증액사유로 세액이 증가하였으므로 경정청구 기간은 처분을 안날로부터 90일이내임

[ 세 목 ] 법인 [ 판결유형 ] 국승 [ 사건번호 ] 서울행정법원-2022-구합-62048(2024.10.29.) [직전소송사건번호 ] [심판청구 사건번호 ] [ 제 목 ] 증액사유로 세액이 증가하였으므로 경정청구 기간은 처분을 안날로부터 90일이내임 [ 요 지 ] 이 사건 처분은 감액 사유와 증액 사유를 모두 반영하여 최종적인 세액이 신고세액보다 감소하였으나, 이 사건 경정청구는 ‘결정 또는 경정’으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대한 경정청구에 해당하므로 90일의 경정청구 기간이 부여됨이 타당함 [ 판결내용 ] 판결 내용은 붙임과 같습니다. [

] 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】 사 건 2022구합62048 법인세경정거부처분취소 원 고 주식회사AA 피 고 XX세무서장 변 론 종 결

2024. 8. 13. 판 결 선 고

2024. 10. 29.

1. 이 사건 소 중 피고가 2020. 12. 23. 원고에게 한 2016 사업연도 법인세 000,000,000원에 대한 경정청구 거부처분 중 000,000,000원에 대한 취소 청구 부분을 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구 취지 피고가 2020. 12. 23. 원고에게 한 2016 사업연도 법인세 000,000,000원의 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 온라인 게임 개발 및 서비스업 등을 영위하는 법인으로, 직접 개발한 게임(이하 ‘자체제작 게임’이라 한다)을 게임 이용자들에게 제공하여 이용료를 취득하거나 게임 퍼블리셔(Publisher)에게 자체제작 게임에 대한 퍼블리싱권을 제공하고 사용료를 수취하는 방식의 영업 등을 영위하고 있다.
• 나. 원고는 2012 내지 2016 사업연도 기간 동안 게임 연구개발비용으로 합계 000,000,000,000원(이하 ‘이 사건 전체 연구개발비’라 한다)을 지출하였는데, 그 지출비용 전액을 지출 당시의 각 사업연도에 비용으로 인식하고, 이를 각 사업연도 법인세 신고 당시 손금으로 계상하였다.
• 다. 원고는 이 사건 전체 연구개발비 중 ‘상용화 단계’에 이른 자체제작 게임의 상용화 이후 연구개발비는 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제57조 제1항 및 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조 제2항, 제15항에 따라 국외원천소득에서 차감하였으나, 그 외 개발이 중단되었거나 개발이 진행 중인 게임에 대한 연구개발비 약 0,000억 원(이하 ‘이 사건 연구개발비’라 한다)은 국외원천소득에서 차감하지 아니하였고, 이 사건 연구개발비를 차감하지 아니한 금액을 국외원천소득으로 본 다음, 그에 기초하여 외국납부세액공제 한도를 계산하여 2012 내지 2016 각 사업연도 법인세를 신고하였다. 이 사건 연구개발비의 구체적인 내역은 아래와 같다.
• 라. ○○지방국세청장은 2017. 11. 30.부터 2018. 3. 26.까지 원고에 대한 법인통합조사를 실시하였다. 조사 결과 이 사건 연구개발비를 포함하여 이 사건 전체 연구개발비가 국내･외 원천소득의 공통비용에 해당한다고 전제한 다음, 이 사건 쟁점 연구개발비에 국외매출액 비율을 곱한 금액을 차감하여 2012 내지 2016 각 사업연도 귀속 국외원천소득을 재산정하고 그에 따른 외국납부세액공제 한도를 산정한 후, 피고에게 아래와 같이 그 공제한도를 초과하는 금액에 대하여 외국납부세액공제를 부인하여야 한다는 조사결과를 통보하였다.
• 마. 피고는 이에 따라 2012 내지 2016 각 사업연도의 외국납부세액공제 한도 초과액을 부인하고 원고에게, ① 2018. 3. 26. 2012 사업연도 귀속 법인세 00,000,000,000원(가산세 포함, 이하 같다)을 증액 경정·고지하였고, ② 2018. 4. 4. 2013 사업연도 귀속 법인세 0,000,000,000원, 2015 사업연도 귀속 법인세 0,000,000,000원을 각 증액 경정·고지하는 한편, ③ 2018. 4. 10. 원고에게 2016 사업연도 귀속 법인세 0,000,000,000원을 감액 경정(이하 ‘이 사건 감액 경정’이라 한다)하고 그에 대한 환급통지(이하 ‘이 사건 환급통지’라 한다)를 하였다. 2016 사업연도 귀속 법인세의 경우, 외국납부세액공제 부인에 대한 증액사유뿐만 아니라 다른 사유에 기인한 증액 사유(지급수수료, 매출원가의 손금 부인에 따른 손금불산입, 대손충당금 한도 초과액에 대한 손금불산입, 지연이자 익금산입 등)가 함께 존재하였고, 반면에 수입금액 귀속시기 변경으로 인한 익금불산입에 따른 감액 사유도 존재하여, 이를 모두 반영한 결과 원고가 당초 신고한 2016 사업연도 법인세보다 납부한 세액이 많아 위 환급세액이 발생하였다.
• 바. 원고는 피고의 위 각 처분 중 외국납부세액공제 한도 초과액 관련 부분에 대해서 심판청구를 거쳐 이 법원 2019구합76269 사건으로 아래와 같이 취소를 구하는 소를 제기하였다(이하 ‘관련 소송’이라 한다).
• 사. 관련 소송의 1심 법원은 2021. 8. 20. ‘피고가 한 2016 사업연도 외국납부세액공제 한도 부인이 부당하다면 2016 사업연도 법인세 환급세액의 범위가 달라지므로 이 사건 환급통지는 항고소송의 대상이 된다‘고 전제한 다음, “이 사건 연구개발비 전체가 원고의 자체제작 게임의 국외원천수입에 간접적으로 대응하는 비용으로서 국내･외 원천수입의 각 비율에 따라 안분되어야 할 공통비용이라는 점이 증명되었다고 보기 어렵다.”는 이유에서 이 사건 연구개발비는 국외원천소득에서 차감할 대상이 아니고, 이를 전제로 국외원천소득을 재산정하여야 한다며 원고의 청구를 전부 인용하였다. 피고가 이에 항소하여 관련 소송은 현재 항소심 진행 중이다(서울고등법원 2021누61774).
• 아. 한편 원고는 관련 소송 계속 중인 2020. 10. 28. 2016 사업연도 법인세 가운데 관련 소송에서 주장한 외국납부세액공제 한도액 쟁점에 관한 세액에 대하여 추가로 환급을 구하는 내용의 경정청구를 하였다(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다). 구체적으로 이 사건 경정청구의 내용은, ① 원고가 당초 2016년 외국납부세액 공제 대상으로 신고하였으나 공제한도 조정에 따라 부인된 세액 000,000,000원(이하 ‘이 사건 제1부분’이라 한다), ② 원고 주장과 같이, 이 사건 연구개발비를 국외원천소득에서 차감하지 아니하고 외국납부세액공제 한도액을 계산하는 것을 전제로, 원고가 당초 2016년 외국납부세액 공제대상으로 신고하지 않았고 대만에서 발생한 2015년 사업연도 외국납부세액 중 공제받지 못한 한도 초과액 중 2016 사업연도로 이월되는 금액으로서 감액되어야 하는 부분 000,000,000원, ③ 그 밖에 다른 사유(미환류소득 증액)로 인한 2016 사업연도 법인세 수정신고 증액분 00,000,000원을 반영하여, 결과적으로 000,000,000원(① 000,000,000원 + ② 000,000,000원 - ③ 00,000,000원) 상당액을 감액경정하여야 한다는 취지이다(원고가 구하는 총 감액 경정액에서 이 사건 제1부분을 차감한 나머지 부분을 ‘이 사건 제2부분’이라 한다).
• 자. 피고는 2020. 12. 23. 이 사건 경정청구는 국세기본법 제45조의2 제1항 단서에 따른 청구기간인 90일을 도과하였다며, 이 사건 경정청구가 부적법하다는 취지로 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).
• 차. 원고는 2021. 2. 3. 조세심판을 청구하였으나 조세심판원은 2021. 12. 29. 이 사건 거부처분 중 이 사건 제1부분은 부적법하므로 이에 관하여는 각하 결정을, 이 사건 제2부분에 관하여는 기각 결정을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 이를 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고에 대한 2016 사업연도 법인세의 경우에는 증액 사유와 감액 사유를 겸하고 있는데, 결과적으로 이 사건 감액 경정으로 인해 감소된 세액만이 존재하게 된 점, 따라서 2016 사업연도 법인세에 대하여는 피고의 증액 경정처분이 존재하지 않는 점 등을 고려하여 보면, 이 사건 감액 경정처분에 대하여는 구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제1항 단서가 적용되지 않고, 그 본문이 정한 5년의 통상적 경정청구 기한이 적용되어야 한다. 따라서 이 사건 경정청구가 부적법하다는 취지의 이 사건 거부처분은 위법하다.
• 나. 다음과 같은 이유에서 이 사건 연구개발비는 전체 게임의 공통비용이라고 볼 수 없으므로, 외국납부세액공제 한도액 계산을 함에 있어 국외원천소득 산출시 차감할 비용에 해당하지 않는다.

1. 이 사건 연구개발비는 국외원천소득과 관련성이 없다. 그럼에도 피고는 이 사건 연구개발비를 국외원천소득에서 차감함으로써 부당하게 외국납부세액 공제한도를 축소하는 이 사건 처분을 하였는바, 이는 국외원천소득에 대한 이중과세를 방지하려는 외국납부세액공제 제도의 취지에 반한다.

2. 원고의 게임 개발은 팀별 프로젝트 방식으로 수행되고, 그에 따라 연구개발비 역시 특정 팀이 전담하고 있는 특정 게임별로 투입되고 있는바, 이 사건 연구개발비 역시 특정 게임에 관하여 직접적으로 발생한 비용일 뿐이고, 국내･외 수입을 발생시키는 전체 게임의 ‘공통비용’이라고 볼 수 없다.

3. 이 사건 연구개발비는 개발에 실패하였거나 개발 중인 게임들에 대한 연구개발비인바, 개발에 실패한 게임을 통해 국외원천소득이 발생할 수 없고, 그에 투입된 비용이 다른 게임의 연구개발에 활용되었다고 볼 수도 없으므로, 개발에 실패한 게임에 대한 연구개발비가 국외원천소득과 합리적 관련성이 있다고 볼 수 없다. 나아가 개발 중인 게임들이 향후 국외에서 상용화되어 국외원천소득이 발생할 수 있다는 막연한 가능성만으로 그에 대한 연구개발비 전부를 국내･외 원천소득에 대한 공통비용으로 취급하는 것은 부당하다.

3. 피고의 본안전항변에 관한 판단

• 가. 피고의 본안전항변 요지 피고는 2018. 4. 10. 이 사건 감액 경정을 거쳐 이 사건 환급통지를 하였고, 이 사건 경정청구는 그 내용 중 외국납부세액공제 한도액 부인에 따라 증액된 부분에 한정한 것으로서, 이는 증액 경정에 대한 경정청구에 해당한다. 따라서 원고는 구 국세기본법 제45조의2 제1항 단서에 따라 이 사건 감액 경정 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 경정청구를 하여야 함에도 그 기간을 경과하여 이 사건 경정청구를 하였는바, 이는 부적법하다.
• 나. 판단

1. 관련 법리

• 가) 구 국세기본법 제45조의2 제1항 은 본문에서 5년의 통상적 경정청구에 대하여 규정하면서, 단서를 통해 “다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.”고 규정하고 있다.
• 나) 납세자는 감액 경정청구에 대한 거부처분 취소소송에서 당초 신고에 대한 과다신고사유뿐만 아니라 과세관청의 증액 경정사유도 함께 주장하여 다툴 수 있다. 다만, 증액 경정처분에 대한 불복기간이 경과한 경우에는 단서에 따라 ‘경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액’에 관하여는 취소를 구할 수 없고, 당초 신고한 과세표준 및 세액을 한도로 하여서만 취소를 구할 수 있을 따름이다(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두12822 판결, 대법원 2024. 6. 27. 선고 2021두39997 판결 참조).
• 다) 구 국세기본법상의 경정청구기간이 도과한 후에 제기된 경정청구는 부적법하여 과세관청이 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 거부처분을 할 의무가 없으므로, 과세관청이 경정을 거절하였다고 하더라도 이를 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다(대법원 2015. 3. 12. 선고 2014두44830 판결 참조).

2. 구체적 판단

• 가) 관련 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 다음과 같은 이유에서 이 사건 제1부분에 관한 이 사건 경정청구는 구 국세기본법 제45조의2 제1항 단서의 ‘결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액’에 대한 경정청구에 해당하고, 따라서 90일의 경정청구 기간이 부여된다고 봄이 타당한데, 원고가 2020. 10. 28.에 한 이 사건 경정청구는 이 사건 감액 경정일인 2018. 4. 10.부터 90일이 경과하여 제기되었음이 명백하므로, 이 사건 제1부분에 관한 이 사건 경정청구는 부적법하다.

(1) 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준 및 세액 신고를 하였고 이후 그에 대하여 증액 경정처분이 있으면 당초 신고가 성질상 증액 경정처분에 흡수되기 때문에 (대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두12822 판결), 국세기본법이 2010. 12. 27. 개정되기 전에는 당초 신고 부분에 대하여도 경정청구기간이 90일로 제한되는 것인지에 대한 논의가 있었다. 따라서 2010. 12. 27. 개정된 국세기본법은 이를 명확히 하기 위해 당초 신고한 세액에 대한 경정청구에 대하여는 원래의 통상적 경정청구 기간을 보장하고, ‘결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액’에 대하여만 경정청구기간을 90일로 제한한다는 내용을 명시하였다. 이는 납세자의 당초 신고분과는 달리 ‘결정 또는 경정으로 인하여 증가된 세액’ 부분은 과세관청의 처분으로서의 성질을 가지므로, 처분에 대한 항고소송의 제기기간을 90일로 제한한 것과의 형평성을 반영한 것이다.

(2) 구 국세기본법 제45조의2 제1항 단서에서는 ‘결정 또는 경정으̌로̌인̌하̌여̌ 증̌가̌된̌과세표준 및 세액’에 대하여 경정청구기간을 제한하고 있다. 위 조항에서는 ‘과세표준과 세액의 결정 또는 (증액)경정’으로 표현하지 않고 ‘결정 또는 경정으̌로̌ 인̌하̌여 ̌증̌가̌된 ̌과세표준 및 세액’이라고 표현하고 있다. 이는 과세관청이 한 결정 또는 경정을 원인으로 하여 그것이 과세표준 및 세액을 증가시키는 결과를 발생시켰다면 (최종적인 결정 또는 경정 세액이 감소한다고 하더라도) 그에 대하여는 단서의 경정청구기간을 적용하는 것이라고 해석함이 문언과 입법자의 의도에 부합한다.

(3) 이 사건에서와 같이, 당초 신고한 법인세액에 대하여 감액 경정 부분과 증액 경정 부분이 혼재되어 있는데, 이들이 모두 반영된 후의 경정 후 법인세액이 당초 신고세액보다 작은 경우에, 감액 경정처분은 당초 처분과 별개의 독립된 것이 아니고 단순히 당초 처분을 변경하는 처분이므로(대법원 1991. 9. 13. 선고 91누391 판결 등), 당초 신고 세액에서 감액 경정 후 남은 부분에 대하여는 통상적 경정청구 기간 내에 감액 경정청구를 할 수 있는 반면, 증액 경정 부분에 대하여는 경정청구기간이 90일로 제한된다고 보는 것이 앞서 본 법리들에 부합한다.

(4) 감액 사유와 증액 사유를 모두 반영한 최종적인 세액이 신고세액보다 감소하였다고 하여 그 전부에 대하여 통상적 경정청구기간 동안 경정청구를 할 수 있다고 본다면, 증액 사유와는 관련이 없는 감액 사유가 존재한다는 우연한 사정에 의하여 경정청구기간을 달리 취급하게 되어 형평에 맞지 않는다.

• 나) 다만, 이 사건 제2부분에 관하여 보건대, 이 사건 제2부분은 당초 원고가 2015 사업연도에 외국납부세액공제 한도액으로 산정하여 그 전부를 외국납부세액공제 대상으로 삼은 금액인데, 피고는 2016 사업연도뿐만 아니라 2015 사업연도에 대하여도 이 사건 연구개발비를 국내･외에 안분하여 차감하여야 한다는 같은 취지로 외국납부세액공제 한도액을 일부 부인하여 2015 사업연도 법인세에 대한 증액 경정처분을 하였고, 그 증액 부분이 취소될 경우 2016 사업연도로 이월되는 부분이다. 따라서 이 사건 제2부분의 내용에 비추어 보면, 이는 2016 사업연도에 관한 이 사건 감액 경정 당시 경정의 대상이 된 적이 없음을 알 수 있다. 피고가 이 사건 제2부분까지 포함하여 위 본안전항변을 한 것인지 불분명하나, 만일 피고의 본안전항변 취지가 그러한 것이라면 이 부분 본안전항변은 이유 없다.

4. 이 사건 제2부분에 관한 판단

• 가. 이 사건 제2부분은 2015 사업연도에 대한 증액 경정처분이 위법한지 여부에 따라 그것이 위법하다면 2016 사업연도로 이월되고 그것이 위법하지 않다면 2016 사업연도로 이월될 한도 초과액 자체가 존재하지 않게 된다. 그렇다면 원고의 2015 사업연도 증액 경정처분이 적법하게 취소되거나 당연무효에 해당하는지 여부를 살펴보아야 한다.
• 나. 우선 앞서 본 바와 같은 이유로 원고의 2015 사업연도 증액 경정처분은 그 취소 청구기간을 도과하였으므로 2015 사업연도 증액 경정처분이 당연무효가 아닌 이상 2016 사업연도로 이월될 이 사건 제2부분 상당의 이월 외국납부세액공제 한도 초과액은 인정되지 않는다(이에 관하여는 관련 소송에서 원고 승소판결이 확정된 후 후발적 경정청구를 통해 해결될 문제이다).
• 다. 과세대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우에 그것이 과세대상이 되는지의 여부가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면 그 하자가 중대한 경우라도 외관상 명백하다고 할 수 없어 위와 같이 과세요건사실을 오인한 위법의 과세처분을 당연무효라고는 볼 수 없다(대법원 2013. 6. 28. 선고 2013두932 판결 등 참조).
• 라. 그런데 위 인정사실 및 앞서 든 증거와 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 설령 피고가 ‘이 사건 연구개발비는 국내･외 원천소득의 각 비율에 따라 공통적으로 안분되어야 할 비용에 해당한다’고 본 것이 위법하다고 하더라도(즉, 2015 사업연도에 대한 증액 경정처분이 위법하다고 하더라도), 여기에 존재하는 하자가 중대･명백하다고 할 수 없어 2015 사업연도 원고의 외국납부세액공제 한도액을 부인한 피고의 증액 경정처분이 당연무효라 할 수 없다.

1. ‘특정 게임’이 비록 상용화 단계에는 이르지 못하였다고 하더라도, 국내․외 중어느 특정 시장을 대상으로 개발된 것으로서 특정 국내․외 원천수입금액에 관련성을 갖는 경우에는 그 개발비용은 실지 귀속에 따라 특정 국가의 원천소득금액을 계산하는 데에만 반영되도록 하는 것을 원칙으로 하되, 그 비용의 실지 귀속을 확인할 수 없는 경우에 보충적으로 국내․외 원천소득과 모두 관련된 공통비용으로 취급하여 안분하는 것이 보다 합리적이다.

2. 구 법인세법 제57조 제1항 제1호 및 구 법인세법 시행령 제94조 제2항, 제15항에 따르면, ‘내국법인이 외국납부세액의 세액공제방법을 선택할 경우에 해당 사업연도 법인세의 산출세액에 국외원천소득이 해당 사업연도의 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 한도로 하여 외국법인세액을 공제하고, 여기서 국외원천소득은 국외에서 발생한 소득으로서 내국법인의 각 사업연도 소득의 계산에 관한 규정을 준용하여 산출한 금액으로 하며, 해당 사업연도의 과세표준을 계산할 때 손금에 산입된 금액으로서 국외원천소득에 직접 또는 간접으로 대응하는 금액이 있는 경우에는 이를 차감한 금액으로 한다’는 내용만을 규정하고 있을 뿐 국외원천소득을 산정하는 구체적인 방식에 관하여는 법인세법령에서 정하지 않고 있었고, 그에 관하여는 사실상 기업회계기준에 따라 산정할 수밖에 없었다. 이에 외국납부세액공제 한도 산정을 위한 국외원천소득 계산시 차감하는 직접비용 및 간접비용의 개념을 규정하고 계산방법에 관한 규정을 명확하게 하여 외국납부세액공제제도의 운영상 미비점을 보완하기 위한 취지에서, 2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정된 법인세법 시행령 제94조 제2항 은, “법 제57조 제1항이 적용되는 국외원천소득은 국외에서 발생한 소득으로서 내국법인의 각 사업연도 소득의 과세표준 계산에 관한 규정을 준용해 산출한 금액으로 한다. 이 경우 법 제57조 제1항 제1호에 따라 외국납부세액의 세액공제방법이 적용되는 경우의 국외원천소득은 해당 사업연도의 과세표준을 계산할 때 손금에 산입된 금액(국외원천소득이 발생한 국가에서 과세할 때 손금에 산입된 금액은 제외한다)으로서 국외원천소득에 대응하는 비용인 직접비용과 간접비용(① 직접비용: 간접비용에 해당하지 않는 비용으로서 해당 국외원천소득에 직접적으로 관련된 비용, ② 간접비용: 해당 국외원천소득과 그 밖의 소득에 공통적으로 관련된 비용 중 기획재정부령으로 정하는 방법에 따라 계산한 국외원천소득 관련 비용)을 뺀 금액으로 한다.”고 규정하였다. 그리고 그 위임을 받은 구 법인세법 시행규칙(2019. 3. 20. 기획재정부령 제730호로 개정되고 2020. 3. 13. 기획재정부령 제774호로 개정되기 전의 것) 제47조는 국외원천소득과 그 밖의 소득의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 국외원천소득과 그 밖의 소득별로 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하는 방식, 국외원천소득과 그 밖의 소득의 업종이 다른 경우의 공통손금은 국외원천소득과 그 밖의 소득별로 개별 손금액에 비례하여 안분계산하는 방식을 들고 있다. 비록 위 개정 규정이 이 사건에 직접 적용되는 것은 아니나 위 개정 내용은 기업회계기준 등 일반적으로 적용되는 회계원칙을 구체화한 것에 불과하여 이 사건에서도 이를 참작할 만하다.

3. 구 법인세법 시행령 제24조 제2항 (바)목은 무형자산에 해당하는 개발비를 ‘상업적인 생산 또는 사용 전에 재료ㆍ장치ㆍ제품ㆍ공정ㆍ시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련지식을 적용하는데 발생하는 비용으로서 당해 법인이 개발비로 계상한 것’(‘당해 법인이 개발비로 계상한 것’ 부분은 그 의미를 명확히 하기 위해 2021. 2. 17. ‘기업회계기준에 따른 개발비 요건을 갖춘 것’으로 개정되었다)으로 정의하고 있는데, 기업회계기준에서는 매우 엄격한 기준을 충족하는 경우에 한하여 무형자산으로 인식 가능하고, 그 이외의 연구비 또는 개발비는 제품이나 프로그램 등의 제조원가와 직접 관계되는 것이 아니어서 모두 일괄하여 판매비와 관리비의 항목으로 분류한다.

4. 이 사건 연구개발비는 관념상 국내 원천소득에 직접 대응되는 비용, 국외 원천소득에 직접 대응되는 비용, 국내･외 원천소득(또는 그 밖의 소득)에 공통적으로 관련 된 비용으로 구분할 수 있다. 이 사건 연구개발비가 국외원천소득에 직접 대응되는 비용이 아니라고 하여 이를 곧바로 국내원천소득에 직접 대응되는 비용에 해당한다고 단정할 수는 없다(위 법인세법령에서는 국내원천소득에 대응되는 비용으로 볼 것을 원칙으로 하고 있지 않다). 국내원천수입에 대응하는지, 국외원천수입에 대응하는지에 관한 실지 귀속 여부를 가려본 다음, 만일 그것이 분명하지 않다면 공통비용에 해당한다고 볼 여지가 충분하다. 오히려 국내･외 어느 특정 부문에 실지 귀속하는 것인지 분명하지 않다면 합리적이라 여길 수 있는 배분 방법에 따라서 부문별로 배분하는 것이 그 실질에 부합한다고 볼 수 있다. 더욱이 위 나)항에서 살펴본 개정 규정들은 이러한 개념을 구체화하여 입법한 것으로 보인다.

5. 더욱이 이 사건 연구개발비가 공통적으로 안분되어야 할 비용이 아닌 국내원천소득에 속하는 비용인지 여부는 자체제작 게임이 상용화되는 국가가 개발 단계에서부터 특정되는지, 현지화 작업을 위한 상당한 시간과 비용의 투입 단계가 언제인지, 개발팀이 자체제작 게임별로 독자적으로 운영되는지, 연구개발단계에서 투입된 노하우가 해당 게임에만 특정되는지 다른 게임에서도 활용가능한 것인지 등에 관한 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있다. 따라서 피고가 전제한 ‘이 사건 연구개발비는 국내･외 원천소득의 각 비율에 따라 공통적으로 안분되어야 할 비용에 해당한다’는 점에 하자가 있다고 하더라도, 그 하자가 중대･명백하다고 할 수는 없다.

6. 원고가 근거로 드는 서울고등법원 2018누47303 판결은 피고가 개발 중인 게임에 대하여 상용화되기 전 단계의 게임 연구개발비용 전부의 실지 귀속이 국내 원천수입에 대응되는지, 국외 원천수입에 대응되는지에 관하여 충분한 조사를 거쳐 그 실지 귀속 여부를 가리는 과정을 거치지 않고, 일괄적으로 국내･외 원천수입에 대한 공통비용으로 취급한 것이 타당하지 않다는 취지에서 한 판시로 해석된다. 개정 법인세법령 또한 국외원천소득에 직접적으로 관련되어 대응되는 비용인 직접비용을 차감할 비용으로 산정하는 것이 1차적인 기준으로 정하고 있는 점 또한 위 판시와 궤를 같이한다. 따라서 이러한 점을 고려하여 볼 때, 설령 이 사건 제2부분에 관한 이 사건 처분에 하자가 존재한다고 하더라고 그것이 중대･명백하다고 할 수는 없다.

이 사건 소 중 이 사건 제1부분은 부적법하므로 이를 각하하고 나머지 청구는 이유없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.