피합병법인의 상호ㆍ거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 이 사건 합병대가를 지급한 경우’에 해당한다고 보기 어렵고, 이 사건 합병매수차손은 분할하여 손금에 산입할 대상에 해당하지 아니한다고 봄이타당하며, 경정청구의 인용여부를 검증한 행위는 세무조사에 해당하지 않음.
피합병법인의 상호ㆍ거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 이 사건 합병대가를 지급한 경우’에 해당한다고 보기 어렵고, 이 사건 합병매수차손은 분할하여 손금에 산입할 대상에 해당하지 아니한다고 봄이타당하며, 경정청구의 인용여부를 검증한 행위는 세무조사에 해당하지 않음.
사 건 2022구합61465 법인세등부과처분취소 원 고 AAA 피 고 aa세무서장 변 론 종 결
2023. 04. 06. 판 결 선 고
2023. 06. 22.
1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2019. 10. 17. 원고에게 한 별지 1 목록 ‘본세’란 기재 법인세 및 농어촌특별세 부과처분을 모두 취소한다.
1. 원고의 주장 요지 원고는 이 사건 피합병법인의 상호ㆍ거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 사업상 가치가 있다고 보아 이 사건 합병대가를 지급하였으므로, 구 법인세법 시행령 제80조의3 제2항 에 따라 이 사건 합병매수차손 상당액은 손금에 산입되어야 한다. 그 이유는 다음과 같다.
2. 인정사실 앞서 든 증거와 갑 제9호증, 을 제1 내지 5, 14, 15호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.
3. 관련 규정 및 법리
(1) 합병법인에 대한 과세원칙은 합병법인은 피합병법인의 순자산을 합병등기일 현재의 시가로 양도받은 것으로 보고, 이때 양도가액이 순자산시가에 미달하면 그 차액을 합병매수차익, 그 반대의 경우 그 차액을 합병매수차손이라 한다. 법인세법[2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정된 것, 이하 3)항에서는 ‘개정후 법인세법’이라 한다] 제44조 제2항의 적격합병 요건을 갖춘 합병의 경우 합병법인은 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다(제44조의3 제1항). 그런데 제44조의3 제3항 제1호에 따르면, 적격합병에 따른 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년 이내에 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여 적격합병으로 인한 과세특례의 적용을 배제하고(즉, 적격합병에서 이탈하고), 이 경우 합병법인이 피합병법인에게 지급한 양도가액과 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가와의 차액을 제3항 각 호의 사유가 발생한 날부터 합병등기일 이후 5년이 되는 날까지 법인세법 시행령[2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정된 것, 이하 3)항에서는 ‘개정후 법인세법 시행령’이라 한다] 제80조의4 제5항에 따라 익금(합병매수차손의 경우) 또는 손금(합병매수차익의 경우)에 산입하게 되는데(제44조의3 제4항), 이 때 합병매수차손, 즉 합병 당시 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가를 초과하는 경우에는 그 합병매수차손에 상당하는 금액을 개정후 법인세법 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도에 익금에 산입하되, ‘합병법인이 피합병법인의 상호ㆍ거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우’(개정후 법인세법 시행령 제80조의3 제2항)에 해당하는 경우에 한정하여 그 금액에 상당하는 금액을 합병등기일부터 5년이 되는 날까지 분할하여 손금에 산입한다(제2호). 이와 같은 비적격합병에서의 합병매수차손 인식 및 손금산입에 관한 규정은 이하에서 보는 바와 같이, 2009. 12. 31. 법인세법 개정 전 영업권에 관한 규정을 대체하는 성격에 있는바, 이하에서는 영업권 및 합병매수차손의 입법 연혁 및 경과를 살펴볼 필요가 있다.
(1) 1998년 법인세법 개정 (가) ‘기업인수․합병 등에 관한 회계처리준칙’에 따르면 회사 합병의 경우 원칙적으로 매수법에 따라 매수회사(합병법인)가 피매수회사(피합병법인)를 취득하기 위하여 지급한 매수대가(합병대가)의 공정가액이 매수원가에 해당하고, 피매수회사로부터 취득한 자산․부채 중 식별 가능한 자산․부채는 매수일의 공정가액으로 인식하며, 매수원가 중 매수일 현재 피매수회사로부터 취득한 자산․부채(순자산) 중 식별 가능한 자산․부채의 공정가액에 대하여 매수회사의 지분을 초과하는 부분은 영업권으로 인식하고, 그 내용연수에 걸쳐 정액법으로 상각한다. (나) 1998. 12. 28. 법인세법이 전면 개정되고 이에 따라 1998. 12. 31. 전부 개정된 법인세법 시행령(이하 ‘개정전 법인세법령’이라 한다)은 영업권을 무형고정자산의 하나로 규정하고 감가상각자산으로 열거하면서, ‘합병의 경우 합병법인이 계상한 영업권은 ① 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 ② 피합병법인의 상호ㆍ거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 ③ 대가를 지급한 것에 한하여 이를 감가상각재산으로 한다’는 규정을 신설하였다. (다) 이를 통해 합병법인이 매수법에 의하여 피합병법인의 자산을 시가로 평가하여 승계하는 경우에 한하여 영업권을 계상할 수 있었고, 이 경우 합병대가가 피합병법인의 순자산가액을 초과하는 합병차손 전부를 영업권으로 계상할 수 있는 것이 아니라 자산성이 없는 단순한 합병차손은 영업권으로 인정되지 않고 사업상 가치가 있는 것으로 인정되는 금액만을 영업권으로 계상할 수 있었다. (라) 개정전 법인세법령 하에서 합병 시 영업권의 과세에 관한 법적 분쟁은, 합병법인이 기업회계상의 영업권을 법인세법상의 영업권으로 인정받아 그 감가상각비를 손금산입하려고 하는 반면, 과세관청은 법인세법상 영업권 인정요건을 갖추지 못하였다고 주장하는 형태로 이루어졌고, 과세관청이 기업회계상의 영업권 가액을 합병평가차익으로 익금에 산입하여 법인세를 부과하지는 않았다.
(2) 2003년 국세청 유권해석 (가) 법인들이 영업권에 대한 익금산입 없이 향후 감가상각비만 손금으로 인정받으려는 시도에 대응하고자, 국세청은 2003. 9. 27. “합병법인이 피합병법인의 자산을 승계하여 평가함에 있어, 개정전 법인세법 시행령 제24조 제4항 의 규정에 의하여 피합병법인의 상호․거래관계 기타 영업상의 비밀 등 사업상 가치를 평가하여 감가상각자산으로 계상한 영업권은 같은 법 시행령 제12조 제1항 제1호에 규정하는 합병평가차익에 해당한다.”라는 유권해석(이하 ‘2003년 유권해석’이라 한다)을 공표하였다. (나) 2003년 유권해석 이후 합병법인이 영업권을 주장할 유인이 상실하자, 합병 시 영업권의 과세에 관한 납세자와 과세관청 간의 법적 분쟁은, 합병법인은 기업회계상의 영업권을 법인세법상의 영업권이 아니라고 하여 익금산입을 부인하고, 과세관청은 법인세법상의 영업권 인정요건을 갖추었다고 주장하는 형태로 변화하였다(이 사건에서 주로 언급되고 아래에서 보는 대법원 2015두41463 판결 등은 개정전 법인세법령이 적용되던 시기로서 2003년 유권해석 이후 시기에 대한 판결들이다).
(3) 2009년 법인세법 개정 (가) 2009. 12. 31. 개정된 개정후 법인세법은 피합병법인에 대한 청산소득과세와 합병법인에 대한 합병평가차익 과세 등 이원적으로 운영되던 합병세제를 피합병법인의 자산의 양도차익 과세로 일원화하였다. (나) 개정전 법인세법 시행령에서는 피합병법인이 과세이연요건(합병대가의 95% 이상이 합병신주일 것)을 충족하면 합병으로 인해 취득한 신주의 가액을 액면가로 계산하여 청산소득에 대한 법인세 과세는 대체로 이루어지지 않았고, 다만, 합병법인이 자산을 실질적으로 평가하여 승계한 경우에는 합병평가차익으로 과세한 후에 이를 감가상각하도록 하였는데, 이때 자산을 실질적으로 평가하여 승계하였는지 여부를 판단함에 있어서 납세자인 합병법인 스스로 영업권을 세무상 감가상각자산으로 계상하였다면 실질적으로 영업권 평가가 이루어진다는 것으로 해석될 수 있으므로 세무상 사업상 가치를 평가하여 감가상각자산으로 계상하였는지 여부는 그 징표가 될 수 있었다. (다) 그러나 2003년 유권해석 이후 합병평가차익으로 영업권을 계상하지도 않고 이후 감가상각비도 계상하지 않는 경우가 많아졌고 또한 2003년 유권해석에 의해 영업권이 합병평가차익에 포함될 수 있게 되었음에도 과세이연을 받을 수 있는 기준을 정한 규정이 별도로 마련되지 않음에 따라 이른바 적격합병의 경우(즉, 과세이연요건을 충족한 경우)에도 영업권 상당의 합병평가차익이 인식되어 익금산입 및 감가상각이 이루어질 가능성이 발생하게 되었다. (라) 이에 개정후 법인세법령은 개정전 법인세법 시행령 제24조 에 있던 규정들을 삭제하고, 시행령이 아닌 법률 규정으로서 ‘비적격합병 시 합병법인에 대한 과세’에 관한 규정인 개정후 법인세법 제44조의2 제3항 에 ‘합병매수차손’을 세무조정계산서에 계상하고 5년간 균등하게 손금에 산입하도록 하는 규정을 신설하였고, 이로 인해 2003년 과세예규로 인한 위와 같은 우려가 해소되었다. 개정후 법인세법에서는 감가상각자산 중 영업권에 관한 규정이 아니라 합병매수차손의 상각으로 처리하게 되었고, 합병대가와 순자산시가의 차액에 의하여 합병매수차손을 계산하도록 명시하였으며, 합병매수차손은 비적격합병의 경우에 존재하는 개념이고 적격합병의 경우에는 영업권 과세 문제가 제기될 수 없음을 명확히 하였다. (마) 결국 비적격합병의 경우 합병법인의 평가 실시 여부라는 우연적 사정에 과세 여부가 좌우되지 않도록 하고, 기존에 ‘피합병법인 청산소득 + 합병법인의 합병평가차익’의 이원적 과세 구조를 피합병법인의 양도차익 과세로 일원화함으로써 합병법인에게는 손금산입만 가능할 수 있도록 하였다. 이에 따라 비적격합병의 경우에는 자산을 시가로 양수한 것으로 보되, 순자산시가와 합병대가의 차액을 5년간 균등하게 나누어 익금(합병매수차익) 또는 손금(합병매수차손)에 산입하게 되었다(개정후 법인세법 44조의2 2항 및 3항). 그리고 영업권에 관한 개정후 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 가목에서는 명시적으로 합병의 경우를 제외하여 그 적용대상에서 배제하고, 그대신 ‘합병매수차손’이라는 계정을 만들어, 기업회계상 영업권 상각을 부인하면서 세무조정으로 ‘합병매수차손 상각’을 통해 손금산입하는 구조를 취하였다.
(1) 개정전 법인세법령이 적용되는 사안에서, 대법원은 “개정전 법인세법은 합병법인이 피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 그 자산의 가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 부분을 합병평가차익으로 과세한다(제17조 제1항 제3호 단서, 개정전 법인세법 시행령 제15조 제2항, 제12조 제1항 제1호). 그리고 합병의 경우 합병법인이 계상한 영업권은 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인의 상호․거래관계 기타 영업상의 비밀 등(이하 ‘상호 등’이라 한다)으로 사업상의 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 감가상각자산으로 한다(개정전 법인세법 시행령 제24조 제4항). 이러한 관계 법령 규정에 따르면, 법인 합병의 경우 영업권 가액을 합병평가차익으로 과세하기 위해서는 합병법인이 피합병법인의 상호 등을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정하여 그 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 볼 수 있어야 한다. 이때 사업상 가치의 평가 여부는 합병의 경위와 동기, 합병 무렵 합병법인과 피합병법인의 사업 현황, 합병 이후 세무신고 내용 등 여러 사정을 종합하여 객관적으로 판단하여야 하고, 기업회계기준에 따라 영업권이 산출된다는 것만으로 이를 추단할 수 없다.”고 판시하였다[대법원 2018.5. 11. 선고 2015두41463 판결 등(이하 ‘관련 대법원 판결’이라 한다)].
(2) 관련 대법원 판결이 비록 개정전 법인세법령이 적용되는 사안에 대한 판결이기는 하나, 관련 대법원 판결은 “영업권에 관한 사업상 가치 평가 요건은 1998. 12. 31. 법인세법 시행령 개정 시에 세법상 영업권을 제한적으로 인정하기 위해 도입된 것으로서, 합병 과세의 틀이 정비된 2010. 6. 8. 개정된 법인세법 시행령에서도 제80조의3 제2항으로 옮겨 현재까지 유지되고 있다.”고 명시하고 있는바, 개정후 법인세법령상 합병매수차손에도 앞서 본 영업권에 관한 법리가 성질에 반하지 않는 한 준용될 수있음을 알 수 있다. 또한 개정후 법인세법령상 합병매수차손의 손금산입 요건에 관한 규정이 잔액설(합병대가와 순자산 가치 사이의 차액 전부를 합병매수차손으로 보는 입장)에 의하고 있지 않은바, 여전히 사업상 가치 평가에 대한 요건이 필요하고, 관련 대법원 판결에서 사업상 가치의 평가 여부의 고려요소로 들고 있는 합병의 경위와 동기, 합병 무렵 합병법인과 피합병법인의 사업 현황, 합병 이후 세무 신고 내용 등은 여전히 그 판단에 필요한 고려요소가 될 수 있다.
(3) 그러나 개정전 법인세법령의 적용하에서는 영업권 가액을 합병평가차익으로 과세하는 구조였으므로 기본적으로 과세관청이 사업상 가치 평가에 대한 증명을 하는 구조였으나, 개정후 법인세법령상 합병매수차손의 손금산입은 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 손금을 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적일 경우 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다 할것이다(대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결).
4. 구체적 판단 합병매수차손은 기업의 전통, 사회적 신용, 입지조건, 특수한 제조기술 또는 특수거래관계의 존재 등을 비롯하여 제조판매의 독점성 등으로 동종의 사업을 영위하는 다른 기업이 올리는 수익보다 큰 수익을 올릴 수 있는 초과수익력이라는 무형의 재산적 가치를 말하는바(영업권에 관한 대법원 2004. 4. 9. 선고 2003두7804 판결 등 참조), 이 사건 피합병법인이 2004. 12. 30. 이 사건 사업의 국내 독점사업자로 선정된이래 그 지위를 유지하고 있었던 사실은 인정된다. 그러나 앞서 본 법리를 토대로 하여 위 인정사실, 앞서 든 증거와 갑 제8, 12, 13, 19 내지 33, 39 내지 43호증, 을 제7 내지 13, 16 내지 30호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 또는 사정을 종합하여 보면, 앞서 인정한 사실만으로는 원고가 구 법인세법 시행령 제80조의3 제2항 소정의 ‘이 사건 피합병법인의 상호ㆍ거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 이 사건 합병대가를 지급한 경우’에 해당한다고 보기 어렵고, 이 사건 합병매수차손은 2012~2015사업연도에 분할하여 손금에 산입할 대상에 해당하지 아니한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.
(1) ① 위성 DMB 누적 가입자는 2005년부터 2009년경까지 증가 추세에 있다가 2010년 상반기 경 정점을 찍고 그 이후 감소하였던 점, ② DDD회계법인의 평가보고서에는 ‘위성 DMB 방송사업자는 경영위기 상태에 있다, 위성 DMB의 경영 위기는새로운 수익 모델의 발굴, 규제 완화 등이 이루어지지 않는 한 지속될 수 있다, 2010년의 가입자는 2009년 가입자에 비해 다소 감소되는 것으로 추정된다’는 내용이 포함되어 있고, 또한 2010년부터 출시되는 지상파 및 위성 DMB Dual DMB 단말기의 출시는 향후 위성 DMB 가입자 증가 요인이 되나 스마트폰의 급격한 확산은 위성 DMB 수요의 감소 요인이 될 수 있다는 내용도 포함되어 있는 등 위성 DMB 가입자 증가에 상당히 보수적인 입장을 취하였던 점, ③ 또한 위 평가보고서에 따르면, 위성 DMB 사업자의 손익분기 누적 가입자 수를 250만 명으로 추산하고 있는데, 평가기준일 현재, 산업의 현황을 고려할 때, 손익분기를 달성하는 누적 가입자 수에 이르는 것은 불투명하였다고 보이는 점 등에 비추어 보면, 적어도 위성 DMB 산업이 성장성이 높은 산업으로 평가되지는 못하였음을 알 수 있다.
(2) 우리나라의 스마트폰 보급률은 2008년 0.9%, 2009년 2.0%를 기록하는 등지지부진하다가 2010년에는 14%, 2011년에는 38.3%로 빠르게 상승함으로써 위성DMB의 수요를 잠식하였던 점, 위성 DMB 서비스 가입자 수는 2010년경부터 하락하기시작하였던 점, 이 사건 합병 당시 시행 중이던 3G 서비스로 위성 DMB를 대체할 수있었고 이동통신사들은 3G 데이터 무제한 서비스를 출시하여 3G 이용자들의 원활한사용을 지원하였던 점, 이 사건 합병일로부터 약 1년이 경과한 2011. 7.경에는 LTE 상용화 서비스가 개시되기도 하였던 점 등의 원인으로 이 사건 사업은 실제로 이 사건합병 이후 불과 2년 만에 폐지되기에 이르렀다. 물론 사업상 가치에 대한 대가 지급여부에 대한 판단은 합병일을 기준으로 하여 살펴보아야 함이 타당할 것이나, 오랜 기간이 경과한 현재 시점에서 과거로 돌아가 그에 대한 판단을 함에 있어서 기준일로부터 가까운 시일 내에 실제 발생한 사정들은 참작할 만한 요소가 될 수 있다.
(3) 이 사건 피합병법인은 2007년에 694억 원 규모의 유상증자를 실시하였고,이를 재원으로 2008년에 차입금과 사채 원금 644억원을 상환하였으며, 2008년에는 추가로 550억 원 규모의 유상증자를 실시하여 이를 재원으로 2009년과 2010년 상반기에 합계 원금 483억 원 규모의 차입금과 사채 등을 상환하였는데, 모회사인 CCC은 위 유상증자에 대거 참여하였고 이로써 2006년 말 29.58%였던 CCC의 지분율은 2008년 말에는 44.15%까지 지분율이 증가하였다. 이에 대하여 피고는 “CCC의 지분율이 방송법상 위성방송 사업자에 대한 대주주 지분율 상한(49%)에 근접한 44%까지 상승한 탓에 추가적인 재무 지원은 불투명한 것으로 보인다.”는 언론 보도 등을 근거로 들며 이 사건 합병은 CCC의 지원에 의하여 존속할 수 있었던 이 사건 피합병법인을 구제하기 위한 목적에서 이루어졌을 개연성이 상당하는 취지로 주장하는데, 이와 같은 피고의 주장에는 상당 부분 수긍이 간다.
(1) 이 사건 피합병법인의 영업실적에 관하여 살펴보면, 이 사건 합병 직전까지 이 사건 피합병법인은 계속하여 당기순손실을 기록하였고, 이는 이 사건 피합병법인의 결손금으로 누적되었다. 이에 대하여 원고는 위성 DMB 산업은 방송기계 및 중계기 설치 등의 초기투자비용이 큰 장치 산업으로서, 막대한 규모의 초기시설투자로 인한 고정비용의 발생이 원인이 되어 2005년부터 2008년까지는 영업손실을 기록하였지만 그 규모가 감소하여 왔고, 이러한 감소 추세에 힘입어 2009년에는 83억 원의 영업이익을 달성하면서 영업이익으로 전환하였으며, 향후 지속적인 영업이익이 발생할 것이라는 취지로 주장한다. 원고의 위 주장의 타당성에 관하여 보건대, 초기시설투자로 인한 고정비용의 대표적 계정인 감가상각비와 영업비용 가운데 많은 비중을 차지하는 지급임차료 및 지급수수료 계정의 구체적 내역은 아래와 같다. 이에 비추어 보면, 감가상각비의 규모는 원고의 주장과 달리 2009년에도 2007년 및 2008년의 수준을 유지하고 있음을 알 수 있다. 그리고 이 사건 피합병법인의 영업비용 중 지급임차료와 지급수수료가 차지하는 비중은 위 표 ‘⑤ 비중’ 란 기재와 같이 상당한 규모를 차지하는데, 그 내용을 살펴보면, 이들 비용은 원고가 2004. 11. 4. 모회사인 CCC과 사이에 위성회선설비 임대서비스 이용계약을 체결하고 CCC이 제공하는 위성회선설비를 사용하는 대가로 그에게 지급하는 관리비와 이용료를 의미한다. 위 계약은 3년마다 동일한 조건으로 갱신할 수 있고, 관리비와 이용료는 기본적으로 월별 위성 DMB 서비스 이용자 수에 따라 결정되며 연도별 추정금액에 근거하여 산정되는 월별 추정요금의 80%와 130%의 범위 내에서 결정된다. 따라서 이들 비용은 변동비용의 성격이라 할 수 있는바(비용 책정 방식에 따라 일부 고정비로서의 성격이 가미되어 있을 수도 있겠으나, 기본적으로 변동비 성격이다), 사업연도가 진행될수록 그 액수가 감소하는 성격의 비용에 해당한다고 보기 어렵다. 따라서 이상의 사정에 비추어 볼 때, 초기시설투자로 인한 고정비용이 회수됨에 따라 2009년 이후에는 지속적으로 영업이익을 달성할 수 있다는 취지의 원고 주장은 받아들이기 어렵다.
(2) 또한 이 사건 피합병법인이 2009년에 영업이익이 발생한 것에는 모회사인 CCC에 대한 위 지급임차료 및 지급수수료 규모가 감소한 것이 상당부분 영향을 미쳤고, DDD회계법인은 2010년에는 약 78억 원의 영업이익이 발생할 것으로 예상되지만 재차 감소추세에 진입하여 2013년에는 다시 영업손실로 전환될 것이라 예측하였다(EEE회계법인은 DDD회계법인에 비하여 긍정적으로 평가하기는 하였지만 2011년에 영업이익 규모가 정점을 찍고 그 이후 감소하는 추세를 유지할 것으로 전망하였다).
(3) 이 사건 피합병법인의 재무상태에 관하여 보면, 2005년부터 2009년까지 발생한 당기순손실로 인해 결손금은 지속적으로 누적되었고, 여러 차례에 걸친 유상증자에도 불구하고 2009년 말 기준 부채비율은 무려 875.57%에 이르며, 자본잠식도 상당한 수준을 벗어나지 못하고 있었다.
(4) 한편, 원고는 초과수익력의 사업상 가치가 인정된다는 근거로 합병 이후 신용평가사들이 원고가 이 사건 피합병법인으로부터 승계한 무보증 회사채 및 기업어음의 신용등급을 상향한 점을 들고 있기도 하나, 그 주된 원인은 회사채를 상환할 주체가 상대적으로 재무상태가 우량한 원고로 변경되었기 때문으로 봄이 합당하고, 원고가 드는 위 사정은 초과수익력의 사업상 가치를 인정하는 근거가 되지 못한다.
(1) 이 사건 피합병법인의 자기자본가치를 DDD회계법인은 약 852억 원으로, EEE회계법인은 약 1,016억 원으로 산정하였고, 이들을 산술평균한 액수는 약 934억 원이다(이를 바탕으로 하여 이 사건 합병비율이 산정되었다). 이는 이 사건 피합병법인의 순자산 공정가치에 해당하는데, 이 사건 합병대가 765억 원은 이 사건 피합병법인의 순자산 공정가치에 미달하는바, 앞서 본 바와 같이 초과수익력설에 의하여 합병매수차손의 개념을 정한다고 하더라도, 그 계산에 있어서는 잔액설(합병대가와 순자산의 공정가치 사이의 차액)에 의한 평가를 하는 것도 가능한데, 이를 고려할 경우 이 사건 피합병법인의 식별가능한 순자산의 공정가액을 실질적으로 초과하여 지급된 대가가 있다고 보기 어렵다.
(2) 더욱이 원고는 “종속회사간 합병은 법률적 실체의 변경만을 가져올 뿐 경제적 실체의 변경은 없으므로 연결재무제표상 장부가액을 승계하여 회계처리한다.”는 기업인수ㆍ합병 등에 관한 회계처리준칙 (17-2) 규정에 의하여 회계처리를 하였고, 이 사건 합병매수차손은 합병비율 산정을 위해 산출한 이 사건 피합병법인의 실제 공정가치가 아닌 위 회계처리준칙에 따른 이 사건 피합병법인의 순자산 장부가액을 공정가치로 의제하여 산출된 것이다. 따라서 이 사건 합병매수차손은 이 사건 합병대가와 이 사건 피합병법인의 공정가치로 의제된 순자산 장부가액의 차액에 불과하다 할 것이고,이를 가리켜 (단순한 잔액 개념이 아닌) 사업상 가치에 대한 대가라 할 수 없다.
(3) 합병 당사자들이 특수관계인인 경우에는 합병비율을 불공정하게 정하여 영업권 가액을 늘리거나 줄여 일방이 타방에게 이익을 분여할 가능성이 상존하고 이에 대하여는 합리적 방법에 의한 검증절차가 필요할 것이다. 따라서 합병 당사자들이 특수관계인인 경우에는 사업상 가치 평가 여부를 판단할 때 비교적 신중을 기울일 필요가 있다. 물론 특수관계인으로부터의 지원 내지 특수거래관계의 존재가 사업상 가치의 하나의 요소가 될 수 있기는 하나, 원고와 이 사건 피합병법인은 모두 CCC의 자회사로서 종속회사 간 관계에 있는바, 이 사건 피합병법인의 CCC과 사이의 관계가 원고에게 있어서 유의미한 사업상 가치로 작용한다고 보기 어렵다.
1. 원고의 주장 요지
2. 관련 법리 가) 국세기본법 제81조의4 제1항 은 “세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.”고 규정하고, 제2항은 “세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.”고 규정하면서, 각호에서 예외적으로 재조사가 허용되는 사유를 들고있다.
3. 원고의 ① 주장에 대한 판단 앞서 든 증거와 갑 제16호증, 을 제32호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 2014년 세무조사의 조사대상기간은 2010ㆍ2011사업연도이고 이 사건 세무조사의 조사대상기간은 2013~2016사업연도로서 이들은 같은 과세기간을 대상으로 하고 있지 아니한 점, ② 조사청이 2014년 세무조사 당시 원고에게 이 사건 합병 관련 서류로서 이 사건 합병 당시 승계한 자산ㆍ부채 명세서 및 평가 관련 서류, 이 사건 사업 폐지 관련 세무조정 관련 서류 등 이 사건 합병 관련 서류를 포함한 자료의 제출을 요청하였던 사실은 인정되나, 이 사건 사업을 폐지한 사업연도는 2012사업연도로서 2014년 세무조사의 조사대상기간에 해당하지 아니하고, 단지 2014년 세무조사 당시 검사ㆍ조사한 자료에 이 사건 합병과 관련한 자료가 있다고 하여 2012사업연도에 이루어진 이 사건 사업 폐지로 인한 적격합병의 이탈에 관하여 세무조사를 실시하였다고 단정하기 어려운 점, ③ 이에 대하여 피고는 원고가 한 세무조정의 적정성을 검증하는 데 필요한 자료를 요구한 것이라 설명하고 있는데, 피고가 2014년 세무조사 당시 원고로 하여금 이 사건 사업의 폐지 관련 세무조정 관련서류를 요청한 것은 적격합병 이탈에 따라 이 사건 합병매수차손 상당액을 익금에 적절하게 산입하여 세무조정하였는지를 확인하기 위한 것에 불과한 것으로 보이고, 달리 이 사건 피합병법인에 초과수익력이 존재하는지 여부 내지 원고가 그 사업상 가치를 인정하고 대가를 지급하였는지 여부에 관한 조사가 이루어졌다고 볼 만한 사정을 찾기 어려운 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 세무조사가 2014년 세무조사와의 관계에서 금지되는 중복 세무조사에 해당한다고 보기 어렵다.
4. 원고의 ② 주장에 대한 판단 앞서 든 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 피고가 2016년 경정청구의 인용 여부 검증을 위한 과정에서 원고의 영업의 자유를 제한하여 원고에게 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적인 의무를 부담하게 하거나 원고의 사업장 등에서 원고의 직원을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문한 사정을 찾기 어려운 점, ② 경정청구 사전심의 보고서의 내용에 비추어 보더라도, 피고가 달리 원고의 영업의 자유가 제한되는 조사행위를 실시하였다는 사정을 찾기 어려운 점,③ 피고가 국세기본법 제81조의4 이하 규정 및 ‘조사사무처리규정’에 따른 세무조사의(사전)통지 및 절차 등을 거친 바도 없는 점, ④ 후술하는 바와 같이, 2016년 경정청구는 구 법인세법 시행령 제80조의3 제2항 에 해당하는지 여부가 쟁점이 되었던 것이 아닌 점 등에 비추어 보면, 단지 피고가 2016년 경정청구의 인용 여부를 검증한 행위를 두고 ‘세무조사’에 해당한다고 할 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.
1. 원고의 주장 피고는 이 사건 기획재정부 예규에 기초하여, 원고로부터 수집하여 검토한 이 사건 합병매수차손의 세무처리 및 그에 대한 관련 제반 자료를 검토한 다음, 원고의 2016년 경정청구를 인용하고, 이 사건 합병매수차손 상당액을 2012사업연도 손금에 산입함이 타당하다고 판단하였다. 결국 피고는 이 사건 피합병법인의 사업상 가치가 있다고 보아 이 사건 합병대가를 지급한 경우에 해당함을 인정하였던 것으로 볼 수 있고, 이를 전제로 하여 이 사건 합병매수차손 상당액이 손금에 산입할 대상이 된다는점을 승인하였던 것인바, 이는 곧 ‘과세관청의 공적 견해표명’에 해당한다. 따라서 이 사건 처분은 당초의 공적인 견해표명에 반하여 납세자인 원고의 이익을 침해하는 조치로서 국세기본법상 신의성실의 원칙에 위반된다.
2. 관련 법리 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어짐을 요한다고 할 것이다(대법원 1985. 4. 23. 선고 84누593 판결, 대법원 1996. 1. 23. 선고 95누13746 판결 등 참조).
3. 구체적 판단 앞서 든 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 피고가 이사건 합병이 구 법인세법 시행령 제80조의3 제2항 에서 정한 요건을 충족하였다거나 그로 인해 이 사건 합병매수차손은 5년 간 분할하여 손금산입의 대상이 된다는 점에 관하여 승인하는 내용의 공적 견해표명을 하였다고 볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.
그렇다면 원고의 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
판결 내용은 붙임과 같습니다.