금융지주회사로서 과세사업을 영위하였다고 보기 어려워 비과세사업 겸영을 전제로 하는 공통매입세액공제 대상에 해당하지 않음

사 건 2022구합62789 부가가치세경정거부처분취소 원 고 주식회사 ○○○○지주 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2024. 8. 23. 판 결 선 고

2024. 12. 6.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2020. 6. 5. 원고에게 한 별지1 처분목록 ‘불복세액’란 기재 금액의 각 부가가치세 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고의 사업목적 등

1. 원고는 금융지주회사법에 따라 설립된 금융지주회사로, 금융업을 영위하는 회사 등의 지배 내지 경영관리, 자회사 등에 대한 자금지원 등을 사업목적으로 하고 있다.

2. 원고는 2016년 제1기부터 2019년 제1기까지의 각 부가가치세 과세기간 동안 아래와 같이 자회사 지분 보유에 따른 배당수익, 금융상품 보유 내지 자회사에 대한 자금지원에 따른 이자수익(그중 자회사에 대한 자금지원에 따른 것을 이하 ‘대여이자 수익’이라 한다), 상표권 매각 수익 등 기타수익을 얻었다. < 수입금액 구분 표 >

• 나. 원고의 부가가치세 신고납부

1. 원고는 위 각 과세기간의 부가가치세 신고납부 과정에서 기타수익 관련 매출세액이 있는 것으로 신고하면서도, 자회사에 대한 자금지원 업무가 구 부가가치세 시행령(2020.11. 대통령령 제30397호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘ 부가가치세법 시행령’이라고만 한다) 1) 제40조 제2항에 따른 면세용역에 해당하고 원고의 사업 전체가 면세사업임을 전제로 매입세액 전부를 매출세액에서 공제되지 않는 매입세액으로 신고하였다.

2. 구체적인 신고내역은 아래와 같다. < 부가가치세 신고금액 표 >

• 다. 원고의 감액경정청구와 피고의 경정거부처분 등

1. 원고는 2020. 2. 3. ‘당초 신고한 불공제분 매입세액 중 자동차 관련 매입세액, 접대비 관련 매입세액을 제외한 나머지 매입세액은 과세사업인 지주회사업(한국표준산업 분류 분류코드 64992) 2) 에 관련된 것이므로 매출세액에서 전부 공제되어야 한다’며 2016년 제1기부터 2019년 제1기까지 각 부가가치세에 관해 별지 1 처분목록 ‘경정청구액’란 기재 금액의 환급을 구하는 취지의 각 감액경정청구를 하였다.

2. 피고는 2020. 6. 5. ‘과세사업에 사용하지 아니한 매입에 대한 매입세액은 공제할 수 없다’며 위 각 감액경정청구를 모두 거부하였고(이하 통틀어 ‘당초 처분’이라 한다), 원고는 2020. 8. 14. 조세심판원에 당초 처분에 대한 심판청구를 하였다.

3. 조세심판원은 2021. 11. 8. ‘ 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 에 따라 ① 과세기 간별로 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세사업에 대한 공급가액 포함) 비율을 재조사하여 ② 면세사업 등(면세사업 및 비과세사업, 이하 같다)에 관련된 매입세액을 산정하고, ③ 원고가 공제를 구하는 매입세액에서 면세사업 등에 관련된 매입세액을 제외한 금액을 매출세액에서 공제하는 매입세액으로 하여 과세표준과 세액을 경정하라’는 취지의 재조사 결정을 하였다.

4. 피고는 위 재조사 결정 이후 원고에게 별지 1 처분목록 ‘환급세액’란 기재 금액을 환급하였다. 이에 따라 당초 처분은 별지 1 처분목록 ‘불복세액’란 기재 금액 부분만이 남아있다(이하 남아있는 처분만을 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증의 각 기재, 을 제1 내지 4, 6, 7, 14호 증의 각 기재(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 요지 원고는 금융지주회사로서 자회사에 대한 자금지원 업무를 내용으로 하는 ‘비과세사업’과 그 밖의 경영관리업무 등을 내용으로 하는 ‘과세사업’을 겸영하였다. 피고가 매출세액 공제를 거부한 매입세액(이하 ‘이 사건 매입세액’이라 한다) 중 경영관리업무 등에 관한 연구용역대금, 경영자문비용, 그룹 공통시설 관련 비용, 법률·회계자문, 홍보 관련 비용 등은 과세사업에 실지귀속되는 항목으로서 각 과세기간의 매출세액에서 공제되어야 하고, 사무실 임대료, 인테리어비, 파견사무직원 인건비 등 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 에 따라 안분하여 공제되어야 한다. 설령 이 사건 매입세액이 모두 공통매입세액에 해당한다고 보더라도, 피고는 대법원 2015두60662 판결 등에 따라 공통매입세액을 안분할 합리적인 방법을 주장·증명하여야 하는데 이에 대한 아무런 주장·증명을 하지 않고 감액경정청구를 거부한 것은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 2 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 규정 구 부가가치세법(2020. 12. 22. 법률 제17653호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘부가가 치세법’이라고만 한다) 제2조 제6호는 ‘과세사업이란 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 말한다’고 정하고 있고, 제4조는 ‘부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 과세한다’고 규정하면서 제1호에서 ‘사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급’을, 제2호에서 ‘재화의 수입’을 그 거래로 정하여 두고 있다. 그중 용역의 공급에 관련하여 부가가치세법 제2조 제2호 는 ‘용역이란 재화 외에 재산 가치가 있는 모든 역무와 그 밖의 행위를 말한다. 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다’고 정하고 있고, 그 위임에 따른 부가가치세법 시행령 제3 조 제1항은 ‘용역은 재산 가치가 있는 다음 각호의 사업에 해당하는 모든 역무와 그 밖의 행위로 한다’고 규정하면서 제5호에서 그 사업 중 하나로 ‘금융 및 보험업’을 명시하고 있다. 한편 부가가치세법 제11조 제1항 은 ‘용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서, 역무를 제공하는 것 또는 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것을 말한다’고 규정하는데, 제12조 제2항은 ‘사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다’고 정하고 있다.

2. 구체적 판단

• 가) 원고의 주장은 원고가 2016년 제1기부터 2019년 제1기까지의 각 부가가치세 과세기간 중에 과세사업과 비과세사업을 겸영하였음을 전제로 한다. 금융지주회사인 원고가 은행업자 등의 개입 없이 자신이 지배·경영하는 자회사에 개별적으로 자금을 대여하고 대여이자 수익을 얻음으로써 비과세사업을 하였다는 점에 대하여는 당사자 사이에 별다른 다툼이 없다. 그런데 이에 나아가 원고가 위 과세기간에 경영관리업무등 의 과세사업을 영위하였는지에 관하여는 다툼이 있으므로 이를 살필 필요가 있다.
• 나) 앞서 든 증거들, 을 제15, 16, 25, 26호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 따라 알 수 있는 다음의 사정들을 관련 규정의 내용 등에 비추어 보면, 원고가 2016년 제1기부터 2019년 제1기까지의 각 부가가치세 과세기간 동안 금융지주회사로서 과세 사업을 영위하였다고 보기는 어려우므로, 원고가 과세사업과 비과세사업을 겸영하였음을 전제로 하는 원고의 주장은 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

(1) 구 부가가치세법은 부가가치 자체가 아니라 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급 ‘거래’를 과세대상으로 하면서, 그와 같은 과세거래를 영위하는 사업을 과세사업으로 규정하고 있다(제2조 제6호, 제4조). 다만 구 부가가치세법상 용역의 무상공급은 과세대상이 아니므로(제12조 제2항), 용역의 무상공급을 사업으로 영위한 경우에는 구 부가가치세법상 과세사업을 영위한 것이라 볼 수 없다.

(2) 금융지주회사란 주식의 소유를 통하여 금융업을 영위하는 회사 또는 금융업의 영위와 밀접한 관련이 있는 회사를 지배하는 것은 주된 사업으로 하면서 하나 이상의 금융기관을 지배하고 자산총액이 대통령령으로 정하는 기준 이상인 회사로서 금융위원 회의 인가를 받은 회사를 말한다(금융지주회사법 제2조 제1항 제1호). 금융지주회사는 자회사의 경영관리업무와 그에 부수하는 업무로서 대통령령으로 정하는 업무를 제외하고는 영리를 목적으로 하는 다른 업무를 영위할 수 없고(금융지주회사법 제15조), 이를 위반할 경우 형사처벌의 대상이 된다(금융지주회사법 제70조 제4항 제1호). 금융지주회 사가 영위할 수 있는 경영관리업무로는 ① 자회사 등에 대한 사업목표의 부여 및 사업 계획의 승인, ② 경영성과의 평가 및 보상의 결정, ③ 경영지배구조의 결정, ④ 업무와 재산상태에 대한 검사, ⑤ 내부통제 및 위험관리 업무 등이 있고, 그 부수 업무로 ① 자회사 등에 대한 자금지원, ② 자회사에 대한 출자 또는 자회사 등에 대한 자금지원 을 위한 자금조달, ③ 자회사 등의 금융상품의 개발·판매를 위한 지원, 그 밖에 자회사 등의 업무에 필요한 자원의 제공, ④ 전산, 법무, 회계 등 자회사 등의 업무를 지원하기 위하여 자회사 등으로부터 위탁받은 업무, ⑤ 그 밖에 법령에 의하여 인가·허가 또는 승인 등을 요하지 아니하는 업무가 있다(금융지주회사법 시행령 제11조 제1항).

(3) 금융지주회사는 주된 사업으로 주식의 소유를 통하여 금융업을 영위하는 회사 등을 지배하는 사업을 영위하면서 자회사로부터 배당금 수입을 얻게 되는데, 이는 재화 또는 용역의 공급과 무관하게 발생하므로 위와 같은 주식 소유를 통한 금융회사 지배 자체만으로는 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업이라고 보기 어렵다. 다만, 금융지주회사는 금융지주회사법 등이 제한하는 범위 내에서 자회사의 경영관리업무와 그에 부수하는 업무를 수행할 수 있으므로, 그 과정에서 자회사에 유상으로 공급하는 용역 거래 등으로서 부가가치세를 창출하는 사업을 영위한다면 이는 부가가치세법상 과세사업을 영위하는 것으로 볼 수 있다.

(4) 그런데 원고는 지주회사로서 경영관리업무 등의 과세사업을 영위하고 있다고 주장하고 있을 뿐 2016년 제1기부터 2019년 제1기까지 각 부가가치세 과세기간 동안 구체적으로 어떠한 과세사업을 영위하였다는 것인지를 밝히고 있지 않다. 즉 원고가 구체적으로 자회사 등에게 어떠한 용역을 공급하는 사업을 영위하였 다는 것인지, 원고가 자회사 등에게 어떠한 역무를 제공하거나 재화를 사용하게 하였다는 것인지 분명하지 않다. 원고가 자회사 등에게 어떠한 용역을 공급하는 사업을 영위하였다고 하더라도 그 대가를 받지 아니한 이상, 이는 비과세거래인 용역의 무상공급으로서 이를 계속적이고 반복적으로 영위하는 사업은 비과세사업에 불과하다. 그런데 원고가 2016년 제1기부터 2019년 제1기까지 재화 또는 용역의 공급의 대가로 수익을 얻었다거나 그러한 대가를 얻기 위한 사업을 영위하였다고 볼 만한 자료가 없다. 용역을 유상공급하는 사업을 영위하였으나 매출이 발생하지 않은 것과 당초부터 용역의 무상공급 사업을 영위한 것은 구별되어야 하므로, 부가가치세법이 매출세액이 공제 할 수 있는 매입세액보다 적은 경우에 부가가치세의 환급을 인정하고 있다고 하더라도 이를 달리 볼 수 없다.

(5) 금융지주회사인 원고가 주된 사업으로 금융업을 영위하는 회사 등을 지배하는 사업을 영위하면서, 그 과정에서 금융지주회사법 제15조, 같은 법 시행령 제11조 제1 항 제1호에 따른 자회사의 경영관리업무(자회사 등에 대한 사업목표의 부여 및 사업계획의 승인, 경영성과의 평가 및 보상의 결정, 경영지배구조의 결정, 업무와 재산상태에 대한 검사, 내부통제 및 위험관리 업무, 위 업무에 부수하는 업무)를 수행하였을 것으로 보이기는 한다. 그런데 이러한 경영관리업무는 기본적으로 주주로서 원고의 권리행사에 관한 것이거나 원고의 자회사 지배를 위한 업무에 관한 것으로 보일 뿐이고, 원고가 경영관리업무의 일환으로 자회사 등에게 계속적이고 반복적으로 용역을 ‘유상’공급하였다고 볼만한 자료는 없다. 결국 원고가 금융지주회사로서 위와 같은 경영관리업무를 수행한 사업은 기본적으로 비과세사업에 해당한다.

(6) 일부 과세기간 중 상표권 매각 수익(2016년 제1기), 전대료 및 관리비 수익 (2016년 제2기), 공동시스템 운영일원화 관련 자산매각 수익(2017년 제2기)과 같은 기타수익이 발생하기는 하였다. 그런데 부가가치세법 제14조 제2항 제1호 는 ‘주된 사업에 부수하여 주된 사업과 관련하여 우연히 또는 일시적으로 발생한 재화 또는 용역의 공급은 별도의 공급으로 보되, 과세 및 면세 여부 등은 주된 사업의 과세 및 면세 여부 등을 따른다’고 규정하고 있다. 위와 같은 기타수익은 용역의 무상공급 사업으로서 자회사의 경영관리업무 등을 영위하는 과정에서 주된 사업에 부수하여 일시적으로 재화 또는 용역을 공급하여 발생한 것에 불과한 것으로 보이고, 달리 원고가 계속적이고 반복적으로 위와 같은 기타수익이 발생하는 사업을 영위하였다고 볼 만한 자료가 없으므로 위 기타수익에 관한 재화 또는 용역의 공급을 들어 원고가 과세사업을 영위하였다고 볼 수 없다. 위 기타수익이 이자수익, 배당수익, 기타수익의 합계액의 0.11%(2016년 제1기), 0.43%(2016년 제2기), 0.61%(2017년 제2기)에 불과한 점 등도 고려되어야 한다.

(7) 결국 원고의 주된 주장은 ‘원고는 금융지주회사이고, 지주회사업은 한국표준산업분류상 금융 및 보험업의 일종이며 부가가치세법령은 지주회사를 부가가치세 면세대상으로 규정하고 있지 않으므로 원고는 지주회사업이라는 과세사업을 영위하였다’는 것으로 볼 수 있다. 그러나 부가가치세법령 등에 따를 때 지주회사업이 과세사업으로 분류되어 있다고 하더라도, 이는 금융지주회사가 금융지주회사법 등이 정하는 자회사의 경영관리업무와 그에 부수하는 업무를 수행하는 과정에서 자회사에 유상으로 공급하는 용역 거래 등으로서 부가가치세를 창출하는 사업을 영위한다면 이를 부가가치세법상 과세사업을 영위하는 것으로 볼 수 있다는 취지로 보일 뿐이고, 금융지주회사라는 사실만으로 그가 행하는 모든 사업이 과세사업이라고 볼 수는 없다. 이는 금융지주회사가 자회사에 개별적으로 자금을 대여하고 순수한 이자 명목의 돈을 받는 사업이 비과세사업으로 분류되는 것을 보아도 알 수 있다(대법원 2019. 1. 17. 선고 2015두60662 판결 참조).

(8) 부가가치세법은 이른바 전단계세액공제 제도를 채택하고 있는데, 이는 최종소비자에 이르기 전의 각 거래단계에서 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 공급을 받은 사업자로부터 매출세액을 징수하여 국가에 납부하고, 그 세액을 징수당한 사업자는 이를 국가로부터 매입세액으로 공제 환급받는 과정을 통하여 그 세액의 부담을 다음 단계의 사업자에게 차례로 전가하여 궁극적으로 최종소비자에게 이를 부담시키는 것을 근간으로 한다. 이러한 구조에서는 각 거래단계에서 징수되는 매출세액이 그에 대응하는 매입세액의 공제·환급을 위한 재원이 된다. 원고 주장대로라면, 원고는 매출 발생을 전혀 예정하고 있지 않은 지주회사업을 영위하면서 그 매입세액을 모두 공제해 달라고 하는 것으로, 이는 부가가치세의 체계에도 어긋난다.

(9) 원고가 주장의 주된 근거로 원용하고 있는 대법원 2019. 1. 17. 선고 2015두 60662 판결은 금융지주회사가 상표권 사용계약 등을 통한 과세사업을 영위하면서 브랜드 수수료 매출을 발생시키고, 쟁점 매입세액이 위 과세사업과 비과세사업(자회사 등에 대한 자금지원사업)의 공통매입세액이라는 점에 대하여 별다른 다툼이 없던 사안에 관한 것으로서 이 사건과 사안을 달리한다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 2016년 제1기부터 2019년 제1기까지 각 부가가치세 과세기간 중 부가가치세법령이 개정되었으나 개정 전후의 취지가 동일하 거나, 이 사건과 관련된 부분이 개정되지 않은 경우에는 편의상 가장 최근의 것만을 기재한다. 이하 같다. 2) 구 ｢한국표준산업분류｣(2017. 1. 13. 통계청 고시 제2017-13호로 개정되기 전의 것)는 ‘금융지주회사업’(분류코드 64992)과 ‘비금융 지주회사업’(분류코드 71520)을 별도의 산업으로 분류하였으나, 위 구 ｢한국표준산업분류｣가 2017. 1. 13. 개정되면서 금융지주회사업과 비금융지주회사업이 지주회사업[분류코드 64992, 다른 기업체의 지배적 지분을 소유하거나 회사의 경영전 략에 영향력을 행사할 목적으로 주식을 확보·유지하는 산업활동(직접적인 경영활동에의 관여는 제외)]으로 통합되었다. 이하 편의상 과세기간별로 구분하지 않고 지주회사업이라고만 한다.