를 증액하는 경정처분이 있으면 당초 처분은 경정처분에 흡수되어 독립된 존재가치를 상실하여 소멸하는 것이고, 그 후 다시 이를 감액하는 재경정처분이 있으면 재경정처분은 위 증액경정처분과는 별개인 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 위 증액경정처분의 변경이고 그에 의하여 세액의 일부 취소라는 납세의무자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이라 할 것이므로, 그 감액하는 재경정결정으로도 아직 취소되지 않고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우 항고소송의 대상은 그 증액경정처분 중 감액재경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이다(대법원 1996. 7. 30. 선고 95누6328 판결 참조). 앞서 든 증거, 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고가 202x. 7. 21. 원고에게 201x사업연도 귀속 법인세 xx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 증액 경정을 고지하였는데, 이는 과세표준 xx,xxx,xxx,xxx원에 대한 산출세액 x,xxx,xxx,xxx원에 가산세 xx,xxx,xxx원을 더한 다음 법정공제 및 원고의 기납부세액의 합계 x,xxx,xxx,xxx원을 공제한 금액인 사실, 이후 피고는 <표 1> 기재 순번 1번 항목에 관한 원고의 주장을 일부 인용하는 취지의 이 사건 재조사결정에 따라 2018 사업연도 귀속 법인세 x,xxx,xxx,xxx원을 감액 경정한 사실을 각 인정할 수 있다. 위 인정사실에 의하면, 원고는 위와 같은 감액경정으로도 아직 취소되지 않고 남아 있는 부분(<표 1> 기재 순번 2번, 4번, 7번, 9번 각 항목)이 여전히 위법하다고 주장하며 다투고 있으므로, 항고소송의 대상은 증액경정처분 중 감액경정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분 중 일부청구로서 원고가 구하는 xx,xxx,xxx원이라 할 것이다. 따라서 피고의 본안전항변은 받아들이지 않는다.

• 가. A 재건축사업 관련 공사대금 지연회수로 인한 지연손해금 익금산입 누락 관련

1. 인정사실

• 가) 원고는 200x. 2. 17. A 종합시장 재건축조합(이하 ‘조합’이라 한다)으로 부터 주상복합건물 및 부대시설 건축공사를 도급받았고, 201x. 4. 6. 조합과 사이에 위 공사계약에 따라 신축한 건물 중 26개 호실에 관하여 위탁자를 조합, 원고를 1순위 우선 수익자로 하는 담보 및 처분 신탁계약을 체결하고 위 각 호실의 처분 및 환가로 취득한 금액을 공사대금 변제에 충당하기로 하는 내용의 사업약정을 하였다.
• 나) 원고는 201x. 7. 9. 공사를 완료한 다음 201x 사업연도부터 201x 사업연도까지 조합으로부터 지급받은 공사대금을 모두 공사대금 원금 변제에 우선 충당한 것으로 회계 처리하였다.
• 다) 원고는 201x. 12. 7. 위 공사계약에 따라 신축된 건물의 수탁자인 **신탁에 공사대금 채권의 내역을 알리는 내용의 채권신고서를 제출하였는데, 채권신고서에는 원고가 조합으로부터 지급받은 공사대금을 지연이자에 우선 충당한 것으로 기재되어 있다.
• 라) 원고는 201x. 12. 21. **신탁으로부터 위 26개 호실을 매수하였는데, 매매계약서 제5조에는 ‘매도인과 매수인은 위탁자(조합)가 기한이익을 상실함에 따라 원고가 위탁자에 가지는 채권(공사대금원금, 이자, 기타 순)을 변제받기 위하여 본 매매계약을 체결하였다’는 내용이 기재되어 있다. [인정근거] 갑 제5호증의 기재, 변론 전체의 취지

2. 관련 법리 및 규정 민법 제479조 제1항 은 ‘채무자가 1개 또는 수개의 채무의 비용 및 이자를 지급할 경우에 변제자가 그 전부를 소멸하게 하지 못한 급여를 한 때에는 비용, 이자, 원본의 순서로 변제에 충당하여야 한다’고 규정하고 있다. 그런데 비용, 이자, 원본에 대한 변제충당에 관해서는 민법 제479조 에 충당 순서가 법정되어 있고 지정 변제충당에 관한 민법 제476조 는 준용되지 않으므로 당사자가 법정 순서와 다르게 일방적으로 충당순서를 지정할 수 없다(대법원 1990. 11. 9. 선고 90다카7262 판결 등 참조).

3. 구체적 판단 앞서 인정한 사실에다가 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 주장하는 사정만으로는 원고와 조합 사이에 공사대금 원금에 우선 충당하기로 합의하거나 원고가 그와 같이 지정권을 행사하였음을 인정하기 어렵다. 따라서 민법 제479조 에서 정한 법정변제충당의 방법에 따라 지연손해금의 변제에 우선 충당되었다고 본 피고의 이 부분 처분은 적법하다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

• 가) 원고와 조합 사이에 체결된 공사계약서에는 공사대금 미지급금액에 대하여 지급기한의 다음날부터 연 18%의 이율에 따른 지연손해금이 발생한다는 내용이 규정되어 있을 뿐(제24조 제1항) 공사대금을 원금의 변제에 우선 충당한다는 내용은 기재되어 있지 않다.
• 나) 원고가 **신탁에 제출한 채권신고서에는 이미 변제받은 공사대금이 법정변제충당의 방법에 따라 지연손해금의 변제에 우선 충당된 것으로 기재되어 있고 달리 그 무렵 원고와 조합 사이에 공사대금 채권의 변제충당에 관한 별도의 합의가 있었던 것으로 볼 만한 자료가 없다.
• 다) 원고가 신탁으로부터 26개 호실을 매수하면서 매수대금을 공사대금 원금에 우선적으로 충당한다는 합의가 있었으나, 매매계약의 내용은 신탁이 원고에게 대물변제로 지급하게 되는 매매대금의 변제 충당에 관한 것일 뿐, 원고가 그 전에 변제받은 금액을 공사대금 원금에 충당하기로 한다거나 향후 잔여 공사대금 채권의 충당방법까지 정한다고 볼 만한 특별한 사정이 없다. 라) 민법 제476조 제2항 에서 정한 지정 변제충당이 성립하기 위해서는 지정의 의사표시가 상대방에게 도달하여야 하는데 원고가 조합으로부터 공사대금을 지급받으면서 원금 우선 충당에 관한 지정의 의사표시를 하였다고 볼 만한 자료가 없고 설령 그와 같은 의사표시를 하였다 하더라도 원고는 법정 순서와 다르게 일방적으로 충당순서를 지정할 수 없으므로 지정충당으로서의 효력이 인정될 수 없다.
• 나. B개발 임의계상 잡손실 부인 및 추가공사용역의 수익인식 누락 관련

1. 인정사실

• 가) 공사도급계약 및 대여계약의 체결

(1) 원고는 2006. 8. 2.부터 2007. 9. 18.까지 B개발과 사이에 시 면 리 소재 리버 골프리조트 공사 중 아래 <표 3> 기재와 같은 내용의 공사에 관한 도급계약을 체결하였다.

(2) 원고는 B개발에게 200x. 8. 16. x,000,000,000원, 200x. 9. 19. x,000,000,000원 합계 x,000,000,000원을 대여하였다.

• 나) 공사의 중단 및 관련 채무의 정산합의

(1) 원고는 200x. 10. 31.경까지 골프텔 신축공사를 제외한 공사를 마쳤고, 골프텔 신축공사를 계속하여 진행하다가 200x. 2.초경 공사를 중단하였다.

(2) 원고는 B개발에게 골프텔 신축공사 1차 기성금 x,xxx,xxx,xxx원에 대한 세금계산서를 발행하여 공사비를 청구하였고, 200x. 6. 무렵까지 B개발은 원고에게 위 x,xxx,xxx,xxx원을 모두 지급하였다.

(3) 원고는 200x. 7. 23. B개발에 공사중단일인 200x. 1. 31. 이전에 이루어진 공사의 2차 기성부분에 대해 x,xxx,xxx,xxx원의 정산내역서를 제출하였으나, B개발은 200x. 7. 31. 이 부분에 대한 기성금을 xxx,xxx,xxx원으로 하는 협의정산내역서를 원고에게 보냈다. 이에 원고는 위 정산안을 거절하면서 같은 날 B개발에 x,xxx,xxx,xxx원의 정산내역서를 제출하였다.

(4) 원고는 B개발과 공사 재개 관련 협의를 하면서 차용금의 미지급 부분 및 지연이자 합계 x,xxx,xxx,xxx원의 지급을 요구하였고, 이에 B개발은 201x. 2.경 차용금의 이자 감면을 요구하여 원고와 B개발은 차용금 채권액을 합계 x,xxx,xxx,xxx원으로 감액하기로 합의하였다. 원고는 201x. 6. 17.경 서울**지방법원 2009타경3945 경매사건에서 xx억 원을 배당받아 위 채권의 일부 변제에 충당한 후 B개발과 남은 차용금 채권을 x,xxx,xxx,xxx원으로 한 이 사건 정산합의(이하 ‘이 사건 정산합의’라 한다)를 하였다.

(5) 원고는 201x. 8. 15.부터 중단되었던 골프텔 신축공사를 재개하여 진행하다가 2011. 5. 31. 다시 공사를 중단하였다.

• 다) 추가공사대금에 관한 합의

(1) 원고는 201x. 7. 25. B개발에 공사중단일인 200x. 1. 31. 전에 이루어졌으나 세금계산서를 발행하여 청구하지 않았던 공사비 xxx,xxx,xxx원의 지급을 청구하는 기성금 청구 공문을 발송하였다.

(2) 원고는 201x. 2. 9. B개발에 x,xxx,xxx,xxx원의 기성금을 청구하는 공문을 발송하였는데, 위 x,xxx,xxx,xxx원은 골프텔 공사가 재개된 201x. 8. 15.부터 201x. 5. 31.까지의 골프텔 기성청구금 x,xxx,xxx,xxx원에 미청구 공사대금 xxx,xxx,xxx원을 합한 x,xxx,xxx,xxx원에서 B개발로부터 회수한 xx억 원을 차감하는 방식으로 산정된 기성금이었다. 이에 대하여 B개발은 201x. 7. 3. ‘201x. 5. 31. 기준 미지급 공사비 x,xxx,xxx,xxx원은 상호 정산이 완료되지 않아 계산서가 발행되지 않은 기성금으로 상호 재정산이 필요한 기성금이다’는 내용의 공문을 발송하였다.

(3) 원고와 B개발은 201x. 1. 17.경 201x. 8. 재개한 공사 부분에 대한 기성금을 x,xxx,xxx,xxx원으로 확정하기로 합의하였고, 원고는 같은 날 위 기성금에 포함되지 않은 미청구 공사대금 명목의 xxx,xxx,xxx원을 청구하는 내용증명을 발송하였다.

• 라) 관련 소송의 진행 경과 B개발은 2015. 1. 5. 원고를 상대로 잔여 공사대금 등 채무 부존재 확인의 소를 제기하였는데 1심 법원은 201x. 8. 10. B개발의 청구를 일부 인용하는 내용의 판결을 선고하였고(서울지방법원 2015가합20258) 200x. 4. 28. B개발의 항소가 기각되어(서울법원 2016나2066866) 위 판결은 201x. 5. 16. 확정되었다(이하 위 사건을 ‘관련 민사사건’이라 한다). B개발은 관련 민사사건에서 201x. 8. 15.부터 201x. 5. 31.까지의 공사 부분에 대한 기성금 x,xxx,xxx,xxx원에 대해서는 다투지 않았고 200x. 1. 31. 전에 이루어진 공사 부분에 대한 기성금으로서 원고가 청구한 xxx,xxx,xxx원에 대해서는 이 사건 정산합의에 포함되어 정산된 것이므로 이를 추가로 지급할 수 없다는 취지로 주장하였으나, 법원은 위 주장을 받아들이지 않았다.
• 마) B개발에 대한 회생절차 등의 진행 경과

(1) 원고는 B개발의 대표이사 K와 그의 배우자 L 소유의 각 부동산에 관한 임의경매 절차에서 201x. 10. 28. xxx,xxx,xxx원(K 소유 부동산 경매절차 배당금 중 배당이의된 금액을 제외한 부분), 201xx. 11. 4. xxx,xxx,xxx원(L 소유 부동산 경매절차에서 전북은행이 배당금지급금지 가처분을 한 금액을 제외한 부분), 201x. 11. 18. x,xxx,xxx,xxx원(K 소유 부동산 경매절차 배당금 중 소외 ***캐피탈 주식회사가 배당이의 했던 부분의 수령), 201x. 3. 13. x,xxx,xxx,xxx원(L 소유 부동산 경매절차에서 전북은행이 배당금지급금지 가처분을 받았던 부분의 수령) 합계 x,xxx,xxx,xxx원을 변제받았다.

(2) B개발은 201x. 6. 4. 회생절차가 개시되었지만 201x. 2. 14. 회생계획안이 제출되지 않았다는 이유로 회생절차 폐지 결정을 받았고, 201x. 9. 29. 다시 회생절차가 개시되었으나 201x. 3. 28. 관계인 집회에서 회생계획안이 동의를 얻지 못하여 부결되자 회생절차 폐지결정을 받았으며, 201x. 4. 9. 파산선고를 받았다. [인정근거] 갑 제6, 12 내지 15호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 임의계상 잡손실 부인 관련

• 가) 관련 법리 법인세법 제19조의2 제1항 은 “채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액은 대통령령으로 정하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제19조의2 제1항 8호는 ‘채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권’ 중 하나로 “채무자의 파산, 강제집행, 형의 집행, 사업의 폐지, 사망, 실종 또는 행방불명으로 회수할 수 없는 채권”을 규정하고 있다. 여기서 회수불가능이라 함은 채무자의 파산, 강제집행 등으로 채권회수가 불가능하다는 사실이 객관적으로 확정된 것을 의미하는 것으로, 회수불능 채권인지 여부는 법인세 과세가액 결정에 있어 예외적인 사유에 속하는 것이므로 이러한 특별한 사유에 대한 증명책임은 이를 다투는 납세의무자에게 있다.
• 나) 구체적 판단 앞서 인정한 사실에다가 앞서 든 증거, 을 제4호증의 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고가 제출한 증거만으로는 원고의 B개발에 대한 공사대금 채권이 201x 사업연도 당시 회수불능으로 확정되었다고 인정하기 어려워 법인세법 제19조의2 및 같은 법 시행령 제19조의2 제1항 제8호에서 정한 ‘채무자의 재산에 대한 강제집행 결과 회수하지 못한 채권’에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이를 201x 사업연도 귀속 법인세의 손금에 불산입한 이 부분 처분은 적법하다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

(1) 원고는 201x. 10. 28.부터 201x. 3. 13.까지 B개발의 대표이사 등이 소유하는 부동산에 관한 경매절차에서 합계 x,xxx,xxx,xxx원을 변제받았으나, B개발의 고유 재산에 대하여는 강제집행 등의 절차를 진행하지 않았다.

(2) B개발의 파산관재인이 201x. 6. 25. 작성한 회생보고서에 의하면 B개발은 부동산, 자동차, 굴삭기, 전동카트, 예금 채권 등을 보유하고 있었고, 특히 B개발이 차명으로 보유하는 부동산들은 그에 관한 선순위 담보가 존재하지 않았던 것으로 보인다.

(3) 원고는 202x.경까지 공사대금 채권을 피담보채권으로 하여 B개발 소유의 골프텔 신축 건물에 대한 유치권을 행사하기도 하였다.

(4) 파산선고가 있으면 파산자가 파산선고 시에 가진 모든 재산은 파산재단을 구성하고, 파산채권자는 그 채권을 일정한 기간 내에 파산법원에 신고한 후 채권조사 기일에서의 조사를 거쳐 확정된 금액 및 순위에 따라 배당을 받게 되므로, 파산선고 자체만 가지고 당연히 그 채권을 회수할 수 없는 경우에 해당한다고 볼 수는 없고, 파산관재인이 최후 배당액을 결정, 통지함으로써 배당이 확정될 때 채권액에 대하여 전혀 배당이 없든가 그 중 일부만이 배당되었을 경우에 비로소 회수할 수 없는 채권액으로 확정된다고 봄이 상당하다1). B개발은 201x. 4. 9.에서야 파산선고를 받았고, 그 이전까지는 B개발이 파산선고를 받거나 파산관재인이 최후 배당액을 결정, 통지하여 배당이 확정되어 원고의 공사대금 채권이 회수할 수 없는 채권액으로 확정되었다고 보기 어렵다.

3. 추가공사용역의 수익인식 누락 관련 가) 국세기본법 제81조의4 제2항 의 재조사 해당 여부 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성을 심각하게 침해하고 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로, 국세기본법 제81조의4 제1항 은 세무조사를 필요한 최소한의 범위 내에서 실시하고 세무조사권을 남용하지 못하도록 규정하고, 제2항은 같은 세목 및 과세기간에 대하여 중복 세무조사를 원칙적으로 금지하고 있는 것이다. 다만 국세기본법 제81조의4 제2항 에서 금지하는 중복 세무조사는 같은 세목 및 과세기간에 대하여 재조사를 금하는 것이어서 당초 조사와 재조사의 과세기간이나 세목이 다르다면 중복 세무조사에 해당하지 않는다(대법원 2006. 5. 25. 선고 2004두11718 판결 참조). 갑 제6호증의 7의 기재, 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고가 201x. 4. 20.부터 201x. 6. 9.까지 원고에 대해 정기 세무조사를 진행하였고 당초 조사대상 세목이 법인세․부가가치세․원천세 등이고 조사대상 과세기간이 201x. 1. 1.부터 201x. 12. 31.까지였는데 조사 과정에서 조사범위가 201x 사업연도까지의 법인세와 부가가치세로 확대된 사실을 인정할 수 있다. 그렇다면 당초 세무조사의 조사범위에 201x 사업연도 법인세는 포함되지 않았으므로, 조사대상 과세기간을 201x. 1. 1.부터 201x. 12. 31.까지로 하는 이 사건 세무조사는 국세기본법 제81조의4 제2항 에서 금지하는 재조사에 해당한다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

• 나) 부과제척기간 경과 여부

(1) 관련 법리 법인세법 제40조 제1항 은 “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.”라고 규정함으로써 현실적으로 소득이 없더라도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 때에는 그 소득이 실현된 것으로 보고 과세소득을 계산하는 이른바 권리확정주의를 채택하고 있다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두1245 판결 참조). 권리확정주의란 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의 사이에 시간적 간격이 있는 경우에는 과세상 소득이 실현된 때가 아닌 권리가 발생한 때를 기준으로 하여 그 때 소득이 있는 것으로 보고 당해 연도의 소득을 산정하는 방식이다. 이는 실질적으로는 불확실한 소득에 대하여 장래 그것이 실현될 것을 전제로 하여 미리 과세하는 것을 허용하는 것으로 납세자의 자의에 의하여 과세연도의 소득이 좌우되는 것을 방지하고자 하는 데 그 의의가 있는 것이며, 이와 같은 과세대상 소득이 발생하였다고 하기 위하여는 소득이 현실적으로 실현되었을 것까지는 필요 없다고 하더라도 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙․확정되어야 한다. 따라서 그 권리가 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계로서는 소득의 발생이 있다고 할 수 없다. 여기서 소득이 발생할 권리가 성숙․확정되었는지 여부는 일률적으로 말할 수 없고 개개의 구체적인 권리의 성질과 내용 및 법률상․사실상의 여러 사항을 종합적으로 고려하여 결정하여야 하며, 법인세 납부의무의 성립시기인 ‘과세기간이 끝나는 때’를 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2004. 11. 25. 선고 2003두14802 판결 참조). 한편 소득의 지급자와 수급자 사이에 채권의 존부 및 범위에 관하여 다툼이 있어 소송으로 나아간 경우에 그와 같은 분쟁의 경위 및 사안의 성질 등에 비추어 명백히 부당하다고 할 수 없는 경우라면 소득이 발생할 권리가 확정되었다고 할 수 없고, 판결이 확정된 때에 그 권리가 확정된다고 보아야 할 것이다(대법원 2018. 9. 13.선고 2017두56575 판결, 대법원 1997. 4. 8. 선고 96누2200 판결 등 참조).

(2) 201x. 8. 재개한 공사 부분에 대한 기성금 x,xxx,xxx,xxx원 앞서 인정한 사실에다가 앞서 든 증거, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들 즉, 원고가 201x. 1. 17.경 B개발과 사이에 201x. 8.재개한 공사 부분에 대한 기성금을 x,xxx,xxx,xxx원으로 확정하기로 합의한 점, B개발은 관련 민사사건에서 201x. 8. 재개한 공사 부분에 대한 기성금의 존재 및 액수를 다투지 않았고 그에 따라 법원도 원고와 B개발 사이에 합의한 기성금의 액수를 그대로 인정하는 판결을 선고하여 그 판결이 확정된 점 등을 종합하면, 적어도 원고와 B개발 사이에 201x. 8. 재개한 공사 부분에 대한 기성금을 x,xxx,xxx,xxx원으로 확정하기로 합의한 201x 사업연도 무렵에는 이 부분 공사대금 채권의 성립하였고 그 소득의 실현 가능성이 상당히 높은 정도로 성숙․확정되었다고 봄이 타당하다. 피고는 201x 사업연도 법인세의 과세표준 신고기한의 다음 날인 201x. 4. 1.로부터 5년이 경과한 후인 202x. 7. 21. 이 부분에 대한 처분을 하였으므로, 이는 국세기본법 제26조의2 제1항 본문에서 정한 부과제척기간을 경과하여 위법하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(3) 200x. 1. 31. 전에 이루어진 공사 부분에 대한 기성금 xxx,xxx,xxx원 앞서 인정한 사실에다가 앞서 든 증거, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 200x. 1. 31. 전에 이루어진 공사 부분에 대한 기성금에 관하여는 원고와 B개발 사이에 채권의 존부 및 범위에 관하여 다툼이 생겨 소송으로까지 나아간 끝에 그에 관한 판결이 201x. 5. 16. 확정되었고, 이러한 분쟁이 그 경위 및 사안의 성질 등에 비추어 명백히 부당하다고 할 수 없다고 봄이 상당하다. 그렇다면 원고가 201x 사업연도 무렵 공사대금을 받을 권리가 성립하였더라도 그 소득의 발생이 있다고 할 수 없거나 위 금액에 해당하는 소득의 실현 가능성이 상당히 높은 정도로 성숙․확정되었다고 보기 어려우므로, 위 금액에 해당하는 소득은 관련 민사사건에 관한 판결이 확정된 201x년에 이르러서야 그 권리가 확정되었다고 봄이 타당하다. 따라서 이 부분 처분은 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다. (가) 원고는 200x. 7. 23. B개발에 200x. 1. 31. 이전에 이루어진 기성부분에 대해 x,xxx,xxx,xxx원의 정산내역서를 제출하였고, B개발이 200x. 7. 31. 이 부분에 대한 기성금을 xxx,xxx,xxx원으로 하는 협의정산내역서를 원고에게 보냈으나 원고가 위 정산안을 거절함에 따라 이 부분에 관한 기성금이 확정되지 못하였다. 이후 원고는 그로부터 2년이 지난 후인 201x. 7. 25.에서야 B개발에 공사대금 xxx,xxx,xxx원의 지급을 구하는 공문을 발송하기는 하였으나, 그 사이에 원고와 B개발은 대여금 채권액을 x,xxx,xxx,xxx원으로 하는 이 사건 정산합의를 하고 201x. 8.경부터 중단되었던 골프텔 신축공사를 재개하는 등 채권채무관계에 변동이 생겼던 점등에 비추어 보면, 원고의 201x. 7. 25.자 공문 발송만으로 원고와 B개발 사이에 2차 기성부분에 대한 공사대금에 관한 합의가 성립하였다고 보기 어렵다. (나) 이후 B개발은, 원고가 201x. 2. 9. 골프텔 신축공사가 재개된 201x. 8. 15.부터 201x. 5. 31.까지의 기성금에 xxx,xxx,xxx원을 합한 금액을 청구하자 위 금액에 대하여는 상호 재정산이 필요하다는 취지의 공문을 발송하였고, 원고가 201x. 1. 17. 재차 xxx,xxx,xxx원을 청구하는 내용증명을 발송하였음에도 이를 지급하지 않다가 201x. 1. 5. 원고를 상대로 관련 민사소송을 제기하였다. (다) B개발은 관련 민사사건에서 200x. 1. 31. 전에 이루어진 공사 부분에 대한 공사대금 채권의 존재 및 범위를 다투었고, B개발이 관련 민사사건의 1심 판결에 항소함에 따라 판결이 201x. 5. 16. 확정되기까지 2년 이상 분쟁이 지속되었다.

• 다. 이의유보 의사표시를 하고 수령한 법원공탁금 익금산입 누락 관련

1. 인정사실

• 가) 원고는 201x. 11. 30. 호텔○으로부터 서울 중구 동 번지 외 5필지 지상 ○호텔 신축공사를 도급받고 공사를 수행하던 중, 호텔○의 요청에 따라 4개층(14층∼17층)을 증축하는 공사를 추가로 진행하게 되었고 2015. 6. 6. 완공하였다.
• 나) 원고는 201x. 9. 13. 호텔○으로부터 증축공사 대금의 일부로 x,xxx,xxx,xxx원(부가가치세 제외)을 지급받았으나 나머지 공사대금을 지급받지 못하자 201x. 10. 8. 대한상사중재원에 추가공사대금의 산정 및 그 지급을 구하는 중재를 신청하였다(이하 위 신청에 따라 진행된 사건을 ‘관련 중재사건’이라 한다).
• 다) 호텔○은 201x. 12. 6. 원고를 피공탁자로 하여 x,xxx,xxx,xxx원을 공탁하였고, 원고는 같은 달 13.경 이의를 유보하고 공탁금을 수령한 다음 201x. 12. 21. 공탁금을 변제충당하고 남은 공사대금 채권액을 구하는 것으로 신청취지를 감축하였다.
• 라) 관련 중재사건에서 진행된 감정 결과 추가공사대금이 x,xxx,xxx,xxx원으로 산정되었다. [인정근거] 갑 제7호증의 기재, 변론 전체의 취지

2. 판단 앞서 인정한 사실에다가 앞서 든 증거, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 호텔○이 원고를 피공탁자로 공탁한 x,xxx,xxx,xxx원은 원고가 이를 수령한 201x. 12. 13. 무렵에는 소득의 실현 가능성이 상당히 높은 정도로 성숙․확정되었다고 봄이 타당하다. 따라서 위 공탁금을 201x년 사업연도 귀속 법인세의 익금 및 201x년 제2기 귀속 부가가치세의 공급가액에 산입한 이 부분 처분은 적법하고, 이를 다투는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

• 가) 변제공탁이 유효하려면 채무 전부에 대한 변제의 제공 및 채무 전액에 대한 공탁이 있음을 요하고, 채무 전액이 아닌 일부에 대한 공탁은 그 부분에 관하여서도 효력이 생기지 않으나, 채권자가 공탁금을 채권의 일부에 충당한다는 유보의 의사표시를 하고 이를 수령한 때에는 그 공탁금은 채권의 일부의 변제에 충당되는 것이다(대법원 2009. 10. 29. 선고 2008다51359 판결 등 참조). 호텔○이 원고 앞으로 x,xxx,xxx,xxx원을 변제공탁하였고 채권자인 원고가 그 공탁금에 대해 유보의 의사표시를 하고 이를 수령하였으므로, 위 공탁금은 공사대금 채권의 일부의 변제에 충당되어 채무소멸의 효과가 발생하였다고 봄이 타당하고, 실제 원고는 관련 중재사건에서 공사대금 채권에서 위 공탁금 상당액을 차감하는 취지로 신청취지를 감축하였다.
• 나) 호텔○은 201x. 12.경 원고에게 당초 공사금액 xx,xxx,xxx,xxx원에서 xx,xxx,xxx,xxx원으로 공사대금을 x,xxx,xxx,xxx원 증액한다는 내용의 정산합의서를 작성하여 제출하였고, 201x. 9. 13. 증축공사대금 중 일부로 x,xxx,xxx,xxx원을 원고에게 지급한 다음 201x. 12. 6. 원고 앞으로 x,xxx,xxx,xxx원을 공탁하였는데, 이 공탁금의 액수는 정산합의서에 기재되어 있는 증액 금액에서 호텔○이 일부 변제한 금액을 공제한 것과 동일한 액수이다.
• 다) 원고는 호텔○이 공사대금 일부로 변제한 x,xxx,xxx,xxx원에 대해서는 이를 수익으로 인식하여 회계처리하였다.
• 라) 이후 관련 중재사건에 관한 판정 또는 판결이 확정됨에 따라 원고가 호텔○에게 이미 수령한 공탁금의 일부 또는 전부를 반환해야 하는 사정이 발생하더라도 원고는 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 에 따라 경정 등의 청구를 함으로써 구제받을 수 있다.
• 라. 특수관계법인 업무를 공동으로 수행한 직원의 인건비 등을 공동경비로 보아 과다계상액 손금불산입 관련 갑 제16호증, 을 제5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정을 종합하면, 201x 사업연도부터 201x 사업연도까지 원고의 경영지원팀, 경리팀, 준법감시팀(법무팀) 임직원 중 일부가 **엔지니어링의 업무를 공동으로 수행한 것으로 보이므로, 이들에 대한 인건비 중에서 공동경비 분담기준을 초과한 부분을 손금불산입한 이 부분 처분은 적법하다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

1. **엔지니어링은 원고와 동일한 소재지에 본점을 두고 있는 원고의 특수관계법인으로, 원고와 같이 건설업을 주된 사업으로 영위하고 있다.

2. 원고의 조직도에는 경영지원팀, 경리팀, 준법감시팀(법무팀)이 있는 것으로 기재되어 있는 반면, 엔지니어링의 조직도에는 별도의 관리부서가 기재되어 있지 않다. 한편 원고의 업무분장표, 경영지원팀 업무일지, 준법감시팀 회의록에는 “부가세신고(종합건설, 연수동, 엔니지어링, 화정동)”, “구미현장 ENG 사무실 물색”, “ENG에서 설계변경 내역서 수정하여 간접비 산출 예정” 등의 내용이 기재되어 있고, 201x. 1. 1.원고에서 엔지니어링으로 이직한 Y의 사무실 컴퓨터에서 원고의 201x 사업연도의 업무와 관련한 자료가 확인되었다. 이와 같은 사정에 비추어 보면, 원고 소속 직원들이 엔지니어링과 관련한 업무를 공동으로 수행하였던 것으로 보인다.

3. 원고는 원고 소속 직원들이 **엔지니어링의 업무를 공동으로 수행한 것으로 인건비를 계상할 경우 그에 따른 예상 세부담을 사업연도별로 검토하기도 하였다.

4. 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 과세요건사실을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 서명․날인되었다거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치를 쉽게 부인할 수는 없다(대법원 2008. 9. 25. 선고 2006두8068 판결 등 참조). 이 사건 세무조사 당시 원고는 원고와 엔지니어링의 업무를 공동으로 수행한 직원의 명단 및 겸직확인서를 작성․제출하였고, 원고가 이 사건 세무조사 당시 강압 등으로 의사결정의 자유가 제한된 상태에서 위와 같은 명단 및 겸직확인서를 작성하였다고 볼 만한 특별한 사정이 없다. 또한 원고의 경리팀 소속 대리 역시 이 사건 세무조사 과정에서 원고의 업무 외에도 **엔지니어링의 업무를 함께 수행하였다고 진술하였다.

• 마. 특수관계인에게 제공한 저가 건설용역에 대해 투입원가를 시가로 보아 부당행위계산부인 적용 관련

1. 관련 법령의 내용 법인세법 시행령 제89조 는 법인세법 제52조 제2항 에 따른 시가 산정 방법과 관련하여 “해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다.”고 정하고(제1항), 시가가 불분명한 경우에는 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액 또는 상속세 및 증여세법 제38조 등의 규정을 준용하여 평가한 가액으로 산정할 것을 규정하고 있고(제2항), 제1항 및 제2항을 적용할 수 없는 경우 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 ‘원가’라 한다)과 원가에 해당 사업연도 중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래 또는 특수관계인이 아닌 제3자간의 일반적인 용역제공거래를 할 때의 수익률(기업회계기준에 따라 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액으로 산정할 것을 규정하고 있다(제4항).

2. 구체적 판단 원고가 원고의 특수관계인인 D으로부터 사당동 보미빌딩 신축공사를 공사대금 4억 원(부가가치세 별도)에 도급받았는데, 원고가 당초 위 공사의 공사원가를 x억 x,000만 원으로 계상하였다가 원가 집계의 오류를 이유로 원가를 3억 8,000만 원으로 조정한 사실은 당사자 사이에 다툼 없다. 그런데 원고가 제시하는 유사 공사들은 D과 체결한 공사계약과 공사기간, 규모, 내용 등에 있어 차이가 있어 갑 제9호증의 기재만으로는 유사 공사의 용역대금이 위 공사계약과 유사한 상황에서 원고가 불특정다수인과 사이의 계속적 거래관계에 따라 이루어진 것이라거나 원고와 제3자간에 일반적으로 거래된 가격에 해당한다고 인정하기 어렵다. 오히려 앞서 든 증거, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음의 사정, 즉 ① 원고가 특수관계인으로부터 공사를 도급받으면서 공사대금(x억 원)을 공사원가(x억 x,000만 원)보다도 x억 x,000만 원 낮게 책정하였던 점, ② 이후 원고가 공사원가 집계 오류를 이유로 원가를 x억 x,000만 원으로 감액하였으나 이는 공사원가 중 일용노무비 부분을 임의로 다른 공사현장 등에 배부한 것으로 보이고 그와 같은 원가 조정의 경위와 합리성을 확인할 수 있는 자료가 없는 점 등을 고려하면, 피고가 법인세법 시행령 제89조 제4항 에 따라 위 공사계약을 저가용역으로 판단하여 약정 공사대금을 초과하는 공사원가 x억 x,000만 원 부분을 부당행위계산의 부인 규정에 따라 익금에 산입한 이 부분 처분은 적법하다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

• 바. 비상근등기임원에게 지급한 인건비 등의 손금불산입 관련

1. 관련 법령의 내용 법인세법 제19조 제1항 은 “손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.”고 규정하고, 제2항은 “제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.”고 규정하며, 제26조는 “다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.”고 규정하면서 제1호에서 ‘인건비’를 규정하고 있다. 또한, 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘ 법인세법 시행령’이라 한다) 제43조 제4항은 “상근이 아닌 법인의 임원에게 지급하는 보수는 법 제52조의 부당행위 계산 부인에 해당하는 경우를 제외하고 이를 손금에 산입한다.”고 규정하고 있다.

2. 판단 앞서 든 증거, 갑 제1, 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, H가 원고에게 근로를 제공하였다고 보기 어려우므로, H의 급여와 법인카드 사용액이 원고의 이익을 부당히 분여한 경우에 해당함을 전제로 손금 부인한 이 부분 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

• 가) H는 원고의 회장인 D의 배우자로 199x. 8. 10.부터 201x. 6. 30.까지 원고의 감사로, 이후부터 현재까지 사내이사로 각 등기되어 있었으나, 이 사건 세무조사 당시 H가 원고의 임원으로서 실제 근무하였다고 볼 만한 업무 관련 서류 등이 확인되지 않았다.
• 나) 갑 제10호증의 1의 기재에 의하면, 원고의 201x년도 이사회 회의록에 H의 막도장이 날인되어 있는데, 원고 회장의 비서인 ***이 이 사건 세무조사 과정에서 ’H의 인감도장, 막도장을 사무실 금고에 보관하고 있었다‘는 취지의 확인서를 작성․제출한 것에 비추어 볼 때 원고가 H의 막도장을 보관하면서 임의로 날인하였을 가능성을 배제하기 어렵다.
• 다) 법인카드는 대부분 원고의 소재지가 아니라 H의 주거지 부근에 위치한 식당, 빵집, 약국, 마트 등에서 원고의 업무와 무관하게 지출된 것으로 보인다.
• 사. 소결(취소의 범위) 피고의 2017 사업연도 귀속 법인세 부과처분 중 공사대금 x,xxx,xxx,xxx원의 익금산입 부분은 위법하여 취소되어야 한다. 나아가 취소의 범위에 관하여 보건대, 과세처분 취소소송에서 법원은 제출된 자료에 따라 적법하게 부과할 정당한 세액을 산출할 수 있는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 않은 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995.4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조). 그런데 이 사건의 경우 당사자들이 제출한 증거나 변론 전체의 취지만으로는 정당한 과세표준 및 세액을 산출할 수 없으므로, 201x 사업연도 귀속 법인세 부과처분 전부를 취소한다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구 중 201x 사업연도 귀속 법인세 부과처분은 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 부분은 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.